[PDF] Cours de microbiologie du sol TRANSfORMATIONS MICROBIENNES DE L'AZOTE

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O.R.S.T.O.M.-S.S.C.

CoursdeMICROBIOLOGIEDU SOL

1 t

1973Cl.MOUREAUX

ORSTOM

Année1973

COURSDEMICROBIOLOGIEDUSOL

Cl.MOUREAUX-S.s.C.

1NTRoDUCTION

PREMIEREPARTIE

PHYSIQUESETSURLEpHDUSOL.

DEUXIEMEPARTIE

DUMANGANESEETDUPHOSPHORE.

TROISIEMEPARTIE

QUATRIEMEPARTIE

ROLEDESMICROORGANISMESDANSLAPEDoGENESE

_'1..

ORSTOM

Année1973

COURSDEMICROBIOLOGIEDUSOL

INTRODUCTION

Plan

1•Généralités

logieetlaBiologie.

Brefhistoriquedelamicrobiologiedusol.

2.2Lescomposantesmicrobiennes.

2. 2.Les4groupesd'organismesdelamicrofloretellurique.

2.2.2Classificationphysiologique.

2.2.3Classificationnutritionnelle.

2.2.3.Phototrophes

2.2.3.2Chimiotrophes

2.2.3.2.1 -Typesderéactionsd'oxydation

2.2.3.2.1.)transfertd'électrons

2. 2.3.2.1.2 )perted'électronsetdeprotons

2. 2.3.2.1.3 )gaind'oxygène

- 3 -

2.2.3.2.2 -Naturedesaccepteursd'électrons

2.2.3.2. 2.-)germesaérobies(accepteur

°2)

2.2.3.2.2.2-)germesanaérobies

2.2.3.2.2. 2.1)accepteursd'électronsendogènes

dénitrificateurs sulfatoréducteurs

2.2.3.2.3 -Naturedesdonneursd'électrons

2.2.3.2.3.)donneurminéral

2.2.3.2.3.2)donneurorganique

2.3.-Lesenzymesdanslesol.

3.1 3.2 gainsetpertes 4. 4.2

Homéostase

Perturbationdel'équilibre

- 4 -

ORsrOM

Année973

COURSDEMlrROBIOLOGIEDUSOL

INTRODUCTION1.Généralités

dreuncertainnombredemécanismes.

2; O2-

Warburg).

MicrobiologieduSol

moment letermede:

Pédobiologie

c'estàdirelafaunedusol. mainedessciences.

Biologie.

_.._-_.-..-....-."---._... - 5 - pourlaplante. dit. leurrOle,rOleutilesouvent,quelquefois. maintenirobligatoirementbienlongtemps. réservegratuite. lebutestd'ytendre. !,cL....,Itt·6 . .____ - 6 - deBactéries d'Actiomycètes deChampignons etd'Algues

ProtozoairesetlesVirus.

maisl'importancedu plusgros:Azotobacter25micronscubes) 3 cmpargdesol -4 =10cm cube=10-12 cm 3 3 1 cm= micron 1 " 10 9 germesc:109

10ï7

soit1mg,ladensitéétantvoisinede1. - 7 - liorantes. copiques. puispresque100ans. cationduvinouduparexemple. d'instabilitépourlesfermentations. plusloin). parl'atmosphère. - 8 - puisladernièregu,rraily adetrèsnombreuseséquipesdemicrobiologie dusoldanslemonde. missiond'enzymesutileslanitrogénase. a)leclimat a)Climat multipliel'activitémicrobienneparunfacteurdel'ordrede5 ;celaaboutit pratiquementtous. b)Fixationd'azoteatmosphérique - 9 - millionsdetonnesparan.

écosystème.

(5) Sol (M)

Microorganismes

(P)

Plante

.//1/1/// 1 ,//111/1 1 i gétiques,ily alesconditionsclimatiques,lesconditionsédaphiques(sol)il r;1•(: :''.l" i -10- '.,-,---_.-'._,-,-..__ queparles·exsudats actionchimi- organiques•••)

Energiesolaire

l

J?roducteurs

MinéralisationConsommateursle

!l' 1 l

DécomposeursConsommateursIIè

Matièreorganisue

-11- (cha1nestrophiques). tion végétaletlemondeanimal,c a dlemondevivant.

2.2.-Lescomposantesmicrobiennes

2. 2.1 -Les4groupesdemicroorganismesconstitutifsdelamicroflore

dusol.

Dupointdevuedelabetanique,lamicrofloredu

-12-

Cesontparordredetaillecroissante1

LesBactéries

Champignons

Actinomycètes

Algues.

sinonpourlesChampignonsetlesAlgues. plasme. IlY adesEubactériales(c'estàdirevraiesBactéries)quiprésen (bactérium) bacilles(grosbâtonnetsàendospores) AcôtédesEubacteriales,ily adesformesvariées: des enchaînes(Ferrobactéries). mycéliennes. Les -13-

2.2.2 -Classificationphysiologigue

ditsphysiologiquesselonlerôlequ'ilsassumentdanslessols.Ily aainsi danslecycledel'azotelesgroupessuivants:

Ammonifiants

Nitrificateurs

Dénitrificùteurs

Lesfixateursd'azoteatmosphérique

soitsymbiotiques(Rhizobium)

DanslecycleducarbonelesCellulolytiques

ligninolytiquesetc••• cesgroupesdansunsolèonné. Ily aaussilesbactériesduSoufre,duFer,quisontautotrophes 2 pour estla:

2.2.3 -Classificationnutritionnelle

Ondistinguedeuxgrandescatégoriesde

2. 2.3.Phototrophes

2.2.3.2Chimiotrophes(ouchémotrophes)

2.2.3.2.-Phototrophes

-14-

Algues

lumière (Bact.S)=2H 2S + CO 2 --.H-CHO+HZO+,SD

2.2.3.2.-Chimiotrophes

lesclasserenfonctionde3critères1 typesderéactiond'oxydation naturedesaccepteursd'électrons naturedesdonneursd'électrons

2.2.3.2.1.-Typederéactiond'oxydation

2. 2.3.2.1.1.)transfertsd'électrons

Fe

Fe+Energie(E)

RCH 2

0H---+R -CHO+2H++2e+ E

(alcool)(aldéhyde) (ou2H++2e=2H) sousl'actiond'uneenzymedeshydrogénase

2. 2.3.2.1.3.)réactionsamenantunoaind'ozygène

R -CHO+

2.2.3.2.2.1 )germesaérobies

L'accepteurd'électronsestl'oxygène

DD+2H++2e

--)D +2H -15-

2H+-t0-'-..,

2

Dc:corpsorganiqueouminéral

donneu:d'électrons

2. 2.3.2. 2.2 }germesanaérobies

làilY adeuxpossibilités

2.2.3.2.2.1 -accepteursd'électronsendogènes(fermentations)

(glucose)(acidepyruvique)

4H+2CH;2CH

3 -CHoH-C0 2 H (acidelactique)

2.2.3.2.2.2.2 -accepteursd'électronsexogènes

Ilseprésentedeuxcastypiques

Dénitrification

Sulfato-réduction

(ValènceNpassede5 à3)_ x+quotesdbs_dbs46.pdfusesText_46

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