Les molécules étant des regroupements d'atomes, elles peuvent être modélisées en associant des modèle atomiques.
Chaque sorte d'atome est représentée par un symbole atomique.
Un symbole atomique est constitué soit d'une lettre majuscule soit d'une lettre majuscule suivie d'une lettre minuscule.
Il existe trois types de molécules organiques : Les glucides, les lipides et les protéines.
Les hydrocarbures sont des molécules composées uniquement d'atomes d'hydrogène et de carbone .
modèle moléculaire boules-bâtonnets (ball and stick): les atomes sont représentés par les noyaux avec une boule et les liaisons par une tige. modèle compact (space filling) : chaque atome est représenté par une sphère dont le rayon est, normalement, proportionnel au rayon de Van der Waals de l'atome.