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BIBLIOTHÈQUE DE

L'UNIVERSITÉ DE GENÈVE

PubMed

des fonctionnalités de base

à la recherche avancée

Bibliothèque de l'Université de Genève| Uni CMU- Médecine 2 www.unige.ch/biblio | www.unige.ch/medecine/bibliotheque rédaction : Gervaise Badet et Mafalda Burri

Gervaise.Badet@unige.ch

Mafalda.Burri@unige.ch

Genève, mis à jour septembre 2014

pour la version en ligne : Bibliothèque de l'Université de Genève| Uni CMU- Médecine 3 www.unige.ch/biblio | www.unige.ch/medecine/bibliotheque

1 PRÉAMBULE 5

Accès à PubMed et liens aux articles en ligne ..............................................................................5 1.1

VPN ou accéder à distance aux ressources en ligne .....................................................................6 1.2

Liste des revues en ligne ou liste A-Z ............................................................................................6 1.3

2 MEDLINE® - PUBMED ® : CARACTERISTIQUES ET COUVERTURE 7

3 MEDLINE® et PUBMED® : QUELLE DIFFÉRENCE ? 7

Les statuts de validation d'une référence PubMed ......................................................................7 3.1

Astuce : repérer les références en cours de validation ................................................................8 3.2

4 LA PAGE D'ACCUEIL DE PUBMED 8

5 LES RECHERCHES SIMPLES 9

Recherche par auteur ...................................................................................................................9 5.1

Recherche des articles publiés dans le n° d'un journal spécifique ...............................................9 5.2

Recherche simple par sujet ....................................................................................................... 10 5.3

6 LES FONCTIONNALITÉS DE BASE 11

Affichage des résultats .............................................................................................................. 11 6.1

Affichage complet d'une référence MEDLINE ........................................................................... 12 6.2

Astuce : afficher le titre complet de la revue ............................................................................ 12 6.3

Liens aux articles en texte intégral ............................................................................................ 13 6.4

Imprimer, sauvegarder, envoyer les résultats ........................................................................... 14 6.5

Sauver ses résultats temporairement : clipboard ..................................................................... 14 6.6

Sauvegarder ses résultats définitivement ou les envoyer par mail .......................................... 14 6.7

7 LES RECHERCHES AVANCEES 15

Les termes MeSH® ..................................................................................................................... 15 7.1

Recherche d'un terme MeSH ..................................................................................................... 16 7.2

L'affichage complet d'un MeSH term ........................................................................................ 17 7.3

Effectuer une recherche avec les MeSH .................................................................................... 18 7.4

Associer les termes MeSH dans l'historique de recherche ou Advanced .................................. 21 7.5

Recherche dans les champs Titre, Abstract et Text Words ....................................................... 24 7.6

Champs et suffixes les plus utiles .............................................................................................. 24 7.7

Recherche de locution et usage des guillemets "..." ................................................................. 25 7.8

Limiter les résultats en utilisant les filtres PubMed .................................................................. 27

7.9

Eliminer les études expérimentales animales ........................................................................... 27 7.10

Le filtre Subjects ......................................................................................................................... 28 7.11

Le filtre Journal Categories ........................................................................................................ 29 7.12

Filtrer le résultat par statuts des références ............................................................................. 30 7.13

Cibler les résultats en utilisant les Clinical Queries ................................................................... 31 7.14

Bibliothèque de l'Université de Genève| Uni CMU- Médecine 4 www.unige.ch/biblio | www.unige.ch/medecine/bibliotheque

7.14.1 Clinical Study Categories 31

7.14.2 Systematic Reviews 32

7.14.3 Medical Genetics 33

8 ASTUCES DE RECHERCHE ET RACCOURCIS 35

Utiliser les MeSH aussi souvent que possible ............................................................................ 35 8.1

Combiner les étapes de recherches avec : AND OR NOT ................................................ 35 8.2

Récolter les références très récentes, pour établir une veille .................................................. 36 8.3

Limiter les résultats d'une recherche ........................................................................................ 36 8.4

Elargir les résultats d'une recherche ......................................................................................... 36 8.5

Impossible de trouver le terme MeSH correspondant à son sujet............................................ 36 8.6

Raccourcis .................................................................................................................................. 37 8.7

9 LES FONCTIONNALITÉS AVANCÉES 38

MyNCBI : espace personnel de sauvegarde .............................................................................. 38 9.1

Sauvegarder les références trouvées et constituer des collections .......................................... 38 9.2

Créer une alerte ou une veille automatique ............................................................................. 40 9.3

9.3.1 La méthode "MyNCBI" 40

9.3.2 La "méthode" flux RSS 42

10 ANNEXES 46

Portails de traduction CISMeF et HON ...................................................................................... 46 10.1

Combinaison des concepts et opérateurs booléens ................................................................. 48 10.2

PICO ........................................................................................................................................... 49 10.3

Bibliothèque de l'Université de Genève| Uni CMU- Médecine 5 www.unige.ch/biblio | www.unige.ch/medecine/bibliotheque

PRÉAMBULE 1

Accès à PubMed et liens aux articles en ligne 1.1

PubMed est accessible gratuitement à l'adresse

www.PubMed.gov

Pour que

la disponibilité électronique des références retrouvées dans PubMed ou l'accès au texte

intégral des revues auxquelles l'Université de Genève a souscrit un abonnement puissent être vérifiés

automatiquement, utiliser l'adresse

Pour ce faire, passer par le site web de la bibliothèque du CMU et chercher "PubMed" dans la barre

de recherche après avoir sélectionné l'onglet "Base de données" ou par l'Université de Genève puis Bibliothèques www.unige/biblio et Bases de données Bibliothèque de l'Université de Genève| Uni CMU- Médecine 6 www.unige.ch/biblio | www.unige.ch/medecine/bibliotheque VPN ou accéder à distance aux ressources en ligne 1.2 L'application Virtual Private Network permet d'assurer la communication entre son ordinateur privé et le réseau informatique de l'Université et d'ouvrir une session Novell grâce à ses login et password.

Il est alors possible d'accéder aux ressources en ligne proposées par la bibliothèque, telles que les

articles de revues électroniques ou les bases de données, depuis n'importe quel poste de travail.

Pour installer cette application, suivre les explications

à la page

ou celles du billet de blog Ciel: http://ciel.unige.ch/2011/10/le-vpn-et-son-utilisation/

Liste des revues en ligne ou liste A-Z 1.3

Pour consulter en ligne les périodiques auxquels l'Université de Genève est abonnée et accessibles

également aux HUG :

choisir l'option Revues sur la page web de la bibliothèque de l'UniGe www.unige/biblio et chercher le titre la revue Bibliothèque de l'Université de Genève| Uni CMU- Médecine 7 www.unige.ch/biblio | www.unige.ch/medecine/bibliotheque MEDLINE® - PUBMED ® : CARACTERISTIQUES ET COUVERTURE 2

PubMed est une plateforme de recherche d'information biomédicale développée et produite par la

U.S. National Library of Medicine. Elle propose l'accès libre et gratuit à la base de données MEDLINE,

une des bases de données bibliographiques les plus importantes dans le domaine biomédical. base de données bibliographiques -> références d'articles de revues domaines couverts : sciences biomédicales :

biologie, biochimie, pharmacologie, psychiatrie, médecine clinique, médecine dentaire, services,

prestations et organisation des soins de santé, nutrition, etc...

5600 revues biomédicales sont indexées

en 2014, 23 Mio de références d'articles dans certains cas, lien au full-text de l'article période couverte : 1946 -> couverture mondiale, mais 90% des références proviennent de revues anglophones ou ont un résumé en anglais langue d'interrogation : anglais

accès avec licence chez des fournisseurs commerciaux de bases de données p.e. Ovid, Ebsco, etc.

www.pubmed.gov

= accès à PubMed avec liens aux revues en ligne disponibles à l'UNIGE (voir site de la biblio)

MEDLINE® et PUBMED® : QUELLE DIFFÉRENCE ? 3

La plupart des références recensées dans PubMed sont fournies électroniquement par les éditeurs des

journaux. Celles-ci sont donc accessibles très rapidement dans la base de données. Elles suivent

ensuite un processus de validation et de traitement dont les étapes sont indiquées dans les notices. Les statuts de validation d'une référence PubMed 3.1

Au début du processus de validation, une

référence présente le statut [PubMed - as supplied by publisher] et obtient au terme de celui-ci celui de [PubMed indexed for

MEDLINE].

Ce statut indique que l'article a été indexé avec les descripteurs MeSH.

Ce qui distingue Medline de PubMED c'est la

valeur ajoutée que représente les descripteurs MeSH attribués aux articles et utilisés pour décrire le sujet de ces derniers.

PubMed

[PubMed - in process] : en cours d'analyse [PubMed] : citations hors contexte biomédical, pas indexées MeSH [Books & chapters] : livres + chapitres d'e-books en full text, mais pas indexés MeSH [PubMed -OLDMEDLINE]: réf datant d'avant 1966 pas encore indexées avec MeSH actuels [PubMed - as supplied by publisher] : réf. fournies par l'éditeur, en attente d'analyse

MEDLINE

[PubMed indexed for

MEDLINE] :

références analysées et indexées MeSH Bibliothèque de l'Université de Genève| Uni CMU- Médecine 8 www.unige.ch/biblio | www.unige.ch/medecine/bibliotheque Certaines références n'obtiennent pas de statut [PubMed indexed for MEDLINE] comme par exemple

les références extraites des index imprimés et publiées entre 1946 et 1965, ainsi que d'autres

statuts indiqués dans le schéma au- dessus.

Exemples :

Astuce : repérer les références en cours de validation 3.2 les recherches en "vocabulaire libre" permettent de repérer des références en cours de

validation et qui viennent d'être publiées, tandis que celles effectuées avec le vocabulaire MeSH

permettent de repérer uniquement les références indexées et ayant le statut "PubMed-indexed

for Medline" (voir aussi p. 24 : Recherche dans les champs Titres, Abstracts et Text Words et p.

38 : Récolter les références très récentes)

LA PAGE D'ACCUEIL DE PUBMED 4

saisie des termes de recherche sélection de la base de données recherche avancée : pour combiner les

étapes et/ou champs de

recherche outils et formulaires de recherches spécifiques, dont Single Citation Matcher pour rechercher une référence précise, ou les articles d'un n° précis de journal

MyNCBI : espace

personnel de sauvegarde

MeSH : accès au Medical

Subject Headings,

descripteurs ou vocabulaire contrôlé utilisé par MEDLINE pour décrire le contenu des articles liens aux pages d'aide et tutoriaux Bibliothèque de l'Université de Genève| Uni CMU- Médecine 9 www.unige.ch/biblio | www.unige.ch/medecine/bibliotheque

LES RECHERCHES SIMPLES 5

Recherche par auteur 5.1

saisir dans la barre de recherche le nom et les initiales de l'auteur, ex : Andreasen NC n.b. éviter toute ponctuation - pour rechercher un auteur et un sujet : saisir le nom et les initiales de l'auteur ainsi que le sujet en anglais et sans ponctuation ni opérateur, ex : Andreasen schizophrenia Recherche des articles publiés dans le n° d'un journal spécifique 5.2 sur la page d'accueil de PubMed, dans la rubrique PubMed Tools, choisir Single Citation Matcher (cf. figure au-dessus "Page d'accueil de PubMed) taper le début du titre du journal, PubMed vous propose alors une liste de titres correspondants sélectionner le titre voulu remplir le reste des champs, soit pour cet exemple, l'année, le volume et le n° du journal

L'option Single Citation Matcher peut aussi être utilisée pour la recherche d'une référence

précise ou pour la recherche des articles d'un auteur. Bibliothèque de l'Université de Genève| Uni CMU- Médecine 10 www.unige.ch/biblio | www.unige.ch/medecine/bibliotheque

Recherche simple par sujet 5.3

identifier les concepts principaux de son sujet de recherche les traduire en anglais (utiliser CISMEF.org ou HON.ch pour la traduction cf annexes) saisir les termes en anglais dans la barre de recherche, les termes choisis doivent être aussi spécifiques que possible

Exemple

"Quel est le rôle de certains traitements psychotropes sur la prise de poids et le syndrome métabolique chez des patients souffrant de troubles psychiques (dépression, troubles psychotiques) ?" Lors de la saisie du premier terme, PubMed propose les expressions les plus fréquemment

utilisées et correspondant aux premiers caractères saisis. Pour désactiver cette fonction, cliquer

sur "Turn off" En saisissant la requête suivante dans la barre de recherche : psychotropic drugs weight gain mental disorders PubMed donne un résultat de 2225 références Bibliothèque de l'Université de Genève| Uni CMU- Médecine 11 www.unige.ch/biblio | www.unige.ch/medecine/bibliotheque

LES FONCTIONNALITÉS DE BASE 6

Affichage des résultats 6.1

Les références sont affichées dans

l'ordre des dates de publication, les articles les plus récents en premier nombre de références trouvées

Search details :

interprétation de la requête par la fonction automatic term mapping filtres pour limiter les résultats de recherche : disponibilité du full text de l'article, date, type d'article, langues, âges, sexe, etc. s how additional filters pour afficher la liste complète cocher les références qu'on souhaite envoyer ou sauvegarder

Send to

concepts ou mots-clés recherchés

Display settings : pour changer le

format d'affichage des références articles gratuit chez PubMed

Central

Bibliothèque de l'Université de Genève| Uni CMU- Médecine 12 www.unige.ch/biblio | www.unige.ch/medecine/bibliotheque Affichage complet d'une référence MEDLINE 6.2 Une référence MEDLINE se compose de plusieurs champs. Chacun de ces champs peut être recherchés: titre du journal, complété par: l'année, mois ; volume (n°) : pages - titre de l'article auteurs affiliation du 1 er auteur résumé ou abstract PMID PubMed unique identifier: n° unique de la référence dans PubMed statut de la référence , dans l'exemple ci-dessous [ PubMed - indexed for MEDLINE] type de publication descripteurs MeSH : mots-clés décrivant le contenu de l'article (voir chapitre plus loin) MeSH Astuce : afficher le titre complet de la revue 6.3 En passant la souris sur le titre abrégé du journal, le titre complet est indiqué

Related citations :

liens à d'autres références dont le sujet est similaire

Cited by PubMed

Central articles

liens aux articles de PubMed

Central citant la

référence affichée

L'accès au réf. de

PubMed Central

est gratuit

Mesh Terms : mots-clés

contrôlés décrivant le contenu de l'article Bibliothèque de l'Université de Genève| Uni CMU- Médecine 13 www.unige.ch/biblio | www.unige.ch/medecine/bibliotheque

Liens aux articles en texte intégral 6.4

De nombreuses références dans PubMed présentent des liens à la version électronique ou texte intégral de l'article via :

PubMed Central : archives ouvertes

des US National Institutes of Health, publications des recherches financées par les NIH et accessibles gratuitement, elles sont indiquées par Free PMC Article le site des revues ayant fait le choix d'être publiées en Open Access, elles sont indiquées par

Free Article

les abonnements et licences acquises par l'UNIGE :

pour obtenir l'article en texte intégral, afficher la référence complètement et cliquer sur

Une nouvelle page s'ouvre et

affiche plusieurs options de services proposés par vos bibliothèques : - Obtenir le texte intégral en ligne : cliquer sur pour afficher l'article en texte intégral - Commander le document : via le service de prêt entre bibliothèques ou via les bibliothèques de Sciences et Médecine ; remplir le formulaire (coordonnées personnelles + références de l'article) ; l'article est ensuite recherché et fourni par votre bibliothèque d'attache. Ce service est payant Si l'article n'est pas disponible en texte intégral, le service

Obtenir le texte intégral n'est pas

proposé Bibliothèque de l'Université de Genève| Uni CMU- Médecine 14 www.unige.ch/biblio | www.unige.ch/medecine/bibliotheque Imprimer, sauvegarder, envoyer les résultats 6.5

Imprimer sa page d'écran

utiliser l'option d'impression du navigateur

Imprimer une liste bibliographique

- cocher les cases à côté des références à sélectionner - choisir le format Summary (text) dans Display Settings - cliquer sur Apply puis imprimer la ou les pages Sauver ses résultats temporairement : clipboard 6.6

Pour mettre de côté temporairement les références sélectionnées au cours d'une ou plusieurs

recherches et ensuite les imprimer, les sauvegarder, les envoyer par e-mail ou les conserver dans l'espace personnel MyNCBI :

1. cocher les cases à côté des références à

conserver

2. dans le menu déroulant Send to sélectionner

l'option Clipboard

3. puis Add to Clipboard

Pour visualiser le contenu, cliquer sur en haut à droite ou sur la page d'accueil dans la rubrique

PubMed Tools, puis

Clipboard .

Le contenu du Clipboard s"efface après 8 heures d"inactivité. Sauvegarder ses résultats définitivement ou les envoyer par mail 6.7 - cocher les cases à côté des références à sélectionner - dans le menu sélectionner l'option MEDLINE pour la sauvegarde dans un logiciel bibliographique) mis à disposition par PubMed (voir chapitre "Fonctionnalités avancées") 1. 2. 3. 1. 2. Bibliothèque de l'Université de Genève| Uni CMU- Médecine 15 www.unige.ch/biblio | www.unige.ch/medecine/bibliotheque

LES RECHERCHES AVANCEES 7

Les termes MeSH® 7.1

MEDLINE utilise un vocabulaire contrôlé structuré et hiérarchisé - on parle aussi de thésaurus -

pour décrire chaque article enregistré dans la base de données. Ce vocabulaire ou ces mots-clés

contrôlés sont appelés

Medical Subject Headings ou MeSH.

L'emploi de ce vocabulaire a pour but

d'éviter les ambiguïtés et les terminologies différentes pour un même concept au moment de la recherche. Il facilite la recherche et permet ainsi d'obtenir des résultats plus précis. La structure des Medical Subjetc Headings peut être représentée sous la forme d'un arbre qui contiendrait 16 branches principales :

Par exemple, la branche F, est consacrée à la psychologie et à la psychiatrie et se subdivise en

quatre autres branches : - Behavior and Behavior Mechanisms - Psychological Phenomena and Processes - Mental Disorders - Behavioral Disciplines and Activities

et les termes y sont classés en arborescence, du concept le plus général au plus particulier.

source : National Library of Medicine.

PubMed Tutorial . Bethesda : US NLM,

2001, last reviewed 2013.

http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/p ubm edtutorial/015_020.html

Le signe +

indique qu'un terme plus précis encore est proposé,quotesdbs_dbs28.pdfusesText_34

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