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ANNEE 2021 THESE : 2021 TOU 3 4068

LES PRATIQUES D'ELEVAGE POUR LA

CONSERVATION DU HAMSTER COMMUN EN

FRANCE DANS LE CADRE DU PLAN NATIONAL

D'ACTION : ETUDE RETROSPECTIVE DE 2017 A 2020

THESE pour obtenir le titre de

DOCTEUR VETERINAIRE

DIPLOME

présentée et soutenue publiquement devant Paul-Sabatier de Toulouse par

EVRARD Noémie

Née le 21/11/1995 à METZ (57)

Directeur de thèse : M. Guillaume Le

JURY

PRESIDENT :

M. Renaud MAILLARD Professeur à Nationale Vétérinaire de TOULOUSE

ASSESSEURS :

M. Guillaume Le Maître de Conférences à Nationale Vétérinaire de TOULOUSE Mme Hanna MILA Maître de Conférences à Nationale Vétérinaire de TOULOUSE 2 3

ECOLE NATIONALE VETERINAIRE DE TOULOUSE

Liste des directeurs/assesseurs de thèse de doctorat vétérinaire

Directeur : Professeur Pierre SANS

PROFESSEURS CLASSE EXCEPTIONNELLE

M. BERTAGNOLI Stéphane, Pathologie infectieuse

M. BOUSQUET-MELOU Alain, Pharmacologie, thérapeutique M. BRUGERE Hubert, Hygiène et industrie des aliments d'origine animale Mme CHASTANT-MAILLARD Sylvie, Pathologie de la reproduction M. CONCORDET Didier, Mathématiques, statistiques, modélisation

M. DELVERDIER Maxence, Anatomie pathologique

M. ENJALBERT Francis, Alimentation

Mme GAYRARD-TROY Véronique, Physiologie de la reproduction, endocrinologie Mme HAGEN-PICARD Nicole, Pathologie de la reproduction

M. MEYER Gilles, Pathologie des ruminants

M. SCHELCHER François, Pathologie médicale du bétail et des animaux de basse-cour Mme TRUMEL Catherine, Biologie médicale animale et comparée

PROFESSEURS 1ère CLASSE

M. BAILLY Jean-Denis, Hygiène et industrie des aliments Mme BOURGES-ABELLA Nathalie, Histologie, anatomie pathologique Mme CADIERGUES Marie-Christine, Dermatologie vétérinaire

M. DUCOS Alain, Zootechnie

M. FOUCRAS Gilles, Pathologie des ruminants

M. GUERIN Jean-Luc, Aviculture et pathologie aviaire M. JACQUIET Philippe, Parasitologie et maladies parasitaires

Mme LACROUX Caroline,

Mme LETRON-RAYMOND Isabelle, Anatomie pathologique M. LEFEBVRE Hervé, Physiologie et thérapeutique

M. MAILLARD Renaud, Pathologie des ruminants

PROFESSEURS 2ème CLASSE

Mme BOULLIER Séverine, Immunologie générale et médicale

M. CORBIERE Fabien, Pathologie des ruminants

Mme DIQUELOU Armelle, Pathologie médicale des équidés et des carnivores

M. GUERRE Philippe, Pharmacie et toxicologie

Mme MEYNADIER Annabelle, Alimentation animale

M. MOGICATO Giovanni, Anatomie, imagerie médicale Mme PAUL Mathilde, Epidémiologie, gestion de la santé des élevages avicoles M. RABOISSON Didier, Médecine de population et économie de la santé animale 4

MAITRES DE CONFERENCES HORS CLASSE

M. BERGONIER Dominique, Pathologie de la reproduction Mme BIBBAL Delphine, Hygiène et industrie des denrées alimentaires d'origine animale Mme CAMUS Christelle, Biologie cellulaire et moléculaire

M. JAEG Jean-Philippe, Pharmacie et toxicologie

M. LYAZRHI Faouzi, Statistiques biologiques et mathématiques

M. MATHON Didier, Pathologie chirurgicale

Mme PALIERNE Sophie, Chirurgie des animaux de compagnie

Mme PRIYMENKO Nathalie, Alimentation

M. VOLMER Romain, Microbiologie et infectiologie

MAITRES DE CONFERENCES CLASSE NORMALE

M. ASIMUS Erik, Pathologie chirurgicale

Mme BRET Lydie, Physique et chimie biologiques et médicales Mme BOUHSIRA Emilie, Parasitologie, maladies parasitaires M. CARTIAUX Benjamin, Anatomie, imagerie médicale

M. CONCHOU Fabrice, Imagerie médicale

Mme DANIELS Hélène, Immunologie, bactériologie, pathologie infectieuse Mme DAVID Laure, Hygiène et industrie des aliments M. DIDIMO IMAZAKI Pedro, Hygiène et industrie des aliments M. DOUET Jean-Yves, Ophtalmologie vétérinaire et comparée

Mme FERRAN Aude, Physiologie

Mme GRANAT Fanny, Biologie médicale animale

Mme JOURDAN Géraldine, Anesthésie, analgésie M. JOUSSERAND Nicolas, Médecine interne des animaux de compagnie

Mme LALLEMAND Elodie, Chirurgie des équidés

Mme LAVOUE Rachel, Médecine Interne

M. , Médecine zoologique et santé de la faune sauvage M. LIENARD Emmanuel, Parasitologie et maladies parasitaires Mme MEYNAUD-COLLARD Patricia, Pathologie chirurgicale Mme MILA Hanna, Elevage des carnivores domestiques

M. NOUVEL Laurent, Pathologie de la reproduction

M. VERGNE Timothée, Santé publique vétérinaire, maladies animales règlementées Mme WARET-SZKUTA Agnès, Production et pathologie porcine

INGENIEURS DE RECHERCHE

M. AUMANN Marcel, Urgences, soins intensifs

M. AUVRAY Frédéric, Santé digestive, pathogénie et commensalisme des entérobactéries

M. CASSARD Hervé, Pathologie des ruminants

M. CROVILLE Guillaume, Virologie et génomique cliniques Mme DEBREUQUE Maud, Médecine interne des animaux de compagnie

Mme DIDIER Caroline, Anesthésie, analgésie

Mme DUPOUY GUIRAUTE Véronique, Innovations thérapeutiques et résistances

Mme GAILLARD Elodie, Urgences, soins intensifs

Mme GEFFRE Anne, Biologie médicale animale et comparée Mme GRISEZ Christelle, Parasitologie et maladies parasitaires Mme JEUNESSE Elisabeth, Bonnes pratiques de laboratoire Mme PRESSANTI Charline, Dermatologie vétérinaire M. RAMON PORTUGAL Félipe, Innovations thérapeutiques et résistances M. REYNOLDS Brice, Médecine interne des animaux de compagnie Mme ROUCH BUCK Pétra, Médecine préventive 5

REMERCIEMENTS

À mon président de jury de thèse,

Monsieur le Professeur Renaud MAILLARD,

Pathologie des ruminants,

Hommages respectueux.

À mon jury de thèse,

Monsieur le Docteur Guillaume LE LOC'H

Médecine zoologique et santé de la faune sauvage, confiance,

Madame le Docteur Hanna MILA,

Elevage des carnivores domestiques,

Qui a accepté de participer à ce jury de thèse,

Sincères remerciements.

Aux acteurs des trois élevages, tout particulièrement à Célia SCHAPPLER (SFS), Marie

FROLIGER (NaturOparC), Dr Caroline HABOLD (CNRS) et Hélène GACHOT (CNRS), À Eric THOUVENOT (DREAL Grand-Est) et à Julien EIDENSCHENCK (OFB),

Au Dr vétérinaire Fabrice CAPBER,

Tous investis dans la mission Grand Hamster,

Remerciements châleureux pour votre accueil et votre accompagnement dans cette étude. 6 7

Table des matières

I. Conservation du Grand Hamster .................................................................................. 17

I.A.1. Biologie du Grand Hamster .................................................................................................. 17

I.A.2. Aire de répartition et habitat ............................................................................................... 18

I.B.1. Historique de sa mise en danger .......................................................................................... 21

I.B.2. Une espèce sous protection juridique depuis 1993 ............................................................. 23

II.A. Présentation de la structure .......................................................................................... 29

II.A.1. Plan de la structure ............................................................................................................. 29

II.B.1. Hébergement des animaux ................................................................................................. 31

II.B.2. Alimentation et boisson ...................................................................................................... 41

II.B.3. Reproduction des hamsters ................................................................................................ 45

II.B.5. Santé et soins aux animaux ................................................................................................. 53

II.B.6. Gestion des relâchés ........................................................................................................... 56

II.B.7. Suivi zootechnique .............................................................................................................. 56

II.B.8. Personnel soignant et organisation du travail .................................................................... 59

II.C.1. Environnement .................................................................................................................... 63

II.C.2. Reproduction ....................................................................................................................... 70

II.C.3. Bilan des pesées pour les années 2017 à 2020 ................................................................... 70

II.C.4. Bilan de la mortalité pour les années 2017 à 2020 ............................................................. 75

II.C.5. Bilan des relâchés pour les années 2017 à 2020 ................................................................. 75

II.D.1. Adéquation des animaux à leur environnement ................................................................ 78

II.D.2. Développement des animaux ............................................................................................. 79

II.D.3. Efficacité de la reproduction ............................................................................................... 80

8

II.D.4. Fréquence des maladies et mortalité ................................................................................. 81

III.A. Présentation de la structure ......................................................................................... 85

III.A.1. Plan de la structure ............................................................................................................ 85

III.B.1. Hébergement des animaux ................................................................................................ 87

III.B.2. Alimentation et boisson ..................................................................................................... 92

III.B.3. Reproduction des hamsters ............................................................................................... 93

III.B.5. Santé et soins aux animaux .............................................................................................. 102

III.B.6. Gestion des relâchés ........................................................................................................ 103

III.B.7. Suivi zootechnique ........................................................................................................... 104

III.B.8. Personnel soignant et organisation du travail ................................................................. 105

III.C.1. Environnement ................................................................................................................. 108

III.C.2. Reproduction .................................................................................................................... 115

III.C.3. Bilan des pesées pour les années 2017 à 2020 ................................................................ 115

III.C.4. Bilan de la mortalité pour les années 2017 à 2020 .......................................................... 115

III.C.5. Bilan des relâchés pour les années 2017 à 2020 .............................................................. 115

III.D.1. Adéquation des animaux à leur environnement ............................................................. 118

III.D.2. Efficacité de la reproduction ............................................................................................ 119

III.D.3. Fréquence des maladies et mortalité .............................................................................. 119

IV.A. Présentation de la structure ...................................................................................... 121

IV.A.1. Plan de la structure .......................................................................................................... 121

IV.B.1. Hébergement des animaux .............................................................................................. 121

IV.B.2. Alimentation et boisson ................................................................................................... 128

IV.B.3. Reproduction des hamsters ............................................................................................. 131

9

IV.B.5. Santé et soins aux animaux .............................................................................................. 136

IV.B.6. Gestion des relâchés ........................................................................................................ 137

IV.B.7. Suivi zootechnique ........................................................................................................... 138

IV.B.8. Personnel soignant et organisation du travail ................................................................. 140

IV.C.1. Environnement ................................................................................................................. 144

IV.C.2. Reproduction.................................................................................................................... 145

IV.C.4. Bilan de la morbidité et mortalité de 2017 à 2020 .......................................................... 150

IV.C.5. Bilan des relâchés pour les années 2017 à 2020 ............................................................. 150

IV.D.1. Adéquation des animaux à leur environnement ............................................................. 154

IV.D.2. Efficacité de la reproduction ............................................................................................ 154

IV.D.3. Fréquence des maladies et mortalité .............................................................................. 156

V. Synthèse et perspectives............................................................................................ 156

V.A. Discussion des protocoles et résultats pour les trois élevages .................................. 156

V.A.1. Adéquation des animaux à leur environnement .............................................................. 156

V.A.2. Efficacité de la reproduction ............................................................................................. 162

V.A.3. Fréquence des maladies et mortalité ............................................................................... 164

V.A.4. Choix des invidividus destinés aux relâchés ..................................................................... 166

V.A.5. Suivi quotidien des animaux ............................................................................................. 166

V.B.1. Harmonisation des données à court terme ...................................................................... 167

V.B.2. Changements dans le type de matériel utilisé à court ou moyen terme ......................... 173

V.C.1. Changement dans le type de matériel à long terme ........................................................ 177

CONCLUSION ................................................................................................................. 179

ANNEXES ....................................................................................................................... 187

10

Table des figures

Figure 3 - Photographie de hamsters nouveau-nés .............................................................................. 18

à 2016 .................................................................................................................................................... 19

Figure 5 - Carte présentant la répartition du Grand Hamster en Europe de 1970 à 2010. .................. 19

Figure 7 - Schéma du plan de la structure à Jungholtz .......................................................................... 30

Figure 9 - Photographie des cages en salle de reproduction du SFS ..................................................... 34

Figure 13 - Localisation du mur isolé phonétiquement du bâtiment voisin ......................................... 40

Figure 14 - Photographie des bacs de mise à la reproduction (salle de rangement) ............................ 47

avec élément en bois (15b) et de la souricière (15c) ............................................................................ 47

dizaine de jours (16b) ............................................................................................................................ 50

Figure 19 - Photographie du réfrigérateur à aliments à droite et du congélateur à cadavres à gauche au

SFS ......................................................................................................................................................... 54

du site de relâché (20b) ......................................................................................................................... 57

Figures 22a à 22d - Evolution des températures dans les deux salles du SFS de 2017 à 2020 ............ 64

Figures 23a à 23d - Boxplots des valeurs de température (°C) selon la saison de 2017 à 2020 ........... 65

Figure 24 - Evolution des écarts de température journaliers au SFS sur une moyenne glissante de 5

jours, entre 6h et 18h, de juillet 2019 à décembre 2020 ...................................................................... 66

Figure 27 - Figure de la localisation des relevés de luminosité ............................................................. 69

Figure 28a - Pourcentage du nombre de mise-bas sur le nombre de couples formés au SFS, par mois de

an ; Figure 28c : Boxplots affichant le nombre de jours entre la date de mise en contact du couple et la

Figure 29a - Pourcentage du nombre de mise-bas sur le nombre de couples formés au SFS, par mois de

mise à la reproduction et par an ; Figure 29b - Pourcentage du nombre de mâles et femelles ayant eu

des petits sur le nombre de mâles et femelles à la reproduction au SFS par an ; Figure 29c - Pourcentage

du nombre de mise-bas sur le nombre de couples testés au SFS pour la énième fois, par an ............. 72

11

Figure 30 - Boxplots affichant le nombre estimé de nouveau-nés par portée au SFS selon le mois et

Figures 32a à 32d ʹ Distribution des causes de mortalité suspectées au SFS de 2017 à 2020 ............. 77

enrichissements dont de la fibre de bois (à gauche, 34c) et des buchettes de bois (à droite, 34c) ..... 88

............................................................................................................................................................. 101

Figures 41a à 41d - Evolution de la température dans les box occupés par le grand hamster au CNRS au

cours des années 2017 à 2020 ............................................................................................................ 109

Figures 42a à 42d - Boxplots des valeurs de température (°C) au CNRS selon la saison de 2017 à 2020

............................................................................................................................................................. 110

2017 à 2020 ......................................................................................................................................... 112

............................................................................................................................................................. 113

Figures 46a à 46d - Pourcentage d'animaux morts au CNRS selon la cause de 2017 à 2020 ............. 117

Figure 48 - Photographie de plusieurs rangées de cages et de leurs enrichissements....................... 124

deux types de récipients (49b) ............................................................................................................ 124

Figure 50 - Localisations du climatiseur, chauffages, sonde et thermomètre .................................... 125

Figure 54 - Evolution des moyennes de températures (°C) relevées à NaturOparC selon le mois en 2020

............................................................................................................................................................. 144

en 2020 ................................................................................................................................................ 144

nombre de jours entre la date de mise en contact du couple et la date de mise-bas à NaturOparC selon

12

Figures 57a à 57c - Pourcentage du nombre de mise-bas sur le nombre de couples formé à NaturOparC

, par mois de mise à la reproduction et par an (57a) ; Pourcentage du nombre de mâles et femelles

ayant eu des petits sur le nombre de mâles et femelles à la reproduction à NaturOparC par an (57b) ;

Pourcentage du nombre de mise-bas sur le nombre de couples testés à NaturOparC pour la énième

fois, par an (57c) .................................................................................................................................. 147

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