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analyse-R

Introduction

gKx @M@KXRDCxDMPTlSDR@

UDB2DS23STCHNDernière mise à jourEUQHDQDOIDOI10.5281/zenodo.639833310.5281/zenodo.6398333Contributeurs

P ar ordre alphabétique

JulienBarnier

XDTK+@TEEL@MM#GQHRSNOGD,@K@MMD*NRDOG,@QL@Q@MFD.HBNK@R2NADSSDCréation et Maintenance

Joseph Larmar

ange - GSSO

INRDOGK@QL@Q@MFDMDS

GUIDE -RP

5B5@MG9898CBBX9G8^9BEIYH95J97):GSSOR

K@QL@Q@MFDFHSGTAHNFTHCD

2analyse-Rb"DJH

Présentation

L 'objectif premierd' analyse-Rest deprésenter commentréaliser desanalyses statistiqueset div ersesNOkQ @SHNMR BNTQ@MSDR BNLLD K@L@MHOTK@SHNM CDCNMMkDR NTK@ OQNCTBSHNMCD FQ@OGHPTDR @UDBR. Il MD Rx @FHS O@RCxTM BNTQRCD RS@SHRSHPTDR KDRCHEEkQDMSR BG@OHSQDROQkRTOONRDMS CNMBPTD U NTR @UDY CkIgTMD BNMM@HRR@MBDCDR CHEEkQDMSDRSDBGMHPTDR OQkRDMSkDR3H U NTR RNTG@HSDYCDR OQkBHRHNMRSGkNQHPTDR LkSGNCNKNFHPTDR gOQNONR CxTMBDQS@HM SXODCx @M@KXRDR MNTRU NTR BNMRDHKKNMRCxTSHKHRDQ UNSQD LNSDTQCD QDBGDQBGD OQkEkQk%M DEEDSNM SQNTU D RTQHMSDQMDS CDSQjR MNLAQDTWRTOONQSR CDBNTQR R@MRBNLOSDQ KDRMNLAQDTWNTUQ -u T able des matièresSi v ous débutez avecRetRStudio, nous v ous conseillons de parcourir en premier lieu les chapitresRTHU@MSR -@MHOTKDQ0QHRDDML@HM !M@KXRDQ3S@SHRSHPTDRHMSQNCTBSHU

DR-@MHOTKDQ-@MHOTK@SHNMRCDCNMMkDR

!M@KXRDQ3S@SHRSHPTDRHMSDQLkCH@QDR

OTHRCDBNLOKkSDQU

Prise en main

Présentation et Philosophie

)MRS@KK@SHNMCDRetRStudio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0QDLHDQBNMS@BS

0QDLHDQSQ

@U@HK@UDBCDRCNMMkDR %WSDMRHNMRHMRS@KK@SHNMLHRDgINTQ )MSQNCTBSHNM@Ttidyv

erse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

6

DBSDTQRHMCDW@SHNMDS@RRHFM@SHNM

,HRSDRDS4 @AKD@TWCDCNMMkDR &@BSDTQRDSU

DBSDTQRK@ADKKHRkR

/QF@MHRDQRDR~BGHDQR )LONQSCDCNMMkDR /qSQNTU

DQCDKx@HCD

Manipulation de données

Visualiser ses données

2DBNC@FDCDU@QH@AKDR

-@MHOTKDQKDRCNMMkDR@

UDBdplyr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

-@MHOTK@SHNMR@

U@MBkDR@UDBdata.table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

4

QHRanalyse-R

-u

AnalyserSous-ensembles

TRHNMCDS@AKDR

'DRSHNMCDRC@SDR

NMBSHNMRgEDMlSQD

-@MHOTKDQCTSD

WSD@UDBstringr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

2kNQF@MHRDQRDRCNMMkDR@

UDBtidyr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Exporter

Export de données

%WONQSCDFQ @OGHPTDR

Statistiques introductiv

esStatistique univariée

3S@SHRSHPTDAHU@QHkD

)MSQNCTBSHNMgggplot2, la gr ammaire des graphiques 'Q

@OGHPTDRTMHU@QHkRDSAHU@QHkR@UDBggplot2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

$NMMkDRONMCkQkDR

Statistiques intermédiaires

Intervalles de conifiance

#NLO@Q @HRNMRLNXDMMDRDSOQNONQSHNMR $k~MHQTMOK@MCx kBG@MSHKKNMM@FDBNLOKDWD@UDBsurv ey . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

2kFQDRRHNMKHMk@HQD

!M@KXRDCDRBNQQDRONMC@MBDRLTKSHOKDR! #K@RRH~B@SHNM@RBDMC@MSDGHkQ @QBGHPTD#!(

Statistiques a

vancéesT

ableaux statistiques avancés avecgtsummary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

%EEDSRCxHMSDQ @BSHNMC@MRTMLNCjKDanalyse-Rb"DJH ApprofondirMulticolinéarité dans la régression

1TDKSXODCDLNCjKDRBGNHRHQ

!M@KXRDCDRTQUHD !M@KXRDCDRkPTDMBDR 4

Q@IDBSNHQDRCDRNHMRTMD

WDLOKDCDCNMMkDRKNMFHSTCHM@KDR

!M@KXRDCDQkRD@TW !M@KXRDRO@SH@KD !M@KXRDSD

WSTDKKD

Gr aphiques;;D@CH et la gr ammaire des graphiques

eSDMCQDggplot2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

#NLAHMDQOKTRHDTQRFQ @OGHPTDR %W

DLOKDRCDFQ@OGHPTDR@U@MBkR

'Q @OGHPTDRHMSDQ@BSHER lattice: gr aphiques et formules #@QSDR !TSQDRD

WSDMRHNMRFQ@OGHPTDR

Progr ammationConditions et compar aisons

NQLTKDR

3SQTBSTQDRBNMCHSHNMMDKKDR

6

DBSNQHR@SHNMCNMSpurrr)

%WOQDRRHNMRQkFTKHjQDR

R Mark

down: les r apports automatisés Div ersMettre en forme des nombres a

vecscales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

#NTKDTQRDS0 @KDSSDRanalyse-R -u Inde xLicence L e contenude cesite estdiffusé souslicence Cr eative CommonsA ttribution -P as d'utilisationcommer ciale -)

7HJ7=;:7DIB;IC]C;I9ED:?J?EDI(GSSOR

BQD@SHUDBNLLNMRNQFKHBDMRDRAX

MB R@EQ ##A X MB

R@#DK@ RHFMH~DCNMB PTDU

NTR lSDRKHAQD CDQDBNOHDQ LNCH~DQ QDCHRSQHATDQ KDRBNMSDMTR Cxanalyse-R, à

BNMCHSHNM PTDU

NTR BHSHDYK@ RNTQBDDS PTDU NR LNCH~B@SHNMRRNHDMS DKKD LlLDRCHRSQHATkDR RNTRK@ LlLDKHBDMBD@TSNQHR@MS@HMRHCx analyse-Rest dé veloppé avecRStudioet le code source est librement disponible surGitHub: GSSOR

FHSGTABNLK@QL@Q@MFD@M@KXRD

2 #D OQNIDSRD U

DTS BNKK@ANQ@SHE .xGkRHSDYCNMB O@Rg OQNONRDQCDR BNQQDBSHNMRNT @INTSRU NHQD LlLDg QkCHFDQCDRBG@OHSQDR@CCHSHNMMDKR!MMNS@SHNMRL@SGkL@SHPTDR

#@KBTKDQTMhFD $H@FQ @LLDCD,DWHR )MCD

WCDRBNMBDOSR

)MCD

WCDRENMBSHNMR

)MCD

WCDRDWSDMRHNMRanalyse-Rb"DJH

Présentation et Philosophie

Présentation de R

0GHKNRNOGHDCD2

0QkRDMS@SHNMCD23STCHN

WEBIN -RCe chapitre est é voqué dans le webin-R #01 (premier contact avec R & RStudio) sur9

NT4TAD

Présentation de R

Rest unlangage orientév

ers letr aitement dedonnées etl' analyse statistiquedériv é dulangage S. Ilest Ck

KHAQD1, publié sous licence GNU GPL

xTSHKHR@SHNMCDRprésente plusieurs a vantages {Bx DRS TMKNFHBHDK LTKSHOK@SDENQLDPTH ENMBSHNMMD@TRRH AHDMRTQ CDRRXSjLDR Linux,Mac OSX ou

Windows;

{Bx {Bx

DRSTMKNFHBHDKFQ@STHS

{Bx

DRS TMKNFHBHDK SQjROTHRR@MS CNMSKDR ENMBSHNMM@KHSkRCD A@RDODTU DMS lSQDkSDMCTDR gKx @HCD CDOKTRHDTQRLHKKHDQRCx

DWSDMRHNMR

{Bx DRS TMKNFHBHDK CNMSKD CkUDKNOODLDMS DRSSQjR @BSHEDS CNMSK@ BNLLTM@TSkCxTSHKHR@SDTQR MDBDRRDCDRx kK@QFHQ {KDR ONRRHAHKHSkRCD L@MHOTK@SHNMCD CNMMkDRRNTR Rsont engénér al largementsupérieures àBDKKDRCDR@TSQDRKNFHBHDKRTRTDKRCx @M@KXRDRS@SHRSHPTD {Bx

UDBRmark

down2, ilest de venu trèsaisé deproduire desr apports automatisésdans divers1.0

VVVFMTNQFOGHKNRNOGXEQDD

RVEQGSLK

uu format (W ord,PDF,HTML, ...) {Rest deplus utilisédans tousles secteursscientiifiques, ycompris dansle domainedes analyses Cx {KD KNFHBHDKK@ CNBTLDMS@SHNMCD QkEkQDMBDDS KDROQHMBHO@KDR QDRRNTQBDRRNMS DM@MFK@HR )KDRS SNTSDENHRO@QE@HSDLDMSONRRHAKDCxTSHKHRDQRsans spécialement maîtriser cette langue {HK M xDWHRSD O@RDMBNQD CxHMSDQE@BDFQ @OGHPTD ONTQRéquivalente àcelle d' autres logicielscomme SPSSouModalisa.Rfonctionne àl' aide deRBQHOSR CDR ODSHSROQNFQ @LLDR kCHSkRDS DWkBTSkR@T ETQDS gLDRTQD CDKx @M@KXRD DSRD Q@OOQNBGDQ@HS C@U@MS@FD CDSASdans sonutilisation (mais UDB TMDRXMS@W D DSTMD OGHKNRNOGHDSQjR CHEEkQDMSDR#D ONHMSPTH ODTS@OO@Q @nSQD BNLLDTM FQNR G@MCHB@ORx @UjQD @OQjRTM SDLORCx @OOQDMSHRR@FD lSQDTM LNCDCxTSHKHR@SHNM CxTMDFQ @MCDRNTOKDRRD {BNLLDRs' apparente davantage àun langagede programmation qu'à unlogiciel proprementCHS K@BNTQAD Cx @OOQDMSHRR@FD ODTSlSQD TMODT ^Q @HCDa MNS@LLDMSONTQ BDTWM x@X@MS I@L@HROQNFQ @LLk@TO@Q@U@MS)K DRSg MNSDQPTD KDCk UDKNOODLDMS @TSNTQCD Ra étéparticulièrement actifces dernièresannées. On SQNTU DQ@ CjRKNQR @TINTQCxGTHCD MNLAQDTRDRD WSDMRHNMR ODQLDSS@MSCD RD^ E@BHKHSDQ K@UHD a @TPTNSHCHDM

BDPTHM

xkS@HSO@RUQ@HLDMSDMBNQDKDB@RHKX@@MRPhilosophie de R Quelques pointsparticuliers dansle fonctionnementde Rpeuv ent parfoisdérouter lesutilisateurs G@AHSTkRgCx @TSQDRKNFHBHDKR {3NTRR, engénér al, onne voit pasdirectement lesdonnées surlesquelles ontr availle NMMD CHRONRD O@RDM ODQL@MDMBDCxTMD UTDCDR CNMMkDRRNTR ENQLDCD S@AKD@T3, commesous Modalisa ouSPSS . Cecipeut êtredéroutant audébut, maison serend vitecompte qu' on n'a pasADRNHMCDU

@UDBK@OKTO@QSCDRKNFHBHDKRNMQkkBGHQ@@UDBTM~BGHDQCDCNMMkDRNTUDQSgK@ENHRRNTRRchaque ifichierde donnéescorrespondr

a àun objetdifférent chargéen mémoire,permettant CD L@MHOTKDQSQjR E@BHKDLDMSOKTRHDTQR NAIDSRg K@ENHR O@QD

WDLOKD C@MRKD B@CQDCD ETRHNMCD S@AKDR4).

UDB KDR@TSQDR KNFHBHDKRDM FkMkQ@K K@OQNCTBSHNM CxTMD@M@KXRD FkMjQDTM FQ@MC MNLAQDCD QkRTKS@SR CDSNTSDR RNQSDRC@MR KDRPTDKRKxTSHKHR@SDTQ DRSBDMRk QDSQNTU

DQ DSHRNKDQ BDTWPTH KxHMSkQDRRDMS !

UDBR, c'

est l'inverse O@QCkE@TS Kx @E~BG@FD DRSQkCTHS @TLHMHLTL DSBx DRSKxTSHKHR@SDTQPTHCDL@MCDgU

NHQGSSO

QL@QJCNVMQRSTCHNBNL

/MU DQQ@PTxHKDRSONRRHAKD@UDBRStudiode disposer d'une telle vue. 6 •3NTRR, lesrésultats desanalyses sonteux aussistock és dansdes objetset sontdès lorsL@MHOTK@AKDR )MG@AHSTDK @TCkATS BDENMBSHNMMDLDMS ODQLDSDM E@HS@RRDY Q @OHCDLDMS CDF@FMDQ CTSDLOR C@MRK@ BNMCTHSDCDR@M@KXRDR

Présentation de RStudio

L 'interface de base deRest assez rudimentaire (v oir ifigure ci-après). )MSDQE@BDCD2RNTR7HMCNVR Figur e 1."DJ;H<79;:;+IEKI0?D:EMI

RStudioest unDM

UHQNMMDLDMS CDCk UDKNOODLDMSHMSkFQk KHAQDFQ

@STHS DSPTH ENMBSHNMMDRNTR Windows, Mac OSX etLinux. Ilcomplète Ret fournitun kCHSDTQ CDRBQHOS @

UDBBNKNQ

@SHNM RXMS@WHPTD CDR

ENMBSHNMM@KHSkR OQ

@SHPTDR CxkCHSHNM DSCx DWkBTSHNM CTBNCD BNLLD Kx@TSNBNLOKkSHNM TM@E~BG@FD

RHLTKS@Mk CTBNCD CDK@ BNMRNKDR, desifichiers, gr

aphiques etpages d'aide, unegestion dese xtensions,TMD HMSkFQ @SHNM @UDB CDRRXRSjLDR CDBNMSQpKD CDU DQRHNMR BNLLDgit, etc.Il intègrede basediv ers outilsBNLLD O@QD

WDLOKD K@OQNCTBSHNM CDQ @OONQSR @TENQL@S Rmark

down. Ilest endé veloppement actifet CD MNTU

DKKDR ENMBSHNMM@KHSkRRNMS @INTSkDRQkFTKHjQDLDMS 3NMOQHMBHO@K CkE@TSDRS Cx@UNHQ TMDHMSDQE@BD TMHPTDLDMS@MFKNOGNMDPr

ésentation et Philosophie-u

Interface de RStudio sous Windows

Figur e 2."DJ;H<79;:;+,JK:?EIEKI0?D:EMI P our uneprésentation plusgénér ale deRStudioon pourr a seréférer ausite duprojet GSSO

VVVQRSTCHNBNL

vecR.L esdifférentschapitresd'analyse- )partent duprincipe quev ous utilisezRa vecRStudio. Cependant,à partles élémentsportant sur

KxHMSDQE@BD CDRStudio, l'

ensemble ducode etdes fonctionsRpeuv ent êtreutilisés directementdans R,

LlLDDMKx

@ARDMBDCDRStudio. ,@ CNBTLDMS@SHNMCD RStudio( en anglais)est disponibleen ligneà GSSOR

RTOONQSQRSTCHNBNL 0

NTQ lSQDSDMT HMENQLkCDR CDQMHjQDRk

UNKTSHNMR CDRStudio, maiségalement deplusieurs e xtensions développéesC@MRKDB@CQDCDBDOQNIDSU

NTRONTUDYRTHUQDKDAKNFCkCHkGSSO

AKNFQRSTCHNNQFanalyse-Rb"DJH

Installation de R et RStudio

Installation de R

)MRS@KK@SHNMCD23STCHN -HRDgINTQCD2RNTR7HMCNVR 6

NHQ@TRRH

WEBIN -RCe chapitre est é voqué dans le webin-R #01 (premier contact avec R & RStudio) sur9

NT4TAD

)KDRSOQkEkQ @AKDCDBNLLDMBDQO@QHMRS@KKDQRa vant d'installerRStudio.

Installation de R

P our uneHMRS@KK@SHNMRNTRWindows, onse rendr a surcette pageGSSO BQ@MQ

OQNIDBSNQFAHMVHMCNVRA@RDDS Kx

NM RTHUQ@ KDOQDLHDQ KHDMONTQ SkKkBG@QFDQKD OQNFQ@LLD CxHMRS@KK@SHNM5MD ENHRKD OQNFQ@LLDCxHMRS@KK@SHNMK@MBkHKRTE~Q

@CxHMRS@KKDQRa vec les options par défaut1. 0 NTQMac OS X, les ifichiers d'installation sont disponibles àGSSO BQ@MQ

OQNIDBSNQFAHML@BNRW

3H U

NTR SQ@U@HKKDY RNTRLinux, v

ous devriez pouvoir trouverRvia v otre gestionnairede paquets,cela ONTU@MSCkODMCQDCxTMDCHRSQHATSHNMCDLinuxà une autre.

1.$@MRKDB@RO@QSHBTKHDQNqU

NSQDNQCHM@SDTQDRSRHSTkCDQQHjQDTMOQN

WXHKDRSOQkEkQ

@AKDCDBGNHRHQOptionsdedémarr ageF;HIEDD7B?I\;Ilorsque celav ous sera demandépar leprogr amme d'installation,puis Internet2lorsqu' on vousCDL@MCDQ @ KDLNCD CDBNMMD WHNM g)MSDQMDS !HMRHRutiliser a pardéfaut laconifigur ation internetdu navigateurInternet Exploreret prendr a ainsi en compte les paramètres dupr oxy. uu

Installation de RStudio

Une foisRcorrectement installé,rendez-v

ous surGSSO VVVQRSTCHNBNLOQNCTBSRQRSTCHNCNVMKN@CONTQ SkKkBG@QFDQK@ CDQMHjQDU DQRHNM RS@AKDCD RStudio. Plusprécisément, ils' agit del' éditionOpen Sour cedeRStudio Desktop( en effet, il existe aussi une version serveur).#GNHRHRRDY KxHMRS@KK@SDTQBNQQDRONMC@MS gU NSQD RXRSjLDCx DWOKNHS@SHNM DSRTHU DY KDRHMRSQTBSHNMR CTOQNFQ @LLDCxHMRS@KK@SHNM3H U NTR UNTKDY SDRSDQKDR CDQMHjQDRENMBSHNMM@KHSkR CDRStudio, v ous pouvez téléchargerla version deCk UDKNOODLDMS OKTRQHBGD DMENMBSHNMM@KHSkR PTDK@ UDQRHNM RS@AKDL@HR ONTU@MSBNMSDMHQ CDRATFR RTQGSSO

Mise à jour de R sous Windows

P ersionduprogrammeCxHMRS@KK@SHNM 0

DSHSD O@QSHBTK@QHSkK@ MNTUDKKD UDQRHNM RDQ@ HMRS@KKkDg BpSkCD Kx@MBHDMMD UDQRHNM 3HU NTR RNTG@HSDYE@HQD CD K@OK@BD RTQU

NSQD CHRPTDCTQ UNTR ONTUDY CkRHMRS@KKDQKx @MBHDMMD UDQRHNM DMTSHKHR@MS KxTSHKHS@HQDDésinstaller un pr

ogrammedeWindows. ousestONRRHAKDCDROkBH~DQgRStudioquelle v ersion deRutiliser via le menuT ools>Global Options>Gener al. 0

DSHS CkE@TSKDR DWSDMRHNMR pack

ages) sontinstallées pardéfaut sousWindowsdans lerépertoire Documents de l'utilisateur > R > win-library > x.ya vecx.ycorrespondant aunuméro de K@ U

DQRHNM CDR. Ainsi,si l'

on travaillait avec lav ersion 3.0et quel' on passeà lav ersion 3.2,les extensionsPTD Kx

NM @U@HS RNTRKx @MBHDMMD UDQRHNM MDRNMS OKTRCHRONMHAKDR ONTQK@ MNTUDKKD UDQRHNM 5MD@RSTBD BNMRHRSD gQDBNOHDQ KDBNMSDMT CTQkODQSNHQD 3.0dans lerépertoire 3.2. Puis,on lancer

aRStudio(s'il kS@HS CkIgNTU

DQS NMKD EDQLDQ@ OTHRQDK@MBDQ @ DSNM LDSSQ@ gINTQ KxDMRDLAKD CDRO@BJ@FDR RNHS@ UDBK@ ENMBSHNMupdate.packagessoit encliquant surUpdatedans l'

ongletP ackagesdu quadr ant inférieurCQNHS V oir aussiUn tutoriel détaillé en fr ançais sur le blog Quanti :GSSOR

PT@MSHGXONSGDRDRNQFanalyse-Rb"DJH

Premier contact

L 'invite de commandes $DRNAIDSR

Objets simples

6

DBSDTQR

Des fonctions

Arguments

1TDKPTDRENMBSHNMRTSHKDR

!HCDRTQTMDENMBSHNM )MSDQOQkS@SHNMCDR@QFTLDMSR !TSNBNLOKkSHNM NO TECe chapitreest inspiréde lasection Prise enmain du supportde cours)MSQNCTBSHNM g2 Qk@KHRk O@Q *TKHDM"@QMHDQ WEBIN -RCe chapitre est é voqué dans le webin-R #01 (premier contact avec R & RStudio) sur9

NT4TAD

5MDENHRRStudiolancé, v

ous devriez obtenir une fenêtre similaire à la ifigure ci-après.-u

Interface de RStudio au démarr

ageFigur e 1."DJ;H<79;:;+,JK:?E7K:\C7HH 7=;L 'HMSDQE@BDCDRStudioest divisée en quatre quadr ants {KDPT@CQ @U@HK@UDBKDRCNMMkDRO@FD {KD PT@CQ @MS HMEkQHDTQF@TBGD BNQQDRONMCg BDPTD KxNM @OODKKDK@ console, c' est-à-dire àR proprement dit {KDPT@CQ @MSRTOkQHDTQCQNHSODQLDSCDBNMM@nSQD◦la liste des objets en mémoire ouDM

UHQNMMDLDMSCDSQ@U@HK

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