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Version : 01
Date : 15/01/2020
Recommandation
Technique
PFMG 2025 Sujet Valeur seuil du RIN
Demandeur AURAGEN
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1 OBJET
Détermination valeur seuil du RIN (RNA Integrity Number) acceptable pour qualifier de séquençage fiable. Réponse à la demande émanant de la plateforme AURAGEN en date du 20/12/2019. 2 aux congelés àCette re :
FFPE).
La valeur du RIN est donnée par les appareils de la société Agilent.Pour information : on peut trouver
Indicator : Bio-Rad), RQS (RNA Quality Score : PerkinElmer), RQN (RNA Quality Number :3 DÉFINITION
Le RIN est une valeur obtenue à basé sur plusieurs paramètres demigration électrophorétique (intensité et aire du signal, rapport, ...) des différentes régions et
pics des ARN totaux comme la région 5s, la région précurseur, les pics 18s et 28s, etc.Cette valeur a été proposée par la société Agilent dans le but de standardiser et de faciliter le
contrôle de des échantillons ARN intra et inter laboratoires.Lvaleurs est comprise entre 1 et 10.
4 RÉSUMÉ
Valeur Recommandation
Recommandé
Possible
Possible avec précaution
RIN < 5 Non recommandé
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Recommandation
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PFMG 2025 Sujet Valeur seuil du RIN
Demandeur AURAGEN
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5 RÉPONSE
5.1 Préambule et limites
La valeur du mais il faut
prendre en compte aussi la concentration et les rapports de densité optique.Pour rappel :
- directe ou sur la présence de traces de solvants. - Selon Agilent, une concentration inférieure à 25 ng/µL ne permet pas une valeur de RIN fiable. - Il est nécessaire de traiter les échantillons à la DNAse affacts de dosage et de purifier par passage sur colonne les échantillons après traitement. Pour information, il semble que les valeurs seuils du RIN recommandées dépendent des protocoles choisis et des fournisseurs.5.2 RIN 8
Tout échantillon avec une valeur de RIN supérieure à 8 et possédant les critères qualités cités
ci-dessus (rapports de DO, concentration) est qualifié pour le séquençage. Cette valeur est recommandée par les fournisseurs de librairies de séquençage pour les ARNm du CNRGH (Centre National de Recherche en GénomiqueHumaine).
5.3 8
Tout échantillon avec une valeur de RIN comprise entre 7 et 8 et possédant les critères qualités
cités ci-dessus (rapports de DO, concentration) est utilisable pour le séquençage.Cette valeur est s protocoles
TruSeq Stranded mRNA-seq et TruSeq stranded total RNA GOLD sur plusieurs centainesN°: 20200109_RT01
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Date : 15/01/2020
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Technique
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Demandeur AURAGEN
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5.4Tout échantillon avec une valeur de RIN comprise entre 5 et 7 et possédant les critères qualités
cités ci-dessus (rapports de DO, concentration) peut être considéré comme utilisable pour le
séquençage moyennant des précautions supplémentaires. En effet ces valeurs indiquent une dégradation partielle des ARN et selon le CNRGH, cettedégradation a un impact sur la qualité des résultats de séquence (rendement de préparation des
t, taux de duplicata plus élevé, taille des inserts plus petite, etc.).Il faudra vérifier :
Avant de préparer la librairie :
- Le profil de migration ; - Les dosages ;Avant le dépôt sur séquenceur :
- Le rendement et le profil des librairies selon les recommandations des fournisseurs.5.5 RIN < 5
Tout échantillon avec une valeur de RIN inférieure à 5 et possédant les critères qualités cités
ci-dessus (rapports de DO, concentration) est considéré comme non utilisable selon le retour6 RÉFÉRENTIELS
Les recommandations sont en adéquations avec celles de on Cancer: values of 5 and 6 . - Common minimum technical standards and protocols biobanks dedicated to cancer research, IARC technical publication no. 44, 2017. - MIQE Guideline, 2009.7 DOCUMENTS, PROTOCOLES
DOCUMENTS
- RNA Integrity Number (RIN) Standardization of RNA Quality control, 2004.N°: 20200109_RT01
Version : 01
Date : 15/01/2020
Recommandation
Technique
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- -independent classifiers of microcapil. real time RT-et al., 2006.PROTOCOLES
- Illumina, Truseq Stranded mRNA (Document # 1000000040498 v00). - Illumina, TruSeq Stranded Total RNA (Document # 1000000040499 v00). - Agilent, SureSelect Strand-specific RNA Library Prep for Illumina Multiplexed Sequencing (mRNA) (Protocol Version E0, March 2017).8 LIMITE DE LA RECOMMANDATION
Cette du CNRGH.9 HISTORIQUE DES MODIFICATIONS
Version Date Nature de la modification
V01 15/01/2020 Revue et correction
V00 09/01/2020 Création
10 VALIDATION DU DOCUMENT
RÉDACTEURS RELECTEURS
Nom : Alice Moussy, Edouard Turlotte
Nom : Violette Turon, Jean-François
Deleuze, Anne Boland, Robert Olaso,
Delphine Bacq
Fonction : Ingénieur Chercheur Fonction :
Date : 15/01/2020 Date : 16/01/2020
Visa :
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