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6.2. Mathéval

Mathéval. Niveau : Le test MathEval peut-être utilisé dès la MS jusqu'en CE2. Il est préférable de dépister très tôt les troubles éventuels (de préférence 



Évaluation logico-mathématique à travers le logiciel MathEval

7 avr. 2017 - Qu'attendez-vous de MathEval ? - J'ai débuté mon premier bilan des troubles logico-maths après un week-end à reprendre tous mes cours ...



Authors: Manuel Carmona José María Gómez José Bosch Manel

MathEval: Sizes depends on a mathematical function (F) that can depend on Example using MathEval field for increasing mesh density around a known curve.



Introduction `a Gmsh

17 sept. 2021 MathEval : Évalue l'expression fournie dans une cha?ne de caract`eres. ... gmsh::model::mesh::field::add("MathEval" fieldTag) (C++).



MATH EVAL UPDATE 0718.indd

To the current mathematics teacher: We appreciate your cooperation in completing this form and returning it directly to The Bement School.



De lévaluation bilan à lévaluation diagnostique

L'enquête Mathéval s'inscrit dans un mandat de la Conférence intercantonale de l'instruction publique de la Suisse romande et du Tessin (CIIP).



Tutoriel de Gmsh - Logiciel libre générateur de maillages 3D

F i e l d [3]= MathEval ;. F i e l d [ 3 ] . F= S p r i n t f ( ”(?10?Tanh(10?(%g?x+(%g ). )?Abs ( y ) )+10+%g ) ?(Exp(?(x+1))+1)+%g?x” .



LE POINT SUR LA RECHERCHE

Le rapport d'évaluation Mathéval 4P a surpris par ses résultats moins performants que ce qui était attendu par les responsables et les professionnels de.



PLUMED

5 mai 2019 your matheval libraries is in /opt/local (this is where MacPorts put it) and configure is not able to find it you can try.



PLUMED

Fixed a bug when COMBINE or MATHEVAL are used with PERIODIC keyword. Now when PERIODIC keyword is used the result of the calculation is brought within the 

PLUMED

2.4.8

Generated by Doxygen 1.8.14

Contents

1 Introduction1

1.1 About this manual

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1

1.2 Codes interfaced with PLUMED

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1

2 Change Log3

2.1 Version 2.0

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4

2.2 Version 2.1

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7

2.3 Version 2.2

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

2.4 Version 2.3

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18

2.5 Version 2.4

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

3 Installation33

3.1 Supported compilers

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33

3.2 Configuring PLUMED

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34

3.2.1 BLAS and LAPACK

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

3.2.2 VMD trajectory plugins

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

3.3 Compiling PLUMED

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

3.4 Installing PLUMED

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39

3.5 Patching your MD code

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

3.6 Cross compiling

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

3.7 Installing PLUMED with MacPorts

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42

3.8 Installing PLUMED on a cluster

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43

3.9 Other hints

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44

3.10 Code specific notes

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45

3.10.1 amber14

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45

3.10.2 gromacs-2016.6

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45

3.10.3 gromacs-2018.6

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

3.10.4 gromacs-4.5.7

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

3.10.5 gromacs-5.1.4

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

3.10.6 lammps-6Apr13

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47

3.10.7 namd-2.12

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47

3.10.8 namd-2.13

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47

3.10.9 qespresso-5.0.2

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47

3.10.10 qespresso-6.2

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 iiCONTENTS4 Getting Started49

4.1 Plumed units

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

4.2 UNITS

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

5 Collective Variables53

5.1 Groups and Virtual Atoms

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

5.1.1 Specifying Atoms

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

5.1.1.1 Molecules

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

5.1.1.2 Broken Molecules and PBC

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

5.1.2 Virtual Atoms

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55

5.1.3 GROUP

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55

5.1.4 MOLINFO

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

5.1.5 WHOLEMOLECULES

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60

5.1.6 FIT_TO_TEMPLATE

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62

5.1.7 WRAPAROUND

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63

5.1.8 RESET_CELL

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65

5.1.9 CENTER

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66

5.1.10 CENTER_OF_MULTICOLVAR

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67

5.1.11 COM

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69

5.1.12 FIXEDATOM

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69

5.1.13 GHOST

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71

5.2 CV Documentation

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71

5.2.1 ADAPTIVE_PATH

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73

5.2.2 ALPHABETA

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74

5.2.3 ALPHARMSD

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76

5.2.4 ANGLE

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78

5.2.5 ANTIBETARMSD

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79

5.2.6 CELL

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82

5.2.7 CONSTANT

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83

5.2.8 CONTACTMAP

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84

5.2.9 COORDINATION

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86 Generated by Doxygen

CONTENTSiii5.2.10 DHENERGY. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88

5.2.11 DIHCOR

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89

5.2.12 DIMER

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90

5.2.13 DIPOLE

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93

5.2.14 DISTANCE

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94

5.2.15 DISTANCE_FROM_CONTOUR

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95

5.2.16 EEFSOLV

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98

5.2.17 ENERGY

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99

5.2.18 ERMSD

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100

5.2.19 FAKE

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102

5.2.20 GPROPERTYMAP

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102

5.2.21 GYRATION

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104

5.2.22 PARABETARMSD

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105

5.2.23 PATH

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108

5.2.24 PATHMSD

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111

5.2.25 PCAVARS

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112

5.2.26 POSITION

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115

5.2.27 PROPERTYMAP

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116

5.2.28 PUCKERING

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118

5.2.29 TEMPLATE

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120

5.2.30 TORSION

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121

5.2.31 VOLUME

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122

5.3 Distances from reference configurations

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122

5.3.1 DRMSD

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123

5.3.2 MULTI-RMSD

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125

5.3.3 MULTI_RMSD

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126

5.3.4 PCARMSD

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127

5.3.5 RMSD

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128

5.3.6 TARGET

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130

5.4 Functions

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132 Generated by Doxygen

ivCONTENTS5.4.1 COMBINE. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133

5.4.2 CUSTOM

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134

5.4.3 ENSEMBLE

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135

5.4.4 FUNCPATHMSD

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136

5.4.5 FUNCSUMHILLS

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139

5.4.6 LOCALENSEMBLE

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140

5.4.7 MATHEVAL

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142

5.4.7.1 TIME

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145

5.4.8 PIECEWISE

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146

5.4.9 SORT

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147

5.4.10 STATS

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148

5.5 MultiColvar

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149

5.5.1 MultiColvar functions

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151

5.5.2 MultiColvar bias

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153

5.5.3 ANGLES

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153

5.5.4 BOND_DIRECTIONS

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156

5.5.5 BRIDGE

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158

5.5.6 COORDINATIONNUMBER

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159

5.5.7 DENSITY

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163

5.5.8 DISTANCES

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163

5.5.9 FCCUBIC

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167

5.5.10 INPLANEDISTANCES

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171

5.5.11 MOLECULES

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174

5.5.12 PLANES

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175

5.5.13 Q3

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177

5.5.14 Q4

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181

5.5.15 Q6

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185

5.5.16 SIMPLECUBIC

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189

5.5.17 TETRAHEDRAL

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192

5.5.18 TORSIONS

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196 Generated by Doxygen

CONTENTSv5.5.19 XANGLES. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197

5.5.20 XDISTANCES

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201

5.5.21 XYDISTANCES

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204

5.5.22 XYTORSIONS

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