[PDF] Approches protéomiques pour le développement de biomarqueurs

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UNIVERSITÉ DE STRASBOURG

ÉCOLE DOCTORALE

Soutenue

Discipline Chimie

r que je

Daniel KeysDes fleurs pour Algernon

r

Remerciements

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Remerciements

En tout premiu[À}]OE‰OEu] v (]]OE[µv

formation de qualité tout en travaillant dans un environnement scientifique et humain de premier plan.

u[À}]OEvcadrée et soutenue tout au long de ma

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t, merci pour votre écoute et vos conseils, Laurent t,uOE]u[À}]OE‰OEu][ OEµo}OEš}]OE[Z uš}o}P] t :OEuOE]o[vuoµ>^DK‰}µOEo[‰OE]šZoµOEµAEU}vÀ]À]o]š š ‰}µOEu[À}]OEu}všOE š}v‰OE]š}vÀ]À]o]š ‰}µOEo[vuo conseils avisés que tu as pu me dispenser

-µv‰]]v]vš OE]µOEUµvv UµvÀ}]šµOEvššOE]YXDOE]&OE]UZOE]š]ne S.,

UuOE]u[À}]OE‰OE}vv oOEoPoµ. Bienv[}µo]‰<À]vš sa ténacité face au D‰oµ]vOEOEuOE]uvšÀ}všo[vuo šµ]všUpostdocs

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Remerciements

r , ni le bureau des précieux avec Alisson et Georges. Je

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OE]OEµ(}vµˆµOEu(u]oo,

v(]vUi[OEu‰oµ‰OE}(}vPOEš]šµ'Áve'µ]u[a supportée et aidée pendant ces longs

Plan détaillé

r

Plan détaillé

Abréviations principales

Introduction générale

A. Généralités sur les cancers

A.1. Quelques chiffres

B. La recherche de biomarqueurs

B.1. Définition

CHAPITRE 2

A. La

A.1. La séparation des protéines

X>[voǐ‰OE‰šOE}u šOE]u

B.1. Théorie et instrumentati

C. Identification et validation des spectres de fragmentation

C.1. Les banques de données

Plan détaillé

r

D. Quantification

D.1. Les approches sans marquage

Partie II [voǐ

protéomique adaptées

A. Le choix des protéines membranaires

XíX>[]vš OE!ššOEÀ]ooOEµOEµn sous

B. Les microparticules

B.1. Les microparticules induites

ghosts

C. Conclusions

CHAPITRE 2 D^lD^‰}µŒo[voǐ

protéines membranaires XíXZ}]AE[µvPOE]vš‰š µAE Zvš]oo}v B. Approfondissement des analyses par la répétiti XíXZ ‰o]š[]viš]}vo]'µ XîXZ ‰o]š[]viš]}vÀo]š[AEoµ]}v

C.1. DescripE E

TM XïX/vš OE!šo[µš]o]š]}v}u]v µu}

Plan détaillé

r

D. Conclusion générale

CHAPITRE 3

A. Optimisation fine des paramètres du moteur de recherche

A.1. Erreur

XïXšµo‰ ](]]š o[vÌÇu

X/vš OE!šo[µš]o]š]}vµAEu}šµOEOEZOEZ

B.1. Optimisation des résultats

C. Conclu

CHAPITRE 4

A. Quantification MS2spectral count

A.1. Répétabilité des analyses

XíX>]v OE]š OE ‰}vo[‰‰OE]o................................

C. Conclusions

Partie III

A. La nécessité de proposer de nouveaux biomarqueurs candidats des différents A.1. XD]v‰o[µvstratégie de protéomique globale XíX> Zvš]oo}všošOEš P]u]vˆµÀOE

Plan détaillé

r X Ào}‰‰uvš[µvu šZ}‰OE}š }u]'µ]o ‰}µOEoÀo]š]}v résultats

C.1. Quantification protéomique ciblée

D. Conclusion générale

CHAPITRE 2

A. Les cellules souches cancéreuses

B.1. Échantillons

XîX^šOEš P]u]vˆµÀOE

C. À la recherche des protéines RCPG

C.1. Objectifs

D. Analyse différentielle des clusters de différenciation

D.1. Objectifs

E. Conclusions et perspectives

Plan détaillé

r

CHAPITRE 3

Xov ]š ‰OE}‰}OE]}uOE'µµOE‰OE ]š]([µvOEZµš

cérébrale dans les cas de lymphomes diffus à grandes cellules

C.1. Les mi

Évaluation du nouvel instrument Q

ÉÀoµš]}vµPOE  ‰OEš]}vv ]OE‰}µOEo[analyse des MPCs

D.1. Contrôle qualité 1

Wu ovP[ Zvš]oo}v

E. Résultats préliminaires et analyses statistiques Conclusion générale................................

Références bibliographiques

Leukemia Plos One r

Abréviations principales

r A

ACN Acétonitrile Q Quadripôle

AQUA Absolute quantification QQQ Triple quadripôle BPC Base peak chromatogram RCPG Receptor coupled to the protein G BSA Albumine de sérum bovin tr Temps de rétention CID Collision induced dissociation SILAC Stable isotope labelling with amino acids in cell culture CD Cluster de différenciation SRM Selected reaction monitoring CSC Cancer stem cell SSRCalc Sequence specific retention calculator DDA Data dependant acquisition SDS Sodium dodecyl sulfate DIA Data independant acquisition SRIG Stacked ring ion guides

DIGE Difference gel electrophoresis

ESI Ionisation eelectrospray

FDR False discovery rate

FWMH Full width at half maximum

GSC Glioblastoma stem cell

HA Human astrocytes

HDMSE High definition expression mode mass

spectrometry

HPLC High performance liquid chromatography

IAA Iodoacétamide

ICAT Isotpe-coded affinity tag

IEF Isoelectrofocalisation

IT Ion trap

iTRAQ Isobaric tag for relative and absolute quantitation

LC Liquid chromatography

LDGCB Lymphome diffus à grandes cellules B

LNH Lymphome non hodgkinien

LPL Lymphome lymphoplasmocytique

MALDI Matrix assisted laser desorption ionisation

MCL Lymphome du manteau

MPI Microparticule induite

MPC Microparticule circulante

MS/MS Spectrométrie de masse en tandem

m/z Rapport masse sur charge

MZL Lymphome de la zone marginale

NCBI National Center for Biotechnology

information

NSC Neural stem cell

OMSSA Open Mass Spectrometry Search

Algorithm

PAGE Polyacrylamide gel electrophoresis

PBS Phosphate buffer saline

r

Introduction générale

r

Introduction

>‰OE}š }u}OEOE‰}vo[vuos protéines présentes à un moment donné dans des conditions

but de caractériser ce protéome. Depuis le séquençage du génome humain, au début des années 2

š o[ À}oµš]}v }všvš o[]všOEµuvšš]}v š  }µš]o šOE]šuvš  }vv U o[voǐ

protéomique par spectrométrie de masse a connu un essor considérable. Il est, entre autres, désormais

‰}]o[ šo]OEo‰OE}š }u [µv hantillon, de caractériser des modifications post

šOEµš]}vvooU'µvš](]OEuv]OE}oµ‰OE}š ]v‰ ](]'µ}µv}OE[ šµ]OEo

o OEZOEZ ]}uOE'µµOE ](( OEvš ‰šZ}o}P]U [š-

uµOE  š Àoµ  }uu ]v]šOE] [µv ‰OE}µ ]}o}P]'µ v}OEuoU ‰šZ}Pv }µ [µv

réponse pharmaco

Pubmed proteomics

biomarkerU o 'µ!š ]}uOE'µµOE OEš µOE µv }všš [ ZX ^o}v XWX ]uv]U µµv

marqueur ‰OEš]vvšµvOEv[ š Àalidé pour une utilisation clinique depuis vingt impact élevé ont en š µ ‰OE}ouU ˆµÀOE ‰}µOE }uquotesdbs_dbs44.pdfusesText_44

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