L'objectif du prélèvement et analyses des eaux de consommation est de rechercher la présence de micro-organismes (bactéries, virus et parasites) dans les eaux de consommation afin de vérifier la qualité du traitement de la désinfection et de garantir une utilisation sans risque par le consommateur.
Pour analyser la qualité microbiologique de l'eau on utilise des « micro-organismes indicateurs » de la contamination fécale, généralement non pathogènes, mais indiquant la présence de pathogènes issus des matières fécales.