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SPILF 2015
Mise au point
Texte court
Diagnostic et antibiothérapie
des infections urinaires bactériennes communautaires de l"adulte Actualisation au 11 décembre 2015 des recommandations initialement mises en ligne en mai 2014 2GROUPE DE TRAVAIL
Pr François CARON, Infectiologue, Rouen
Président du groupe, responsable du groupe de travail pyélonéphritesDr Tatiana GALPERINE, Infectiologue, Lille
Co-présidente du groupe, responsable du groupe de travail cystitesDr Manuel ETIENNE, Infectiologue, Rouen
Responsable du groupe de travail infections urinaires masculinesPr Audrey MERENS, Microbiologiste, Saint-Mandé
Responsable du groupe de travail microbiologie
Dr Clara FLATEAU, Infectiologue, Saint-Mandé
Chargée de projet
Dr René AZRIA, Généraliste, Vétheuil
Dr Stéphane BONACORSI, Microbiologiste, Paris
Pr Franck BRUYERE, Urologue, Tours
Dr Gérard CARIOU, Urologue, Paris
Dr Robert COHEN, Pédiatre, Saint-Maur-des-FossésDr Thanh DOCO-LECOMPTE, Infectiologue
Dr Elisabeth ELEFANT, Embryologiste, Paris
Dr Rémy GAUZIT, Anesthésiste-Réanimateur, ParisPr Gaëtan GAVAZZI, Gériatre, Grenoble
Pr Laurent LEMAITRE, Radiologue, Lille
Dr Josette RAYMOND, Microbiologiste, Paris
Pr Eric SENNEVILLE, Infectiologue, Tourcoing
Pr Albert SOTTO, Infectiologue, Nîmes
Dr Christophe TRIVALLE, Gériatre, Villejuif
GROUPE DE RELECTURE
Dr Eric BONNET, Infectiologue, Toulouse
Dr Bernard CASTAN, Infectiologue, Ajaccio
Pr Emmanuel CHARTIER-KASTLER, Urologue, Paris
Dr Sylvain DIAMANTIS, Infectiologue, Melun
Pr Benoît GUERY, Infectiologue, Lille
Dr Philippe LESPRIT, Infectiologue, Créteil
Dr Yves PEAN, Microbiologiste, Paris
Pr Lionel PIROTH, Infectiologue, Dijon
Pr Christian RABAUD, Infectiologue, Nancy
Dr Joseph-Alain RUIMY, Généraliste, Paris
Pr Jean-Paul STAHL, Infectiologue, Grenoble
Dr Christophe STRADY, Infectiologue, Reims
Dr Emmanuelle VARON, Microbiologiste, Paris
Dr Fanny VUOTTO, Infectiologue, Lille
Dr Claire WINTERBERGER, Infectiologue, Grenoble
3LISTE DES ABREVIATIONS
Institutions et dispositions légales
AFSSA : Agence française de sécurité sanitaire des aliments AFORCOPI-BIO : Association de formation continue en pathologie infectieuse des biologistesAMM : Autorisation de mise sur le marché
ANAES: Agence nationale d"accréditation et d"évaluation en santé ANDEM : Agence nationale pour le développement de l"évaluation médicale CA-SFM : Comité de l"antibiogramme de la société française de microbiologie EARSS: European antibiotic resistance surveillance system EUCAST: European Committee for Antimicrobial Susceptibility Testing ESCMID: European Society of Clinical Microbiology and Infectious DiseasesEAU : European association of urology
HAS : Haute autorité de santé
InVS : Institut national de veille sanitaire
ONERBA : Observatoire national de l"épidémiologie de la résistance bactérienneSFM : Société Française de Microbiologie
SPILF: Société de pathologie infectieuse de langue françaiseTermes médicaux
BLSE: bêta-lactamase à spectre étendu
BU: bandelette urinaire
C3G: céphalosporine de troisième générationEBLSE: entérobactérie productrice de BLSE
ECBU: examen cyto-bactériologique des urines
EHPAD: établissement d"hébergement pour personnes âgées dépendantesIRM: imagerie par résonance magnétique
IU: infection urinaire
PNA: pyélonéphrite aiguë
TDM: tomodensitométrie
TMP-SMX: triméthoprime-sulfaméthoxazole (ou cotrimoxazole)UFC: unités formant colonies
UIV: urographie intra-veineuse
4SOMMAIRE
METHODE GENERALE (P 5)
INTRODUCTION (p 5)
I. TERMINOLOGIE (p6)
1. Définition des infections urinaires (p 6)
2. Colonisation urinaire (p 7)
II. EPIDEMIOLOGIE ET RESISTANCE DE E. COLI AUX ANTIBIOTIQUES (p 8)1. Seuils d"antibiorésistance admissibles pour les choix probabilistes (p8)
2. Résistance aux fluoroquinolones (p8)
3. Epidémiologie des E. coli producteurs de BLSE (p8)
4. Résistance de E. coli: synthèse (p 9)
III. OUTILS DIAGNOSTIQUES DES INFECTIONS URINAIRES (p 10)1. Examen cytobactériologique des urines (ECBU) (p 10)
2. Bandelette urinaire (p 10)
IV. INFECTIONS URINAIRES DU SUJET AGE (p 11)
1. Spécificités du diagnostic d"infection urinaire chez le sujet âgé (p 11)
2. Conduite à tenir diagnostique (p 11)
3. Conduite à tenir thérapeutique (p 11)
V. CYSTITES (p 12)
1. Cystite aiguë simple (p 12)
2. Cystite aiguë à risqué de complication (p 13)
3. Cystite aiguë récidivante (p 14)
4. Algorithmes (p 16)
VI. PYELONEPHRITES AIGUES (p 18)
1. PNA simple sans signe de gravité (p 18)
2. PNA à risque de complication, sans signe de gravité (p 21)
3. PNA grave (p 22)
4. Algorithmes (p 24)
VII. INFECTIONS URINAIRES MASCULINES (p 27)
1. Diagnostic (p 27)
2. Traitement (p 27)
3. Algorithmes (p 30)
VIII. INFECTIONS URINAIRES AU COURS DE LA GROSSESSE (p 31)1. Colonisation urinaire gravidique (p 31)
2. Cystite aiguë gravidique (p 32)
3. PNA gravidique (p 33)
4. Algorithmes (p 36)
ANNEXE 1 (p 40)
ANNEXE 2 (p 43)
5METHODE GENERALE
Cette actualisation des recommandations de prise en charge des infections urinaires (IU) bactériennes
communautaires de l"adulte a été réalisée sous l"égide de la Société de Pathologie Infectieuse de Langue
Française (SPILF). Le groupe de travail comprenait des experts des disciplines concernées: infectiologie,
microbiologie, urologie, médecine générale, gériatrie et radiologie. Le texte élaboré par les différents groupes de
travail a ensuite été soumis à un groupe de lecture.Les précédentes recommandations édictées par la SPILF en 2008 ont été conservées lorsqu"aucune donnée
nouvelle ne justifiait de modification. Les changements proposés répondent donc à des données scientifiques
nouvelles, telles que l"évolution des résistances aux antibiotiques, de nouvelles études de pharmacovigilance, ou
des publications scientifiques évaluant de nouvelles stratégies diagnostiques et thérapeutiques. Cette prise en
compte des données scientifiques les plus récentes a conduit à formuler, dans certaines situations, des
propositions thérapeutiques dépassant le cadre des AMM.L"argumentaire et les recommandations de ce travail ont été établis par le groupe en accord avec la
méthodologie de la HAS pour l"élaboration de recommandations de bonnes pratiques: les grades A, B ou C sont
attribués aux recommandations en fonction du niveau de preuve scientifique attribué aux études sur lesquelles
elles reposent; lorsque les données de la littérature sont insuffisantes ou incomplètes, les recommandations sont
basées sur un accord professionnel pour prendre en compte l"état des pratiques et les opinions d"experts.
INTRODUCTION
L"objectif de ce travail est de proposer, à partir de données réactualisées, une prise en charge optimisée des
patients ayant une IU communautaire, dans le contexte de modification de l"épidémiologie de la résistance aux
antibiotiques. Outre l"efficacité et la tolérance, les critères de choix des antibiotiques incluent l"effet collatéral
sur le microbiote intestinal (réservoir des bactéries résistantes), en conformité avec le rapport de l"ANSM sur la
caractérisation des antibiotiques considérés comme critiques.(Caractérisation des antibiotiques considérés comme critiques, ANSM, Novembre 2013, http://ansm.sante.fr )
Les candiduries, les urétrites, les infections de vessie neurologique, les cystites récidivantes à risque de
complication, les prostatites chroniques et les IU liées aux soins sont exclues du champ de ces recommandations.
6I. TERMINOLOGIE
Le groupe a proposé de retenir deux catégories: les IU "simples» et les IU "à risque de complication». Ce
dernier terme est plus explicite que l"ancienne dénomination d"IU compliquée, et met mieux en valeur la notion
de facteur de risque lié au terrain sous-jacent, qui est un élément essentiel pour guider la stratégie diagnostique et
thérapeutique. Les comorbidités considérées comme facteurs de risque de complication, ainsi que la définition
du patient " âgé » ont été précisées (cf. définitions infra).Outre le caractère simple ou à risque de complication, la prise en charge initiale des pyélonéphrites (PNA) et des
IU masculines est conditionnée par la présence ou l"absence de signe de gravité clinique.Enfin, le concept d""IU masculines» permet de prendre en compte la diversité de présentations cliniques chez
l"homme.Ce qui est nouveau :
-le terme d"IU à risque de complication remplaçant le terme d"IU compliquée -le concept d"IU masculine, -la nouvelle définition du sujet âgé1. Définitions des infections urinaires
1 .1. Infections urinaires simples Ce sont des IU survenant chez des patients sans facteur de risque de complication (voir ci-dessous).1.2. Infections urinaires à risque de complication
Ce sont des IU survenant chez des patients ayant au moins un facteur de risque pouvant rendre l"infection plus
grave et le traitement plus complexe.Ces facteurs de risque de complication sont :
ȃ toute anomalie organique ou fonctionnelle de l"arbre urinaire, quelle qu"elle soit (résidu vésical, reflux,
lithiase, tumeur, acte récent...).ȃ sexe masculin, du fait de la fréquence des anomalies anatomiques ou fonctionnelles sous-jacentes.
ȃ grossesse (voir chapitre spécifique).
ȃ sujet âgé : patient de plus de 65 ans avec >3 critères de fragilité (critères de Fried, cf. ci-dessous), ou
patient de plus de 75 ans.ȃ immunodépression grave
ȃ insuffisance rénale chronique sévère (clairance < 30 ml/min). * Critères de Fried : -perte de poids involontaire au cours de la dernière année -vitesse de marche lente -faible endurance -faiblesse/fatigue -activité physique réduite Au delà de 75 ans, très rares sont les sujets sans facteur de risque de complication.Le diabète, même insulino-requérant, n"est plus considéré comme un facteur de risque de complication; bien que
les IU soient plus fréquentes chez les patients diabétiques, les données de la littérature sont contradictoires en ce
qui concerne leur gravité.Il n"existe pas dans littérature de données permettant de lister précisément les situations d"immunodépression
associées à un risque d"évolution aggravé des IU. Par accord professionnel, il est convenu que les
immunodépressions graves peuvent être associées à un risque de complication des IU (exemple : immuno-
modulateurs, cirrhose, transplantation...).1.3. Infections urinaires graves
7 Ce sont les PNA et les IU masculines associées à :
ȃ un sepsis grave,
ȃ un choc septique,
ȃ une indication de drainage chirurgical ou interventionnel (risque d"aggravation du sepsis en péri-
opératoire). Sepsis grave Sepsis + au moins un critère parmiLactates > 2 mmol/l (ou > 1,5 fois la normale)
Hypotension artérielle systolique < 90 mmHg
ou baisse de 40 mmHg par rapport au chiffre de base, ou moyenne < 65 mmHg, ou PA diastolique <40 mm Hg.Dysfonction d"organe (une seule suffit) :
Respiratoire :
PaO2 < 60 mmHg ou SpO2 < 90 % à l"air (a fortiori sous O2), ou PaO2/FiO2 < 300, ou baisse de ce rapport de plus de 20 % chez le malade sous assistance ventilatoire.Rénale :
oligurie < 0,5 ml/kg par heure, persistante pendant 3 heures malgré le remplissage ou créatinine >177 μmol/l (20 mg/l), ou élévation de plus de 50 % par rapport au chiffre de base.Coagulation :
thrombopénie < 100 000/mm3 ou TP < 50 %,
ou chute de plus de 30 % des plaquettes ou du TP sur 2 prélèvements successifs.Présence d"une CIVD.
Hépatique : hyperbilirubinémie > 34 μmol/l Fonctions supérieures : encéphalopathie ou syndrome confusionnel, qui pourraitêtre traduit par un score de Glasgow <14.
Choc septique
Persistance de l"hypotension (PAs <90 ou PAm < 65 mmHg) ou de signes francs d"hypoperfusion(lactatémie ≥ 4 mmol/l, oligurie) malgré les manuvres initiales de remplissage vasculaire au
cours d"un sepsis grave, ou d"emblée chez un malade ayant des signes d"infection.D"après : Groupe transversal sepsis. Prise en charge initiale des états septiques graves de l"adulte et de l"enfant.
Réanimation 16 (2007) S1-S21.
1.4. Cystites récidivantes
Elles sont définies par la survenue d"au moins 4 épisodes pendant 12 mois consécutifs.2. Colonisation urinaire
La colonisation urinaire - (bactériurie asymptomatique) - est la présence d"un micro-organisme dans les urines
sans manifestations cliniques associées. Il n"y a pas de seuil de bactériurie, sauf chez la femme enceinte, où
un seuil de bactériurie à 105 UFC /ml est classiquement retenu. La leucocyturie n"intervient pas dans la
définition.Les deux seules situations consensuelles pour le dépistage et le traitement des colonisations urinaires sont :
- avant une procédure urologique invasive programmée - grossesse à partir du 4 ème mois (cf. recommandation spécifique chez la femme enceinte)Ce qui est nouveau :
- révision des comorbidités définissant les IU à risque de complication- le diabète, même insulino-requérant, ne fait plus partie des facteurs de risque de complication
- l"indication de drainage chirurgical ou interventionnel constitue un critère de gravité 8 II. EPIDEMIOLOGIE ET RESISTANCE DE ESCHERICHIA COLI AUXANTIBIOTIQUES
L"évolution permanente des résistantes (notamment vis-à-vis des fluoroquinolones et des céphalosporines) et la
nécessité de privilégier les antibiotiques ayant l"impact le plus faible sur le microbiote intestinal rendent
nécessaire l"actualisation de ces recommandations.1. Seuils d"antibiorésistance admissibles pour les choix probabilistes
Pour l"antibiothérapie probabiliste des cystites simples, pathologie bénigne dont le risque d"évolution vers une
PNA est très faible, les antibiotiques utilisables sont ceux dont le taux de résistance est < 20 % dans la
population cible.Pour l"antibiothérapie probabiliste des autres IU (cystite à risque de complication, cystite gravidique, PNA, IU
masculine), un taux de résistance > 10% n"est pas acceptable [Accord professionnel].2. Résistance aux fluoroquinolones
La résistance de E. coli aux fluoroquinolones a nettement augmenté au cours des 10 dernières années mais est
très variable selon le terrain: 3% à 25% aujourd"hui en France, selon la présentation clinique et le terrain. Chez la
femme entre 15 et 65 ans, la résistance reste proche de 5%.Un traitement par quinolones dans les 6 mois précédents expose au risque de sélection de souches moins
sensibles. Il faut donc éviter les prescriptions répétées de fluoroquinolones chez un même patient et ne pas les
utiliser en traitement probabiliste chez un patient déjà traité par quinolones dans les 6 mois précédents (quelle
qu"en ait été l"indication).L"impact écologique important des fluoroquinolones sur le microbiote intestinal rend obligatoire une stratégie
d"épargne et limite leur usage à des indications spécifiques.3. Epidémiologie des E. coli producteurs de BLSE
La résistance de E. coli aux céphalosporines des 3ème génération (C3G) injectables dans les IU communautaires
progresse et est actuellement proche de 5%, avec une grande variabilité selon la présentation clinique, le terrain
et d"une région à l"autre. La production d"une bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) est le principal mécanisme
de résistance. Début 2014 en France, il n"existe pas de données publiées sur les facteurs de risque d"infection par
une souche productrice de BLSE dans le cadre spécifique des IU communautaires à E. coli.En l"absence de données permettant d"évaluer ce risque individuel d"IU à entérobactérie productrice de BLSE
(EBLSE), il est recommandé, pour l"antibiothérapie probabiliste : des IU sans signe de gravité : de ne pas prendre en compte la possibilité d"une EBLSE [Accord
professionnel]. des IU graves , hors choc septique: de prendre en compte la possibilité d"une EBLSE, uniquement chez les
patients ayant présenté une colonisation urinaire ou une IU à EBLSE dans les 6 mois précédents
[Accord professionnel]. L"existence d"un antécédent de colonisation urinaire ou d"IU à EBLSE est
considéré comme un facteur de risque d"IU à EBLSE même si les données manquent dans la littérature
pour le confirmer [Accord professionnel]. des IU avec choc septique : de prendre en compte la possibilité d"une EBLSE dans les cas suivants :
ȃ colonisation urinaire ou IU à EBLSE dans les 6 mois précédentsȃ antibiothérapie par pénicilline+inhibiteur, céphalosporine de 2ème ou 3ème génération, ou fluoroquinolone
dans les 6 mois précédents ȃ voyage récent en zone d"endémie d"EBLSE ȃ hospitalisation dans les 3 mois précédentsȃ vie en établissement de long-séjour
9L"extrême gravité du choc septique justifie, contrairement aux autres situations, de prendre en compte l"ensemble
des facteurs de risque d"IU à EBLSE décrits dans la littérature [Accord professionnel].L"augmentation de la prévalence de E. coli producteur de BLSE dans les IU communautaires expose au risque
d"une augmentation des prescriptions de carbapénèmes. Cette classe d"antibiotiques devant être préservée, il faut
privilégier les alternatives.Les antibiotiques actuellement actifs sur les souches de E. coli productrices de BLSE sont la fosfomycine-
trométamol (sensibilité > 98 %), la nitrofurantoïne (>90%), les aminosides, la céfoxitine (non hydrolysé par les
BLSE), la pipéracilline-tazobactam (>80%) et le pivmécillinam (70-90%).Parmi les aminosides, l"amikacine conserve le taux de sensibilité le plus élevé (proche de 90%, contre 65-70 %
pour la gentamicine).4. Résistances de E. coli : synthèse
Les dernières données dont nous disposons dans les IU communautaires montrent pour E. coli les taux de
résistance suivants, évalués dans certaines populations spécifiques: Antibiotique Population spécifique Souches non sensibles < 5% Fosmomycine-trométamol 3%Nitrofurantoïne 2%
Proche de 5% CG3 4-5 %
Aztréonam ±5 %
Fluoroquinolones cystite simple et âge <65
ans 3-5 %10 à 20 % Fluoroquinolones IU à risque de complication 10-25 %
Pivmécillinam tous types d"IU confondus* 12-15% > 20 % Amoxicilline 45 %Amoxicilline-acide
clavulanique** 25-35 %TMP-SMX 23 %
* 3% pour les cystites aiguës simples dans une étude, ARESC 2003-2006 ** En appliquant les concentrations critiques du CA-SFM recommandées jusqu"en 2013 inclus.Ce qui est nouveau :
-l"augmentation de la prévalence de E. coli producteur de BLSE dans les IU communautaires- les données détaillées sur les taux de co-résistance des EBLSE, permettant de discuter les alternatives
aux carbapénèmes-l"importante variation du pourcentage de résistance aux fluoroquinolones et du pourcentage d"infection
par une EBLSE selon les tableaux cliniques et le terrain-la réévaluation du taux de sensibilité de E. coli au pivmécillinam (<20%) permettant son utilisation pour
le traitement des cystites aiguës simples-la modification en 2014 des concentrations critiques recommandées par le CA-SFM/EUCAST pour
l"amoxicilline-acide clavulanique, laissant espérer une augmentation des taux de sensibilité,
particulièrement pour les souches isolées de cystite.Ce qui est confirmé :
-les taux de sensibilité stables de E. coli à la fosfomycine-trométamol, à la nitrofurantoïne et aux
aminosides, même pour les souches productrices de BLSE 10 III. OUTILS DIAGNOSTIQUES DES INFECTIONS URINAIRES1. Examen cytobactériologique des urines (ECBU)
Un ECBU est indiqué devant toute suspicion clinique d"IU, à l"exception des cystites simples. La présence de
renseignements cliniques accompagnant la prescription est indispensable.Il est recommandé de ne pas faire d"ECBU de contrôle dans le suivi des IU masculines et des PNA si l"évolution
clinique est satisfaisante.Le seuil de leucocyturie est inchangé, >
104 /ml.
Le seuil de bactériurie significative dépend de l"espèce bactérienne en cause et du sexe du patient. Pour la femme, il n"y
a plus de distinction de seuil selon qu"il s"agit d"une cystite ou d"une PNA.Chez un patient symptomatique avec leucocyturie >
104 UFC/ml, les seuils de bactériurie sont :
Espèces bactériennes Seuil de significativité Sexe E. coli, S. saprophyticus 103 UFC/ml Homme ou femme103 UFC/ml Homme Entérobactéries autres que E.coli,
entérocoque,C. urealyticum,
P. aeruginosa, S. aureus
104 UFC/ml Femme
* E. coli : responsable de 90 % des IU communautaires **P. aeruginosa, S. aureus : rarement responsables d"IU communautaires.En cas de discordance entre un tableau clinique évident d"IU et une bactériurie et/ou une leucocyturie inférieure
au seuil, le tableau clinique prime.2. Bandelette urinaire (BU)
2.1. Interprétation
Chez la femme symptomatique, l"absence simultanée de leucocytes et de nitrites présente une très bonne valeur
prédictive négative (VPN) (>95%) en l"absence d"immunodépression grave. Une BU négative doit faire
rechercher un autre diagnostic.Chez l"homme, une BU positive pour les leucocytes et/ou les nitrites a une bonne valeur prédictive positive
(VPP) (>90%). En revanche, une BU négative ne permet pas d"éliminer une IU.2.2. Indications de la BU dans le diagnostic d"infection urinaire
La BU seule est recommandée dans la cystite aiguë simple. Dans toutes les autres situations, elle ne sert que comme aide au diagnostic :ȃ chez la femme
(en l"absence d"immunodépression grave), par sa bonne VPN, pour faire évoquer un autre diagnostic en cas de BU négative.ȃ chez l"homme
pour conforter l"orientation diagnostique clinique. Dans ces situations, en cas de BU positive, la réalisation d"un ECBU est systématique.Ce qui est nouveau :
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