[PDF] SOMMAIRE La flore commensale des voies

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SOMMAIRE

Les prélèvements ORL .........................................................................................................6

1. La ?ore commensale des voies aériennes supérieures ..................................................................8

2. Les prélèvements pharyngés ..........................................................................................8

3. Les prélèvements auriculaires .......................................................................................16

4. Les prélèvements de sinus .............................................................................................20

5. Le diagnostic bactériologique de la coqueluche .....................................................................22

Annexes

Annexe 1. Présentation d"un test rapide de recherche de Streptococcus pyogenes : le Streptatest ...........................24

Annexe 2. La scarlatine ............................................................................................................25

Annexe 3. La diphtérie ............................................................................................................26

Annexe 4. La mononucléose infectieuse (MNI) .................................................................................28

Annexe 5. Test d"Elek pour la recherche de la production de toxine diphtérique ..........................................29

Annexe 6. La coqueluche ......................................................................................................... 30Les sécrétions bronchopulmonaires ........................................................................32

1. L" anatomie de l"appareil respiratoire .................................................................................34

2. Les mécanismes de défense de l"appareil respiratoire ...............................................................34

3. Les di?érentes formes cliniques .......................................................................................36

4. Les principaux pathogènes .............................................................................................38

5. Les problèmes rencontrés lors du diagnostic microbiologique ......................................................41

6. Les di?érentes étapes de l"analyse ....................................................................................44

7. La recherche de micro-organismes atypiques ........................................................................50

8. L"analyse des sécrétions bronchopulmonaires chez le patient atteint de mucoviscidose ...........................56

Études de cas ......................................................................................................58 - 69

AnnexesAnnexe 1. Principe et technique du test BINAX NOW® Streptococcus pneumoniae .......................................70

Annexe 2. Fiche technique du Digest-EUR® ....................................................................................75

Annexe 3. Les méthodes d"ampli?cation génique utiles au diagnostic des infections respiratoires

bactériennes ............................................................................................................76

Annexe 4. Examens microscopiques de sécrétions bronchopulmonaires ...................................................77Les mycobactéries ...............................................................................................................78

1. Dé?nition et classi?cation .............................................................................................80

2. La tuberculose .........................................................................................................80

3. Les mycobactéries non tuberculeuses (atypiques) ..................................................................84

4. Le diagnostic direct des infections à mycobactéries ..................................................................85

5. L" identi?cation des mycobactéries tuberculeuses ..................................................................90

6. L" identi?cation des mycobactéries non tuberculeuses ...............................................................96

7. L" antibiogramme des mycobactéries tuberculeuses ..................................................................96

AnnexesAnnexe 1. Le diagnostic indirect de la tuberculose ...........................................................................100

Annexe 2. Les méthodes de décontamination .................................................................................104

Annexe 3. Les techniques de coloration des mycobactéries ..................................................................106

Annexe 4. La composition des milieux de culture ...........................................................................108

Annexe 5. In?uence de la concentration en mycobactéries sur le délai de croissance ....................................109

Annexe 6. Fiche technique du kit GenoQuick® MTB .....................................................................110

Annexe 7. Schéma du principe du test GenoQuick® MTB ...............................................................116

Annexe 8. Schéma du principe du test TBC ID® ...........................................................................118

Annexe 9. Tests pour l"identi?cation phénotypique des mycobactéries ...................................................119

Annexe 10. Fiche technique du kit GénoType® MTBC ..................................................................121Abréviations et acronymes ..........................................................................................125

Crédits ...............................................................................................................126

LES PRÉLÈVEMENTS ORL

Chapitre

1 2 3 4

511111111

22222222

44444444

555555

33333333

La flore commensale des voies aériennes supérieures

Les prélèvements pharyngés

Les prélèvements auriculaires

Les prélèvements de sinus

Le diagnostic bactériologique de la coqueluche

Annexes

Les prélèvements ORLChapitre 1

8

2.1. Les contextes

Les contextes justi?ant l"analyse d"un prélèvement pha- ryngé sont très variés : - recherche de l"étiologie d"une angine ; - diagnostic des candidoses oropharyngées ; - recherche de Neisseria gonorrhoeae dans un contexte d"IST ; - surveillance des ?ores des sujets immunodéprimés ; - recherche du portage de germes multi-résistants aux antibiotiques (SARM par exemple) chez les patients admis dans certains services hospitaliers ou chez le personnel soignant 1 Une angine, aection douloureuse, correspond à une inammation aiguë d"origine infectieuse des amyg- dales palatines, structures latérales au fond de la gorge (photographie

3 ). Les douleurs irradient souvent vers

les oreilles (otalgie) avec une sensation de brûlure de la gorge associée à des di?cultés de déglutition. La ore commensale des voies aériennes supérieures va- rie selon les sites (tableau

2 ). Elle est particulièrement

abondante au niveau du pharynx.

R5La ?ore de la muqueuse buccale

Elle est essentiellement constituée de streptocoques alpha hémolytiques (Streptococcus salivarius, S. mitis, S. sanguis, S. milleri...) et de bactéries anaérobies (Bacte- roides melaninogenicus, Fusobacterium spp., Veillonella) qui adhèrent aux cellules de l"épithélium lingual et ju- gal.

R5La ?ore salivaire

Elle est le re?et de la ?ore de la muqueuse buccale ; elle contient un nombre élevé de bactéries (10 5 -10 6 /mL), avec une nette prédominance des streptocoques et par- ticulièrement de S. salivarius.

R5La ?ore du pharynx

Elle est abondante (10

8 /mL) et de composition similaire à celle de la salive ; elle s"en distingue par la présence des Haemophilus, des Neisseria et des Branhamella.R5La ?ore des fosses nasales Elle est composée essentiellement de Staphylococcus epidermidis, de corynébactéries et, dans une moindre mesure, de streptocoques alpha hémolytiques et de

Neisseria.

Les sinus, à l"état normal, sont stériles.

R5La ?ore du conduit auditif

Elle est qualitativement proche de la ?ore cutanée (staphylocoques, microcoques et corynébactéries) mais limitée quantitativement par l"activité bactéricide du cérumen. À ces germes commensaux, s"ajoutent en petite quantité des bactéries en transit : entérobactéries, Pseudomonas. Certains sujets sont porteurs de germes potentiellement pathogènes comme : -Staphylococcus aureus, au niveau des fosses nasales (un tiers des individus) ; -Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae et

Streptococcus pyogenes, au niveau du pharynx.

Les infections ORL (Oto-Rhino-Laryngées) concernent les voies aériennes supérieures. Les voies aériennes supérieures comprennent (gure

1 ):

- la cavité nasale ; - le pharynx divisé en 3 zones : le naso ou rhinopharynx, l"oropharynx et l"hypopharynx ; - la bouche ; - l"oreille reliée au rhinopharynx par la trompe d"Eus- tache ; - le larynx. Seront développés dans ce chapitre, les diagnostics des

angines, des otites et des sinusites avec, dans un premier temps, les ?ores commensales des voies aériennes supé-

rieures, ?ores riches et variées dont l"existence complique le diagnostic des infections ORL ; il est possible, en outre, de trouver au sein de cette ?ore, des espèces poten- tiellement pathogènes et il est alors di?cile de distinguer un simple portage d"une infection. Le traitement des infections ORL virales étant seule- ment symptomatique (antalgique et antipyrétique), leur diagnostic ne sera pas développé. Bien que ce ne soit pas une infection ORL, le diagnostic bactériologique de la coqueluche sera présenté en der- nière partie de ce chapitre puisqu"il est établi à partir d"un prélèvement nasopharyngé.

1. LA FLORE COMMENSALE DES VOIES AÉRIENNES SUPÉRIEURES

2. LES PRÉLÈVEMENTS PHARYNGÉS

1. Ces deux derniers contextes sont développés dans le tome 3 de Bactériologie médicale, au chapitre Rôle du laboratoire de bactériologie dans la lutte contre les

infections nosocomiales. 9 On parle de "pharyngite" lorsque l"in?ammation est plus di?use et a?ecte toute la muqueuse. Les signes généraux peuvent être au premier ou au se- cond plan : ?èvre, frissons, malaise général, ganglions volumineux dans le cou. En fonction de l"aspect des amygdales palatines, on dis- tingue di?érents types d"angines : - les angines érythémateuses (angines rouges) et les an- gines érythématopultacées (angines blanches) ; - les angines pseudo-membraneuses ; - les angines ulcéreuses et ulcéro-nécrotiques ; - les angines vésiculeuses.

Cavité nasaleOrifice de la trompe

d"Eustache

Nasopharynx

Luette

AmygdaleLangue

Oropharynx

HypopharynxÉpiglotte

ferme la trachée pendant la déglutition

LarynxCordes vocales

Trachée

Œsophage

2 Flores commensales prédominantes des voies aériennes supérieures

Flore de la

muqueuse buccaleFlore sali- vaireFlore du pharynxFlore des fosses nasalesFlore du conduit auditif

Streptococcus salivarius+++ +++ ++

Autres Streptococcus alpha

hémolytiques+++ ++ ++ +

Bactéries anaérobies ++ + ++

Haemophilus+

Neisseria++ +

Branhamella++

Staphylococcus epidermidis+++ +++

Corynébactéries ++ +++

Micrococcus++

Voile du palais

Pilier postérieur

Pilier antérieur

Luette

Amygdale palatine

Oropharynx

Langue

3 Vue antérieure d"une bouche ouverte présen-

tant des amygdales en?ammées et dilatées

1 Les voies

aériennes supérieures

Les prélèvements ORLChapitre 1

10

2.1.1. Les angines érythémateuses et érythé-

mato-pultacées R5Les angines érythémateuses (photographie 4 ), com- munément appelées "angines rouges", se traduisent par une rougeur du pharynx, du voile du palais, de la luette et des amygdales. Elles sont, le plus souvent, d"origine virale mais peuvent aussi être d"origine streptococcique. R5Les angines érythémato-pultacées se caractérisent par des amygdales d"abord très rouges, puis apparaît un enduit blanc crémeux plus ou moins abondant facile- ment décollable de la surface amygdalienne (photogra- phie

5 ). Elles sont communément appelées "angines

blanches" (pultacée provient du latin pultis = bouillie). L" étiologie est ici aussi majoritairement d"origine vi- rale mais les angines érythémato-pultacées sont plus fréquemment d"origine bactérienne que les angines

érythémateuses.

Parmi les 9 millions d"angines diagnostiquées chaque année en France, 92 % sont des angines érythémateuses ou érythémato-pultacées. Comme indiqué précédemment, elles sont le plus souvent d"origine virale (tableau ci-dessous). Les principaux virus en cause sont les Adenovirus, Myxovirus parain?uenzae et Myxovirus in?uenzae (virus grippal). Un traitement symptomatique su?t (antalgique et antipyrétique). Elles peuvent également être d"origine bactérienne. On dénombre, en moyenne, en France, deux millions de cas d"angines érythémateuses ou érythémato-pultacées à streptocoque A (Streptococcus pyogenes). Ces angines doivent être impérativement traitées par antibiotiques a?n d"éviter des complications graves (document 6 ). Elles sont habituellement traitées avec de la pénicilline G ou des macrolides en cas d"allergie aux pénicillines. Principales étiologies des angines érythémateuses et

érythémato-pultacées :

Enfant Adulte

Virus 60 à 75 % 75 à 90 %

Streptocoque A 25 à 40 % 10 à 25 %

Comme il est dicile à l"examen clinique de déterminer si l"étiologie est virale ou bactérienne, pendant de nom- breuses années, toutes les angines étaient traitées avec des antibiotiques, or ce traitement est inutile si l"angine est d"origine virale. Pour limiter la prescription d"antibiotiques, tout en les utilisant pour traiter les infections à streptocoque A, il a fallu généraliser la recherche des streptocoques A dans les prélèvements de gorge. Le médecin-traitant dispose désormais de tests de dépis- tage rapide : ils sont simples, rapides (moins de 10 mi- nutes) et ont une spécicité de 95 % avec une sensibilité de 95 % (cf. annexe 1 page 24). Prise en charge des angines érythémateuses et érythé- mato-pultacées

Le schéma

9 récapitule le protocole de prise en charge

d"une angine.

Rôle du laboratoire de bactériologie

Les tests de dépistage rapide su?sent pour diagnosti- quer 95 % des angines à streptocoque A. Le rôle du laboratoire de bactériologie pourrait désor- mais se limiter à l"analyse de prélèvements pharyngés de sujets présentant un test de dépistage rapide négatif et des facteurs de risque. L"analyse par le laboratoire de bactériologie des prélève- ments pharyngés, bien qu"un peu plus longue, présente cependant l"avantage d"isoler d"autres bactéries patho- gènes, comme les streptocoques C et G. D"autres espèces potentiellement pathogènes peuvent être isolées mais si la symptomatologie se limite au pha- rynx, elles ne sont pas considérées comme pathogènes et leur présence ne doit pas être noti?ée sur le compte rendu. C"est le cas de Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus in?uenzae, Neisseria meningiti- dis et Candida albicans. La scarlatine est une forme particulière d"angine due à des souches de streptocoque A qui produisent une toxine

érythrogène (cf. annexe 2 page 25).

2.1.2. Les angines pseudo-membraneuses

Elles se caractérisent par la présence de "fausses mem- branes" sous forme de peaux blanchâtres ou grisâtres qui adhèrent plus ou moins fortement aux muqueuses (photo- graphie 7 ). Un tel aspect clinique fait redouter une diphtérie, mala- die strictement humaine, hautement contagieuse, dont l"évolution est rapidement fatale. Elle est due aux souches du complexe diphtheriae sécrétrices de la toxine diphté- rique. Ce complexe comprend les espèces Corynebacterium diphtheriae, C. ulcerans et C. pseudotuberculosis (cf. annexe 3 page 26). La diphtérie est très rare en France et les angines pseudo- membraneuses observées correspondent le plus souvent à : - une mononucléose infectieuse : habituellement érythé- mateuse, l"angine accompagnant une MNI est quelque- fois pseudo-membraneuse (cf. annexe 4 page 28) ; - une angine pseudo-membraneuse d"étiologie bactérienne variée (Staphylococcus aureus, Streptococcus A, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus in?uenzae) ; - un début d"angine de Vincent (cf. § suivant).

2.1.3. Les angines ulcéreuses et ulcéro-nécro-

tiques Lors de ces angines, le plus souvent unilatérales, une amygdale est recouverte d"une ulcération (perte de subs- tance) à bords surélevés.

R5L"angine de Vincent

Souvent consécutive à une mauvaise hygiène bucco- dentaire, l"angine de Vincent est due à la pullulation de deux germes anaérobies commensaux : un bacille fusi- forme (Fusobacterium necrophorum) et un spirochète (Borrelia vincentii) (photographie

8 ).

11

4 Angine érythémateuse 5 Angine érythémato-pultacée

6 Complications post angine streptococcique 7 Angine diphtérique

Le rhumatisme articulaire aigu (RAA) est une complica- tion auto-immune des angines à streptocoque A. Il existe en effet une parenté antigénique entre des régions de la protéine M des streptocoques A et des macromolécules tissulaires (laminine, myosine, collagène). Les tissus articulaires et cardiaques sont détériorés après fixation d"anticorps dirigés contre la protéine M des strep- tocoques A et activation du système du complément. Le RAA est encore très fréquent dans les pays en voie de développement. En France, il est très rare (environ 10 cas par an). La glomérulonéphrite aiguë (GNA) post streptococcique est une inflammation des glomérules liée au dépôt de complexes immuns circulants. Un traitement antibiotique d"une angine à streptocoque A ne diminue pas le risque de GNA. Le diagnostic de ces complications repose en partie sur le titrage dans le sérum d"anticorps signalant une infection récente à streptocoque A : antistreptolysine O (ASLO), antistreptodornase (ASD) et antistreptokinase (ASK). Une concentration d"anticorps élevée ou une élévation de cette concentration à 15 jours d"intervalle est observée lors de complications post streptococciques.

8 Association fuso-spirochétienne = Angine de Vincent

9 Schéma décisionnel de la prise en charge d"une angine

ANGINE AIGUË

Positif

Test de diagnostic rapide

Négatif

Facteurs de risque

de RAA (1) Oui Non

Culture

Traitement

antibiotiquePrésence de streptocoques AAbsence de streptocoques ATraitement symtomatique (antalgique, antipyrétique)

(1) Antécédent personnel de RAA, épisodes antérieurs d"infections à streptocoque A, séjours en région d"endémie (Afrique, Antilles...),

certains facteurs environnementaux (conditions sociales, sanitaires et économiques, promiscuité, collectivité fermée).

NB : un traitement antibiotique même retardé (jusqu"au 9 e jour) présente néanmoins un effet protecteur vis-à-vis du RAA.

Les prélèvements ORLChapitre 1

12 Pseudo-membraneuse en début d" évolution, elle se caractérise ensuite par une ulcération à fond grisâtre, unilatérale. L"haleine est fétide. Elle touche surtout l"adolescent et l"adulte jeune. L" examen microscopique après coloration de Gram su?t pour poser le diagnostic : observation de bacilles fusiformes à Gram négatif associés à des bacilles spira- lés, allongés et très ?ns également Gram négatif. R5Les angines accompagnant certaines hémopathies Elles sont observées lors de neutropénies profondes et d"agranulocytose. Elles sont généralement bilatérales.

2.1.4. Les angines vésiculeuses

Elles sont toujours d"origine virale et se caractérisent par la présence de petites vésicules sur une muqueusequotesdbs_dbs1.pdfusesText_1

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