VOLET MÉDICAMENTEUX DE LA LETTRE DE LIAISON À LA SORTIE
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on repère le nombre x associé à la lettre dans le tableau de qu'à partir de son troisième terme chaque terme est égal à la somme des deux précédents.
Rpourlesdebutants
EmmanuelParadis
InstitutdesSciencesdel'Evolution
UniversiteMontpellierII
F-34095Montpelliercedex05
France
E-mail:paradis@isem.univ-montp2.fr
ductionenespagnol. c quelanoticec quellelangue,aconditionquelanoticec ci-dessussoitincluse.Tabledesmatieres
1Preambule1
2Quelquesconceptsavantdedemarrer3
3LesdonneesavecR10
4LesgraphiquesavecR38
5LesanalysesstatistiquesavecR59
6ProgrammeravecRenpratique69
7LitteraturesurR76
1Preambule
sousformedetableaux. etRobertGentleman 2.IlyGentleman(1996)ouauR-FAQ
3dontunecopieestegalementdistribueeavec
R. cence5ousetrouvent
duCRANsibesoin. 2voir 34pourplusd'infos:http://www.gnu.org/
5http://cran.r-project.org/
16,laplupartdeces
exi-Onverrad'autresexemplesillustrantla
exibilited'unsystemecommeR vis-a-visdeslogicielsclassiques.6parexemple:http://stat.cmu.edu/S/
22Quelquesconceptsavantde
demarrer quenousallonsvoirmaintenant.2.1CommentRtravaille
m^emesdesobjets). plusloin(p. 3 arguments! options!fonction argumentspardefaut =)resultat tionetlaconstructiondesfonctions(p.72).Lapresentedescriptionestpour
1). unserveurdistantviainternet. fonctionsetoperateurs objetsPSJPEG...clavier
souris -commandes ecranMemoireviveDisquedur
surledisquedanslerepertoireRHOME/library(RHOMEdesignantle
4 (parexemple,pourbase,ceseralechierRHOME/library/base/R/base).Ce
chiercontientlesfonctionsdupackage. >n [1]10 fonctionoud'uneboucle). `espacessoulignes'(2.2Creer,listereteacerlesobjetsenmemoire
orientedansunsensoudansl'autre: >n<-15 >n [1]15 >5->n >n [1]5 >x<-1 >X<-10 >x [1]1 >X [1]10 >n<-10+2 >n 5 [1]12 >n<-3+rnorm(1) >n [1]2.208807 zeroetvarianceunite(p. passtockeenmemoire: >(10+2)*5 [1]60 lacomprehension. >name<-"Carmen";n1<-10;n2<-100;m<-0.5 >ls() [1]"m""n1""n2""name" s'abregeravecpat): >ls(pat="m") [1]"m""name" question: >ls(pat="^m") [1]"m" >ls.str() m:num0.5 n1:num10 n2:num100 name:chr"Carmen" touslesdetailsavecl'optionmax.level=-1: 6 >M<-data.frame(n1,n2,m) >ls.str(pat="M")M:`data.frame':1obs.of3variables:
$n1:num10 $n2:num100 $m:num0.5 >ls.str(pat="M",max.level=-1)M:`data.frame':1obs.of3variables:
="^m")).2.3L'aideenligne
>?lmError:syntaxerror
>help("*")Arithmeticpackage:baseRDocumentation
ArithmeticOperators
informationbienprecise.Description:brevedescription.
operateurdonnel'usagetypique.Details:descriptiondetaillee.
7 l'aideaveclafonctionexample. >help("bs") youcouldtry'help.search("bs")' >help("bs",try.all.packages=TRUE) canbefoundinthefollowingpackages:PackageLibrary
splines/usr/lib/R/library enutilisantl'optionpackage: >help("bs",package="splines") bspackage:splinesRDocumentationB-SplineBasisforPolynomialSplines
Description:
exemple)entapant: >help.start() 8 =TRUE)). sontcherches: >apropos(help) [1]"help"".helpForCall""help.search" [4]"help.start" 93LesdonneesavecR
3.1Lesobjects
numerique,caractere,complexe7,etlogique(FALSEouTRUE).D'autresmodes
etlength: >x<-1 >mode(x) [1]"numeric" >length(x) [1]1 >A<-"Gomphotherium";compar<-TRUE;z<-1i >mode(A);mode(compar);mode(z) [1]"character" [1]"logical" [1]"complex" notationexponentielle: >N<-2.1e23 >N [1]2.1e+23 10 avecNaN(notanumber). >x<-5/0 >x [1]Inf >exp(x) [1]Inf >exp(-x) [1]0 >x-x [1]NaN pourecriresurledisque(p.16,l'optionqmethoddecettefonction).
>x [1]"Doublequotes\"delimitateR'sstrings." >cat(x)Doublequotes"delimitateR'sstrings.
l'^etre!): >x 11 objetmodesplusieursmodes possiblesdans lem^emeobjet? facteurnumeriqueoucaractereNon donnees fonction,expression,... parcontresalongueurserade4.3.2Liredesdonneesdansunchier
8 12 aunchiernommedata.dat,lacommande: >mydata<-read.table("data.dat") mydata[,1],mydata[,2],...9Ilyaplusieursoptionsdontvoicilesvaleurs
teur)etlesdetailsdansletableauquisuit: colClasses=NA,nrows=-1, strip.white=FALSE,blank.lines.skip=TRUE, comment.char="#") aunchierdetypeURL(http://...) nomsdesvariablessurla1ereligne unetabulation declecaractereutilisepourlesdecimales (pardefaut:1,2,3,...)V3,...)
encaractere ignorees)20)desdetailssurlamani-
pulationdesobjets. 13 donnees des\blancs"sontajoutes apreslesvariablesdemodecaractere cetoption,utilisercomment.char="") dierentes: fill=TRUE,...) fill=TRUE,...) fill=TRUE,...) fill=TRUE,...)Lafonctionscanestplus
exiblequeread.table.Unedierenceestqu'ilLesoptionssontlessuivantes.
quote=if(sep=="\n")""else"'\"",dec=".", skip=0,nlines=0,na.strings="NA", allowEscapes=TRUE) 14 mineeparuneligneblanche) sepleseparateurdechampdanslechier declecaractereutilisepourlesdecimales donnees nlineslenombredelignesalire dedonnees) des\blancs"sontajoutes apreslesvariablesdemodecharacter suruneseulelignedanslechier(FALSE) commentairesnesontpaspermis) (ledefaut)oulaissestels-quels unformatalargeurxee(xedwidthformat): as.is=FALSE,skip=0,row.names,col.names, n=-1,buffersize=2000,...) aveclacommandesuivante:A1.501.2
A1.551.3
B1.601.4
B1.651.5
C1.701.6
C1.751.7
>mydataV1V2V3
1A1.501.2
152A1.551.3
3B1.601.4
4B1.651.5
5C1.701.6
6C1.751.7
3.3Enregistrerlesdonnees
matrice,...).Lesargumentsetoptionssont: eol="\n",na="NA",dec=".",row.names=TRUE, xlenomdel'objetaecrire lechier sepleseparateurdechampdanslechier charriot) declecaractereutilisepourlesdecimales danslechier col.namesidempourlesnomsdescolonnes 16 file=".RData").3.4Genererdesdonnees
3.4.1Sequencesregulieres
^etregenereepar: >x<-1:30 >1:10-1 [1]0123456789 >1:(10-1) [1]123456789 suivante: >seq(1,5,0.5) [1]1.01.52.02.53.03.54.04.55.0 utiliser: >seq(length=9,from=1,to=5) [1]1.01.52.02.53.03.54.04.55.0 c: >c(1,1.5,2,2.5,3,3.5,4,4.5,5) [1]1.01.52.02.53.03.54.04.55.0 >z<-scan()1:1.01.52.02.53.03.54.04.55.0
10:Read9items
>z [1]1.01.52.02.53.03.54.04.55.0 17 >rep(1,30) [1]111111111111111111111111111111 fonction: >sequence(4:5) [1]123412345 >sequence(c(10,5)) [1]1234567891012345 dufacteur.Exemples: >gl(3,5) [1]111112222233333Levels:123
>gl(3,5,length=30) [1]111112222233333111112222233333Levels:123
>gl(2,6,label=c("Male","Female")) [1]MaleMaleMaleMaleMaleMale [7]FemaleFemaleFemaleFemaleFemaleFemaleLevels:MaleFemale
>gl(2,10) [1]11111111112222222222Levels:12
>gl(2,1,length=20) [1]12121212121212121212Levels:12
>gl(2,2,length=20) [1]11221122112211221122Levels:12
hwsex160100Male
18280100Male
360300Male
480300Male
560100Female
680100Female
760300Female
880300Female
3.4.2Sequencesaleatoires
c'estqueleparametredoit^etrespecie). loifonctionGauss(normale)rnorm(n,mean=0,sd=1)
exponentiellerexp(n,rate=1) gammargamma(n,shape,scale=1)Poissonrpois(n,lambda)
Weibullrweibull(n,shape,scale=1)
Cauchyrcauchy(n,location=0,scale=1)
betarbeta(n,shape1,shape2) `Student'(t)rt(n,df)Fisher{Snedecor(F)rf(n,df1,df2)
Pearson(2)rchisq(n,df)
binomialerbinom(n,size,prob) multinomialermultinom(n,size,prob) geometriquergeom(n,prob) hypergeometriquerhyper(nn,m,n,k) logistiquerlogis(n,location=0,scale=1) lognormalerlnorm(n,meanlog=0,sdlog=1) binomialenegativernbinom(n,size,prob) uniformerunif(n,min=0,max=1) 19 sont: >qnorm(0.025) [1]-1.959964 >qnorm(0.975) [1]1.959964 >1-pchisq(3.84,1) [1]0.050043523.5Manipulerlesobjets
3.5.1Creationd'objets
onleverraplusloin(p. 28).20 d'exemples: >factor(1:3) [1]123
Levels:123
>factor(1:3,levels=1:5) [1]123Levels:12345
>factor(1:3,labels=c("A","B","C")) [1]ABCLevels:ABC
>factor(1:5,exclude=4) [1]123NA5Levels:1235
>ff<-factor(c(2,4),levels=2:5) >ff [1]24Levels:2345
>levels(ff) [1]"2""3""4""5" peut^etrecreeeaveclafonctionmatrix: dimnames=NULL) >matrix(data=5,nr=2,nc=2) [,1][,2] [1,]55 [2,]55 >matrix(1:6,2,3) [,1][,2][,3] 21[1,]135 [2,]246 >matrix(1:6,2,3,byrow=TRUE) [,1][,2][,3] [1,]123 [2,]456 >x<-1:15 >x [1]123456789101112131415 >dim(x)quotesdbs_dbs47.pdfusesText_47
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