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[PDF] Classification des organismes Bactéries virus parasites
Biotechnologie > L'environnement pratique 2013 > Classification des organismes Bactéries virus parasites champignons
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Néanmoins les mesures de confinement des agents classés dans le groupe de risque 3 (*) sont recommandées par précaution pour les travaux en laboratoire à l'
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DEFINITIONS CLASSIFICATION ET NOMENCLATURE DES
Les microorganismes sont classés en taxons ou groupes sur la base de leurs relations phénétiques et/ou phylogénétiques La classification des bactéries est
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Classification : place des microorganismes dans le monde vivant Le tableau suivant résume les caractéristiques des eucaryotes et des procaryotes tout en
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OFEV/OFSP (éditeur) 2013: Classification des organismes Bactéries Téléchargement au format PDF www bafu admin ch/uv-1114-f
Quelle est la classification des microbes ?
Il existe différentes familles de microbes, chacune composée de milliers d'esp?s: les bactéries, les virus, les protozoaires et les champignons. Les bactéries sont généralement mille fois plus petites qu'un millimètre. Ce sont des organismes vivants qui se reproduisent en se divisant en deux copies identiques.Quels sont les caractéristiques des microbes ?
Les micro-organismes (du grec micro, petit et bios, vie) sont des êtres vivants invisibles à l'œil nu, unicellulaires ou pluricellulaires mais, dans ce cas, les cellules ne sont pas différenciées en tissu. Sous ce terme sont regroupés virus, bactéries, protistes, algues et champignons microscopiques.Quelles sont les 4 grandes catégories de microbes ?
Il existe différentes familles de microbes, chacune composée de milliers d'esp?s : les bactéries, les virus, les protozoaires et les champignons.Fondamental :
les bactéries.les protozoaires.les algues microscopiques.les champignons microscopiques.les virus.
Bactéries pathogènes
et environnementHélène Jean-Pierre
Laboratoire de Bactériologie
CHU Montpellier
Les bactéries
Micro-organismes
(organisme vivant microscopique)Unicellulaires
Taille moyenne 0.5 à 1 µm
Procaryotes (pas de noyau)
Les plus répandus et dont la
présence est la plus ancienne sur TerreVivent en communauté
→ colonie bactérienneS'échangent des gènes1677
Classification des bactéries
Forme Coloration
de Gramcocci (ex.Streptococcus)GRAM NEGATIFGRAM POSITIF
bacilles (ex : E. coli)Les bactéries : cycle de vie
Conditions idéales : elles se
reproduisent et doublent leur nombre toutes les 20 mn environ.1 cellule mère → 2 cellules
filles identiques par scission binaire (asexuée)Conditions défavorables : certaines forment une spore résistante +++ qui peut se transformer en une nouvelle bactérie.Lieux de vie des bactéries
8 Tous les écosystèmes
(sol, eaux douces, mers, air)Bactéries saprophytes de l'environnement
Assurent la transformation de l'azote en ammoniaque, la minéralisation des matières organiques Parfois pathogènes pour l'homme (Listeria, Legionella, Clostridium) 8 Associées aux plantes, aux animaux et à l'homme avec lesquels elles entretiennent des relationsSymbiose
Commensalisme
Parasitisme (bactérie pathogène)
Relations hôte bactéries
Bactéries commensales
l'hôte fournit une partie de sa propre nourriture au commensal : il n'obtient en revanche aucune contrepartie évidente de ce dernierLa symbiose est une association durable entre
deux êtres vivants et dont chacun tire bénéficeFlores commensales
Les bactéries résidentes sont 10 fois plus
nombreuses que les cellules somatiques et germinales du corps humain et représentent, combinées, un métagénome dont le nombre de gènes est 100 fois supérieur à celui du génome humain (Shanahan, 2002)un être humain = 1013 cellules + 1014 micro-organismes
associés (surface peau et muqueuses)Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus aureus (40-60% porteurs)
Propionibactéries (P. acnes)
Corynébactéries
Cocci à Gram + anaérobies
Zones lipidiques: 10
6-107 UFC/cm2
Zones humides : 10
5-108 UFC/cm2
Zones sèches : 10
3-104 UFC/cm2Peau et follicules pileux
500 espèces, 10
10 CFU/ml de salive
Streptocoques +++
Staphylococcus epidermidis
Neisseria non pathogènes
Corynébactéries
Anaérobies +++Cavité buccaleFlores commensales 108-109 UFC/cm2
Streptocoques α-hémolytiques
Neisseria non pathogènes
Corynébactéries
Staphylococcus epidermidis
Portage:
Streptococcus pneumoniae,
Haemophilus influenzae, Streptocoques
β-hémolytiques, Neisseria meningitidisLactobacilles105-107 UFC/ml ou g prélevéCavité vaginaleFlores commensalesVoies aériennes supérieures
Estomac: 10-10
3 UFC/ml
Lactobacillus, Streptococcus, Staphylococcus,
Entérobactéries, Helicobacter, levures
Duodénum et jéjunum: 10
2-105 UFC/ml
Lactobacillus, Streptococcus, Bifidobacterium,
Entérobactéries, Staphylococcus, levures
Iléon et caecum: 10
3-109 UFC/ml
Bifidobacterium, Bacteroides, Lactobacillus,
Streptococcus,
Entérobactéries, Staphylococcus,
Clostridium
Colon (500-1000 espèces, 10000-30000 ?):
1010-1012 UFC/g
Bacteroides, Eubacterium, Clostridium,
Peptostreptococcus, Bifidobacterium,
Fusobacterium, Lactobacillus, Entérobactéries,Staphylococcus, levures,
Anaérobies méthanogènes et anaérobies strictes: Bacteroides, Bifidobacterium, Lactobacillus, ClostridiumFlores commensalesMétabolisme et nutrition
• Hydrolyse et fermentation des polyosides (pour lesquels les enzymes ne sont pas disponibles) • Biosynthèse de vitamines (vitamine K, H, acide folique)• Production d'acides gras à chaînes légères (ex.: le butyrate d'origine microbienne
représente 50 % des sources d'hydrates de carbone des cellules épithéliales coliques)Effet de barrière contre les microorganismes
pathogènes • Compétition (récepteurs et nutriments) • Production de molécules bactéricides (acide lactique, bactériocines)Homéostasie de la barrière épithéliale intestinaleFonctions majeures de la flore commensale colique
Relations hôte bactéries
bactéries pathogènespouvoir pathogène = capacité à provoquer des troubles chez un hôte pouvoir invasif (capacité à se répandre dans les tissus et à yétablir un/des foyers infectieux) :
adhérence, enzymes pouvoir toxinogène (capacité à produire des toxines) Hôte = plante, animal, hommeBIOFILM
BIOFILM
Relations hôte bactéries
bactéries pathogènes pour l'hommeH strictes (ou spécifiques) : quel que soit le patient, sauf dans le cas des porteurs sains.Par exemple : Salmonella typhi , Vibrio cholerae, Mycobacterium tuberculosis (BK), Neisseria meningitidis, gonocoque ...
H Opportunistes : lorsque les défenses de l'hôte sont affaiblies Hrupture barrières cutanéo-muqueuses, destruction des flores commensales, baisse de l'immunité, ...
Par exemple : Pseudomonas aeruginosa, entérocoques, Acinetobacter, ...Origine endogène : ses propres flores commensales
Origine exogène : environnement, animal, homme malade ou convalescent (contagiosité), homme porteur sainLes voies de transmission •
DIRECTE
(obligatoire pour les bactéries fragiles) de la source à l'hôte réceptifContact cutanéo-muqueux
ex : IST, plaie infectéeGouttelettes
ex : méningocoque, pneumocoqueMaternofoetale (ex : streptocoque B)
Morsures (ex : Pasteurella)
INDIRECTE
Intermédiaire entre source et hôte réceptifSurfaces contaminées,
matériel, objets contaminés alimentation (botulisme, listeriose) eau (fièvre typhoïde) air (BK)Mains +++ (transmission croisée)
Vecteur : puces, tiques, ...
HommeBactéries commensales
Bactéries parasitesEnvironnement
tellurique, aérien, hydrique, ...Bactéries saprophytesAnimal
Bactéries
commensales et parasitesInteractions complexesNombreux écosystèmes
Environnement hospitalier
Air, eau, surfaces (sol, murs, mobiliers,
équipements), linge, aliments, dispositifs médicaux, déchetsContamination variable (services, patients, ...)
Survie variable des bactéries commensales et pathogènes (température, humidité, déchets organiques, ...) streptocoques ± , staphylocoques +, entérocoques +, entérobactéries +, Acinetobacter ++, spores +++Pression de sélection antibiotique → bactéries multirésistantes (BMR) entérocoques R vancomycine, SARM, BLSE, Acinetobacter, pyocyaniqueEnvironnement hospitalier
Voies de transmission
Mains - matériel - eau -
air - aliments - surfacesEmetteurHôte-environnementRecepteur
Hôte-environnementSource d'infections?
Epidémies, endémies ?
Preuves? (biologie moléculaire)EAU : oui
Legionella, P. aeruginosa, mycobactéries
atypiques,Aeromonas, S.maltophilia,
champignonsAIR : ouiparticules en suspension et ISO en orthopédieAspergillus et travauxSURFACES : ?
Environnement proche et BMR
C.difficile
Quelques exemples
de bactériesBactéries pathogènes pour l'homme
- - - A - - - -Afipia felis >>> maladie des griffes du chat
- - - B - - - -Bacillus anthracis >>> charbon (anthrax)
Bacillus cereus >>> intoxication alimentaire à Bacillus cereus - Bartonella henselae, clarridgeiae >>> maladie des griffes du chat - Bordetella pertussis (bacille de Bordet et Gengou) >>> coqueluche - Bordetella parapertussis et bronchiseptica >>> syndrômes parapertussiques bénins - Borrelia burgdorferi >>> maladie de Lyme - Borrelia recurrentis >>> borrelioses (fièvres récurrentes transmises par les poux) - Borrelia hispanica, persica, duttonii, crocidurae >>> borrelioses (fièvres récurrentes transmises par les tiques) - Brucella melitensis, abortus, suis >>> brucelloseBurkholderia mallei >>> morve
- Burkholderia pseudomallei (bacille de Whitmore) >>> mélioïdose - - - C - - - - Campylobacter fetus ssp. fetus >>> campylobactériose - Campylobacter jejuni >>> entérites - Chlamydia trachomatis >>> trachome - maladie de Nicolas et Favre - - - C - - - - Chlamydophila pneumoniae >>> infections respiratoiresChlamydophila psittaci >>> ornithose-psittacose
Clostridium
botulinum >>> botulismeClostridium
difficile >>> colites pseudo-membraneusesClostridium
perfringens >>> gangrènes gazeusesClostridium
tetani >>> tétanosCorynebacterium diphteriae >>> diphtérie
Coxiella
burnetii >>> fièvre Q - - - E - - - -Ehrlichia
chaffeensis >>> ehrlichiose monocytaire humaineEhrlichia
equi phagocytophila >>> ehrlichiose granulocytaire humaineErysipelothrix
rhusiopathiae >>> érysipéloïdeEscherichia
coli >>> entérites - - - F - - - -Francisella tularensis >>> tularémie
- - - H - - - - - Haemophilus ducreyi >>> chancre mou Haemophilus influenzae >>> méningite bactérienne Helicobacter pylori >>> ulcère gastro-duodénal - - - K - - - - - Kingella kingae >>> infections ostéo-articulairesKlebsiella granulomatis >>> donovanose
- Klebsiella ozenae >>> ozeneKlebsiella pneumoniae >>> pneumonies
- - - L - - - -Legionella pneumophila >>> légionellose
- Leptospira interrogans >>> leptospirose ictéro-hémorragique - Listeria monocytogenes >>> listeriose - - - M - - - - Mycobacterium leprae (bacille de Hansen) >>> lèpre - Mycobacterium tuberculosis (bacille de Koch) >>> tuberculose - Mycobactéries atypiques (avium, bovis, intracellulare...) >>> infections opportunistes Mycoplasma pneumoniae >>> pneumonie atypique primitive - Mycoplasma hominis >>> infections uro-génitales - - - N - - - - Neisseria gonorrhoeae (gonocoque) >>> blennoragie - Neisseria meningitidis (méningocoque) >>> méningite cérébro-spinale - - - P - - - -Pasteurella multocida >>> pasteurellose
- Pseudomonas aeruginosa (bacille pyocyanique) >>> Infections opportunistes et nosocomiales - - - R - - - - Rickettsia (nombreuses espèces) >>> typhus et fièvres exanthématiques - - - S - - - -Salmonella
enterica >>> salmonelloses - Shigella dysenteriae, S. flexneri, S. boydii et S. sonnei >>> dysentérie bacillaire - Spirillum minus >>> sodoku - Staphylocoques et streptocoques >>> impetigo - Streptocoques du groupe A >>> scarlatine, erysipèle - Streptococcus pneumoniae >>> infections de la sphère ORL, pneumonies... - - - T - - - -Treponema pallidum >>> syphilis
- Tropheryma whipplei >>> maladie de Whipple (lipodystrophie intestinale) - - - U - - - - Ureaplasma urealyticum >>> infections uro-génitales - - - V - - - - Vibrio cholerae (variétés cholerae et eltor) >>> choléra - - - Y - - - -Yersinia pestis >>> peste
- Yersinia enterocolitica >>> entéro-colite - Yersinia pseudotuberculosis >>> pseudotuberculoseEscherichia coli
Commensale du TD
8 80 % flore aérobie
Infection le + souvent d'origine endogène
(urinaire ++, abdominale, septicémie, ...)Emergence de résistance antibiotique : BLSEExistence de souches pathogènesEx 1: souches entéro-hémorragiques O157-H7 (diarrhées sanglantes, SHU)Origine alimentaire : " maladie du hamburger »
Ex 2: E.coli K1 et méningite néonatale
Staphylococcus aureusCocci à Gram+ en diplocoques et amasPigment jaune orangé
Homme : 30 à 50 % de porteurs (nez+++)
Résiste dans le milieu extérieur
Équipé pour le pouvoir pathogène
(enzymes± toxines)
Infections communautaires et nosocomiales
Multirésistance (R méticilline = SARM)8 Endogène : le patient s'infecte avec " son » S. aureus
Ex : infection après acte invasif sans bonne préparation cutanée8 Exogène : la bactérie est transmise au patient
par contact direct (mains +++) par l'environnement (matériel, surfaces, ...)Pseudomonas aeruginosa
Saprophyte : l'eau
eaux, siphons, brise-jets, végétaux, sols humides, matériel, désinfectants,...Parfois commensal TD•
Pigments : bleu (pyocyanine)
vert (pyoverdine)Souches parfois muqueuses
Pseudomonas aeruginosa
Pathogène opportuniste surtout
Mucoviscidose
Hôpital ++ IN
Pneumopathies (réanimation)
Infections urinaires (sondage)
Infections plaies (brûlés)
Otites (piscines), infections oeil (lentilles)
Multirésistance acquise aux
antibiotiques +++ à l'hôpital → impasse thérapeutiqueLegionella
Bactérie de l'environnement hydrique
eau douce : réservoirs naturels et artificiels (amibes)Transmission par aérosols, non interhumaine
8 Pneumopathie
Surtout sujets âgés, immunodéprimés
Diagnostic : Ag urinaire ++
Prévention ++ (nombreux textes)
entretien et contrôle des circuits d'eauEau chaude sanitaire (douches +++)
Tours aéro-réfrigérantes, climatiseursDécembre 2000, épidémie du tout nouvel hôpital Georges Pompidou (4 décès)Clostridium difficile
Enteropathogène majeur
8 95% CPM
8 10-25% diarrhées post-antibiotiques
8 10% diarrhées nosocomiales
8 1,5% diarrhées post-antibiotiques
communautairesSeules les souches toxinogènes sont pathogènes2 toxines : A et B ± 3ème toxine (binaire)
Les souches A-B+ sont pathogènesBactérie sporulée : spores très résistantes dans l'environnement
→ précautions spécifiquesAntibiothérapie
Effet de barrière rompu
Contamination par C. difficile
toxinogèneEndogèneExogèneContamination
oro-fécale 9 environnement ou manuportéeProduction toxinesAbsence réponse immunitaire Altération de la muqueuseCPM + formes compliquées
DiarrhéeAsymptomatique
Très rares (<1%)
Mycobacterium tuberculosis
Bacille de Koch
Bacille acido-alcoolorésistant : BAAR
Agent de la tuberculose
Pathogène strict
Réservoir = homme
Transmission
Gouttelettes de Pflügge
Particules en suspension dans l'air
(dropplet nuclei)Le monde bactérien
C'est un monde complexe que l'on n'a pas fini d'explorer Nombre de bactéries astronomique (1-3 millions?)Elles sont partout
Le plus souvent utiles, parfois nuisibles
La connaissance des bactéries a permis
Traitement et prévention de nombreuses maladies infectieuses Réservoir, voies de transmission, adhésion, toxines, sensibilité aux antibiotiques et mode de résistance ...Utilisation des bactéries ou de leurs enzymes
(biotechnologies) : alimentation (pain, bière, vin, fromages), lessive, agriculture, pharmacie, médecine, dépollution des sites industriels.... Et hélas bioterrorismequotesdbs_dbs22.pdfusesText_28[PDF] frottis yaourt bleu méthylène
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