La modélisation moléculaire consiste à construire des modèles des molécules ou d'ensemble de molécules, dans le but de mieux en comprendre la structure et les autres propriétés physico-chimiques.
Du point de vue du chimiste, une molécule est un assemblage d'atomes liés entre eux par les liaisons chimiques.
Il existe deux types de modèles moléculaires : les modèles éclatés et les modèles compacts.
Dans le modèle compact, les liaisons entre les atomes ne sont pas représentées.
Les atomes liés sont accolés les uns aux autres et sont représentés par des sphères tronquées.
Les logiciels concernés sont notamment MarvinSketch (éditeur de molécules 2D/3D très complet) et Jchem, un plugin adossé aux outils Microsoft (Word, Excel, PowerPoint, Outlook).
MarvinSketch propose beaucoup de formats en import/export et permet également de calculer des propriétés de molécules.