[PDF] Manuel de référence du logiciel BD FACSDiva





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Manuel de référence du logiciel BD FACSDiva

BD Biosciences

2350 Qume Drive

San Jose, CA 95131-1807

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Tél. (877) 232-8995

Fax (800) 325-9637Brésil

Tél. (55) 11-5185-9995

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Europe

Tél. (32) 2 400 98 95

Fax (32) 2 401 70 94Mexique

N° d'appel gratuit 01-800-236-2543

Tél. (52) 55 5999 8296Japon

Nippon Becton Dickinson Company, Ltd.

N° d'appel gratuit 0120-8555-90Asie Pacifique

Fax (65) 6-860-1593Canada

N° d'appel gratuit (888) 259-0187

Fax (888) 229-9918Tél. (65) 6-861-0633

Tél. (905) 542-8028

canada@bd.com bdbiosciences.com

Réf. 642218-FR Rév. A

Juin 2007

Réservé au diagnostic in vitro

help.biosciences@europe.bd.com Tél. 81-24-593-5405 Fax 81-24-593-5761Tél. (52) 55 5999 8288facservice@bd.com

Manuel de

référence du logiciel

BD FACSDiva

© 2007, Becton, Dickinson and Company. Tous droits réservés. Aucune partie de ce document ne peut être

reproduite, transmise, transcrite, archivée dans des systèmes de recherche automatique ni traduite dans une langue ou

un langage informatique quelconque, sous quelque forme ou par quelque moyen que ce soit, électronique, mécanique,

magnétique, optique, chimique, manuel ou autre, sans l'autorisation écrite préalable de BD Biosciences.

Les informations contenues dans ce manuel peuvent être modifiées sans préavis. BD Biosciences se réserve le droit de

modifier ses produits et services à tout moment pour y intégrer les dernières avancées technologiques. Bien que ce

manuel ait été préparé avec le plus grand soin pour garantir son exactitude, BD Biosciences décline toute

responsabilité pour toute erreur ou omission, ainsi que pour tout dommage résultant de la mise en application ou de

l'utilisation de ces informations. BD Biosciences est attentif aux commentaires et aux suggestions de correction et

d'amélioration de la part de ses clients.

BD FACSDiva © Becton, Dickinson and Company. Ce logiciel est la propriété de Becton, Dickinson and Company.

Chaque vente d'une unité archivée de ce logiciel donne à l'acheteur droit à une licence personnelle non transférable et

non exclusive. Ce logiciel ne peut être dupliqué, reproduit ni copié sous quelque forme que ce soit ou par quelque

moyen que ce soit, sauf disposition contraire prévue par la loi. Ce produit contient le logiciel développé par Apache Software Foundation (apache.org).

BD, le logo BD et toute autre marque de commerce sont la propriété de Becton, Dickinson and Company © 2007 BD.

Adobe, Acrobat et Reader sont des marques déposées d'Adobe Systems Incorporated. Diskeeper est une marque

déposée d'Executive Software International. FlowJo est une marque de commerce de Tree Star, Inc. Java est une

marque de commerce de Sun Microsystem, Inc. aux États-Unis et dans d'autres pays. Microsoft, Windows et Excel

sont des marques déposées de Microsoft Corporation. ModFit LT est une marque de commerce de Verity Software

House, Inc. Pentium et Xeon sont des marques déposées d'Intel Corporation ou des ses filiales aux États-Unis et dans

d'autres pays. Sentinel System Driver est une marque de commerce de Rainbow Technologies, Inc. Sybase, Adaptive

Server Anywhere, et SQL Anywhere sont des marques de commerce de Sybase, Inc ou de ses filiales.

Les autres noms de sociétés et de produits mentionnés peuvent être des marques de leurs propriétaires respectifs.

PerCP fait l'objet d'une licence sous le brevet américain n°4 876 190.

Avis aux clients

La société BD Biosciences délivre des logiciels et stations de travail conçus pour faire fonctionner les appareils qu'il

fournit. L'acheteur/utilisateur est chargé de vérifier que tous les fichiers électroniques ajoutés, notamment le logiciel et

les milieux de transport, sont dépourvus de virus. Si la station de travail est utilisée pour un accès Internet ou à des

fins autres que celles précisées par BD Biosciences, il incombe à l'acheteur/utilisateur d'installer un logiciel anti-virus

et de veiller à sa mise à jour régulière. BD Biosciences ne saurait en aucun cas garantir que la station de travail reste

exempte de virus après l'installation. BD Biosciences n'est pas responsable des réclamations liées ou résultant du

défaut de l'acheteur/utilisateur à installer et à maintenir une protection anti-virus.

Le logiciel BD FACSDiva contient VxWorks sous la forme d'un logiciel intégré (" Run-Time Module »). Ce module

a été développé par une partie tierce et nous sommes tenus d'informer nos clients des limites d'utilisation de ce

module.

Concernant le module Run-Time, il est interdit à l'utilisateur de : (i) Copier le module Run-Time ci-inclus pour toute

fin autre que l'archivage autorisé par les procédures d'archivage en vigueur dans son laboratoire ; (ii) Transférer le

module Run-Time à une tierce partie ; (iii) Modifier, décompiler, désassembler, désosser ou essayer par quelque autre

moyen de détourner le code source du module Run-Time ; (iv) Exporter le module Run-Time ou la technologie

associée à des fins violant les lois et directives américaines et étrangères applicables en matière d'export ; (v) Utiliser le

module Run-Time dans un contexte autre que le fonctionnement d'instruments BD. Le Run-Time Module n'est pas

vendu, mais uniquement concédé sous-licence et BD et ses concédants conservent la propriété de l'intégralité des

copies du module Run-Time. BD rejette expressément toute garantie implicite, incluant mais de façon non limitative,

les garanties implicites de qualité marchande, de compatibilité avec certains objectifs, de titre et de non-contrefaçon.

BD et ses concédants de licence ne seront en aucun cas être soumis à une quelconque responsabilité en ce qui concerne

les dommages-intérêts particuliers, punitifs, accessoires ou indirects. Les restrictions présentées ici s'appliquent

à toute distribution complémentaire du module Run-Time.

Historique

Révision Date Modification effectuée

341756 Rév. A 8/01 Version finale pour le logiciel BD FACSDiva™ version 1.0.

330798 Rév. A 1/02 Mise à jour vers la version 2.0 : Performances améliorées, utilitaire de restructuration de la base de

données et de gestion des données, affichage de données modifiable, fonctionnalités de réglages

d'appareil, bouton Next, fonctions copier/coller et fonctionnalités d'affichage du graphe accrues.

330802 Rév. A 6/02 Mise à jour vers la version 2.1 : Performances améliorées, nouvelle conception de l'aire de travail

avec éléments séparables, dossiers au niveau du navigateur, curseur d'acquisition opérationnel,

redéfinition de la fonction Sort Layout, copie d'objets par simple glissé, fenêtrage en mode

descendant, quadrillage par décade logarithmique pour les graphes, affichage/masquage des limites

d'une région, curseurs dépendant du contexte, lissage de l'histogramme, modifications de fenêtrage

téléchargées lors du tri, acquisition automatique lors de l'enregistrement/du tri, importation/

exportation d'expériences, facteur de mise à l'échelle du ratio par ratio, facteur de mise à l'échelle

de l'aire par laser.

333602 Rév. A 11/02 Mise à jour vers la version 2.2 : Modèles d'acquisition, préférences utilisateur, calcul automatique

de la compensation, copier/coller des valeurs de recouvrement spectral, rapport d'état de l'appareil,

rapport de tri, compteurs de Sort Layout, tracés de contour, régions Auto-Interval, touches rémanentes, éditeur des vues statistiques.

337370 Rév. A 1/04 Mise à jour vers la version 4.0 : Nom d'utilisateur, expériences privées et partagées, nouveaux

boutons page de travail (augmentation/réduction du graphe, région snap-to interval), nouvelles

préférences utilisateur, modèles d'expériences et d'échantillons, analyse en série, commandes

d'ajustement pour les régions snap-to, fonctions spécifiques de l'appareil BD FACSCanto™.

337999 Rév. A 4/04 Mise à jour vers la version 4.0.1 : Version CE IVD

338572 Rév. A 9/04 Mise à jour vers la version 4.1 : Graphes biexponentiels, régions quadrant pivotables, tracés de

densité, modèles par défaut et couleur du fond du graphe dans les préférences utilisateur, réglages

généraux de l'appareil, restrictions concernant la modification des réglages de l'appareil, nouveau

procédé de création des tubes de contrôle de la compensation, modèles de CQ par défaut, mise

à l'échelle de l'aire des FSC, copier/coller d'éléments de la page de travail vers des applications

Microsoft® Office, support de l'échantillonneur haut débit High Throughput Sampler (HTS) de

BD™ sur le BD™ LSR II.

640749 Rév. A 5/06 Mise à jour vers la version 5.0 : Améliorations du flux de travail du Passeur de tubes BD FACS™ et

prise en charge de l'option BD HTS sur les appareils BD FACSCanto, nouvelle apparence,

possibilité de désactiver la mise à l'échelle biexponentielle, application des valeurs de mise

à l'échelle aux autres éléments des expériences, mise à l'échelle d'une population, copier/coller des

régions, importation/exportation des profils utilisateur, importation/exportation, duplication et impression des configurations des appareils. Pour obtenir davantage de détails, consulter les nouvelles fonctionnalités dans le Démarrage avec le logiciel BD FACSDiva.

642218 Rév. A 5/07 Mise à jour vers la version 6.0 : Configuration du cytomètre facilitée, améliorations des flux de

travaux pour l'administration, utilisation du navigateur, acquisition, importation et exportation

des fichiers, apparence améliorée, statistiques robustes, nouvelles options de fenêtrage et prise en

charge du Laser 375 pour le BDFACSAria. Pour obtenir davantage de détails, consulter les nouvelles fonctionnalités dans le Démarrage avec le logiciel BD FACSDiva. v

Table des matières

À propos de ce manuel xi

Conventions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xii

Assistance technique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xiii

Limitations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xiv

Chapitre 1 : Installation et configuration du logiciel 15

À propos du logiciel BD FACSDiva . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16

Composition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16

Configuration requise . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18

Compatibilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19

Installation du logiciel BD FACSDiva . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 Installation du nouveau logiciel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21

Fichiers installés . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27

Démarrage du logiciel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29

Administration des comptes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31

Ajout d'utilisateurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31

Ajout ou modification de mot de passe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 Suivi des connexions des utilisateurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 Exportation de profils d'utilisateurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38

Invalidation d'utilisateurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

Fermeture du logiciel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42

Chapitre 2 : Aire de travail BD FACSDiva 43

Composants de l'aire de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44

viManuel de référence du logiciel BD FACSDivaBarre d'état . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45

Barre d'outils de l'aire de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45

Options d'affichage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

Inspecteur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48

Navigateur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49

Utilisation du navigateur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

Utilisation de la zone de recherche . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 Ajout de nouveaux éléments au navigateur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 Utilisation du marqueur du tube en cours . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 Organisation du navigateur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

Expériences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59

Lancement d'une nouvelle expérience . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59

Ouverture d'expériences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

Utilisation de l'inspecteur d'expérience . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62 Enregistrement des expériences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62

Expériences partagées ou privées . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67

Exportation et importation d'expériences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

Recherche de données enregistrées . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

Utilisation de la boîte de dialogue Experiment Layout . . . . . . . . . . . . . . 70 Utilisation des listes de la boîte de dialogue Experiment Layout . . . . . . . 71

Étiquettes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71

Mots-clés . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73

Critères d'acquisition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76

Échantillons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79

Utilisation de l'inspecteur d'échantillon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79 Exportation d'un échantillon en tant que modèle de panel . . . . . . . . . . . 80 Importation d'un modèle de panel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82 Application d'une analyse de panel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84

Tubes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85

Utilisation de l'inspecteur de tube . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85

Table des matièresviiCréation d'un tube à partir d'un modèle d'analyse prédéfini . . . . . . . . . 89

Réglages du cytomètre . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90

Objets d'analyse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91

Enregistrement d'un modèle d'analyse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91

Copie des analyses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93

Mots-clés . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94

Définition et modification des mots-clés . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95

Suppression des mots-clés . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100

Préférences utilisateur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100

Préférences de l'onglet General (général) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101

Préférences de l'onglet Gate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103

Préférences de page de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104

Préférences de l'onglet Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106

Préférences de l'onglet FCS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106

Préférences de l'onglet Template . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107

Préférences de l'onglet Statistics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108

Préférences de l'onglet Biexponential . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109

Chapitre 3 : Commandes du cytomètre et d'acquisition 111

Commandes du cytomètre . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112

Configurations du cytomètre . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113

Détails relatifs au cytomètre . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127

Messages d'état . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127

Commandes laser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128

Rapports d'état du cytomètre . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132

Veille et connexion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135

Panneau d'acquisition (Acquisition Dashboard) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135 Activité en cours et commandes de base . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136

Acquisition Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139

Acquisition Status (État de l'acquisition) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142

Curseur de tube en cours . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143

viiiManuel de référence du logiciel BD FACSDivaRéglages du cytomètre . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145

Ajustement des réglages du cytomètre . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146 Création de réglages spécifiques à l'échantillon ou au tube . . . . . . . . . . . 155

Utilisation des réglages généraux du cytomètre . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156

Impression des réglages du cytomètre . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159

Exportation des réglages du cytomètre . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160 Contrôles de correction de la compensation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162 Utilisation de la configuration de la compensation . . . . . . . . . . . . . . . . . 163 Utilisation des configurations des compensations . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175 Calcul manuel de la compensation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180

Chapitre 4 : Outils d'analyse des données 189

Pages de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190

Pages de travail standard . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190

Pages de travail générales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192

Utilisation de la barre d'outils des pages de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . 195 Utilisation de l'inspecteur de pages de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199 Modification des pages de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201 Impression des pages de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207 Enregistrement de pages de travail sous forme de fichiers PDF . . . . . . . . 208

Graphes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210

Création de graphes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211

Modification des graphes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 213

Utilisation de l'inspecteur de graphe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 218 Utilisation d'un affichage biexponentiel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 230

Régions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 236

Traçage des régions manuelles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 239

Création de régions automatiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 241

Fonctionnement des régions Snap-To . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242

Modification des régions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 248

Masquage et affichage des régions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 250

Table des matièresixCopier-coller de régions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 251

Glisser-déposer des régions dans les graphes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 251 Glisser-déposer dans une hiérarchie de population . . . . . . . . . . . . . . . . . 252

Hiérarchie de population . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253

Utilisation de la hiérarchie de population . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 254

Définition d'une région dérivée . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 257

Application des coordonnées des régions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 260

Statistiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261

Sélection des statistiques à afficher . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 262

Calcul des statistiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 267

Exportation de statistiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 270

Analyse en série . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 271

Travail hors-ligne . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275

Chapitre 5 : Gestion des données 277

Travail avec les données BD FACSDiva . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 278

Maintenance des données . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 279

Optimisation du traitement des données . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281 Vérification de la taille de la base de données . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281

Suppression d'expériences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 282

Exportation et importation de fichiers FCS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283

Export de fichiers FCS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 284

Importation de fichiers FCS provenant d'autres applications

BD Biosciences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 289

Importation de fichiers FCS provenant d'autres applications . . . . . . . . . 291

Exportation et importation d'expériences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 293

Exportation d'expériences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 294

Import d'expériences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 296

Utilisation de l'utilitaire Data Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 297

Sauvegarde de la base de données . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 298 Restauration de la base de données . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 301 xManuel de référence du logiciel BD FACSDivaChapitre 6 : Résolution des problèmes 305

Résolution des problèmes d'installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 306

Résolution des problèmes électroniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 308

Résolution des problèmes généraux de logiciel. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310

Résolution des problèmes de configuration de la compensation . . . . . . . . . . 315

Résolution des problèmes d'analyse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 318

Résolution des problèmes du programme Data Manager . . . . . . . . . . . . . . . . 320

Résolution des problèmes d'impression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 322

Impression directe sur l'imprimante. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 322

Annexe A : Menus et raccourcis clavier 325

Menus du logiciel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 326

Menus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 327

Raccourcis clavier . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 328

Annexe B : Théorie numérique 331

Méthode de mesure des signaux numériques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 332

Seuil . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333

Valeurs paramètres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333

Ratios . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 334

Compensation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 334

Interruptions électroniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 335

Glossaire 337

Index343

xi

À propos de ce manuel

Ce manuel décrit comment utiliser le logiciel BD FACSDiva™. Se reporter au manuel de votre cytomètre pour obtenir des informations sur le fonctionnement et l'entretien du cytomètre en flux. Le Manuel de référence du logiciel BD FACSDiva est destiné aux opérateurs familiarisés avec le fonctionnement de base de Microsoft® Windows®. Si l'opérateur n'est pas familiarisé avec ce système d'exploitation, il convient de consulter la documentation fournie avec l'ordinateur. Il est conseillé aux utilisateurs non familiarisés avec le logiciel BD FACSDiva de consulter : le Chapitre 1 pour connaître les exigences et la compatibilité logiciel, les options d'installation et d'administration ; les Chapitre 2 et Chapitre 3 pour connaître les fonctions logicielles et les commandes de base du cytomètre ; le Chapitre 4 pour en savoir plus sur les outils d'analyse, tels que les pages de travail, graphes, régions et statistiques ; le Chapitre 5 pour apprendre comment gérer les données, importer et exporter des fichiers. Pour avoir accès à des didacticiels conçus pour aider l'utilisateur à se familiariser avec le logiciel, se reporter au Démarrage avec le logiciel BD FACSDiva. Une fois les opérations de routine maîtrisées, si la consultation d'un récapitulatif des menus du logiciel ou des raccourcis clavier s'avère nécessaire, voirAnnexe A. Pour une présentation de la théorie numérique, voir Annexe B. xiiManuel de référence du logiciel BD FACSDiva

Conventions

Les tableaux suivants répertorient les conventions utilisées tout le long de ce manuel. Le Tableau 1 répertorie les symboles avertissant l'utilisateur d'un danger potentiel. Les conventions qui se rapportent au texte et au clavier sont représentées dans le Tableau 2.

Tableau 1 Symboles de danger

Symbole Signification

Attention : danger ou usage dangereux pouvant entraîner des dommages matériels, une perte de données, des blessures légères ou graves, voire la mort. Tableau 2 Conventions utilisées pour le texte et le clavier

Convention Usage

Conseil

Attire l'attention sur des fonctions ou des astuces qui permettent de gagner du temps et de contourner des problèmes AVIS

IMPORTANT

Décrit des instructions ou fonctions importantes ItaliqueLes termes en italiques signalent les grands titres et la première occurrence des termes nouveaux ou non familiers dans le texte. > La flèche indique un choix de menu. Par exemple, " sélectionner File > Print » (Fichier > Imprimer) signifie que l'opérateur doit choisir l'option Print (Imprimer) du menu File (Fichier). Ctr+X Avec les noms de touche, un tiret indique qu'il faut appuyer simultanément sur les deux touches. Par exemple, Ctrl-P signifie que l'opérateur doit appuyer sur la touche Ctrl en tapant la lettre p.

À propos de ce manuelxiii

Assistance technique

Pour toute question technique ou demande d'assistance dans la résolution d'un problème : Dans le logiciel BD FACSDiva, sélectionner Help > Online Help (Aide - Aide en ligne). Rechercher et consulter les sujets spécifiques

à l'opération à effectuer.

Dans le logiciel BD FACSDiva, sélectionner Help > Online Training (Aide - Formation en ligne). Se reporter au paragraphe Résolution de problèmes des registres d'aide liés au logiciel ou au cytomètre. Se reporter au site Web de BD Biosciences : bdbiosciences.com Pour toute autre demande d'assistance, contacter le représentant du service technique ou le distributeur BD Biosciences local. Rassembler les informations suivantes avant de contacter BD Biosciences : les nom de produit, numéro de référence et numéro de série, numéro de version du logiciel et caractéristiques techniques système de l'ordinateur tout message d'erreur détails des performances récentes du cytomètre BD Biosciences peut également demander les fichiers console.log et LogFile.xml, situé dans le répertoire C:\Program Files\BD FACSDiva Software\log, et le fichier d'expérience que vous avez exporté. Pour contacter l'assistance technique relative au cytomètre à partir des

États-Unis, composer le (877) 232-8995.

Pour contacter l'assistance technique à partir du Canada, composer le (888) 259-0187. Pour tous les autres pays, contacter le représentant ou le distributeur

BD Biosciences local.

xivManuel de référence du logiciel BD FACSDiva

Limitations

Réservé au diagnostic in vitro (IVD), en association avec des réactifs et des cytomètres adaptés. Pour plus d'informations concernant les limitations spécifiques aux applications, consulter la documentation fournie par le fabricant. 15 1

Installation et configuration du

logiciel Les rubriques suivantes sont abordées dans le présent chapitre : À propos du logiciel BD FACSDiva page 16 Installation du logiciel BD FACSDiva page 20 Démarrage du logiciel page 29 Administration des comptes page 31 Fermeture du logiciel page 42

16Manuel de référence du logiciel BD FACSDiva

À propos du logiciel BD FACSDiva

Le logiciel BD FACSDiva est un progiciel d'acquisition et d'analyse des données très souple, spécifiquement conçu pour les cytomètres en flux numériques. Le logiciel utilise des fonctionnalités flexibles pour simplifier l'acquisition, parmi lesquelles les modèles d'expérience, les présentations d'expériences définies par l'utilisateur et le calcul automatique de la compensation. Le logiciel unique en son genre comporte également de puissantes fonctions d'analyse, parmi lesquelles les outils de fenêtrage snap-to en un seul clic, le fenêtrage hiérarchique, la possibilité de copier et coller des régions et l'affichage biexponentiel. Pour simplifier la gestion des expériences et des données, le logiciel BD FACSDiva utilise un Navigateur facilitant l'organisation des expériences, le regroupement des échantillons et des tubes, la conception d'analyses globales ou spécifiques de certains tubes et la définition de réglages indépendants du cytomètre. Le navigateur permet également à l'utilisateur de gérer et de traiter des données enregistrées dans le contexte d'un seul tube ou d'un panel, voire d'une expérience dans son intégralité. Compatible avec les cytomètres en flux BD FACSCanto™, BD FACSAria™ ou BD™ LSR II mis à niveau avec l'option électronique numérique, ce logiciel pour PC vous offre toutes les fonctions de réglage, d'acquisition, de contrôle et d'analyse qui vous permettront de générer rapidement et efficacement des données de qualité à partir d'un cytomètre en flux numérique de marque

BD FACS™.

Composition

Le programme d'installation de BD FACSDiva installe les applications suivantes : Le logiciel BD FACSDiva 6.0 pour l'acquisition et l'analyse des données L'utilitaire Data Manager BD FACSDiva pour la sauvegarde et la restauration de la base de données Java™ 2 Runtime Environment (JRE) v1.5.0_11 pour l'exécution du logiciel BD FACSDiva Sybase® SQL Anywhere® Studio v9.0.2 pour l'exécution de la base de données

Chapitre 1 : Installation et configuration du logiciel17 Sentinel System Driver™ v5.41.1 pour l'utilisation du module de sécurité

Adobe® Acrobat® Reader® v7.0 pour la visualisation des versions PDF du manuel de référence et du guide de démarrage Microsoft .NET 2.0 Framework

Documentation

Le progiciel inclut une documentation, disponible en version papier et en ligne, afin d'en rendre l'apprentissage plus aisé. Le Manuel de référence du logiciel BD FACSDiva contient des renseignements de référence sur tous les composants logiciels. Disponible au format PDF, le document peut être ouvert, exploré et imprimé en utilisant Adobe Acrobat Reader. Une copie papier peut également être demandée

à BD Biosciences.

Pour accéder au fichier PDF, sélectionner Help> Literature > Reference Manual (Aide - Documentation - Manuel de référence) ou double-cliquer sur l'icône de raccourci qui figure sur le bureau. Le Démarrage avec le logiciel BD FACSDiva inclut des didacticiels conçus pour aider les nouveaux utilisateurs à faire leurs premiers pas avec le logiciel et les utilisateurs expérimentés à se familiariser avec les nouvelles fonctions proposées. Une copie papier est fournie avec chaque version du logiciel

BD FACSDiva.

Pour accéder au fichier PDF, double-cliquer sur l'icône de raccourci qui figure sur le bureau ou sélectionner Help> Literature > Getting Started Guide (Aide - Documentation - Guide de démarrage). L'aide en ligne contient des informations d'utilisation du logiciel BD FACSDiva et du cytomètre. L'aide s'affiche dans une fenêtre autonome, permettant à l'utilisateur d'accéder à la documentation tout en utilisant le logiciel. La fonction Search (Recherche) facilite l'accès aux informations pertinentes. Pour accéder à l'aide en ligne, sélectionner Help > Online Help (Aide - Aide en ligne) dans le logiciel BD FACSDiva.

18Manuel de référence du logiciel BD FACSDiva Pour accéder à la formation en ligne sur le logiciel BD FACSDiva,

sélectionner Help > Online Training (Aide - Formation en ligne).

Configuration requise

Matériel

Cytomètre en flux numérique de marque BD FACS : BD FACSAria,

BD FACSCanto, BD FACSCanto II ou BD LSR II.

Station de travail PC configurée selon les spécifications BD Biosciences -Les postes d'acquisition doivent impérativement être achetés auprès de BD Biosciences. L'ordinateur doit disposer d'une mémoire vive de 2 Go au minimum. -Les stations de travail exclusivement dédiées à l'analyse, doivent être équipées d'un processeur Pentium® III Xeon® 1 GHz ou supérieur, disposer d'au moins 512 Mo de mémoire vive (2 Go pour les fichiers de données de taille conséquente), 10 Go d'espace libre sur le disque dur, et fonctionner sous système d'exploitation Windows XP Pro (anglais des États-Unis uniquement). Pour garantir un niveau de performance optimal et une fonctionnalité d'analyse totale, il est recommandé d'acheter une station de travail ayant obtenu l'agrément de BD Biosciences. Contacter le représentant local pour plus d'informations. AVIS IMPORTANT Utiliser des stations de travail XW4100 ou supérieures. S'assurer que le système d'exploitation a été mis à niveau avec Service Pack

2 pour Windows XP. Pour commander ou télécharger les service packs,

se rendre sur le site Internet de Microsoft (microsoft.com/downloads). Les exigences s'appliquant aux stations de travail sont susceptibles d'être modifiées. Contacter le représentant BD Biosciences pour obtenir la liste des spécifications requises les plus récentes. Module de sécurité, connexion Bus série universelle (USB) (fourni avec le Guide de démarrage ou le logiciel du système BD FACSCanto) Chapitre 1 : Installation et configuration du logiciel19

Logiciel

Les logiciels répertoriés ci-après doivent impérativement être installés pour exécuter le logiciel BD FACSDiva. Le programme d'installation de chaque application se lance automatiquement lors de l'installation du logiciel

BD FACSDiva.

Java 2 Runtime Environment Sybase SQL Anywhere Studio Sentinel System Driver Microsoft Excel (pour le User Tracking Log - Journal de suivi des utilisateurs) Adobe Acrobat Reader (pour l'affichage de la version PDF de la documentation)

Compatibilité

Importation - Le logiciel BD FACSDiva peut importer des fichiers de données au format FCS 2.0 ou 3.0, et notamment ceux générés par les logiciels BD CellQuest™, BD CellQuest™ Pro ou BD FACSDiva, version

5.0.2 ou supérieure.

AVIS IMPORTANT Le logiciel BD FACSDiva ne peut ouvrir les fichiers FCS qu'à partir de BD CellQuest ou BD CellQuest Pro et pas les documents d'expérience.quotesdbs_dbs28.pdfusesText_34
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