[PDF] SYLLABUS MASTER Mention Biodiversité écologie et évolution M1

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P

ERIODE D'ACCREDITATION : 2022 / 2026

UNIVERSIT

E PAUL SABATIERSYLLABUS MASTER

Mention Biodiversite, ecologie et evolution

M1 SANTE, ECOLOGIE ET EVOLUTION

HUMAINEShttp://www.fsi.univ-tlse3.fr/

https://www.master-ecologie.ups-tlse.fr

2023 / 2024

2 OCTOBRE 2023

SOMMAIRE

SCH EMA ARTICULATION LICENCE MASTER. . . . . . . . . . . 3 PR ESENTATION. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 PR ESENTATION DE LA MENTION. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4

Mention Biodiversite, ecologie et evolution

4

Competences de la mention

4 PR ESENTATION DE L'ANNEE DE M1 SANTE, ECOLOGIE ET EVOLUTION

HUMAINES

4

RUBRIQUE CONTACTS

5

CONTACTS PARCOURS

5

CONTACTS MENTION

5

CONTACTS D

EPARTEMENT : FSI.BioGeo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

Tableau Synthetique des UE de la formation

7

LISTE DES UE

9

GLOSSAIRE

47

TERMES G

ENERAUX. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47

TERMES ASSOCI

ES AUX DIPLOMES. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47

TERMES ASSOCI

ES AUX ENSEIGNEMENTS. . . . . . . . . . . . . . . . . . 48 2 SCH EMA ARTICULATION LICENCE MASTER0 ECTS *180 ECTS120 ECTS parcour sup

Chimie

Toutes les mentions de licence permettent la poursuite vers des parcours du Master MEEF qui sont portés par l'Institut National Supérieur du Professora t et de l'Éducation (INSPE) de l'Université Toulouse II - Jean-Jaurès. national de master.

Accès non sélectif avec capacité d'accueil Accès sélectif (concours ou dossier)* European Credits Transfer System

Électronique, énergie électrique, automatique (EEA) 3 PR

ESENTATIONPR

ESENTATION DE LA MENTION

MENTION BIODIVERSIT

E,ECOLOGIE ETEVOLUTION

La mention BEE a pour objectif de former des professionnels de la recherche en ecologie, de la gestion de la

biodiversite, et de l'amenagement du territoire pour : Comp rendreet savoir g ererle fonctionnement des syst emesnaturels et anthropis es,

Ab orderd'un p ointde vue evolutifou fonctionnel les gra ndesquestions et enjeux li es ala biosph ereet

aux interactions homme-biosphere, tels que les changements globaux, l'erosion de la biodiversite et les

perturbations anthropiques, Envisager les p rocessusde l'in dividuaux ecosystemes.

en s'appuyant sur l'analyse de donnees, l'ecologie comportementale, la teledetection ou la biologie de la conser-

vation.

Ces professionnels sont de futurs chercheurs, enseignants-chercheurs, ingenieurs en ecologie fonctionnelle, ecologie

evolutive et biologie de l'evolution, charges d'etudes ou de missions, chefs de projets, conseillers en environnement,

animateurs de bassin, agents territoriaux, gestionnaires de sites proteges, ingenieurs en qualite de l'environnement

eau, air ou sol, etc. COMP

ETENCES DE LA MENTION

L'Ecologie est souvent source d'une forte motivation personnelle chez les etudiant.e.s. L'objectif de l'equipe ensei-

gnante est d'aider a ce que cet enthousiasme se traduise par l'acquisition de connaissances et competences solides,

que les dipl^ome.e.s pourront mettre au service de leurs projets et objectifs.Mobiliser une culture generale so-

lide sur des cas de reference en ecologie Collecter ou produire des donnees, bibliographiques ou de terrain Concevoir et mettre en uvre une etude en ecologie (recherche, etude d'impact...) Repondre a une question de recherche ou de gestion en ecologie Concevoir et conduire un projet, seul ou en equipe Synthetiser l'etat de l'art dans un domaine de la specialite Identier et appliquer des outils mathematiques et/ou informatiques aux objets ecologiques Restituer les resultats d'une etude person-

nelle ou celle d'un tiers Organiser le socle de connaissances necessaires pour denir des hypotheses de

travail dans un cadre theorique ou pratique adapte Comprendre et s'exprimer dans au moins une langue etrangere Competences du C2i Metiers de l'Environnement et de l'Amenagement DurablesDetails : https ://www.master-ecologie.ups-tlse.fr PR ESENTATION DE L'ANNEE DE M1 SANTE, ECOLOGIE ET EVOLUTION HU-MAINES 4

RUBRIQUE CONTACTS

CONTACTS PARCOURS

RESPONSABLE M1 SANTE, ECOLOGIE ET EVOLUTION HUMAINES

ANDALO Christophe

Email :

christophe.anda lo@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 55 67 59

BUISSON Laetitia

Email :

laetitia.bu isson@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 55 89 12

LOOT Geraldine

Email :

geraldine.lo ot@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 55 64 74

PELOZUELO Laurent

Email :

laurent.p elozuelo@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 55 67 25

PONSARD Sergine

Email :

sergine.p onsard@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 55 61 97

BRAGA Jose

Email :

jose.b raga@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 55 80 81

RIBERON Alexandre

Email :

alexandr e.riberon@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 55 67 43

SECR

ETAIRE PEDAGOGIQUE

LEPAGE Stella

Email :

stella.lepage@univ-tlse3.fr

CONTACTS MENTION

RESPONSABLE DE MENTION BIODIVERSIT

E,ECOLOGIE ETEVOLUTION

ANDALO Christophe

Email :

christophe.anda lo@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 55 67 59

BUISSON Laetitia

Email :

laetitia.bu isson@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 55 89 12

DEVAUD Jean-Marc

Email :

jean-ma rc.devaud@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 55 67 62

FICHANT Gwennaele

Email :

gw ennaele.chant@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 33 58 26

LOOT Geraldine

Email :

geraldine.lo ot@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 55 64 74

PELOZUELO Laurent

Email :

laurent.p elozuelo@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 55 67 25

PONSARD Sergine

Email :

sergine.p onsard@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 55 61 97

CONTACTS D

EPARTEMENT: FSI.BIOGEO

DIRECTEUR DU D

EPARTEMENT

5

LUTZ Christel

Email :

fsi-dptBG-di r@univ-tlse3.fr

T elephone: 05 61 55 66 31

SECRETARIAT DU D

EPARTEMENT

BLANCHET-ROSSEL Anne-Sophie

Email :

anne-sophie.bla nchet-rossel@univ-tlse3.fr 6

TABLEAU SYNTH

ETIQUE DES UE DE LA FORMATIONpageCode Intitule UEsemestre

ECTSObligatoire

FacultatifCoursTDe-TPTPTP DEProjetStageTerrain

Premier semestre

10KBEE7AAU ANALYSE DE DONNEES ET MODELISATION EN ECOLO-

GIEI6O1638

11KBEE7ABU ECOLOGIE FONCTIONNELLEI6O32146

12KBEE7ACU ECOLOGIE EVOLUTIVEI6O221814

Choisir 1 UE parmi les 4 UE suivantes :

13KBEE7ADUPRATIQUE POUR L'ECOLOGIE FONCTIONNELLEI3O24464

14KBEE7AEUSERVICES ECOSYSTEMIQUES (BSE)I3O12461

15KBEE7AFUINITIATION A LA PROGRAMMATION ET OUTILS MATHE-

MATIQUES (Prog Outils Maths)I3O10612

16KBEE7AGUSCIENCES, ENVIRONNEMENT ET SOCIETESI3O20

17KBEE7AHU ANGLAIS SCIENTIFIQUEI3O24

Choisir 1 UE parmi les 3 UE suivantes :

18KBEE7AIUCOMMUNAUTES TERRESTRES (Commun. Terrestres)I6O181594

20KBEE7AJUECOLOGIE AQUATIQUEI6O3688

21KBEE7AKUEVOLUTION ET PHYLOGENIE (evophylo)I6O202218

Second semestre

Choisir 12 ECTS parmi les 4 UE suivantes :

22KBEE8AAUSTAGE PROFESSIONNALISANTII12O6202

23KBEE8ABUPROJET DE RECHERCHE EN ECOLOGIE ET SCIENCES DE

L'EVOLUTION (Initiation Recherche)II12O6202

24KBEE8ACUMETHODOLOGIEII6O2141255

25KBEE8ADUPROJET TUTORE (Ptut)II6O100

Choisir 18 ECTS parmi les 18 UE suivantes :

AN:enseignenents annuels,I: premier semestre,II: second semestre 7 pageCode Intitule UEsemestre

ECTSObligatoire

FacultatifCoursTDe-TPTPTP DEProjetStageTerrain

26KBEE8BAUSIG 1II3O618

27KBEE8BBUBIOLOGIE DE LA CONSERVATION 1II3O1266

28KBEE8BCUANTHROPOBIOLOGIE ET ECOLOGIE HUMAINEII6O20208

29KBEE8BDUECOLOGIE MICROBIENNE ET APPLICATIONS ENVIRON-

NEMENTALESII6O221214

30KBEE8BEUORIGINE ET HISTOIRE DE LA BIODIVERSITEII6O181614

31KBEE8BFUBIODIVERSITE DYNAMIQUE ECOSYSTEMES TROPICAUXII6O1812102,6666666666667

KBEE8BGUDEVELOPPEMENT DURABLE TRANSITION TRANSFOR-

MATION ECOLOGIQUE (DDTTE)II3O

34KBEX8BG1 Developpement Durable, Transition et Transformation Eco-

logique12

32KBEE8BG2 Developpement Durable, Transition et Transformation Eco-

logiquetp12

33KBEE8BGK e-Developpement Durable, Transition et Transformation

Ecolog4

35KBEE8BHUSIG 2II3O618

36KBEE8BIUBIOLOGIE DE LA CONSERVATION 2II3O1212

37KBEE8BJUECOSYSTEMES TERRESTRES ET CHANGEMENT CLIMA-

TIQUE (ecoterchgtclim)II6O206164

38KBEE8BKUECOTOXICOLOGIE & EVALUATION DU RISQUEII6O241212

39KBEE8BLUECOLOGIE AQUATIQUE DE TERRAIN (ecoaquater)II6O12

41KBEE8BMUAPPROCHE PRATIQUE ECOLOGIE EVOLUTIONII6O4214

42KBEE8BNUCOMMUNAUTES VEGETALES DU SUD DE L'EUROPE

(ComSudEur)II6O164412

43KBEE8BOUEXPERTISE NATURALISTEII6O81610

44KBEE8BPUGENOMIQUE ENVIRONNEMENTALEII6O20820

45KBEE8BQUBIOSTATISTIQUES : UTILISATION DU MODELE NON LI-

NEAIREII3O424

46KBEE8BRUANALYSE DES DONN

EES MULTIVARIEESII3O816

AN:enseignenents annuels,I: premier semestre,II: second semestre 8

LISTE DES UE

9

UEANALYSE DE DONNEES ET MODELISATION

EN ECOLOGIE6ECTS1

ersemestreKBEE7AAUCours : 16h , TP : 38hEnseignement en francaisTravail personnel

96 h[ Retour liste de UE ]

ENSEIGNANT(E) RESPONSABLE

BUISSON Laetitia

Email :

laetitia.bu isson@univ-tlse3.fr

OBJECTIFS D'APPRENTISSAGE

Ma^triser les methodes d'analyse statistique de donnees les plus communement utilisees pour l'analyse et la

comprehension des phenomenes biologiques et ecologiques.

Faire le lien entre le questionnement biologique et les methodes d'analyse a mettre en uvre an de ma^triser

l'ensemble de la demarche scientique, depuis la formulation des hypotheses biologiques jusqu'a l'interpretation

des resultats, en passant bien evidemment par l'analyse concrete des donnees.

Acquerir une autonomie susante dans les analyses de donnees an de repondre a des problematiques ecologiques

simples mais variees. Se familiariser avec le logiciel R pour le traitement et l'exploration de donnees biologiques.

DESCRIPTION SYNTH

ETIQUE DES ENSEIGNEMENTS

Les concepts et methodes d'analyse abordes concerneront les lois de probabilite, les tests d'hypotheses (pa-

rametriques et non parametriques), le modele lineaire (plans experimentaux, analyse de variance, regression

simple et multiple), le modele lineaire generalise et une introduction aux analyses exploratoires multidimension-

nelles (methodes de classication et methodes factorielles).

Les aspects theoriques indispensables a la comprehension et a la bonne utilisation de ces methodes seront traites

au cours des CM. Les TP, qui auront lieu en salle informatique, permettront aux etudiants de mettre en pratique

ces methodes an de repondre a des questions biologiques concretes. Pour cela, ils seront familiarises au logiciel

R.

Enn, un projet realise en bin^ome permettra aux etudiants d'^etre confrontes a un probleme biologique concret.

Ils devront ainsi identier les methodes d'analyse adaptees a la question biologique de leur choix et acquerir les

bons re exesface aux dicultes de l'analyse de donnees en situation reelle. PR

E-REQUIS

Enseignement anterieur sur statistiques descriptives + tests d'hypotheses Connaissances basiques du logiciel R : remise a niveau exigee avant la rentree SP

ECIFICITES

Enseignement en salle informatique a l'UPS

R

EFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

Bertrand F. & Maumy-Bertrand M. 2014. Initiation a la statistique avec R. Cours et exercices corriges. Dunod.

Scherrer B. 2008. Biostatistique volume 1. Editeur Gaetan Morin.

Crawley M.J. 2012. The R Book. Wiley.

MOTS-CL

ES Analyses univariees et bivariees, modelisation, tests d'hypotheses, programmation, logiciel R 10

UEECOLOGIE FONCTIONNELLE6ECTS1

ersemestreKBEE7ABUCours : 32h , TD : 14h , TP : 6hEnseignement en francaisTravail personnel

98 h[ Retour liste de UE ]

ENSEIGNANT(E) RESPONSABLE

LECERF Antoine

Email :

antoine.lecerf@un iv-tlse3.fr

OBJECTIFS D'APPRENTISSAGE

Renfo rceret consolider le bagage de connaissances en ecologiefondamentale D ecriree tcomp rendrela structure et le fonctionnement de syst emes ecologiquescomplexes Comp rendreles m ecanismeset p rocessusagissant sur la stabilit ed es ecosystemes Conna ^treet quantier le r^ olefonctionn elde la bio diversite Analyser des donn ees ecologiquesp ourquantier le fonctionnement des ecosystemes

Mobiliser les connaissances en ecologiescientique p ouranalyser les relations entre l'Homme et la Nature,

ainsi que les grands enjeux environnementaux Mettre en uvre une d emarchescientique dans le cadre d'une etudeen ecologie Pr esenterdes r esultatsscientiques de mani ereclaire et synth etique

DESCRIPTION SYNTH

ETIQUE DES ENSEIGNEMENTS

Dans cette UE, l'ecologie fonctionnelle est presentee comme une discipline scientique integrative profondement

enracinee dans les sciences naturelles et dont les bases theoriques derivent de principes generaux issus de la biologie,

de la physique et de la chimie. Les cours magistraux apportent les connaissances fondamentales indispensables a

la comprehension des dynamiques ecologiques. L'accent est mis sur le vivant et la biodiversite en tant que facteurs

de contr^ole du fonctionnement des ecosystemes et de maintien de leur stabilite. Les travaux diriges s'appuient

sur des exemples d'applications concretes des connaissances en ecologie dans les domaines de la surveillance et

l'exploitation des ecosystemes. Des travaux pratiques orent l'opportunite aux etudiants de se familiariser avec

la demarche experimentale et de mettre en application des outils pour l'etude quantitative des milieux naturels

et anthropises. PR

E-REQUIS

Savoir denir les principaux objets d'etude en ecologie : la biosphere, le biome, l'ecosysteme, la communaute et

la population R

EFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

Chapin F.S.et al. (2011) Principles of Terrestrial Ecosystem Ecology, Springer Weathers K.C. et al. (2013) Fundamentals of Ecosystem Science. Academic Press

MOTS-CL

ES

biodiversite, cycles biogeochimiques, ecosysteme, ingenierie ecologique, services ecologiques, traits fonctionnels

11

UEECOLOGIE EVOLUTIVE6ECTS1

ersemestreKBEE7ACUCours : 22h , TD : 18h , TP : 14hEnseignement en francaisTravail personnel

96 h[ Retour liste de UE ]

ENSEIGNANT(E) RESPONSABLE

AGUILEE Robin

Email :

robin. aguilee@univ-tlse3.fr

LECOMPTE Emilie

Email :

emilie.lecompte@univ-tlse3.fr

PONSARD Sergine

Email :

sergine.p onsard@univ-tlse3.fr

OBJECTIFS D'APPRENTISSAGE

- Caracteriser les variations (d'eectifs, de genotypes, de phenotypes et d'histoires de vie) dans les populations

naturelles, - Comprendre les mecanismes qui generent, maintiennent et modient ces variations, - Ma^triser les outils de description et d'analyse de ces variations.

DESCRIPTION SYNTH

ETIQUE DES ENSEIGNEMENTS

Selection naturelle (concepts et exemples)

Dynamique des populations (populations isolees, en interaction, structurees, metapopulations)

Genetique des populations (forces evolutives, structuration, regimes de reproduction, desequilibre de liaison,

coalescence)

Dynamique adaptative (introduction)

Genetique quantitative (heritabilite, equation du selectionneur) Evolution des histoires de vie (application a l'evolution de la senessence)

Allocation au sexe de la descendance

Evolution experimentale (experiences de terrain et en laboratoire, selection articielle)

Diversite intraspecique

La manipulation pratique des concepts et des outils se fera dans le cadre de seances de TD/TP et d'un

projet transversal qui vise a combiner l'ensemble des themes presentes au cours de l'UE dans le but de repondre a une problematique d'ecologie evolutive. PR

E-REQUIS

Concepts de base enecologie, biologieevolutive, genetique des populations, dynamique des populations, statistique

inferentielle. Mathematiques niveau L1. R

EFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

- Biologie evolutive, Thomas, Lefevre et Raymond, ed de Boeck Superieur, 2nde edition, 2016 - Ricklefs, R. E., et Miller, G. L. 2005.Ecologie. Ed De Boeck

MOTS-CL

ES

Selection, dynamique des populations et adaptative, genetique des populations et quantitative, modeles, histoires

de vie, allocation au sexe, diversite 12

UEPRATIQUE POUR L'ECOLOGIE FONCTION-

NELLE3ECTS1

ersemestreKBEE7ADUCours : 2h , TD : 4h , TP : 4h , Terrain : 4 demi-journees , TP DE : 6hEnseignement

en francaisTravail personnel

47 h[ Retour liste de UE ]

ENSEIGNANT(E) RESPONSABLE

BUFFAN-DUBAU Evelyne

Email :

evelyne.buan-dubau @univ-tlse3.fr

OBJECTIFS D'APPRENTISSAGE

Illustrer l'ecologie fonctionnelle par des exemples issus de recherche fondamentale et/ou d'actions de gestion

des ecosystemes. La gestion durable d'ecosysteme s'appuie sur la connaissance du fonctionnement naturel et

les facteurs d'in uence. La conservation de ce fonctionnement et des beneces associes, passe par le maintien

ou le renforcement des interactions entre sa structure (diversite des habitats et des populations) et les

ux de

matieres et d'energie entre les compartiments fonctionnels (sous-systemes, niveaux trophiques... ). Des exemples

de dynamique d'ecosystemes dans le temps et dans l'espace seront presentes. Le module met en pratique, sur le

terrain et en salle des cas d'etude comprenant des analyses et syntheses a realiser.

DESCRIPTION SYNTH

ETIQUE DES ENSEIGNEMENTS

L'articulation entre les conditions climatologiques, la structure du paysage, le developpement des sols, de la

vegetation et de la faune est illustree le long d'un transect reliant les biotopes de la plaine toulousaine jusqu'aux

etages d'altitude des Pyrenees. Cet exemple illustre les facteurs naturels et l'in uence des diverses activites

anthropiques sur le fonctionnement de ces milieux, y compris les milieux aquatiques d'eau douce. Un TD de

cartographie sert a la synthese des observations faites sur le terrain. Pour les milieux aquatiques, une analyse

quantitative du cycle de la matiere est illustree par des manipulations en salle et/ou par des TD. Les etudiants

apprennent a compiler l'ensemble de resultats obtenus sur dierents niveaux trophiques en termes de stocks

(composition de la matiere, biomasses) et de ux (production primaire, broutage par le zooplancton, predation

par les macro-invertebres) an de realiser le cycle complet d'un element (ex. le carbone) dans le fonctionnement

du systeme. PR

E-REQUIS

Connaissances de base en ecologie au niveau Licence. R

EFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

Le r^ole de la diversite dans le fonctionnement des ecosystemes.

Gravel et al. 2010. Ciencia & Ambiente 39

MOTS-CL

ES Compartiments fonctionnels, cycle de fonctionnement, quantication ecosysteme, paysage. 13

UESERVICES ECOSYSTEMIQUES (BSE)3ECTS1

ersemestreKBEE7AEUCours : 12h , TD : 4h , TP : 6h , Terrain : 1 demi-journeeEnseignement en francaisTravail personnel

50 h[ Retour liste de UE ]

ENSEIGNANT(E) RESPONSABLE

BURRUS Monique

Email :

monique.bur rus@univ-tlse3.fr

ESCARAVAGE Nathalie

Email :

natha lie.escaravage@univ-tlse3.fr

OBJECTIFS D'APPRENTISSAGE

Acquerir les connaissances scientiques et techniques necessaires pour comprendre les des des evaluations des

services ecosystemiques (SE) en vue de leur integration dans les politiques publiques et leur planication.

A l'issue de l'enseignement, l'etudiant apprehendera les grands concepts et les methodologies associees qui sous-

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