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FROOHŃPLRQ © $QMO\VH GH GRQQpHV VLPXOMPLRQ" ª

ANAGÈNE

Analyse de séquences nucléiques et protéiques Version 2006 du logiciel et de la banque de données

Sélection en sciences de la vie et de la Terre

consulter dans les logithèques des CRDP et CDDP et à découvrir dans la librairie sur le site du SCÉRÉN-CNDP http://www.cndp.fr

COLLECTION " TEXTES DE REFERENCE »

SVT Programmes, accompagnement et autres ressources COLLECTION " ANALYSE DE DONNÉES, SIM8I$7H21" ª

Anagène analyse de séquences nucléiques et protéiques En Jeu Ma Planète GpŃRXYHUPH OXGLTXH GHV HQÓHX[ GH O·HQYLURQQHPHQP

Génie génétique II VLPXOMPLRQ G·XQH PMQLSXOMPLRQ JpQpPLTXH Géocéan : vol. 1, 2, 3 géodynamique océanique, subduction et expansion Léman un écosystème en chiffres Magma simulation de la cristallisation magmatique

Nut équilibre de la ration alimentaire

Réhor régulation de la sécrétion des hormones sexuelles Rouge-gorge pPXGH H[SpULPHQPMOH G·XQ ŃRPSRUPHPHQP

COLLECTION " IMAGERIE SCIENTIFIQUE »

Explorer le corps VXUIMŃHV G·pŃOMQJH Explorer le corps communication nerveuse

Explorer la Terre la télédétection

COLLECTION " DÉCOUVERTE DE LA NATURE »

IHV 2LVHMX[ G·(XURSH encyclopédie multimédia interactive permettant de

gérer ses observations Découvrir la planète Terre notre environnement en 7 thèmes : la planète, l'eau,

l'air, la Terre, la vie, les Hommes, les défis

COLLECTION " PROGRÈS »

La Forêt un peuplement de feuillus La Friche un milieu riche

I·ePMQJ découvrir un écosystème

Infogène UHVVRXUŃHV SRXU O·pPXGH GH O·LQIRUPMPLRQ JpQpPLTXH Communication et systèmes nerveux explorer, identifier, analyser des documents Mitose-Méiose ŃRQVHUYMPLRQ HP NUMVVMJH GH O·LQIRUPMPLRQ JpQpPLTXH

HORS COLLECTIONS

Aléas et Enjeux Eduquer pour prévenir les risques majeurs Collection " Analyse de données, simulation... »

ANAGÈNE

Analyse de séquences nucléiques et protéiques Version 2006 du logiciel et de la banque de données

Centre national de documentation pédagogique

Institut national de recherche pédagogique

L'édition de logiciels et multimédias

est coordonnée par le CNDP, Service national des productions imprimées et numériques, Téléport 1 @4 ² BP 80158 86961 Futuroscope cedex.

Chef de service :

Annie Leprince

Chefs de Projet Maurice Bouyssou (coordination)

Catherine Bouyssou

Daniel Buret

FMUROLQH G·$PMNHNLMQ

Marie-Line Périllat-Mercerot

Développement Robert Lagoutte

Yves Lévine

Secrétariat de rédaction Pascale Langlois

Micro-édition Fabien Biglione

Sylvie Morel

Ghislaine Rochette

Graphisme Jacques Auclerc-Galland

Fabrication Thierry Lacorne

ISBN 2-240-02523-9 (3e édition, © CNDP-INRP, 2006) ISBN 2-240-00530-0 (2e édition, © CNDP-INRP, 2003)

ISBN 2-240-00479-7 (1re édition, © CNDP-INRP, 1997) FROOHŃPLRQ © $QMO\VH GH GRQQpHV VLPXOMPLRQ" ª

ANAGÈNE

Analyse de séquences nucléiques et protéiques

Discipline Biologie

Niveau Lycée, Enseignement supérieur.

Sujet Universalité et variMNLOLPp GH O·LQIRUPPLRQ JpQpPLTXH 3MUHQPp HP diversité des organismes ; Des phénotypes à différents niveaux G·RUJMQLVMPLRQ GX YLYMQP 3MUHQPp HQPUH rPUHV YLYMQPV MŃPXHOV HP fossiles ² Phylogenèse ² Évolution ; Stabilité et variabilité des génomes et évolution ; Procréation ; Immunologie ; Des débuts de la génétique aux enjeux actuels des biotechnologies.. Conception CNDP, Service national des productions imprimées et numériques,

MAURICE BOUYSSOU,

professeur de sciences naturelles INRP, Département Technologies nouvelles et éducation,

NAOUM SALAMÉ,

ingénieur de recherche

Documentation scientifique JEAN-CLAUDE HERVÉ,

et pédagogique IPR-IA de sciences de la vie et de la Terre.

MONIQUE DUPUIS,

IPR-IA de sciences de la vie et de la Terre.

Adaptation CNDP, Service national des productions imprimées et numériques, et développement informatique ÉRIK BOUCHER, ingénieur en informatique et biologie, MONIQUE BLAVIN, JEAN-JACQUES ÉQUOY, BERTRAND GUYONNET. bio-informaticiens $GMSPMPLRQ GH O·MLGH HP GH OM JEAN-CLAUDE LE HIR, documentation à la version 1.8 professeur de sciences naturelles et formateur académique

Conduite du projet MAURICE BOUYSSOU,

SURIHVVHXU GH VŃLHQŃHV QMPXUHOOHV HP G·RSPion informatique, coordinateur des collections hors ligne au SnPIN

Configuration minimale

Compatible PC Pentium, 32 Mo de RAM, carte vidéo milliers de couleurs, Windows 98 et suivants, disque dur avec 40 Mo.

SOMMAIRE

PRÉSENTATION ..................................................................................................................................................9

PRISE EN MAIN .................................................................................................................................................11

Anagène ............................................................................................................................11 Anagène ......................................................................................................................................12

Les données fournies avec Anagène .................................................................................................................14

Les programmes et documents .....................................................................................................................15

La banque de séquences ...............................................................................................................................16

Anagène ......................................................................................................................................28

GUIDE DE RÉFÉRENCE ..................................................................................................................................29

Les commandes des menus ...............................................................................................................................29 Les icônes de la barre d'outils ...........................................................................................................................30

Les raccourcis clavier .......................................................................................................................................31

Le visionneur d'animations ...............................................................................................................................32

SUGGESTIONS PÉDAGOGIQUES : CLASSE DE SECONDE ....................................................................33

Introduction : la banque de données et les notions du programme ...................................................................33 Parenté et diversité des organismes - ...........................35

étique ..................................................................................................36

Unité du vivant ......................................................................................................................................44

SUGGESTIONS PÉDAGOGIQUES : CLASSE DE PREMIÈRE, SÉRIES S, L ET ES .............................49

Introduction : la banque de données et les notions du programme ...................................................................49 Génotype, phénotype, environnement ..............................................................................................................51

Les phénotypes drépanocytaires ............................................................................................................51

Les phénotypes phénylcétonuriques ......................................................................................................58

Les phénotypes groupes sanguins ..........................................................................................................69

Les phénotypes albinos ..........................................................................................................................76

Xeroderma .............................................................................................................................................87

Prédisposition génétique au cancer du sein ..........................................................................................95

Morphogenèse végétale et établissement du phénotype ................................................................................. 102

Polymorphisme des gibbérellines ........................................................................................................ 102

Génotype, environnement et fonctionnement du système nerveux ................................................................. 107

Les phénotypes " mutants cérébelleux »..............................................................................................107

SUGGESTIONS PÉDAGOGIQUES : CLASSE TERMINALE, SÉRIE S .................................................. 113

Introduction : La banque de données et les notions du programme ................................................................ 113 Parenté entre êtres vivants actuels et fossiles Phylogenèse, évolution ......................................................... 115

Relations de parenté au sein du vivant gène CDC2 ................................................................................ 115

Relations de parenté au sein du vivant gènes homéotiques..................................................................... 121

Relations de parenté au sein des Vertébrés globines alpha et bêta ........................................................ 125

Relations de parenté au sein des Primates ............................................................ 131

Relations de parenté au sein des Hominidés - ........................................................ 135

Stabilité et variation des génomes et évolution ............................................................................................... 140

Innovations génétiques

Mutations ponctuelles et filiations entre allèles ..................... 140

Mutations ponctuelles et filiations entre allèles Allèles du gène de la G6PD ..................................... 143

............................ 147

Mutations ponctuelles et filiations entre allèles Allèles du gène IT15 (Chorée de Huntington) ......... 149

Duplications et familles multigéniques Gènes des globines ................................................................ 156

Duplications et familles multigéniques Gènes des opsines ................................................................. 160

Duplications et familles multigéniques Gènes des hormones hypophysaires et placentaires ............. 163

Duplications et familles multigéniques Gènes homéotiques ............................................................... 171

Maintien des innovations génétique

Exemple des globines ............................................................................................................................. 175

Exemple des estérases Résistance des Moustiques aux insecticides ................................................... 178

Exemple de la G6PD Paludisme, sélection naturelle .......................................................................... 189

Procréation Analyse de cas cliniques ........................................................................................................... 192

Déterminisme du sexe ................................................................................................................................ 192

Immunologie ................................................................................................................................................... 210

La spécificité des immunoglobulines et des récepteurs T .......................................................................... 210

SUGGESTIONS PÉDAGOGIQUES : CLASSE TERMINALE, SÉRIE S, SPÉCIALITÉ ........................ 219

Des débuts de la génétique aux enjeux actuels des biotechnologies : Diagnoctic génétique .......................... 219 Albinisme.................................................................................................................................................... 219

BIBLIOGRAPHIE ............................................................................................................................................ 227

Publications disponibles à l'INRP.............................................................................................................. 228 Documents disponibles au CNDP .............................................................................................................. 229

PRÉSENTATION

Anagène HVP XQ ORJLŃLHO G·MQMO\VH GH VpTXHQŃHV QXŃOpLTXHV HP SURPpLTXHV TXL SURSRVH TXHOTXHV XQV GHV

traitements présents dans les logiciels : Seqaid II (D.D. Rhoads et D.J. Rouffa, Université du Kansas, versions 1987, 1989, 1992 pour MS-DOS) qui

ŃRPSRUPH XQH JMPPH GH PUMLPHPHQPV VLPSOHV SRXU O·pGLPLRQ HP O·MQMO\VH GH VpTXHQŃHV QXŃOpLTXHV HP

protéiques ; Clustalw (D. Higgins, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), version 1.8 1998, pour MS-DOS),

TXL HVP VSpŃLMOLVp GMQV O·MOLJQHPHQP PXOPLSOH GH VpTXHQŃHVB Antheprot © 1995-2002, Guy Deléage, Institut de Biologie et de Chimie des protéines à Lyon, qui contient

une fonction de comparaison de deux séquences entre elles produisant un graphique de ressemblance (Dotplot).

FHPPH YHUVLRQ 2 G·Anagène, GLIIXVpH VXU ŃpGpURP M pPp PRPMOHPHQP UppŃULPH SRXU V·MGMSPHU j PRXV OHV

environnements Windows HP MSSRUPHU GHV MPpOLRUMPLRQV G·RUGUHV IRnctionnel et ergonomique, notamment en

ŃH TXL ŃRQŃHUQH O·MŃŃqV MX[ POqPHV G·pPXGH OM SXLVVMQŃH GHV RXPLOV GH PUMLPHPHQP OM QMYLJMPLRQ GMQV OHV

séquences et le repérage des positions des éléments, la gestion des nouveaux formats de médias dont ceux

accessibles en ligne.

G·MXPUH SMUP ŃHPPH QRXYHOOH YHUVLRQ HVP HQULŃOLH G·XQH NMQTXH GH VpTXHQŃHV ŃRQVPLPXpH HQ IRQŃPLRQ GHV

programmes en vigueur et totalement intégrée au logiciel. Cette banque regroupe toutes les séquences

nécessaires pour réaliser les propoVLPLRQV G·MŃPLYLPpV MŃPXHOOHPHQP MŃŃHVVLNOHV HQ OLJQH VXU OH VLPH %LRPLŃ GH

O·H153B 2Q QRPHUM HQ SMUPLŃXOLHU OM SUpVHQŃH GH SOXVLHXUV POqPHV G·pPXGH GHVPLQpV j OM ŃOMVVH GH 6HŃRQGH GH

PXOPLSOHV H[HPSOHV MGMSPpV j O·pPXGH GHV UHOMPLRQV HQPUH JpQRP\SH SOpQotype et environnement en classe de

3UHPLqUH HP MX[ GLIIpUHQPV ŃOMSLPUHV GH 7HUPLQMOH 6 TXL ŃRQŃHUQH O·pYROXPLRQ O·LPPXQRORJLH HP OM SURŃUpMPLRQB HO ŃRQYLHQP pJMOHPHQP GH UHOHYHU TXH QRPNUH GH ŃHV POqPHV G·pPXGH VRQP VXVŃHSPLNOHV GH V·MSSX\HU VXU OM

visualisation des molécules en trois dimensions. On trouvera donc, en relation avec ces thèmes, les fichiers .PDB nécessaires qui peuvent être visualisés avec les logiciels Rasmol ou Rastop, tous les deux téléchargeables

gratuitement. Certains thèmes peuvent pJMOHPHQP VH SUrPHU j GHV SURORQJHPHQPV HQ PHUPH G·pPMNOLVVHPHQP GHV UHOMPLRQV GH

parenté entre les organismes impliqués. Les données moléculaires nécessaires sont disponibles par ailleurs

avec le logiciel Phylogène qui est également téléchargeable gratuitement. Rappelons enfin que les prochaines mises à jour du logiciel et de sa documentation seront téléchargeables à

partir du site du CNDP : http://www.cndp.fr/svt/anagene/

TXL GRQQH pJMOHPHQP j O·MGUHVVH GHV PLVHV j ÓRXU GHV NMQTXHV GH GRQQpHV VXU OH VLPH GX O·H153B

http://www.inrp.fr/Acces/biotic/

IM SUpVHQPH GRŃXPHQPMPLRQ HPSUXQPH j GHX[ SXNOLŃMPLRQV GH O·H153 ³ " Analyse de séquences nucléiques et

protéiques avec le logiciel Seqaid II ª 1EE3 HP © 7OqPHV G·pPXGH HQ JpQpPLTXH OXPMLQH ª 1EED ³MLQVL TX·MX[

GRVVLHUV VŃLHQPLILTXHV HP SpGMJRJLTXHV ŃRQVXOPMNOHV HQ OLJQH VXU OH VLPH %LRPLŃ GH O·H153B

9

PRISE EN MAIN

I·(19H5211(0(17 G·ANAGÈNE

Anagène IRQŃPLRQQH GMQV O·HQYLURQQHPHQP WindowsB IHV GLPHQVLRQV GH OM IHQrPUH G·H[pŃXPLRQ GX SURJUMPPH

V·MGMSPHQP MXPRPMPLTXHPHQP MX[ SMUMPqPUHV G·MIILŃOMJH GpILQLV GMQV OM ŃRQILJXUMPLRQB 1pMQPRLQV SRXU

améliorer le confort visuel, il est préférable de travailler avec une résolution de 800 x 600 pixels au minimum.

2Q VH UpIpUHUM MX PMQXHO G·XPLOLVMPLRQ GH Windows ou à celui de la carte graphique pour effectuer les

adaptations nécessaires.

Sous Windows 95 HP YHUVLRQV VXLYMQPHV ORUV GH O·LQVPMOOMPLRQ Anagène est ajouté à la liste des programmes

accessibles par le menu Démarrer.

$SUqV XQ PHPSV GH ŃOMUJHPHQP G·MXPMQP SOXV UMSLGH TXH OH PLŃUR-ordinateur est de type récent et une phase

G·LQLPLMOLVMPLRQ QpŃHVVMLUH O·LQPHUIMŃH G·Anagène apparaît. 11

ANAGÈNE

I·H17(5)$F( G·ANAGÈNE

Anagène HVP ŃRQVPLPXp G·XQH IHQrPUH-mère présentant sous la barre de titre, une barre de menus et une barre

G·RXPLOVB IHV PRGHV GH GpSOMŃHPHQP HP GH VpOHŃPLRQ SLORPpV j O·MLGH GH OM Vouris ou du clavier obéissent aux règles

adoptées par Windows.

3MU MLOOHXUV ORUVTXH OH SRLQPHXU GH OM VRXULV HVP PMLQPHQX TXHOTXHV LQVPMQPV HQ SOMŃH VXU O·XQ GHV RNÓHPV GH

O·pŃUMQ PHOV SMU H[HPSOH XQ NRXPRQ GH OM NMUUH G·RXPLOV XQH NXOOH G·MLGH MSSMUMvP HP UMSSHOOH OM IRQŃPLRQ TXL OXL

HVP MVVRŃLpH VL ŃHPPH RSPLRQ Q·M SMV pPp GpŃRŃOpHB

$LQVL OHV IRQŃPLRQV G·Anagène sont accessibles soit à travers les différentes commandes de la barre des menus

soit directemHQP SRXU OM SOXSMUP SMU O·LQPHUPpGLMLUH GHV NRXPRQV GH OM NMUUH G·RXPLOVB FHUPMLQHV ŃRPPMQGHV

GHV PHQXV VRQP MXVVL GLUHŃPHPHQP MSSOLŃMNOHV SMU O·XPLOLVMPLRQ GH UMŃŃRXUŃLV ŃOMYLHU OH GpPMLO HQ HVP SUpŃLVp

dans le Guide de référence (page 29 et suivantes) et accompagne les commandes dans les menus déroulants

du logiciel. 12

PRISE EN MAIN

Menu Fichier

2Q \ PURXYH OHV RSPLRQV ŃOMVVLTXHV GH JHVPLRQ GH ILŃOLHUV j VMYRLU O·MŃŃqV MX[ NMQTXHV GH GRQQpHV GX ORJLŃLHO

VpTXHQŃHV POqPHV G·pPXGH SURJUMPPHV HP GRŃXPHQPV OM ŃUpMPLRQ O·RXYHUPXUH O·LPSRUPMPLRQ

O·HQUHJLVPUHPHQP O·LPSUHVVLRQ GH ILŃOLHUV GH VpTXHQŃHV HP OM SRVVLNLOLPp GH TXLPPHU OH ORJLŃLHOB

Menu Edition

HO SHUPHP G·MŃŃpGHU MX[ ŃRPPMQGHV SUpVHQPHV GMQV OM SOXSMUP GHV ORJLŃLHOV G·pGLPLRQ ou de traitement de texte, savoir les commandes liées au presse-papiers de Windows (Couper, Copier, Coller), les commandes

G·HIIMŃHPHQP GH VpOHŃPLRQ GH UHŃOHUŃOH G·LQYHUVLRQ HP GH PUL GH VpTXHQŃHVB FHUPMLQHV GH ŃHV ŃRPPMQGHV QH

sont applicables aux séquences que si la commande Protéger les données du menu Options Q·HVP SOXV ŃRŃOpHB

(Q HIIHP MX OMQŃHPHQP GX ORJLŃLHO OHV VpTXHQŃHV ŃOMUJpHV GMQV OM IHQrPUH G·pGLPLRQ VRQP SMU GpIMXP MLQVL

protégées.

Menu Traiter

Il contient les commandes assurant les quMPUH JUMQGV P\SHV GH PUMLPHPHQPV TX·LO HVP SRVVLNOH G·HIIHŃPXHU VXU OHV

séquences, à savoir : les conversions de séquences nucléiques en séquences peptidiques et inversement pour les séquences

SHSPLGLTXHV O·MIILŃOMJH GHV GLIIpUHQPV ŃRGRQV SRVVLNOHV les ŃRPSMUMLVRQV GH VpTXHQŃHV TX·HOOHV VRLHQP VLPSOHV RX SMU MOLJQHPHQP PHPPMQP HQ pYLGHQŃH OHV

discontinuités ; O·MŃPLRQ G·HQ]\PHV GH UHVPULŃPLRQ VXU GHV VpTXHQŃHV G·$G1 le graphique de ressemblance (ou dotplot), représentation graphique en forme de matrice de points permettant de comparer 2 séquences pour détecter les régions à forte similarité.

Menu Options

HO SHUPHP GH GpSURPpJHU OHV VpTXHQŃHV HP G·HQ MXPRULVHU OM PRGLILŃMPLRQ GH GpILQLU OH P\SH GH ŃXUVHXU VLPSOH

ou grand curseur) et de règle graduée (en caractères ou en triplets) utilisés, de définir le chemin du dossier de

VMXYHJMUGH TXL GHYUM GLVSRVHU GH GURLPV HQ OHŃPXUH HP pŃULPXUH HP G·MIILŃOHU RX QRQ OHV NXOOHV G·MLGHB

Menu Fenêtre

On y retrouve de classiques options propres à Windows, à VMYRLU OHV ŃRPPMQGHV G·RUJMQLVMPLRQ GHV IHQrPUHV

et des icônes. La liste des fenêtres-ILOOHV SUpVHQPHV GMQV OM IHQrPUH PqUH G·Anagène y est aussi accessible.

Menu Aide

Il contient la commande $ SURSRV G·$QMJqQH qui renseigne sur la version du logiciel et sur son édition.

I·MLGH HQ OLJQH MŃŃHVVLNOH MYHŃ OM PRXŃOH GH IRQŃPLRQ )1 HVP MXVVL GLVSRQLNOH GMQV ŃH PHQXB 6L Anagène

fonctionne sur un micro-ordinateur connecté à Internet, des informations et données complémentaires

disponibles sur les sites Internet GX F1G3 HP GH O·H153 SHXYHQP rPUH ŃRQVXOPpHV GMQV XQ QMYLJMPHXU HP

téléchargées. Un lien mène également vers un site dédié à AnagèneB I·MŃŃqV j ŃHV VLPHV HVP UpMOLVp j SMUPLU GH OM

commande @ Complément en ligne. 13

ANAGÈNE

LES DONNÉES FOURNIES AVEC ANAGÈNE

IHV POqPHV G·pPXGH

GMQV OM QRXYHOOH NMQTXH GH POqPHV G·pPXGH 7OqPHV IRXUQLV - 2006), ceux-ci sont organisés par niveaux. Les

POqPHV GH OM SUpŃpGHQPH YHUVLRQ G·Anagène (Thèmes fournis - 1997) a été maintenue après la nouvelle banque. IHV POqPHV VRQP UHJURXSpV SMU JUMQGHV VHŃPLRQV ŃRUUHVSRQGMQP j GLIIpUHQPV ŃRQPHQXV G·MSSUHQPLVVMJH HQ

relation avec les programmes. Dans chaque section on trouve les problématiques introduites par chaque

groupH GH VpTXHQŃHV HP VL QpŃHVVMLUH XQ GpŃRXSMJH SOXV ILQ HQ POqPHV G·pPXGHB

Les séquences sont regroupées et classées par dossiers thématiques, eux-mêmes ordonnés de manière

arborescente. Pour les atteindre, il convient de déployer plus ou moins cette arborescence et de sélectionner le

GRVVLHU GpVLUp LO Q·HVP SRVVLNOH GH VpOHŃPLRQQHU TX·XQ VHXO POqPH G·pPXGH j OM IRLVB GMQV OM SMUPLH GURLPH GH OM

boîte de dialogue s'affiche alors la liste des groupes de séquences disponibles dans ce dossier. Le bouton

Annuler GH OM NRvPH GH GLMORJXH SURYRTXH VM IHUPHPXUH HP OH POqPH TXL M SX rPUH VpOHŃPLRQQp Q·HVP SMV ŃOMUJpB

La validation de la sélection d'un ou de plusieurs groupes de séquences d'un même dossier thématique

V·RNPLHQP LŃL HQŃRUH HQ cliquant sur le bouton OK ou en appuyant sur la touche Entrée. Cette validation

SURYRTXH OM IHUPHPXUH GH OM NRvPH GH GLMORJXH HP OH ŃOMUJHPHQP GH O·HQVHPNOH GHV VpTXHQŃHV TXH OH POqPH

G·pPXGH SHXP ŃRQPHQLUB IM IHQrPUH G·Affichage des séquences apparaît aloUV j O·pŃUMQB 1%B LO HVP ŃRQVHLOOp GH QH SMV PM[LPLVHU OHV GLPHQVLRQV GH OM IHQrPUH G·pGLPLRQ GH VpTXHQŃHV VL RQ VRXOMLPH

RXYULU pJMOHPHQP GHV GRŃXPHQPV GX POqPH ŃMU ŃHPPH SURSULpPp VHUM OpULPpH SMU OM IHQrPUH G·MIILŃOMJH GHV

documents ce qui peut entraîner des distorsions. 14

PRISE EN MAIN

IM UpSpPLPLRQ GH ŃHPPH SURŃpGXUH SHUPHP GH ŃOMUJHU G·MXPUHV POqPHV G·pPXGHB 8Q PHVVMJH VLJQMOMQP OH

ŃOMQJHPHQP GH POqPH G·pPXGH GHPMQGH MORUV V·LO Q·HVP SMV VRXOMLPMNOH GH IHUPHU OHV MXPUHV IHQrPres ouvertes

ORUV GH O·pPXGH GX POqPH SUpŃpGHQP GH IMoRQ j YLGHU PRPMOHPHQP O·HVSMŃH GH PUMYMLO MYMQP GH ŃOMUJHU XQ

QRXYHMX POqPH G·pPXGHB

Les programmes et documents

ŃOMTXH POqPH G·pPXGH XQH VpULH GH GRŃXPHQPV SHXP rPUH MVVRŃLpH LPMJHV IL[HV PMNOHMX[, schémas,

VpTXHQŃHV MQLPpHVB HO MSSMUPLHQP j O·HQVHLJQMQP GH OHV H[SORLPHU GMQV O·RUGUH TXL OXL ŃRQYLHQPB I·H[SORUMPLRQ GH O·MUNRUHVŃHQŃH GHV Programmes et documents disponibles est semblable à celle des autres

banques. Le libellé des titres sélectionnés apparaît toujours en inversion vidéo et les boutons OK et Annuler

exercent les fonctions déjà rencontrées dans les paragraphes précédents. Dans la nouvelle banque de documents fournis, ceux-ŃL VRQP RUJMQLVpV SMU QLYHMX[ HP SMU POqPHV G·pPXGHB IHV

documeQPV GH OM SUpŃpGHQPH YHUVLRQ G·Anagène ont été maintenus après la nouvelle banque.

IHV IHQrPUHV GHV GRŃXPHQPV ŃOMUJpV V·HPSLOHQP GMQV O·HVSMŃH GH PUMYMLO G·Anagène mais comme toutes les

IHQrPUHV G·Anagène HOOHV GLVSRVHQP G·XQ NRuton de réduction en icône et de la possibilité de modifier leurs

dimensions tout en respectant les proportions du document. Il est aussi possible de charger des documents textuels, iconographiques (images aux formats BMP, WMF,

RLE, DIB, GIF ou JPG et animations de type AVI, MOV, MPG, MP2, MPEG, ou ASF) et même des

SURJUMPPHV H[pŃXPMNOHV SURSUHV j O·XPLOLVMPHXU TXL SRXUURQP HQULŃOLU OHV SRVVLNLOLPpV G·Anagène. Cette fonction

est assurée par la commande Ouvrir du menu Fichier TXL MVVXUH MXVVL O·RXYHUPXUH GH fichiers de séquences, de

UpVXOPMPV GH PUMLPHPHQPV GH POqPHV G·pPXGH HQUHJLVPUpV HQ G·MXPUHV OLHX[ VXU GLIIpUHQPV VXSSRUPV LQIRUPMPLTXHV

(disquette, disque dur, etc.) et également de fichiers HTML (Internet). Il est à noter que la lecture des

animations HP YLGpRV QXPpULTXHV Q·HVP SRVVLNOH TXH VL OHV SLORPHV ŃRUUHVSRQGMQPV VRQP ŃRUUHŃPHPHQP LQVPMOOpVB Quant aux programmes externes (type exe ou com) ainsi associés à Anagène, il est possible de les exécuter à la

condition que la mémoire vive du micro-ordinateur soit suffisante. Si des paramètres, voire des fichiers sont à

passer au programme externe, il est nécessaire de les déclarer dans la ligne de commande accessible par le

menu EditionB FHPPH OLJQH G·pGLPLRQ Q·MSSMUMvP TXH ORUVTXH OM NMUUH GH PLPUH GX SUogramme externe révèle par

VM ŃRXOHXU TXH OM IHQrPUH HVP MŃPLYpHB IH OMQŃHPHQP G·XQ SURJUMPPH H[PHUQH SMU H[HPSOH OM ŃMOŃXOMPULŃH GH

Windows SUpVHQPpH GMQV OM ŃRSLH G·pŃUMQ V·RNPLHQP SMU XQ ŃOLŃ GH OM VRXULV SRLQPpH VXU OH NRXPRQ LQPLPXOp

Exécuter le programme externe. Le retour dans Anagène V·RNPLHQP HQ TXLPPMQP OH SURJUMPPH H[PHUQH VHORQ OM

procédure qui lui est propre. Plusieurs programmes peuvent ainsi être associés à Anagène mais ils peuvent

rPUH MXVVL UpSHUPRULpV GMQV OHV GRQQpHV SURSUHV j O·XPLOLVMteur. 15

ANAGÈNE

La banque de séquences

GHVPLQpH HQ SULRULPp j O·HQVHLJQMQP ŃHPPH NMQTXH ŃRPSRUPH PRXPHV OHV VpTXHQŃHV XPLOLVpHV SRXU OM ŃRQVPLPXPLRQ

GH POqPHV G·pPXGHB ŃOMTXH VpTXHQŃH HVP MVVRŃLp XQ SLŃPRJUMPPH VSpŃLILTXH HQ UHOMPLRQ MYHŃ VM Qature

(séquence nucléique de type ADN, ARN ou séquence protéique). Dans la nouvelle banque de séquences

fournies, celles-ŃL VRQP RUJMQLVpHV SMU QLYHMX[ HP SMU POqPHV G·pPXGHB IHV VpTXHQŃHV GH OM SUpŃpGHQPH YHUVLRQ

G·$QMJqQH RUJMQLVpH SMU P\SH GH PROpŃXOHV a été maintenue après la nouvelle banque.

Pour charger une ou plusieurs séquences de la banque, il faut ouvrir la boîte de dialogue intitulée Banque de

séquences. Elle est accessible par le menu Fichier ou en cliquant sur le prHPLHU NRXPRQ GH OM NMUUH G·RXPLOVB Les

séquences sont classées par dossiers, eux-mêmes ordonnés de manière arborescente. Pour les atteindre, il

convient de déployer plus ou moins cette arborescence (cliquer sur les cases + ou -) et de sélectionner le

dossier désiré. Dans la partie droite de la boîte de dialogue s'affiche alors la liste des séquences disponibles

dans ce dossier. Une ou plusieurs séquences peuvent être sélectionnées (maintenir la touche Ctrl pressée),

elles apparaissent alors en inversion vidéo. Un clic porté sur le bouton Infos renseigne sur la nature de la

dernière séquence pointée qui apparaît alors encadrée. Un clic porté sur une séquence déjà sélectionnée ou la

IHUPHPXUH GH OM NUMQŃOH ŃRUUHVSRQGMQPH GH O·MUNRUHVŃHQŃH OM GpVpOHŃPLRQQHB La YMOLGMPLRQ GH OM VpOHŃPLRQ G·XQH RX SOXVLHXUV VpTXHQŃHV HIIHŃPXpHV HVP RNPHQXH HQ ŃOLTXMQP VXU OH NRXPRQ OK

ou en appuyant sur la touche Entrée. Elle provoque la fermeture de la boîte de dialogue et le chargement des

séquences sélectionnées dans la fenêtrH G·Affichage des séquences TXL MSSMUMvP MORUV j O·pŃUMQB IM UpSpPLPLRQ

GH ŃHPPH SURŃpGXUH SHUPHP G·MÓRXPHU GH QRXYHOOHV VpTXHQŃHV GMQV ŃHPPH IHQrPUHB IH NRXPRQ Annuler provoque

la fermeture de la boîte de dialogue et les séquences qui ont pu être sélectionnées ne sont pas chargées.

I·HQVHLJQMQP SHXP MLQVL ŃRQVPLPXHU GHV UHJURXSHPHQPV GH VpTXHQŃHV SRXU ŃRQVPLPXHU GHV POqPHV G·pPXGH

personnalisés. 16

PRISE EN MAIN

I(6 G211e(6 3(56211(II(6 G( I·87HIH6$7(85

Anagène est un logiciel ouvert quL SHUPHP G·LQPpJUHU SMU OH NLMLV GH PHQXV SHUVRQQMOLVpV OHV VpTXHQŃHV ŃUppHV

RX ŃOMUJpHV SMU O·XPLOLVMPHXU OHV GRŃXPHQPV PH[PXHOV RX LŃRQRJUMSOLTXHV GRQP LO GLVSRVH MLQVL TXH OHV

QRXYHMX[ POqPHV G·pPXGH TX·LO SHXP VRXOMLPHU ŃRQŃHYRLU SRXU OH SXNOLŃ MXTXHO LO V·MGUHVVHB Anagène constitue

MLQVL XQ RXPLO GH PUMYMLO G·MXPMQP SOXV SHUIRUPMQP TXH GHV SURJUMPPHV ŃRPSOpPHQPMLUHV SHXYHQP OXL rPUH

associés.

IM PpPORGH ŃRQVLVPH j ŃORLVLU GMQV O·HVSMŃH GH PUMYMLO OHV pOpPHQPV TXL YLHQdront enrichir les banques de

données personnelles. Ces éléments peuvent être de différents types : séquences isolées, fenêtre de séquences,

UpVXOPMP G·XQ PUMLPHPHQP IHQrPUHV MYHŃ OHV UpVXOPMPV GH SOXVLHXUV PUMLPHPHQPV GRŃXPHQPV PH[PXHOV LPMJHV IL[HV

aQLPMPLRQV SURJUMPPHV HQVHPNOH GHV IHQrPUHV SUpVHQPHV GMQV O·HVSMŃH GH PUMYMLOB 3RXU VMXYHJMUGHU O·XQ RX O·MXPUH GH ŃHV pOpPHQPV LO VXIILP G·XPLOLVHU OM ŃRPPMQGH Enregistrer accessible dans

le menu Fichier ou plus simplement de cliquer sur le bouton disTXHPPH GH OM NMUUH G·RXPLOVB La boîte de dialogue Enregistrer... apparaît alors. Après avoir sélectionné ce qui doit être enregistré, vous

devez alors choisir la destination des données. Ce choix dépend de la nature des données et des objectifs.

17

ANAGÈNE

$SUqV GpILQLPLRQ GX ŃORL[ GH O·XQH GHV PURLV NMQTXHV GH GRQQpHV - XQ POqPH G·pPXGH SMU H[HPSOH - et

confirmation obtenue après validation, la fenêtre du menu correspondant est ouverte.

Il faut commencer SMU MÓRXPHU XQ GRVVLHU HP OXL GRQQHU XQ QRPB (QVXLPH RQ SRXUUM MÓRXPHU XQ POqPH G·pPXGH

qui recevra aussi un intitulé. 6XU OM ŃRSLH G·pŃUMQ VXLYMQPH RQ YRLP TXH GHX[ QRPV GH GRVVLHUV RQP GpÓj pPp HQUHJLVPUpVB OM ŃOMVVH GH

SUHPLqUH 61 RQ V·MSSUrPH j MÓRuter un thème.

IHV OLNHOOpV GHV POqPHV HP GHV GRVVLHUV VRQP PRGLILMNOHVB IM VXSSUHVVLRQ G·XQ GRVVLHU Q·HVP SRVVLNOH TXH V·LO QH

ŃRQPLHQP MXŃXQ POqPHB IM VXSSUHVVLRQ G·XQ POqPH V·RNPLHQP HQ HIIMoMQP VRQ QRP GMQV OM OLJQH G·pGLPLRQB

18

PRISE EN MAIN

I·MÓRXP GH VpTXHQŃHV

IHV VpTXHQŃHV TXH O·RQ VRXOMLPH MÓRXPHU MX PHQX GHV VpTXHQŃHV SHUVRQQHOOHV SHXYHQP MYRLU PURLV RULJLQHV

différentes. Les séquences fournies

Ces séquences, peuvent être chargées à partir de la banque dH VpTXHQŃHV RX GHV POqPHV G·pPXGH IRXUQLVB 3RXU

PHPPUH ŃHV VpTXHQŃHV GMQV OH GRVVLHU G·XQ XPLOLVMPHXU LO ŃRQYLHQP GH OHV VpOHŃPLRQQHU GMQV OM IHQrPUH

G·MIILŃOMJHCpGLPLRQ G·Anagène HP G·HQ GHPMQGHU O·HQUHJLVPUHPHQP GMQV OM NMQTXH GH VpTXHQŃHV SHUVRQQHOOHVB

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