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Quels sont les éléments indispensables d'un rapport de stage?

Que vous soyez en 3ème ou en fin d'études, un bon rapport de stage nécessite une présentation soignée et codifiée mais aussi un contenu intéressant. Il rend compte de votre expérience et sera un atout à mettre en avant dans votre CV d'étudiant. A vous d'expliquer ce que le stage vous a apporté et de montrer que avez mis votre temps à profit.

Quelle est la différence entre un rapport de stage et un plan type ?

Même si le plan type ou les consignes de votre établissement sont identiques, chaque rapport de stage est différent. Nous vous proposons un aperçu de ce à quoi peut ressembler un rapport de stage complet, en vous donnant des exemples. Ils peuvent vous aider à visualiser ce que votre évaluateur attend de vous.

Comment lire un rapport de stage ?

Afin de rendre la lecture de votre rapport de stage la plus fluide possible, nous vous recommandons d’ utiliser des polices de caractères connues de tous et faciles à lire comme Time New Roman, Calibri ou Arial. Les tailles 10 ou 11 sont standard pour le corps de texte.

LP ATIB,

2017-2018.

RAPPORT DE STAGE 2018

La moule perlière, Margaritifera

margaritifera, sur le Barbenan : de mesures de restauration de la continuité écologique.

Anaëlle CELLIER

Tuteur pédagogique : Emilien LUQUET, L.E.H.N.A UCBL 1 : Mickaël LELIEVRE, Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 1 La moule perlière sur le Barbenan : sa répartition et ses restauration de la continuité écologique.

Etude réalisée par :

Fédération départementale pour la Pêche et la Protection des Milieux Prospection, traitement des données et rédaction :

Anaëlle CELLIER ʹ Stagiaire

Mickaël LELIEVRE ʹ Directeur

Tuteur universitaire :

Emilien LUQUET - LENHA, CNRS-UMR, Université Claude Bernard Lyon 1

Co-encadrement :

Sylvain VRIGNAUD ʹ Malacologue indépendant et spécialiste régional des naïades

Personnes intervenues :

Céline GOMBERT ʹ Technicienne FDPPMA03

Pierre MAREY ʹ Technicien FDPPMA03

Maxime NIGOT ʹ Stagiaire FDPPMA03

Date de réalisation :

Août 2018

Crédits photographiques :

1ère de couverture : ©Anaëlle CELLIER

Citation recommandée :

Cellier A., 2018. La moule perlière sur le Barbenan : Sa répartition et ses préférences stage LP ATIB. FDPPMA03, 50p. Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 2 compétences très professionnalisantes. conseils et connaissances tout au long de mon stage. Emilien LUQUET, mon tuteur pédagogique, a pris le temps de me conseiller sur ce stage. Son Conseillée et soutenue par Sylvain VRIGNAUD, je tiens à le remercier particulièrement pour son soutien pour la préparation du travail de terrain et des analyses. Sa réactivité et son partage de connaissances ont été particulièrement appréciables. Je suis reconnaissante à tous les salariés/stagiaire qui ont eu le courage et la motivation de

MAREY et Maxime NIGOT.

BEAL, Marc BOURDEAUX, Vincent GUILLAUMIN et Emmanuel BIZEL. professionnelle ATIB pour avoir partagé leur positivisme et leurs connaissances avec générosité. Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 3

Table des matières

I. Introduction ........................................................................................................................ 8

II. Contexte ............................................................................................................................. 9

a. Présentation générale ................................................................................................. 9

b. Actions de restauration réalisées .......................................................................... 10

3. La moule perlière .......................................................................................................... 12

a. Systématique et description ...................................................................................... 12

b. Distribution ............................................................................................................ 12

c. Cycle de vie et exigences ........................................................................................... 13

d. Menaces ................................................................................................................. 14

e. Outils de protection et de conservation ................................................................ 15

III. Matériels et méthodes ..................................................................................................... 16

1. Etude de la répartition de la moule perlière sur le Barbenan ...................................... 16

2. Caractérisation des habitats et des menaces potentielles ........................................... 17

a. Relevés physiques et du biofilm ................................................................................ 17

b. Analyses statistiques .............................................................................................. 18

c. Analyses physico-chimiques ...................................................................................... 18

3. Suivi des moules déplacées ........................................................................................... 19

IV. Résultats ........................................................................................................................... 19

1. La répartition de la moule perlière sur le Barbenan ..................................................... 19

2. Habitats et menaces potentielles .................................................................................. 20

a. La granulométrie ....................................................................................................... 20

Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 4

c. Le biofilm ................................................................................................................... 23

d. Facteurs influençant la répartition de la moule perlière ....................................... 23

f. Les analyses physico-chimiques ................................................................................ 26

3. Suivi des moules déplacées ........................................................................................... 27

V. Discussion ......................................................................................................................... 29

1. La répartition de la mulette perlière ............................................................................. 29

2. Les habitats et les menaces ........................................................................................... 29

3. Le suivi des mulettes perlières à Beaulieu .................................................................... 30

4. Mesures de gestion associées à la mulette ................................................................... 30

VI. Conclusion ........................................................................................................................ 32

VII. Références ..................................................................................................................... 33

1. Sitographie .................................................................................................................... 33

2. Bibliographie ................................................................................................................. 34

VIII. Annexes ......................................................................................................................... 37

Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 5

Table des illustrations

FIGURES

Figure 1 : Carte géologique de l'Allier avec localisation du Barbenan et son bassin versant. ... 9

Figure 2 : Moyenne du débit mensuel du Barbenan sur 52 ans (eau.france.fr) ...................... 10

Figure 3 : Description de la moule perlière. ............................................................................. 12

Figure 4 : Cycle de vie de la moule perlière. (PLK) ................................................................... 13

Figure 5 : Bathyscope ............................................................................................................... 16

Figure 6 : Schéma de la méthode d'observation des prospections. (Modifié d'après

VRIGNAUD,2016) ...................................................................................................................... 16

Figure 7 : Recouvrement granulométrique par tronçon de la confluence (0) à l'amont. ........ 21

Figure 8 : Recouvrement par faciès par tronçon de la confluence (0) à l'amont .................... 22

Figure 9 : Recouvrement du biofilm par tronçon de la confluence (0) à l'amont.................... 23

Figure 10 : Représentation de la probabilité de présence de la mulette perlière en fonction de

la distance à l'exutoire en kilomètre. ....................................................................................... 24

Figure 11 : Représentation de la probabilité de présence de la moule perlière par rapport à la

Figure 12 : Moule perlière n°103, Beaulieu, 2018 ................................................................... 27

Figure 13 : Moule perlière n°104, Beaulieu, 2018 ................................................................... 27

Figure 14 : Profil en long, niveau d'eau et tendance (linéaire) du Barbenan à la Féculerie :

données 2017 (avant l'arasement) et 2018 (post arasement). ............................................... 28

Figure 15 : Cycle de vie de la mulette perlière ......................................................................... 40

Figure 16 : Interactions entre la mulette et son milieu ........................................................... 40

Figure 17 : Cartes de répartition de la moule perlière ............................................................. 41

Figure 18 : Gabarit .................................................................................................................... 46

Figure 19 : Classes de taille des sédiments .............................................................................. 46

Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 6

TABLEAUX

www.life-moule-perliere.org/) ................................................................................................. 14

Tableau 2 : Récapitulatif des statuts de protection et de conservation de la moule perlière 15

Tableau 3 : Classification granulométrique utilisée (Modifié d'après MALAVOI-SOUCHON

2002) ......................................................................................................................................... 17

Tableau 4 : Récapitulatif des moules perlières (MP) trouvées lors des prospections 2018. ... 20

.................................................................................................................................................. 21

.................................................................................................................................................. 23

Tableau 8 : Récapitulatif des calculs pour chaque paramètre significativement lié à la distance

à la confluence. ........................................................................................................................ 24

Tableau 9 : Récapitulatif des calculs pour la probabilité de présence de la moule perlière par

rapport à la présence des seuils. .............................................................................................. 25

Tableau 10 : Relevés sur le Barbenan en 2018, de l'aval à l'amont. ........................................ 26

Tableau 11 : Relevés aux stations de température d'aval en amont. Données de la FDPPMA03.

.................................................................................................................................................. 26

Tableau 12 : Données de 2013 à 2016 relevées lors des pêches électriques sur le Barbenan.

Données de la FDPPMA03. ....................................................................................................... 27

Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 7

ANNEXES

Annexe I : Les habitats limitrophes du Barbenan .................................................................... 37

Annexe II : Extrait du code de l'environnement, L214-17 ........................................................ 38

Annexe III : Récapitulatif du cycle de vie et du fonctionnement de la moule perlière ........... 40

Annexe V : Fiche de prospection de terrain, 2018 ................................................................... 42

Annexe VI : Détails du matériels utilisés .................................................................................. 43

Annexe VII : Carte de localisation des tronçons de prospections ............................................ 45

Annexe VIII : Détermination de la granulométrie, Malavoi-Souchon (2002) .......................... 46

Annexe X : Carte de répartition de la moule perlière sur le Barbenan .................................... 48

Annexe XI : Localisation des obstacles à l'écoulement et des mesures RCE ........................... 49

Annexe XII : Fiche de terrain pour les relevés topographique ................................................. 50

Annexe XIII : Individus de mulettes trouvées lors des prospections 2018 .............................. 51

Annexe XIV : Carte de localisation des perturbations relevées sur les tronçons .................... 52

Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 8

I. Introduction

Les écosystèmes fluviaux sont essentiels à la fois par leurs services écosystémiques et par

les utilisations que nous en faisons (navigation, irrigation, énergie) (VERTIGO, 2016). En effet, leurs histoires nous montrent que les aménagements dans leurs lits ont des objectifs divers ayant menés à la construction de seuils, de barrages, de retenues.

propriétaire. Elles deviennent alors des obstacles à la continuité écologique et sédimentaire

effet, deux espèces patrimoniales sont présentes : la truite fario et la moule perlière. Elles sont

protégées nationalement et menacées (respectivement : Arrêté du 8 décembre 1988 ; Arrêté

Cependant, le Barbenan est entrecoupé de 24 obstacles à la continuité écologique

(carmen.naturefrance.fr). La fédération départementale de la pêche et de la protection des

3 seuils ont été arasés, en partie avec le financement de la FDPPMA03.

mieux connaître la présence et la répartition de cette espèce et mieux cerner ses habitats

préférentiels à travers cette présente étude. Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 9

II. Contexte

La FDPPMA 03 est une association loi 1901. Déclarée à la préfecture le 21 octobre 1941, départementale des pêcheurs amateurs aux engins et filets sur les eaux du domaine public.

Au niveau national, la fédération est adhérente à la Fédération Nationale de la Pêche en

France (FNPF).

La FDPPMA 03 a deux missions principales :

La protection et la mise en valeur des milieux aquatiques a. Présentation générale catégorie piscicole, caractérisé par la présence (Figure 1). Il prend sa source dans les Monts de commune de Saint-Nicolas-des-Biefs. Après granitique, il se jette dans la Besbre sur la (eaufrance.fr, data.gouv.fr, geoportail.fr) Figure 1 : Carte géologique de l'Allier avec localisation du Barbenan et son bassin versant. Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 10 f. fario) ainsi que la lamproie de planer (Lampetra planeri) sont présentes et caractérisent cette zonation.

Le bassin versant du Barbenan

seule zone hydrographique : le

Barbenan et ses affluents (K152).

(services.sandre.eaufrance.fr) Avec 12 affluents référencés additionnés à cette rivière est abondante en eau.

Son module est de 1,88 m3/s à la

station du Breuil, proche de la confluence. Mesurés sur 52 ans, les débits moyens mensuels

vont de 0,5 m3/s en août à 3,1 m3/s en février. (Figure 2). (eaufrance.fr) Malgré son

abondance, il subit des baisses de débits sévères en été. En effet, des captages sont présents

Son bassin versant est composé à 56% de terres agricoles (majoritairement des pâtures),

à 43,5% de forêts et milieux semi-naturels, et à 0,5% de territoires artificialisés.

b. Actions de restauration réalisées

Le non-respect des objectifs de la DCE amène une pénalisation financière des états

Le Barbenan est régi par le SDAGE Loire-Bretagne (SDAGE LB).

classé " très bon état écologique » (TBE, services.sandre.eaufrance.fr). Les propriétaires des

ouvrages doivent respecter le I.1°(paragraphe I, alinéa 1°) et le I.2°°(paragraphe I, alinéa 2°)

étude, nous retiendrons : " 2° Une liste de cours d'eau, parties de cours d'eau ou canaux dans Figure 2 : Moyenne du débit mensuel du Barbenan sur 52 ans (eau.france.fr) Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 11

lesquels il est nécessaire d'assurer le transport suffisant des sédiments et la circulation des

poissons migrateurs. Tout ouvrage doit y être géré, entretenu et équipé selon des règles

définies par l'autorité administrative, en concertation avec le propriétaire ou, à défaut,

l'exploitant. »

pourquoi la fédération les démarche, et finance une partie des travaux. Pour ce type

travaux ou activités conduisant à modifier le profil en long ou le profil en travers du lit mineur

présence de moules perlières a été mise en évidence bien que quelques données historiques

de présence existaient déjà sur le Barbenan. La présence de cette espèce protégée au niveau national oblige la FDPPMA03 à mettre travaux. continuité écologique dans le cadre de la DCE et de la moule perlière. Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 12

3. La moule perlière

Un récapitulatif de la présentation de la moule perlière est présenté en annexe III. a. Systématique et description La moule (ou mulette) perlière, Margaritifera margaritifera, est un mollusque bivalve de la famille des Margaritiferidae. Cette espèce fait partie du groupe des naïades qui inclut aussi la famille des Unionidae Ces dernières sont mentionnées comme espèces ingénieures par certains auteurs tant elles façonnent leurs habitats. (Gutiérrez et al., 2003 ; Spooner et Vaughn, 2006 ; Vaughn et al., 2008 ; Strayer, 2014) scandinaves. (Cochet, 2010) Elle se différencie de Margaritifera en France) par la lamelle postérieure qui se présente sous la chez les jeunes où il est clair), et ponctué de stries de croissance. de dimorphisme sexuel. (VRIGNAUD, 2007) (Figure 3) b. Distribution armoricain, le Morvan, les Vosges et les Pyrénées. (inpn.mnhn.fr, Annexe IV) relativement anciennes pour certaines.

Figure 3 : Description de la moule perlière.

Crédit photo : Anaëlle CELLIER

Umbo

Périostracum

Bord inférieur

concave ou droit

Stries

Siphon exhalant

Dents cardinales Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 13 c. Cycle de vie et exigences faciès courants, avec une granulométrie de gravillonneuse à sableuse avec des blocs. (Cochet,

2010) Pour se nourrir, les individus

filtrent les éléments organiques à (Cochet, 2010 + Figure 4) Figure 4 : Cycle de vie de la moule perlière. (PLK) Le cycle de vie de Margaritifera margaritifera est complexe. Vers la fin août, les mâles femelles. Les ovules des femelles sont alors fécondés. (Cochet, 2010) Quelques semaines plus

tard, les embryons se sont transformés en glochidies de 50 à 60 micro-mètres (µm), (Cochet,

2010) qui sont relâchées dans le courant. Dans de bonnes conditions, les glochidies peuvent

moule perlière ne peut parasiter que deux espèces de salmonidés : la truite fario (Salmo trutta

f. fario), et le saumon atlantique (Salmo salar). Les autres espèces de poissons possèdent une Les relations entre la mulette et son poisson-hôte sont particulières. En effet, les glochidies peuvent occasionner une gêne pour leur poisson-hôte si elles sont trop nombreuses (FILIPSSON et al., 2016). Toutefois, lorsque les moules deviennent adultes, par la filtration, de nombreux macro-invertébrés (micro-habitat, pseudofecès), (Vaughn, 2016), permettant symbiose proto-coopérative par ZIUGANOV & NEZLIN (1998). Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 14 apparemment définis génétiquement, sont rencontrés (Cochet, 2010) : Un cycle long, avec une période de 7 et 9 mois (après un repos hivernal). substrat favorable (sable grossier) pour grandir pendant 2 à 5 ans (Cochet, 2010). Des mulettes

à 20 ans pour se reproduire, et pourront vivre de 40 ans à plus de 200 ans selon leur latitude.

(Schone et al, 2004)

sédiments est indispensable pour les juvéniles situés dans ce milieu. Les apports de sédiments

fins ainsi que la charge en nutriments favorisent le colmatage physique et biologique des chimiques sont restreintes. (Tableau 1)

Auteurs

Paramètres

Bauer (1988) Oliver (2000) Moorkens

(2000)

Degerman et al.

(2009)

Varandas et al.

(2013) Europe centrale Écosse Irlande Suède Portugal

Nitrates N-

NO3(mg/L) * <0,5 <1 < 1,7 <0,1 < 2

Ammonium N-NH3

(mg/L) / / < 0,1 / < 0,1

Orthophosphates P-

PO43- (mg/L) < 0,03 <0,03 < 0,06 <0,0015 < 0,1

Conductivité (µS/cm) / / < 200 (à 25°C) / < 40 (à 25°C)

O2 dissous (% sat ou

mg/L) / 90-110 % > 9 mg/L / > 9 mg/L pH < 7,5 6,5 7,2 6,3 8 Min 6,2 < 7

DBO5 (mg/L) ~ 1,4 <1,3 < 3 / < 1,5

Carbonate de calcium

CaCO3 (mg/L) ~ 2 < 10 Pauvre en

Calcium / /

Température (°C) / /

Pas de

changements artificiels <25 <23 d. Menaces des juvéniles, et donc au recrutement. Un individu ne bougeant pas ou peu pendant sa longue Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 15 durée de vie peut voir son milieu proche se modifier sans mettre sa survie en péril. La tolérance vis-à-vis des habitats par les adultes est plus grande que celle des juvéniles. pollutions chimiques. (Cochet, 2010) La baisse de densité des populations de poissons-hôtes est aussi un facteur de déclin identifié des populations. (Arvidsson et al., 2012) e. Outils de protection et de conservation La mulette perlière est mentionnée dans la convention de Berne de 1979, et dans les annexes II, IV et V de la directive 92/43/CEE dite " Directive Habitat Faune Flore (DHFF) ». Ces engagements amènent les pays signataires, dont la France, à mettre en place des politiques intégralement la mulette perlière et son habitat sur son territoire national. En plus de ce statut de protection, la mulette perlière fait partie des espèces (ZNIEFF). la Conservation de la Nature (UICN). (Tableau 2) animateur PRA mulette perlière, comm. pers.). Tableau 2 : Récapitulatif des statuts de protection et de conservation de la moule perlière

Mondial Européen National

Statut (UICN) En danger (EN) En danger critique (CR) /

Outils de

protection

Convention de Berne

(1979) : listée en annexe III, espèces faunistiques protégées

Directive Habitat-Faune-Flore (1992) :

Annexe II : listes des espèces à intérêt communautaires

Annexe IV : espèces nécessitant une

protection stricte

Annexe V : espèces auxquelles les

prélèvements ne doivent pas nuire

Arrêté du 23 avril 2007 :

Listes des espèces de

mollusques protégées Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 16

III. Matériels et méthodes

Les fiches de terrains et le détail du matériel utilisés figurent en annexe V et VI.

1. Etude de la répartition de la moule perlière sur le Barbenan

le choix est fait de se concentrer sur les 24 kilomètres aval. En effet, les moules perlières ne

(Samuel ESNOUF, comm. pers.)

20 mètres tous les 330 mètres. Le point de départ est situé au niveau de la confluence du

Barbenan avec la Besbre. La méthode choisie permet de prospecter environ 6% du Barbenan.

géographique (SIG) : QGIS. Les points de départ sont localisés et utilisés lors de la phase de

terrain. (Annexe VII) Les prospections ont été pratiquées dans des conditions optimales (ciel dégagé, cours largeur. Chacune des personnes prospecte une moitié en zigzagant faible profondeur. (Mannfield, 2015, Figure 6)

Figure 6 : Schéma de la méthode d'observation des prospections. (Modifié d'après VRIGNAUD,2016)

AVAL AMONT

Observateur 1

Observateur 2

Séparation factice du cours d'eau au centre de sa largeur Buissons débordant sur le cours d'eau

Fosse

Figure 5 : Bathyscope

(http://seamarknunn.com) Etude de la moule perlière sur le Barbenan Anaëlle CELLIER FDPPMA03 17

Lorsque la présence de moule est relevée, les individus sont alors dénombrés et localisés

estimées de visu et suivant la partie émergée du substrat suivant 3 catégories : de 0 à 3 cm

pers.)

2. Caractérisation des habitats et des menaces potentielles

a. Relevés physiques et du biofilm la granulométrie. Ce paramètre est basé sur le protocole de Malavoi-Souchon (2002) (annexe

nécessaire pour une étude sur la moule perlière. En effet, pour une catégorie différente et

proche dans le protocole standardisé, le substrat a le même impact (VRIGNAUD, comm. pers.).

Afin de simplifier, le choix a été fait de regrouper certaines catégories pour en faire cinq :

limon, sable, gravier, bloc, dalle. (Tableau 3) Pour chaque tronçon, le pourcentage dequotesdbs_dbs35.pdfusesText_40
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