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Les analyses virologiques

pour le diagnostic et la prise en charge thérapeutique de

Donald Murphy, PhD

Laboratoire de santé publique du Québec

PNMVS, Montréal, 15 octobre 2013

Plan de la présentation

Introduction au virus

Tests virologiques pour le diagnostic

¾Détection des anticorps contre le VHC

¾Détection du virus (test ARN qualitatif)

Tests virologiques pour la prise en charge thérapeutique

¾Génotypage

¾Mesure de la charge virale (test ARN quantitatif) ¾Détermination génotypique de la résistance aux inhibiteurs de la protéase 2 3

Identifié à la fin des années 1980

Se réplique dans le cytoplasme des

hépatocytes

Demi-vie

2,7 heures; production virale de

1010 à 1012 virions / jour

Virus à transmission hématogène

Appartient à la famille Flaviviridae, genre

hépacivirus 4

Arbre phylogénétique de membres de

la famille Flaviviridae (hélicase)

Kapoor A et al. mBio 2013;

doi:10.1128/mBio.00216-13 5

Arbres phylogénétiques de la région de

Kapoor A et al. mBio 2013;

doi:10.1128/mBio.00216-13 Prévalence du VHC et évolution de la maladie

3% de la population mondiale

170 millions de personnes

0,7% de la population du Canada

240,000 personnes,

50,000 au Québec

Risque de chronicité (variable)

Risque de cirrhose

Mortalité et incidence du carcinome hépatocellulaire relié à la cirrhose

1 Ȯ 4% / année

6

Organisation génomique du VHC

Moradpour et al., 2007

7

Tests virologiques pour le diagnostic

Détection des anticorps anti-VHC

Détection du virus test de détection

8

Antigènes utilisés dans les tests de

9

A B B A

C E1 E2 NS2 NS3 NS4 NS5

SOD c100-3

SOD SOD

SOD NS5

c200 c22-3

Génération

1e 2e 3e

SOD SOD c200 c22-3

Caractéristiques des tests de dépistages

10

Génération Introduction Caractéristiques

Première

NS4

Mai 1990

post-transfusionnelle non-A, non-B

¾-VHC décelable

Deuxième

NS4

C, NS3

Mars 1992 Plus sensible que les essais de 1e génération

¾anticorps contre C et NS3 apparaissent

plus tôt dans la période fenêtre

¾détection des patients anti-NS4 (c100-3 et

5-1-1) négatifs

Troisième

NS4

C, NS3

NS5 Juin 1996 Plus sensible que les essais de 2e génération sur des panels de séroconversion

NS3 et non à NS5

Comparaison des antigènes utilisés dans

les tests de détection des anti-VHC 11

Trousse Core E1 E2 P7 NS2 NS3 NS4 NS5

AxSym 3.0 (MEIA) (1-150) c33c

(1192-1457) c100-3 (1569-1931) NS5 (2054-2995) c200 (1192-1931)

Architect (CMIA) (1-150) c33c

(1192-1457) c100-3 (1569-1931)

ADVIA Centaur (CIA) c22p

(10-53) c200 (1192-1931) NS5 (2054-2995)

Elecsys (ECL) (peptide +

protéines recombinantes) C (peptide) NS3 (Ag recomb) NS4 (peptide)

Monolisa (EIA) (3 protéines

recombinantes E.coli) C NS3 NS4

VITROS Ortho (CIA)

Ortho ELISA (EIA)

c22-3 (2-120) c200 (1192-1931) NS5 (2054-2995) HCr43 HCr43

Antigènes utilisés dans le test

12

A B B A

C E1 E2 NS2 NS3 NS4 NS5

SOD NS5

Génération

1e 2e 3e

SOD c22-3 SOD c100-3

SOD SOD c100-3 5-1-1

SOD 5-1-1 c33c SOD

c22-p 5-1-1-p c100p c33c SOD * En mars 2013, Ortho Clinical la fabrication de la trousse RIBA HCV 3.0 SIA par Novartis Diagnostics

Tests immunoblots sur bandelettes

13

INNO-LIA HCV Score* Chiron RIBA HCV 3.0 SIA

Innogenetics

* Utilisé par le Laboratoire national de microbiologie, ASPC

Non réactif Réactif

s/co < X s/co Résultat réactif

émettre final

Soumettre au

LSPQ pour

confirmation

S/co = signal/cut-off :

X = 12 AxSym

X = 15 Vitros ECI

X = 11 Advia Centaur

X = 10 Architect

Épreuve de détection des anticorps (ex. hôpital)

Rapport final

Absence

Algorithme provincial de diagnostic de

14

Épreuve de dépistage des anticorps

Algorithme provincial de diagnostic de

Négatif Indéterminé Positif

Duplex EIA1/EIA2

Anti-VHC réactif (s/co < X)

EIA1 : OrthoTM HCV 3.0 ELISA Test System with Enhanced SAVe EIA2 : Monolisa® anti-HCV PLUS Version 2 (Bio-Rad) HR : haut réactif = s/co NR : non réactif = s/co < 1.0

HR/HR Autres profils NR/NR

LSPQ

Hôpital

Absence

Présence

15

Indique une exposition au VHC dans le passé

-VHC ne permet pas de distinguer les porteurs cliniques des patients guéris. La -PCR qualitatif virémie. » ¾En 2011, les représentants des laboratoires impliqués dans les épreuves spécialisées pour le VHC à anti-VHC positif 16 " indéterminé » (LSPQ)

Commentaire ajouté sur le rapport du LSPQ

¾" Le résultat de la recherche des anticorps anti-VHC étant indéterminé, une recherche de -PCR qualitatif 17

Changement au processus de confirmation

à compter du 5 janvier 2011 (LSPQ)

La confirmation des anti-HCV ne sera plus effectuée chez les patients connus positifs sur 2 sérums antérieurs, le commentaire suivant apparaîtra aux rapports : Nos dossiers indiquent que ce patient est connu positif à une épreuve de confirmation des anticorps VHC sur au moins deux sérums antérieurs. Il est donc jugé inutile de répéter une épreuve de confirmation. Le diagnostic de 18 génomique du VHC*

Résultats

Positif

¾VHC

Négatif

(au seuil de détection)

ARN génomique

19 génomique du VHC

Trois sites désignés (déc. 2012)

Montréal

CHUM Hôpital Saint-Luc

CUSM Hôpital Royal Victoria

Québec

CHU de Québec Hôtel-Dieu de Québec

20

Trousses utilisées au Québec

21

Trousses de Roche (RT-PCR classique)

¾COBAS Amplicor HCV 2.0 Test

¾COBAS AmpliPrep/COBAS Amplicor HCV 2.0

Test (CHUM seulement)

Cible génomique : région 5 prime non codante

Limite de détection 50 UI/ml

Calcul de la limite de détection

UI/ml* Nombre

testé

Détecté

Nombre %

150 12 12 100

125 11 11 100

100 12 12 100

75 117 117 100

50 108 108 100

25 107 96 89,7

15 11 8 72,7

Amplicor HCV Test, version 2.0

22
génomique du VHC

Anti-VHC

Réactif/Positif Indéterminé

ARN qualitatif* ARN qualitatif*

Positif Négatif Positif Négatif

dans 4 - 6 mois 23

Génotypage

Mesure de la charge virale test de

Détermination génotypique de la résistance aux antiviraux

Tests virologiques pour la prise en

charge thérapeutique 24
25

Arbre phylogénétique du VHC

0.1 QC69

CS101285 CS101300

5

EUH1480

1 3 4 2 6 7 a EUHK2 GX004

JK046 g

e h k VN004 VN405 d a ED43 03-18 b a k b c a b c k a ? HC-J8 HC-J6

VAT96 BEBE1

HCV-Tr

NZL1 JK049

HCV-BK

H77 HC-G9

AJ851228

NS5B 0.1 EUHK2 GX004 JK046 VN004 VN405

EUH1480

H77 HC - G9

HCV - BK

AJ851228

ED43

03 - 18

JK049 NZL1

HCV - Tr

QC69

HC - J8

HC - J6

BEBE1 VAT96 3 b a k 7 2 b a c k 5 6 a e g h k 4 d 1 a c b a a

Génome complet

Génotype Sous-type

1 a - l

2 a - r

3 a - k

4 a - v

5 a

6 a - w

7 (provisoire) a

¾ Génome recombinant (ex. RF_2k/1b)

26
27

3 C E1 E2 NS2 NS3 NS5A NS5B NS4B 5 NS

4A P

7 3 C E1 E2 NS2 NS3 NS5A NS5B NS4B NS

4A P 7

Génome recombinant (ex. 2k/1b)

3 C E1 E2 NS2 NS3 NS5A NS5B NS4B 5 NS

4A P

7 3 C E1 E2 NS2 NS3 NS5A NS5B NS4B NS

4A P 7

3 C E1 E2 NS2 NS3 NS5A NS5B NS4B 5 NS

4A P

7 3 C E1 E2 NS2 NS3 NS5A NS5B NS4B NS

4A P 7

Génome parental 2 (ex. 2k)

Génome parental 1 (ex. 1b)

28

Recombinants naturel du VHC

Recombinant

Point de

Recombinaison

(nucléotides*)

Souche Géographie Référence

2k/1b NS2 (-235) N687 St-Pétersbourg,

Russie Kalinina et al. 2002

2i/6p NS2-NS3

(-15 à 21) D3 Ho Chi Minh

City, Vietnam

Noppornpanth et

al., 2006

2b/1b NS3 (36-37) SE-03-

07-1689

Manille,

Philippines

Kageyama et al.,

2006

2/5 NS3 (12 à 32) R1 France

(sud-ouest)

Legrand-Abravanel.

et al., 2007

2b/6w NS3 (9) D177 Taïwan Lee et al., 2010

1b/1a NS5B PE22 Lima, Pérou Colina et al., 2004

* Par rapport à NS3 29

Génotype décrit par le LSPQ

Génotype Origine

1j,1k Haïti

2m Vietnam

2r Haïti

3i Continent Indien

4q Rwanda/Burundi

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