[PDF] Aide pour la création dune base de données A - Quelques règles

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Consignes aux thésards Document de travail

CHU d"Angers - Département Universitaire de Santé Publique (DUSP) 13/03/2008

Elsa Parot-Schinkel (EPS), interne de santé publique 1 / 6

Aide pour la création d"une base de données

L"analyse des données est un processus long et complexe qui comprend :

o la compréhension des données (population, objectif, modalités de recueil des données, ...) ;

o la préparation des données (vérification du codage des données, contrôle de cohérence, ...,

création de variables, ...) ;

o les analyses en elles-mêmes descriptives puis comparatives (univariées voir multivariées) ;

o l"interprétation et la présentation des résultats.

Si dans le cadre de votre thèse ou de votre mémoire de spécialité, vous prévoyez de demander une aide

pour l"analyse de vos données, voir pour la création de votre base de données, vous devez prendre contact

avec le CRC ou le DSP au moment de la rédaction du protocole et du questionnaire afin d"éviter des

erreurs méthodologiques (irrattrapables au moment de l"analyse) et surtout afin de programmer le travail

d"analyse au minimum 1 à 3 mois à l"avance selon votre disponibilité et de celle des praticiens concernés,

mais aussi en fonction de la complexité de vos données et des analyses à faire.

Si vous ne maîtrisez pas l"outil informatique, le CRC ou le DSP peut vous fournir une aide (selon vos

besoins et les disponibilités) afin d"initier votre base de données et/ou vous faciliter la saisie.

A - Quelques règles de préparation des données pour l"analyse

1) Généralités :

Les données doivent être saisies sur un tableur (type Excel, ..) : o chaque ligne correspond à une observation (un patient) et chaque colonne à une variable ;

o la première colonne doit obligatoirement contenir un identifiant unique (aucun fichier nominatif

ne doit nous être adressé) pour chaque observation (c"est-à-dire chaque ligne) : · soit un numéro de 1 à x qui correspondra à l"ordre de saisie des observations,

· soit un identifiant prédéfini si vos questionnaires comportent déjà un numéro d"identifiant ;

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o si une observation correspond à un évènement spécifique (et non pas à un patient), plusieurs

observations peuvent correspondre à un même patient (ex : chaque observation correspond à une

localisation de cancer mais un même patient peut avoir eu plusieurs cancers distincts), alors il faut

un deuxième identifiant qui sera unique pour chaque patient et qui permettra ainsi d"identifier les

différentes observations relatives à un patient donné;

2) Noms des variables :

La première ligne du tableur correspond aux noms des variables, ils doivent être simples et explicites.

Il faut :

o éviter les phrases, les caractères spéciaux, ... o préférer un seul mot ou un code,

Exemples :

▪ 'sexe" pour 'Quel est le sexe du patient ?" ; ▪ 'DDN" pour 'Date de naissance du patient" ; ▪ 'ES_TT" pour 'Survenue d"un effet secondaire au traitement ?" et ▪ 'ES_TT1" pour 'Précisez le premier effet secondaire"puis 'ES_TT2" etc ... ▪ 'Q1", 'Q2a", 'Q2b", 'Q3", 'Q3x", ... si questionnaire simple et court ;

o si vous avez des mesures répétées, chaque mesure doit garder le même nom précédé ou suivi d"un

qualificatif temporel,

Exemples :

▪ 'T0_poids" pour 'Poids initial" et 'T1_poids" pour 'Poids à 1 mois de traitement" ; ▪ 'C1_D" pour 'Date de la première consultation ?" puis 'C2_D" etc ... ;

3) Codage des données :

o les colonnes correspondant aux variables quantitatives (poids, âge, tension artérielle, ...) ne

doivent comporter aucun texte. Si vous voulez informer le fait que la donnée est non applicable

utilisez un nombre composé avec le chiffre 8. Si la donnée est manquante, la cellule doit rester

vide ou bien doit être codée avec un nombre composé avec le chiffre 9(il est préférable que le

codage des données non applicables et manquantes reste le même pour l"ensemble de la base).

Exemple :

▪ 'Parité" = - '0" si la patiente n"a pas d"enfant ; - '2" si la patiente a 2 enfants ; - '888" s"il s"agit d"un homme (pas 8 car il est possible d"avoir 8 enfants) et - '" ou '999" si la donnée est manquante ;

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o les réponses aux variables qualitatives dont les modalités de réponses sont prédéfinies (questions

fermées) doivent être codées en chiffre dans le tableur (éviter au maximum d"avoir plus de 3

modalités de réponse),

Exemples :

▪ 'Sexe" = - '0" pour 'Femme" ; - '1" pour 'Homme" et - '" ou '999" pour 'Donnée manquante" ▪ 'HTA" = - '0" pour 'Non" ; - '1" pour 'Oui" et - '" ou '999" pour 'Donnée manquante"

o les réponses aux variables qualitatives dont les modalités de réponses ne sont pas prédéfinies

(questions ouvertes) doivent être, dans la mesure du possible, recodées en prévoyant une modalité

de réponse 'Autre" et en précisant l"information au moyen d"une question ouverte.

Exemple :

Pour la question 'Précisez les éventuels effets secondaires au vaccin BCG intradermique observés", il faut

découper la question en plusieurs sous-questions (selon les réponses attendues et/ou observées sur les

premiers questionnaires) afin d"obtenir un maximum de variables directement exploitables :

▪ 'ES_BCG" pour 'L"enfant a-t-il eu des effets secondaires suite au vaccin BCG intradermique ?" =

- '0" pour 'Non" ; - '1" pour 'Oui" et - '999" pour 'Donnée manquante" PUIS ▪ 'Compl_BCG" pour 'Si oui, donnez la principale complication" = - '1" pour 'Abcès" ; - '2" pour 'Adénite" ; - '3" pour 'BCGite" ; - '4" pour 'Ulcération" ; - '5" pour 'Autre" ; - '888" si pas de complication ▪ 'Compl_text" pour 'Si autre, précisez :"

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Dans le cas ou un patient peut avoir plusieurs de ces complications, une autre manière de coder est

nécessaire puisqu"une cellule ne peut contenir qu"une et une seule information. Donc avec le même

exemple:

▪ 'ES_BCG" pour 'L"enfant a-t-il eu des effets secondaires suite au vaccin BCG intradermique ?" =

- '0" pour 'Non" ; - '1" pour 'Oui" et - '999" pour 'Donnée manquante" PUIS ▪ 'ES_Abces" = 0 (Non) / 1 (Oui) / 888 (si pas de complication) / 999 (Donnée manquante) ; ▪ 'ES_Adenite" = 0 (Non) / 1 (Oui) / 888 (si pas de complication) / 999 (Donnée manquante) ; ▪ 'ES_BCGite" = 0 (Non) / 1 (Oui) / 888 (si pas de complication) / 999 (Donnée manquante) ;;

▪ 'ES_Ulceration" = 0 (Non) / 1 (Oui) / 888 (si pas de complication) / 999 (Donnée manquante) ;;

▪ 'ES_Autre" = 0 (Non) / 1 (Oui) / 888 (si pas de complication) / 999 (Donnée manquante) ;; ▪ 'ES_Autre_text" = < TEXTE >

4) Consignes diverses :

o Listing des variables : un document Word ou Excel (une feuille du classeur Excel pour la base de

données et une feuille pour le listing) doit lister les caractéristiques de chaque variable : le nom de

la variable, la question (+/- précise) correspondante et le codage des réponses.

Exemples :

1) Sous WORD :

▪ 'sexe" pour 'Quel est le sexe du patient ?" = - '0" pour 'Femme" ; - '1" pour 'Homme" et - '999" pour 'Donnée manquante" ▪ 'csp" pour 'Quelle est la catégorie socio-professionnelle du patient ?" = - '0" pour 'Sans emploi" (femme au foyer, étudiant, chômeur, ...) ; - '1" pour 'Agriculteurs" ; - '2" pour 'Artisans, commerçants et chefs d"entreprise" ; - '3" pour 'Cadres et professions intellectuellement supérieurs" ; - '4" pour 'Professions intermédiaires" ; - '5" pour 'Employés" ; - '6" pour "Ouvriers" ; - '888" pour 'Non applicable" (enfant, retraité) et - '999" pour 'Donnée manquante" ▪ 'Age_Dg" pour 'Quel âge avait le patient au moment du diagnostic?" = - '###" pour l"âge renseigné jusqu"à 3 chiffres sans décimale ; - '999" pour 'Donnée manquante"

2) Sous EXCEL (++) :

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o Nom du fichier : il est plus prudent que le nom du fichier comporte le sujet du travail et les initiales de l"étudiant.

Exemple :

La base de données Excel de Mr. Yates PEARSON dont la thèse concerne les effets secondaires du vaccin

BCG pourrait se nommer 'Base_YPE _BCG.xls"

o Une fois que vous nous avez adressé votre base préparée, il est préférable que vous n"ayez plus de

modification à faire sinon prévenez-nous dès que possible !

o Si vous devez modifier votre base de données (remplacement des données aberrantes, corrections,

nouvelle variable, nouveau codage, etc...), les données modifiées doivent être surlignées en

couleur afin qu"elles soient facilement repérables et la base modifiée doit être IMPERATIVEMENT enregistrée sous un nouveau nom (pertinent en terme de suivi chronologique = numéro de la version ou date de modification),

Exemple :

▪ Base modifiée nommée 'Base_YPE _Schmiblick _v1.xls" ▪ Base modifiée nommée 'Base_YPE _Schmiblick _15_09_2006.xls" B - Quelques consignes pour l"élaboration du plan d"analyse :

o Indiquer clairement (dans le listing des variables ou ailleurs) les variables qui ne feront pas l"objet

d"analyses : identifiant, numéro de dossier, variables utilisées pour créer de nouvelles variables

(recodages ou transformations) mais non exploitables en tant que telles; o Formaliser un plan d"analyse pour les analyses comparatives = à quelles questions voulez-vous

répondre ? Quelles variables voulez-vous comparer ? Cibler vos demandes sur les analyses

nécessaires c"est-à-dire utiles en terme d"interprétation, de compréhension et/ou de comparaison

d"après les données cliniques consensuelles et d"après la LITTERATURE!

o Simplifier au maximum vos variables (l"idéal = variables binaires " oui » / " non ») afin de

pouvoir réaliser des analyses pertinentes car en dehors de l"intérêt descriptif, une variable qui

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comporte plus de 4 ou 5 modalités de réponse différentes ne sera pas utilisable du point de vue

statistique (cela dépend aussi de votre effectif et du type d"analyse souhaitée) ! o Vous pouvez présenter votre plan d"analyse sous forme de tableaux !

Exemple :

▪ Recherche des variables associées à la présence d"une HTA comme la catégorie socio-

professionnelle, l"âge au moment du diagnostic, ... : HTA Sexe

Age_dg X

CSP X

Diabète X

Naevus

Tabac X

▪ Recherche des variables associées au motif de consultation ou à la réponse positive aux tests :

MOTIF R_TEST

MOTIF X

LESION_S X

SEXE X

AGE* X

IMC* X X

SPDS_A X X

HTA X X

HTA_TT*

HIRSU X X

* identification facile des variables quantitatives surlignées en jaune (test statistique différent) !

Consignes pour les publications :

Pour la valorisation du travail effectué par les praticiens du CRC et du DSP, que ce soit pour la thèse ou

un article publié, le nom du praticien ou de l"interne qui a réalisé une aide méthodologique et/ou des

analyses statistiques conséquentes doit être mentionné avec les références de son service de

rattachement :

Centre de Recherche Clinique (C.R.C.)

Centre Hospitalier Universitaire d"Angers

4 rue Larrey

49 033 ANGERS Cedex 01

Département de Santé Publique (D.S.P.)

Faculté de médecine d"Angers

1 rue haute de reculée

49 045 ANGERS Cedex

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