Un gène est considéré comme partiellement couvert si l'assemblage ne contient pas le gène complet mais au moins 100 paires de bases (bp) du gène.
Si aucune liste n'est fournie, le calcul du nombre de gènes prédits est fait à partir des résultats de GeneMark.
Le calcul de la similarité de deux séquences requiert donc une opération préalable d'alignement, c'est-à-dire d'insertion de caractères gap dans l'une ou l'autre des séquences et de mise en correspondance des caractères de l'une avec les caractères de l'autre.
L'analyse génomique en pratique
L'analyse génomique est réalisée à partir d'un échantillon biologique (prise de sang, cellules tumorales…).
En laboratoire de biologie moléculaire, le matériel génétique contenu dans le noyau des cellules va être analysé par la technologie nommée « puce à ADN ».