[PDF] RAPPORT DACTIVITE 2013 27 mars 2013 Ecole Nationale

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Institut Pasteur d"Algérie

RAPPORT D"ACTIVITE 2013

Route du Petit Staouéli, Dély-Brahim, Alger - Algérie

Tél. : 88 - Fa: 8

Site e: .asteur.d

Resonsale de la Puliation

Pr. amal A

Resonsale de la Rédation

Pr. Fatma BAI

oordinatrie me Fadila BIF

Sommaire

Services et Laboratoires de Recherche / Diagnosti

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2%#(%2#(% %4 $% $)!'./34)#

ABRATIR D A TBRS, DS BATRIS T

D A SRIA D A RSISTA A

ATITBR

Chef de laboratoire : Fadila BOULAHBAL (D.M./ Pr./Faculté de Médecine d"Alger)

Présentation du laoratoire :

Le Laboratoire de la Tuberculose et des Mycobactéries de l"Institut Pasteur d"Algérie (IPA) existe depuis 19 issions • outien au prograe national de contrle de la tuberculose

• iagnostic de la tuberculose

• ureillance de la résistance aux antituberculeux • Contrle de qualité et superision des icroscopistes du réseau de laboratoires • oration et recyclage des icroscopistes du réseau de laboratoires • ecerce dans le doaine de la tuberculose : recerce appliquée dans laélioration des étodes diagnostics et leurs conditions dapplication sur la sureillance épidéiologique de la résistance aux antituberculeux et sur la ciiotérapie antituberculeuse

• oration des résidents en postgraduation

I Atiités de diagnosti

I.. Diagnosti de la tuerulose ulmonaire our les atients des STR Pour les alades exainés dans les erices de lutte Contre la tuberculose et Maladies espiratoires (CTM) dotés dun laboratoire de icroscopie les exaens icroscopiques sont aits au CTM et les préleents sont enoyés notre laboratoire pour la culture si celleci est positie un test de sensibilité aux antibiotiques est ait Pour caque patient nous receons entre et écantillons dexpectoration selon le statut térapeutique du patient Caque écantillon est is en culture sur plusieurs tubes de ilieu de Lenstein ensen Les résultats obtenus par patient sont présentés dans le tableau suiant : a ЉЊ ЊЉ Љ ЊЉЊ ЉВ a ЉЊ АЎ ЊБ ЎА Љ

W ЉЊ ВЍ ЉБ АБ ЉБ

I.. Diagnosti de la tuerulose ulmonaire our les atients roenant des strutures de soins non dotées de laoratoire : Pour les préleents proenant dune structure ospitalire ou dune structure de santé publique ou priée non dotée dun laboratoire lexaen icroscopique est pratiqué aant la ise en culture du préleent a ЉЊ ЉЎ Ѝ А Љ А ЉЉ Ў a a / / / / Au total le laboratoire a pratiqué au cours de lannée 1 1 cultures sur préleents dexpectoration proenant des structures publiques ou priées

I.. Diagnosti des tueruloses etra-ulmonaires

Le diagnostic des tuberculoses extra pulonaires se ait par la ise en culture dun ou de plusieurs préleents de nature ariables selon la localisation de la aladie Au cours de lannée 1 19 préleents durines et 1 liquides pleuraux ont été is en culture Les autres localisations sont plus rareent représentées coe le ontre le tableau suiant : [/w В Њ

5 БЎ Ѝ ЊЍЊ

L.. Tests de sensiilité au antitueruleu

Les antibiograes des souces isolées au laboratoire de diagnostic dans le cadre de lactiité de routine ne sont pas eectués systéatiqueent sur toutes les souces Lantibiograe nétant pas indispensable la prescription du régie térapeutique et pour des raisons pratiques des critres de sélection ont été is en place • Lantibiograe est pratiqué dans le cas de la sureillance peranente de la résistance ce les noueaux cas un écantillon aléatoire raison dune souce testée sur souces isolées de alades aais traités • Par contre lantibiograe est eectué systéatiqueent sur toute souce isolée de patient dé traité (dont le traiteent doit tre repris pour une recute un écec ou aprs une reprise éolutie aprs interruption précoce du priotraiteent)

Par ailleurs les tests de sensibilité sont pratiqués systéatiqueent dans les deux cas

suiants : sur les souces isolées de localisation extrapulonaire et les souces isolées de tuberculose de lenant Le laboratoire en tant que laboratoire supranational du réseau M lobal Tuberculosis Initiatie (LI) participe un prograe de contrle international de qualité et dans ce cadre reoit une ois par ois un lot de souces pour le contrle de qualité des tests de sensibilité aux anti tuberculeux Au cours de lannée 1 le laboratoire a eectué 1 antibiograes sur ilieu solide de

Loensteinensen abriqué localeent

Les souces isolées de alades noueaux cas sont testées aux antituberculeux aeurs (I iapicine tabutol et treptoycine) celles isolées ce des tuberculeux dé traités sont testées isis de tous les antituberculeux utilisés pour le traiteent de ces cas (tionaide Cyclosérine anaycine et loxacine) Pour les cas particuliers (urgence signalée auais état du alade orte probabilité de souces ultirésistantes la recerce rapide par PC de la résistance l"isoniaide et la riapicine par la étode de ain (MTBDlu) est entreprise Le test pert est lancé caque ois quune souce ultirésistante est suspectée omre de tests de sensiilité eetués sur milieu solide de .: 8 ur les 1 souces testées 1 soit ont été isolées de patients noueaux cas et 1 () de patients en retraiteent Le axiu de souces proiennent de alades gés entre 1 et 9 ans ( ) et de patients sont gés de oins de 1 ans La tuberculose pulonaire est représentée par des souces () Le taux de la résistance secondaire aux édicaents est de soit souces résistantes au oins un antibiotique sur 1 souces isolées de patients dé traités Le taux de la résistance priaire obserée ce les noueaux cas est seuleent de : souces résistantes au oins une drogue antituberculeuse sur 1 souces testées isolées de alades noueaux cas .. Test lisa QuantiFeron in Tube : Le laboratoire a eectué tests sérologiques LIA pour le diagnostic de la tuberculose latente ce des patients candidats aux traiteents par les anti T ala (patients des serices de ruatologie et de gastroentérologie essentielleent ais aussi de deratologie et de édecine interne) ur ces tests étaient positis et ont donné un résultat classé indéteriné

II Atiité de Réérene :

• outien au prograe national de contrle de la tuberculose • ureillance de la résistance aux antituberculeux • Contrle de qualité et superision des icroscopistes du réseau de laboratoires • oration et recyclage des icroscopistes du réseau de laboratoires • ecerce dans le doaine de la tuberculose : recerce appliquée dans laélioration des étodes diagnostics et leurs conditions dapplication sur la sureillance épidéiologique de la résistance aux antituberculeux et sur la ciiotérapie antituberculeuse • R : (Laboratoire ational de éérence pour la Tuberculose) : le laboratoire entretient en tant que laboratoire de réérence pour la tuberculose des liens étroits aec dune part le responsable du Prograe de lutte contre la tuberculose irection de la Préention du MP et dautre part aec le réseau national de laboratoires pour la tuberculose constitué leure actuelle de laboratoires régionaux dran et de Constantine et de 19 Laboratoires péripériques de icroscopie • SR :(Laboratoire supranational) Le laboratoire est classé par lM coe laboratoire supranational cargé du contrle de qualité et de la superision de laboratoires nationaux de la région Arique de lM (A) n tant que Laboratoire supranational pour la tuberculose notre laboratoire répond aux deandes de lM pour la superision et le contrle externe de la qualité des laboratoires nationaux qui deandent par le biais de lM un soutien pour la oration le contrle de qualité ou une isite de superision

II. Atiités d"eertise

1 outien la ise en place et dans la conduite de lnqute ationale sur la

Préalence de la ésistance de la tuberculose aux édicaents antituberculeux ne isite de superision a été eectuée au cours de lannée 1 auprs de la iision de lpidéiologie et du Contrle de la Maladie linitation du Ministre de la santé du Maroc La ission sest déroulée du octobre au noebre 1 Participation au Conseil scientiique et tecnique de lInstitut Pasteur du Maroc

Casablanca 1 et 19 septebre 1

III Atiité de reherhe

a Présentation des atiités : a. aluation ermanente de la Résistane de M.tuberculosis au antiiotiues n collaboration aes le Prograe ational de lutte Contre la Tuberculose irection énérale de la Préention et de la prootion de la anté MP le laboratoire assure les actiités ciaprs : • ureillance peranente de la préalence de la résistance de M.tuberculoi aux antibiotiques ce les alades noueaux cas et ce les alades en retraiteent • aluation annuelle de la préalence et de lincidence de la tuberculose M (tuberculose bacilles résistants lI et la iapicine) et (bacilles résistants lI iapicine et autres olécules du régie de troisie ligne tels que les quinolones et les ainosides) a. Diagnosti de la tuerulose DR et DR ar les tehniues de iologie moléulaire La disponibilité de tecniques rapides de détection des gnes de résistance aux drogues aeures de traiteent des tuberculeux coe lIsoniaide la iapicine et loloxacine peret de déteriner la sensibilité dune souces en quelques eures dans le cas du enpert et eures pour la tecnique MTplus et MT de ain basées sur lapplication des tecniques de biologie oléculaire capables didentiier les utations au nieau des gnes incriinés u leur cot ces tecniques sont appliquées dans le laboratoire selon un protocole bien arrté : seuleent pour les alades risque (alades en écec recute aprs prio traiteent bien suii tuberculeux cronique ou contact dun tuberculeux M connu tuberculose aigu positie ce un enant de oins de ans) ans ce contexte tests MTBD lu ont été pratiqués sur les cultures des alades tuberculeux suspects de résistance dé traités auparaant par les antituberculeux ou ce des patients noueaux cas contacts de tuberculeux ultirésistants connus ( TM) et

tests ont été pratiqués sur les cultures isolées de préleents des alades M

connus ( T) a. tude de la transmission de la tuerulose ar les tehniues moléulaires Lapplication du génotypage par les tecniques du poligotyping et MIT sur des souces du coplexe tuberculosis (M tuberculoiM boiBC) connait une large utilisation dans notre laboratoire n eet ces dernires sont utilisées dans les enqutes épidéiologiques de transission de la tuberculose dans les collectiités (ailles ilieu

scolaire lieu de traail) et dans les études de la diersité génétique des proils

génoiques des souces qui circulent dans notre pays a. "enute rosetie sur le test FT uantieronTB old dans le diagnosti des leurésies tueruleuses Proet P déposé par le Pr adia encari du C eni Messous

Les obectis principaux sont :

1 aluer la perorance de linteréron gaa coe test de diagnostic dans la

pleurésie tuberculeuse Alger ériier la sensibilité et la spéciicité du test linteréron gaa dans le sang et le liquide pleural en Algérie o lincidence de linection tuberculeuse est éaluée aluer le cotbénéice du test linteréron gaa Le traail aura égaleent coe obecti secondaire de coparer la spéciicité et la sensibilité de test linteréron gaa lintraderoréaction la tuberculine n 1 préleents sanguins et 1 liquides pleuraux ont été testés

Proet de reherhe

Aort du test uantieron TB old In Tue FT dans le diagnosti de la tuerulose latente he les suets gés de moins de ans , iant en ontat d"un tueruleu ulmonaire mirosoie ositie TP Proet de recerce agréé par le MP et le Coité détique ésué Le proet de recerce a été agréé en uillet 1 par le coité détique et en

Aout 1 par le MP

Il a débuté en décebre 1

Résumé : Les personnes iant en contact aec les tuberculeux pulonaires icroscopie positie sont auteent exposées linection tuberculeuse notaent les enants qui constituent un groupe risque aeur La tuberculose aladie pari ceux qui sont inectés se anieste essentielleent dans les deux ans (9 ) aprs lidentiication du cas index Linection tuberculeuse latente peut tre détectée grce deux tests : le test intraderique la tuberculine (I) et le test au uantiéron Ce dernier a ontré sa plus grande spéciicité dans la prédiction dune inection tuberculeuse latente dans une population adulte ais pas dans une population inantile Lobecti principal de cette étude est destier lincidence de la tuberculose aladie ce les suets contact dun cas index TPM en onction de la positiité au test au uantiéron etou lI la tuberculine dans les deux ans qui suient lexposition Les résultats de cette étude perettront de réadapter éentuelleent les directies nationales concernant les suets contacts esponsable du proet oulabal

Collaborateurs :

• Laboratoire de la tuberculose IPA : ala M ouara Terani ai • erices cliniques de C : Laoug A issa ouari ouas

C addace Medina andui

• erice dépidéiologie de lIP : oar announ • erice de contrle de la tuberculose et des aladies respiratoires : uagueni

MAirouc ilali L raba addou

nergure ationale inanceent Les réactis de uantiéron in tube sont donnés gratuiteent par la ire

Celletsis

tat daanceent : létude ient de coencé en décebre 1 d ommuniations : d. ommuniation orales ournée mondiale de la lutte ontre la tuerulose, édéa mars Le diagnostic des tuberculoses extra pulonaires : le point de ue du bactériologiste oulabal Intért des nouelles tecniques de diagnostic de la tuberculose ala er olloue International sur les aladies Resiratoires : Les inections respiratoires : préention et traiteent 9 et 1 noebre 1 Médéa onnées épidéiologiques et outils de diagnostic de la tuberculose Indications et conditions d"application. oulabal Réunion inale du roet uedet s TB tenue l"Institut Pasteur Paris le érier . Présentation du rapport inal du P isséination

1er Congrs rancopone de la ociété Aricaine des Laboratoires Médicaux du 1 au

octobre 1 Abidan Cote dIoire : Conérence sur la iologie de la résistance aux antituberculeux : ala d. ommuniations aihées Mycobactérioses pulonaires diagnostiquées au laboratoire des ycobactéries de lInstitut Pasteur dAlgérie (11) Megice ace M Iticene M ouara ala oulabal Laboratoire des ycobactéries de lInstitut Pasteur dAlgérie aluation des nouelles tecniques rapides de détection de Mtuberculosis et de la résistance aux antibiotiques ace Meidi M Iticene M ouara ala oulabal

I Atiités de ormation

a Formation des résidents et des tehniiens : Le laboratoire a accueilli résidents en icrobiologie ( Alger lida Tii uou Constantine Annaba atna éti ) pour copléter leur oration tecnique dans le doaine du diagnostic et létude de la sensibilité des souces de M.tuberculoi aux antibiotiques Le stage de oration des résidents dure 1 ois au iniu Les tecniciens icroscopistes de CTM dAlger et de lida ont suii un stage de oration pour le diagnostic de la tuberculose par lexaen icroscopique rganisation de maniestations sientiiues rganisation et encadreent du Cours International de Mycobactériologie Médicale 1 (CIMM 1) Alger du 1 au ai 1

ABRATIR D BATRII DIA

Chef de aboratoire : Kheira RAHAL (D.M. Pr. / INM)

I - PRTS D RR

urant lannée 1 trois proets de recerce ont été létude dans notre laboratoire - Proet AIP sur Vibrio cholerae tude qui sinscrit dans le cadre dune tse de octorat Intitulé : Caractérisation pénotypique et génotypique des souces de ibrio colerae résistantes aux antibiotiques en Algérie r ouria Aari (en pase de rédaction) - Proet Tassili sur Neisseria meninitidis tude qui sinscrit dans le cadre dune tse de octorat Intitulé : eisseria eningitidis : sensibilité aux antibiotiques et étude oléculaire de souces isolées en Algérie r assiba TaliMaaar (en pase de rédaction) - Proet AIP sur ornebacterium dihtheriae tude qui sinscrit dans le cadre dune tse de octorat Intitulé : Caractérisation pénotypique et génotypique de Cornebacteriu dihtheriae r abila enarouce (en pase de rédaction) - Proet national de reherhe sur Brucella SRS tude qui sinscrit dans le cadre dune tse de octorat Intitulé : tude des propriétés biologiques des Brucella responsables de la brucellose aniale et leur distribution en Algérie r eda Lounes (en pase pratique) aoratoire : Bactériologie édicale he de laoratoire: Pr eira AAL

Intitulé du roet :

tude des propriétés biologiques des Brucella responsables de la brucellose aniale et leur distribution en Algérie

Résumé du roet :

Ce proet sinscrit dans le cadre dune tse de doctorat dÉtat sciences en ciences étérinaires pécialité : Microbiologie et Maladies inectieuses Te : Étude des propriétés biologiques des Brucella responsables de la aladie et leur distribution en Algérie octorante : Dr edma S

Matre Assistante A

cole Nationale uérieure étérinaire d"Alger (Algérie) irecteur de tse : Pr Adellah BF Déarteent de cience étérinaire nierité aad Dahleb Blida (Algérie) Codirecteur de tse : Dr Bruno ARI-BASTI irecteur de ecerce aboratoire National et /I/FA de éférence our la Brucelloe Aniale (AN France) eti rinial : Identiier par typage pénotypique et oléculaire les souces de Brucella responsables de la brucellose en Algérie ce espces aniales doestiques etis seondaires : ▪ tablir la distribution épidéiologique des souces isolées en Algérie ▪ éinir les génotypes des souces aniales et les coparer aux souces uaines Bilan des résultats réalisés durant l"année Brucella dans le lait et ganglions selon la étode AFR F - ▪ Isoleent sur ilieu de arrell ▪ Identiication du genre : uréase oxydase agglutination des sérus onospéciiques coloration de ra ▪ iotypage des Brucella : recerce de la production d et de la C dépendance sensibilité aux colorants tionine et ucsine basique et lysotypie ▪ étude de la sensibilité aux antibiotiques ( antibiotiques sont testés) ▪ Mise en soucotque omre de rélements analysés et de souhes isolées: régions centre ouest st et sud ganglions rétroparyngiens ganglions rétroaaires et 1 ganglion inguinal) Brucella (B. abortu B. eliteni B. eliteni et Brucella abortu). noi souhes et rélements : urant lannée 1 un enoi de souces et préleents a été eectué ers le Laboratoire ational IA de éérence pour la rucellose Aniale (A rance) pour coniration pénotypique pour un typage oléculaire par la étode MLA des souces de Brucella isolées et pour lanalyse des préleents par la étode PC teps réel (ipossible réaliser en Algérie en labsence de laboratoire de type )

Rédation de modes oératoires :

(ganglions) Arrt des traau de reherhes our raisons médiales : Pour raisons édicales les anipulations ont été suspendues durant une période de ois (de ars noebre 1) - Proet national de reherhe sur Acinetobacter baumannii SPR tude qui sinscrit dans le cadre dune tse de octorat Intitulé : olution pylogénique de lespce Acinetobacter bauannii au C de Tiiuou et étude de sa résistance aux lactaines ainosides et quinolones r

Aina Aa (en pase pratique)

Les obectis ixés :

et 1 et 1 et quelques souces conserées en 1 et ainosides et quinolones (nouelles quinolones) tade daanceent du traail : souces pour les lactaines taes eetuer : ectuer des CMI sur les souces isis des lactaines (Iipene eropene) Classer les souces non encore puriiées dans les pénotypes dé détectés is is des lactaines Caractériser la résistance isis des Ainosides et ouelles quinolones Trouer un lien clonal entre les souces classées pénotypiqueent par P - Proet national de reherhe sur Acinetobacter baumannii

Laboratoire: actériologie Médicale

Ce de laboratoire : Pr eira AAL

Intitulé du proet :

Étude des écanises de résistance aux antibiotiques et génotypage des souces de

Acinetobacter bauannii (Proposition pour MP)

Les ebres de léquipe algérienne ipliquée : eira AAL abila AMC (Cerceur principal) urida LA adia TT

Les équipes ors IPA : aucun

ésué du proet :

Ce proet est axé sur létude des écanises de résistance et le génotypage des

souces dAcinetobacter bauannii et sinscrit dans le cadre de la sureillance des bactéries ultirésistantes ipliquées dans les inections nosocoiales n eet les inections nosocoiales représentent un grae proble de santé publique Acinetobacter bauannii gere opportuniste est un patogne iportant ipliqué dans dierses inections notaent les pneuopaties les inections des plaies opératoires les inections urinaires et les éningites Cellesci sont d"autant plus graes qu"elles suriennent le plus souent ce des suets ragilisés et ospitalisés dans des serices de réaniation Acinetobacter bauannii présente plusieurs résistances naturelles aux antibiotiques et peut acquérir de ultiples résistances qui sont particulireent préoccupantes et pouant tre lorigine dun eneu térapeutique n Algérie selon les données du réseau de sureillance de la résistance des bactéries aux antibiotiques de lannée 11 : les taux de résistance aux antibiotiques de Acinetobacter bauannii sont auourdui alarants pour les principales ailles d"antibiotiques utilisées en térapeutique aec : ticarcilline pipéracilline

1 cetaidie iipéne gentaicine tobraycine

aiacine 1 et ciproloxacine elon la e source en la résistance était 1 pour la cetaidie 11 pour liipéne et 1 pour les luoroquinolones Ce qui ontre la rapidité déolution de la résistance ce cette espce e plus Acinetobacter bauannii a déeloppé une ariété de écanises isis des principales ailles dantibiotiques utilisées en térapeutique notaent les lactaines les ainosides et les luoroquinolones Certains écanises ont une distribution ondiale Les souces ultirésistantes ou M conduisent parois des ipasses térapeutiques proble aeur engendré par ces dernires Pari les lactaines léergence de la résistance aux carbapénes ces dernires années est particulireent préoccupante L"étude des résistances aux antibiotiques ainsi que des écanises et des déterinants génétiques de la résistance ce cette espce est iportante pour suire l"éolution dans le teps et contribuer la atrise des inections dues cette espce notaent aux souces ultirésistantes ou M Acinetobacter bauannii est capable de causer des épidéies iportantes qui sont particulireent graes car souent dues des souces M es clones résistants aoritaires de distribution ondiale ont été identiiés ierses études réalisées ont ontré l"apport des tecniques de typage oléculaire dans lidentiication des souces en circulation la distinction des souces endéiques de celles épidéiques et la déterination de leur origine clonale La tecnique de Multilocus equence Typing (MLT) perettant d"étudier l"éolution des souces globaleent et la tecnique délectroporse en cap pulsé (P) utile pour létude des épidéies plus locales sont les plus utilisées La caractérisation génotypique des souces peret de déteriner les clones circulants ainsi que leur origine La sureillance de la résistance aux antibiotiques et des épidéies a un ipact aeur dans la atrise et la préention des inections nosocoiales causées par

Acinetobacter bauannii

bectis du proet : - tudier la résistance aux antibiotiques des souces dAcinetobacter bauannii - éteriner les écanises de résistance pénotypiqueent aux principales ailles dantibiotiques notaent les lactaines les ainosides et les luoroquinolones - éteriner les gnes lorigine de la résistance aux principales ailles dantibiotiques notaent les lactaines les ainosides et les luoroquinolones - tudier léolution et la diusion clonale des souces par la déterination des génotypes circulantsquotesdbs_dbs1.pdfusesText_1

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