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Introduction à la programmation Python pour la biologiehttps://python.sdv.univ-paris-diderot.fr/Patrick FuchsetPierre Poulainprénom [point] nom [arobase] u-paris [point] fr
version du 29 août 2022Université Paris Cité, France
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Creative Commons Attribution - Partage dans les Mêmes Conditions 3.0 France (CC BY-SA 3.0 FR)Table des matières
Avant-propos7
Quelques mots sur l"origine de ce cours
7Remerciements
7Le livre
71 Introduction9
1.1 C"est quoi Python?
91.2 Conseils pour installer et configurer Python
91.3 Notations utilisées
101.4 Introduction aushell. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10
1.5 Premier contact avec Python
111.6 Premier programme
121.7 Commentaires
121.8 Notion de bloc d"instructions et d"indentation
131.9 Autres ressources
132 Variables14
2.1 Définition
142.2 Les types de variables
142.3 Nommage
152.4 Écriture scientifique
152.5 Opérations
162.6 La fonctiontype(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .17
2.7 Conversion de types
172.8 Note sur la division de deux nombres entiers
182.9 Note sur le vocabulaire et la syntaxe
182.10 Minimum et maximum
182.11 Exercices
193 Affichage20
3.1 La fonctionprint(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20
3.2 Écriture formatée
213.3 Écriture scientifique
243.4 Ancienne méthode de formatage des chaînes de caractères
243.5 Note sur le vocabulaire et la syntaxe
263.6 Exercices
264 Listes28
4.1 Définition
284.2 Utilisation
284.3 Opération sur les listes
284.4 Indiçage négatif
294.5 Tranches
294.6 Fonctionlen(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .30
2Table des matièresTable des matières4.7 Les fonctionsrange()etlist(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .30
4.8 Listes de listes
314.9 Minimum, maximum et somme d"une liste
314.10 Exercices
325 Boucles et comparaisons33
5.1 Bouclesfor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .33
5.2 Comparaisons
365.3 Boucleswhile. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .36
5.4 Exercices
376 Tests42
6.1 Définition
426.2 Tests à plusieurs cas
426.3 Importance de l"indentation
436.4 Tests multiples
436.5 Instructionsbreaketcontinue. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44
6.6 Tests de valeur sur desfloats. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45
6.7 Exercices
457 Fichiers50
7.1 Lecture dans un fichier
507.2 Écriture dans un fichier
527.3 Ouvrir deux fichiers avec l"instructionwith. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .53
7.4 Note sur les retours à la ligne sous Unix et sous Windows
537.5 Importance des conversions de types avec les fichiers
547.6 Du respect des formats de données et de fichiers
547.7 Exercices
548 Modules57
8.1 Définition
578.2 Importation de modules
578.3 Obtenir de l"aide sur les modules importés
588.4 Quelques modules courants
608.5 Modulerandom: génération de nombres aléatoires. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
8.6 Modulesys: passage d"arguments. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
8.7 Moduleos: interaction avec le système d"exploitation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
8.8 Exercices
639 Fonctions66
9.1 Principe et généralités
669.2 Définition
679.3 Passage d"arguments
689.4 Renvoi de résultats
689.5 Arguments positionnels et arguments par mot-clé
689.6 Variables locales et variables globales
709.7 Principe DRY
739.8 Exercices
7410 Plus sur les chaînes de caractères78
10.1 Préambule
7810.2 Chaînes de caractères et listes
7810.3 Caractères spéciaux
7910.4 Préfixe de chaîne de caractères
7910.5 Méthodes associées aux chaînes de caractères
8010.6 Extraction de valeurs numériques d"une chaîne de caractères
82Cours de Python / Université Paris Cité / UFR Sciences du Vivant3
Table des matièresTable des matières10.7 Conversion d"une liste de chaînes de caractères en une chaîne de caractères. . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
10.8 Exercices
8311 Plus sur les listes88
11.1 Méthodes associées aux listes
8811.2 Construction d"une liste par itération
9011.3 Test d"appartenance
9111.4 Copie de listes
9111.5 Liste de compréhension
9211.6 Exercices
9312 Plus sur les fonctions96
12.1 Appel d"une fonction dans une fonction
9612.2 Fonctions récursives
9712.3 Portée des variables
9812.4 Portée des listes
9912.5 Règle LGI
10 012.6 Recommandations
10112.7 Exercices
10 213 Containers, dictionnaires, tuples etsets104
13.1 Containers
10 413.2 Dictionnaires
10713.3 Tuples
11113.4Setsetfrozensets. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .116
13.5 Récapitulation des propriétés des containers
11913.6 Dictionnaires etsetsde compréhension. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
13.7 Modulecollections. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .120
13.8 Exercices
12 014 Création de modules123
14.1 Pourquoi créer ses propres modules?
12314.2 Création d"un module
12314.3 Utilisation de son propre module
12414.4 Lesdocstrings. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .124
14.5 Visibilité des fonctions dans un module
12514.6 Module ou script?
12514.7 Exercice
12 615 Bonnes pratiques en programmation Python
12715.1 De la bonne syntaxe avec la PEP 8
12715.2 Lesdocstringset la PEP 257. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
15.3 Outils de contrôle qualité du code
13315.4 Organisation du code
13415.5 Conseils sur la conception d"un script
13615.6 Pour terminer : la PEP 20
13616 Expressions régulières etparsing138
16.1 Définition et syntaxe
13816.2 Quelques ressources en ligne
14016.3 Le modulere. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .140
16.4 Exercices
1424Cours de Python / Université Paris Cité / UFR Sciences du Vivant
Table des matièresTable des matières17 Quelques modules d"intérêt en bioinformatique14517.1 ModuleNumPy. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .145
17.2 ModuleBiopython. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .157
17.3 Modulematplotlib. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .160
17.4 Modulepandas. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .164
17.5 Un exemple plus complet
16817.6 Exercices
17 418 Jupyter et ses notebooks179
18.1 Installation
17918.2 Lancement de Jupyter et création d"un notebook
17918.3 Le format Markdown
18218.4 Des graphiques dans les notebooks
18418.5 Lesmagic commands. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .187
18.6 JupyterLab
18 719 Avoir la classe avec les objets191
19.1 Construction d"une classe
19119.2 Espace de noms
20219.3 Polymorphisme
20519.4 Héritage
20719.5 Accès et modifications des attributs depuis l"extérieur
21219.6 Bonnes pratiques pour construire et manipuler ses classes
21619.7 Exercices
22120 Fenêtres graphiques etTkinter222
20.1 Utilité d"une GUI
22220.2 Quelques concepts liés à la programmation graphique
22320.3 Notion de fonctioncallback. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .223
20.4 Prise en main du moduleTkinter. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .225
20.5 Construire une applicationTkinteravec une classe. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226
20.6 Lewidget canvas. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .227
20.7 Pour aller plus loin
23220.8 Exercices
23721 Remarques complémentaires240
21.1 Différences Python 2 et Python 3
24021.2 Gestion des exceptions
24221.3 Shebang et /usr/bin/env python3
24521.4 Passage d"arguments avec*argset**kwargs. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .245
21.5 Un peu de transformée de Fourier avecNumPy. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .247
21.6 Sauvegardez votre historique de commandes
24722 Mini-projets249
22.1 Description des projets
24922.2 Accompagnement pas à pas
25022.3 Scripts de correction
264A Quelques formats de données rencontrés en biologie 266
A.1 FASTA
266A.2 GenBank
268A.3 PDB
26 9A.4 Format XML, CSV et TSV
275Cours de Python / Université Paris Cité / UFR Sciences du Vivant5 Table des matièresTable des matièresB Installation de Python280 B.1 Que recommande-t-on pour l"installation de Python? 280
B.2 Installation de Python avec Miniconda
280B.3 Utilisation de conda pour installer des modules complémentaires 290
B.4 Choisir un bon éditeur de texte
293B.5 Comment se mettre dans le bon répertoire dans le shell 295
B.6 Python web et mobile
2986Cours de Python / Université Paris Cité / UFR Sciences du Vivant
Avant-propos
Quelques mots sur l"origine de ce cours
Ce cours a été conçu à l"origine pour les étudiants débutants en programmation Python des filières de biologie et de
biochimie de l"université Paris Diderot - Paris 7, devenue Université Paris Cité1; et plus spécialement pour les étudiants du
master Biologie Informatique.Ce cours est basé sur la version 3 de Python, version recommandée par la communauté scientifique. Des références à
l"ancienne version, Python 2, seront néanmoins régulièrement apportées. Si vous relevez des erreurs à la lecture de ce document, merci de nous les signaler.Le cours est disponible en version HTML
2et PDF3.
Remerciements
Un grand merci à Sander
4duCentre for Molecular and Biomolecular Informaticsde Nijmegen aux Pays-Bas pour la
toute première version5de ce cours qui remonte à l"année 2003.
Nous remercions le professeur Philip Guo
6de l"UC San Diego, pour nous avoir autorisé à utiliser des copies d"écran de
son excellent sitePython Tutor7.Merci également à tous les contributeurs, occasionels ou réguliers : Jennifer Becq, Virginie Martiny, Romain Laurent,
Benoist Laurent, Benjamin Boyer, Hubert Santuz, Catherine Lesourd, Philippe Label, Rémi Cuchillo, Cédric Gageat, Philibert
Malbranche, Mikaël Naveau, Amélie Bacle, Alexandra Moine-Franel. Nous remercions aussi Denis Mestivier de qui nous nous sommes inspirés pour certains exercices.Enfin, merci à vous tous, les curieux de Python, qui avez été nombreux à nous envoyer des retours sur ce cours, à nous
suggérer des améliorations et à nous signaler des coquilles.De nombreuses personnes nous ont aussi demandé les corrections des exercices. Nous ne les mettons pas sur le site afin
d"éviter la tentation de les regarder trop vite, mais vous pouvez nous écrire et nous vous les enverrons.
Le livre
Ce cours est également publié aux éditions Dunod sous le titre " Programmation en Python pour les sciences de la vie
8».
Vous pouvez vous le procurer dans toutes les bonnes librairies.Afin de promouvoir le partage des connaissances et le logiciel libre, nos droits d"auteurs provenant de la vente de cet
ouvrage seront reversés à deux associations. Wikimédia France9qui s"occupe notamment de l"encyclopédie libre Wikipédia.
NumFOCUS
10qui soutient le développement de logiciels libres scientifiques et notamment l"écosystème scientifique autour
de Python.1.https://www.u-paris.fr/4.http://sander.nabuurs.org/
6.http://pgbovine.net/
7.http://pythontutor.com/
9.https://www.wikimedia.fr/
10.https://numfocus.org/
7 Table des matièresTable des matièresFIGURE1 - Couverture livre Dunod.8Cours de Python / Université Paris Cité / UFR Sciences du Vivant
Chapitre 1
Introduction
1.1 C"est quoi Python?
Le langage de programmation Python a été créé en 1989 par Guido van Rossum, aux Pays-Bas. Le nomPythonvient d"un
hommage à la série téléviséeMonty Python"s Flying Circusdont G. van Rossum est fan. La première version publique de ce
langage a été publiée en 1991.La dernière version de Python est la version 3. Plus précisément, la version 3.7 a été publiée en juin 2018. La version 2
de Python est désormais obsolète et cessera d"être maintenue après le 1er janvier 2020. Dans la mesure du possible évitez de
l"utiliser.quotesdbs_dbs22.pdfusesText_28[PDF] Les bases appliquées de l 'allemand - Passerelles: Communication
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