[PDF] Présentation PowerPoint Mécanisme de compétition

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Une science interdisciplinaireUne science interdisciplinaire

Géomorphologie

Minéralogie

(Bio)

Géochimie

Ecologie microbienne

Physiologie

Biologie

moléculaire

Sédimentologie

Géomicrobiologie

Intégration de phénomènes aux éche

lles de temps très différentes Challenges et limitationsChallenges et limitations

Identification d"un processus

(les microbes érodent activement les roches)

Démonstration de la présence

de microbes in situ

Isolation en c

u lture pure

Reproduction du phénomène

par inoculation sur u n subst r at sterile

Les processus sont lents

Les roches sont dures,

Toutes les espèces ne sont

Les processus sont lents

les micr obes petits et fragiles pas cultivables/ symbiontes

OutilsOutils

Identification d"un processus

(les microbes érodent activement les roches)

Démonstration de la présence

de microbes in situ

Isolation en c

u lture pure

Reproduction du phénomène

par inoculation sur u n subst r at stérile Obs e rvations de terrains

Techniques non destructives

Microsco

p ie LN et électro n ique, extractions de biomarqueurs

Techniques moléc

u laires alte rnatives Pale tte anal ytique et expérim e ntale

Analyses

in sit u (µsenseurs)

Les micr

o

Les micr

o organismesorganismes

Organisme vivant unicellulaire ou à ce

llules non différen c iées de taille micrométrique, capable de se r e produi r e ou de transférer d u matériel génétique :

•les procaryotes (bactéri

es et archées)

•les cham

pi gnons inférieurs : filamenteux, levures

•les protozoaires•les al

gues

•les parasites multicellulaires

agents infectieux non-vivants (ne po ssède pas de c e llules) : pa rasite s intracellulaires qui ne peuv ent se reproduirequ"en utilisan t la m a chinerie cellulaire d"un autr e organisme t el s que les virus, prions

Ubiquité des micro-organi

smes :

•le sol•l'eau (les rivièr

e s, les mers, les lacs...)

•les organismes vivants (ils sont au

nombre de 100 000 par cm² de peau)..

•même en conditions extr

êmes de pr

ession, tempér atur e, salinité, etc.

Types de métabolisme très variés :

Interagissent c

h imiquement avec de nombreux minéra ux et fluides géologiques protistes

La crois

s ance microbienne

La crois

s ance microbienne

Facteur

s limitants

Disparition d'un composé essent

iel à la nutrition bactérien n e

Mécani

sme de r gulation (produit fin a l de la r action toxiqu e, ...)

Mécani

sme de compétition entr e les micro-organismes

Variations physico-chimiques du

milieu : pH, tempér atur e... Pr ésence d'agents chimiques ou bactériostatiques Les Les biofilms biofilms

Les Les

biofilmsbiofilms

Assemblage constitué

d e coloni es microbie nnes fixées sur un support et enfermées d a ns une gangue p o l y mère encapsulatri ce (consti t uée de polysaccharides, de protéines, d'acides nucléiques,...) atta chée à u ne surface inerte ou vivante

•Plus de

99% des bactéries viven

t en communa uté d ans des biofilms

•Leur organisation et leur métabolis

me dépendent de la nature de la surface et de l'envi ronne ment physico-chimique.

•Substances

polymériques facilite l" attachement mais permet égaleme n t les échanges ioniques pour concentr er les nutriments et prévenir de la déshydratation•Dans un biofilm m atur e, 75-95% du volume est occupé par les EPS (substance polymérique extracellulaire) et 5

25% par

les cellule s bactériennes•Caractérisé p a r de grandes hétéro généités spatiale s du fait des variations métaboliques important e s à l "int r i e ur du biofilms et à l"interface milieu liquide/milieu solide•Aspect gélatineux du fait de la forte te n e u r e n ea u St ep 1. S u r f a c e con d iti on in g St ep 2. Adh e s i on of 'pi o ne er b ac t e ri a Stquotesdbs_dbs30.pdfusesText_36

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