Les principaux risques naturels liés à l'eau sont les inondations et les submersions marines, mais également l'érosion et ses manifestations violentes (mouvements de terrain), ainsi que la sécheresse (en savoir plus sur l'érosion, la sécheresse ou les inondations).
L'utilisation excessive des eaux souterraines comme ressource pour la production alimentaire a de graves conséquences.
Les nappes souterraines ont été surexploitées dans de nombreux pays et la baisse annuelle de ces nappes dans les principaux pays à déficit hydrique s'élèverait à environ 160 km3 d'eau.
La surexploitation des aquifères accroît la vulnérabilité des ressources en eau potable en raison de la rareté de l'eau pendant les cycles de sécheresse, ce qui oblige souvent à s'approvisionner en eau dans des régions plus éloignées, avec une augmentation conséquente du prix.