[PDF] Introduction à la bioinformatique Construction des arbres

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Bio-informatique appliquée

Construction des arbres phylogénétiques

Emese Meglécz

Emese.Meglecz@imbe.fr

Groupe Bureau Virtuel: AMU_BI4U2_bioinfo

TDs et cours de Jacques van Helden:

Cours basé sur les cours de Céline Brochier-Armanet et Jacques van Helden

Structure des arbres

H F G A B C D E I

Racine

Les relations évolutives entre les objets

étudiés sont représentés par des arbres phylogénétiques

Les arbres sont des graphes composés de

noeuds et de branches noeuds = unités taxonomiques

Feuilles ou OTU = Unités

Taxonomique Opérationnelles

ou (A, B, C, D, E)

Noeuds internes ou HTU =

Unités taxonomique

Hypothétiques (F, G, H, I)

branches = relations de parentés (ancêtre /descendants) entre les unités taxonomiques

Branches internes

Branches externes

Topologies identiques

H F G A B C D E I

Racine

H G F C D B A E I

Racine

H F G A B C D E I

Racine

B A C D E F H G I La racine symbolise le dernier ancêtre commun (i.e. le plus récent) de toutes les OTU entre les OTU

Arbre enraciné Arbre non enraciné

Arbres enracinés vs Arbres non enracinés

H F G Loup Chien

Souris

Rat

Poulet

I

Racine

Loup Chien

Souris

Rat

Poulet

F H G I a priori du OTU le plus externe parmi les OTU étudiées

Exemple: chien, loup, souris, rat et poulet

=> Groupe extérieur est le poulet a priori du OTU les plus externes parmi les OTU

étudiées

Comment enraciner un arbre phylogénétique ?

H F G A B C D E I

Racine

H F G A B C D E I

Racine

Représentation sans échelle

Les longueurs de branches ne sont

pas proportionnelles au nombre de changements évolutifs

Représentation avec échelle (nombre de

substitutions, nombre de substitution/sites)

Les longueurs de branches sont

proportionnelles au nombre de substitutions ou nombre de substitutions/sites qui se sont produites le long de la branche 0,1

Cladistique

(Grecque: klados = branche) classe les êtres vivants selon leurs relations de parenté, basé sur leurs caractères

Cladogramme

Arbre, habituellement avec

bifurcations, représentant un scénario évolutif des divergences entre espèces ou séquences. Clade

Une branche de cladogramme avec

un ancêtre commun et tout ses descendants. Note

La longueur de la branche ne reflète

pas le temps ou le taux de de divergence.

Seule la topologie est informative, il

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Cladistique, cladogrammes et clades

Phylogramme : les longueurs des

branches représentent les nombres e.g. mutations)

Notes:

Arbre non-enraciné => la racine

devrait être placée entre les opsines blues (SW) et les opsines rouge et vert (MW, LM) /DGLVWDQFHHQWUHGHX[Qquotesdbs_dbs11.pdfusesText_17

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