[PDF] Etude de la dégradation biologique et chimique dun pesticide

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Etude de la dégradation

pesticide persistant : la chlordécone Thèse de doctorat de l'Université Paris-Saclay préparée au Genoscope École doctorale n°577 Structure et Dynamique des Systèmes

Vivants (SDSV)

Spécialité de doctorat : Sciences de la Vie et de la Santé

Chimie analytique

Thèse présentée et soutenue à Evry, le 17 novembre 2017, par

Marion Chevallier

Composition du Jury :

Magalie Jannoyer-Lesueur

Directrice de Recherches, CIRAD, Montpellier Présidente

Hélène Budzinski

Directrice de Recherches CNRS, Université de Bordeaux Rapporteure

Gwenaël Imfeld

Chargé de Recherches, Université de Strasbourg Rapporteur

William Buchmann

Examinateur

Elizabeth Edwards

Professeur, Université de Toronto Examinatrice

Denis Le Paslier

Directeur de Recherches, CNRS-Genoscope (UMR 8030) Directeur de thèse

Pierre-Loïc Saaidi

Maître de Conférences, Co-encadrant de thèse

Numéro National de Thèse (NNT)

: 2017SACLE033 2 3

Remerciements

environnementale quand je suis arrivée au Genoscope. sympathie. Merci à Hélène Budzinski, Gwenaël Imfeld, William Buchmann, Elizabeth Edwards et Magalie discussions au cours de la soutenance.

Sébastien, Agnès, Nuria, Delphine, Edgardo et Loïc, pour faire avancer le projet à mes côtés et

Lorenz Adrian, Myriel Cooper, Steffen Kümmel, Hans Richnow, nos collaborateurs de Leipzig travailler à nouveau rapidement avec vous.

manipulations avec la chlordécone radioactive, et qui se sont montrés disponibles et attentifs à mes

travaux. Sophie Peulon, pour mes premiers pas en électrochimie. Merci aussi pour ton écoute et tes conseils.

Merci à Florian, Eddy, Grégoire et Tiphanie, stagiaires sur le projet chlordécone qui se sont

Merci à tous mes collègues : Ombeline, Katia, Thomas Be., Pascal, Christine, Cécile, Nadia,

Tiffany, Lucille, Tristan, Marion, Jean-Louis, Oriane, Chloé, Nathalie, Peggy, Emilie, Gabor, Anne Z.,

Carine, Volker, Madeleine, Anne B., Laurence, Thomas Br., Christophe, Sophia, Olexei, Sawsan, Ghani, si agréable. Enfin, merci à Myke, Elise, Marvin, Lucie, Minh, Odilon, mes parents, ma famille et mes amis, 4 5

Sommaire

REMERCIEMENTS 3

SOMMAIRE 5

LISTE DES ABREVIATIONS 13

LISTE DES FIGURES 15

LISTE DES TABLEAUX 29

INTRODUCTION 31

CHAPITRE 1 ǣǯ : CONTEXTE ENVIRONNEMENTAL DE LA POLLUTION A LA CHLORDECONE DANS LES ANTILLES FRANÇAISES 33

Introduction 34

I. Présentation de la molécule 35

A. Propriétés chimiques 35

B. Equilibres impliquant la chlordécone 35

C. Détection et dosage 36

D. Voie de synthèse 37

II. Historique de la chlordécone 38

A. Utilisation de la chlordécone, du Mirex® et du Kelevan comme pesticides 38

D. Conséquences socio-économiques de la pollution à la chlordécone des Antilles françaises 39

III. Contamination environnementale à la chlordécone 40

B. Contamination de la chaîne alimentaire 42

IV. Toxicité : dangers connus ou suspectés et mécanismes associés 44 A. Métabolisme et toxicocinétique de la chlordécone 44 6

B. Dangers connus et suspectés 45

A. Dégradation microbiologique de la chlordécone 47 B. Transformation chimique de la chlordécone 48 C. Transformation thermique de la chlordécone 52 D. Toxicité des produits de transformation 53

E. Dégradation chimique du Mirex 54

VI. Perspectives pour la transformation chimique de la chlordécone 54 A. Présentation des complexes métalliques décrits dans les transformations chimiques de polluants organochlorés 55 organiques chlorés : travaux antérieurs 57

VII. Conclusions et objectifs de la thèse 58

CHAPITRE 2 : TRANSFORMATION TOTALE DE LA CHLORDECONE PAR VOIE MICROBIOLOGIQUE, ISOLEMENT DE CONSORTIA BACTERIENS ET DE SOUCHES DE CITROBACTER ET ANALYSE DES METABOLITES PAR SPECTROMETRIE DE MASSE 63

Introduction 64

A. Recherche de bactéries dégradant la chlordécone 65 C. Isolement de bactéries du genre Citrobacter transformant la chlordécone 66

II. Définition des termes employés pour décrire la transformation observée au Genoscope 68

III. Etude des métabolites par couplage chromatographie-spectrométrie de masse 69 A. Détermination des formules brutes par LC-Orbitrap-MS 71 (famille C) 72 IV. Etude des métabolites par spectrophotométrie 84

A. Absorption des métabolites apolaires 84

B. Absorption des métabolites polaires 86

Conclusion 88

7 CHAPITRE 3 : TRANSFORMATIONS PAR VOIE MICROBIOLOGIQUE DE LA CHLORDECONE : PURIFICATION DES PRINCIPAUX METABOLITES 89

Introduction 90

transformation microbiologique de la chlordécone 91 B. Suivi de la concentration des ions chlorures dans le milieu au cours de la transformation microbiologique de la chlordécone 93 II. Purification des métabolites majoritaires détectés dans le milieu réactionnel 96

A. Extraction des métabolites 96

B. Etude préliminaire de la séparation des métabolites par chromatographie sur couche mince 97

C. Séparation des métabolites apolaires des autres familles de métabolites 98 D. Deuxième étape de purification par chromatographie en phase inverse 99 E. Extrapolation des proportions des métabolites par comparant les signaux des chromatogrammes (LC-MS et GC-MS) en fin de transformation 105

Conclusion 107

CHAPITRE 4 : PRODUCTION PAR VOIE CHIMIQUE ET PURIFICATION DES

PRODUITS DE TRANSFORMATION DE LA CHLORDECONE 109

Introduction 110

I. Synthèse chimique des différentes familles de métabolites : criblage des conditions de réaction

111
précédemment décrites 111

B. Criblage des conditions réactionnelles 112

II. Production et purifications des composés de la famille A 114 A. Conditions favorisant la production du monohydrochlordécone A1 114

C. Extraction des hydrochlordécones 126

D. Purification par phase normale 126

E. Purification par phase inverse 126

F. Purification finale 127

8 III. Production et purification des composés de la famille B 128 B. Montée en échelle pour la production sélective des polychloroindènes 129

C. Extraction des polychloroindènes 130

D. Séparation par HPLC préparative 131

E. Purification finale 133

IV. Production et purification des composés de la famille C 133 B. Conversion de la chlordécone en composés polaires à grande échelle 133

C. Extraction des composés polaires 135

D. Séparation des composés polaires 135

E. Purification finale 136

Conclusion 137

CHAPITRE 5 : ELUCIDATION STRUCTURALE DES COMPOSES OBSERVES AU COURS DES TRANSFORMATIONS MICROBIOLOGIQUES ET CHIMIQUES DE LA

CHLORDECONE 139

Introduction 140

I. Elucidation structurale complète des hydrochlordécones : attribuer la position des atomes A. Elucidation structurale du métabolite A1 141 B. Confirmation de la structure 8-monohydrochlordécone pour le métabolite A2 144 C. Elucidation structurale du métabolite A3 147

D. Equivalence des spins dans les molécules qui présentent un élément de symétrie 148

II. Elucidation structurale des polychloroindènes 149 A. Etude par RMN des chloroindènes : placement des atomes de chlore et des protons du métabolite B1 149 B. Elucidation structurale du métabolite B2 157

C. Elucidation structurale du composé B3 160

III. Elucidation structurale des composés de la famille C 165 A. Elucidation structurale des métabolites C1 et C2 166 B. Elucidation structurale du métabolite C3 et C4 171 C. Elucidation structurale du métabolite C5 et C6 174 D. Elucidation structurale des métabolites C7 et C8 175 9

E. Position de la fonction acide carboxylique sur la structure indène pour les composés Ci avec i =

1 à 8 178

Conclusion 181

CHAPITRE 6 : ETUDE DES VOIES DE TRANSFORMATIONS

MICROBIOLOGIQUES ET CHIMIQUES DE LA CHLORDECONE 183

Introduction 184

I. Rôle des catalyseurs et des agents réducteurs au cours des transformations chimiques de la chlordécone 185

A. Catalyseurs chimiques 185

II. Place des métabolites au cours des transformations microbiologiques et chimiques de la chlordécone 202 A. Etude de la distribution isotopique des métabolites produits à partir de la chlordécone marquée au carbone 13C 202 B. Transformation microbiologiques et chimiques des métabolites isolés 211 C. Discussion des voies de transformation de la chlordécone par voie microbiologique 217

Conclusion 219

CHAPITRE 7 : ETUDE DU FRACTIONNEMENT ISOTOPIQUE AU COURS DES TRANSFORMATIONS PAR VOIE MICROBIOLOGIQUES ET CHIMIQUES DE LA

CHLORDECONE 221

Introduction 222

Résumé 224

Conclusion 229

Article soumis à Environmental Science and Technology 230

CHAPITRE 8 : MATERIEL ET METHODES 254

I. Protocoles généraux et équipements 255 10

A. Généralités 255

II. Expériences microbiologiques et chimiques 263

A. Expériences de transformation de la chlordécone et de ses métabolites à petite échelle (de 0,5

à 5 mg de chlordécone ou métabolite engagés) 263

B. Expériences à grande échelle (de 5,0 mg à de chlordécone ou de métabolites engagés) 270

III. Purifications 272

A. Purification du métabolite B1 depuis la culture microbiologique (consortium 86) 272 B. Purification des métabolites C1 et C2 depuis la culture microbiologique (consortium) 273 C. Purification du métabolite A1 depuis la transformation par voie chimique de la chlordécone avec la vitamine B12 et le sulfure de sodium 274 D. Purification des métabolites A2 et A3 depuis la transformation par voie photochimique de la chlordécone 275 E. Purification des métabolites B1, B2 et B3 depuis la transformation par voie chimique de la chlordécone avec la vitamine B12 et le citrate de titane (III) 276 F. Purification du métabolite 13C-B1 issu de la transformation par voie chimique de la 13C- chlordécone avec la vitamine B12 et le citrate de titane(III) 277

G. Purification des métabolites Ci (i = 1 à 4) et des composés Cj (j = 5 à 8) depuis la transformation

par voie chimique de la chlordécone avec la vitamine B12 et le fer zéro valent 278 IV. Analyses structurales des métabolites et produits de transformation 279 B. Analyses structurales par résonance magnétique nucléaire 279 VI. Montage électrochimique pour les suivis de potentiel 281

CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES 284

I. Etude des métabolites issus des transformations microbiologiques et chimiques de la chlordécone 284 II. Etude des voies de transformations microbiologiques et chimiques de la chlordécone 286 III. Dosage de la chlordécone, de ses métabolites et perspectives environnementales 288

POUR VOUS FAIRE UN Dǥ 292

11

BIBLIOGRAPHIE 294

ANNEXES 308

12 13

Liste des abréviations

APCIC : Acide PolyChloroIndène Carboxylique

BRGM : Bureau des Ressources Géologiques et Minières CID : Collision Induced Dissociation (Dissociation Induite par Collision)

CLD : Chlordécone

CNRS : Centre National de la Recherche Scientifique

DCM : DiChloroMéthane

DEDL : Détecteur Evaporatif à Diffusion de la Lumière

EI : Electronic Impact (Impact Electronique)

éq. : equivalent molaire

ESI : ElectroSpray Ionisation (Ionisation par ElectroSpray) FID : Flame Ionization Detector (Détecteur à Ionisateur de Flamme) FWHM : Full Width at Half Maximum (Largeur à Mi-Hauteur) GC : Gas Chromatography (Chromatographie en Phase Gazeuse) HPLC : Chromatographie Liquide à Haute Pression/Performance

IR : Infra Rouge

IRMS : Isotope Ratio Mass Spectrometry (Spectrométrie de Masse de Rapport Isotopique) ISCR : In Situ Chemical Reduction (Réduction Chimique In Situ) LC : Liquid Chromatography (Chromatographie en Phase Liquide) MALDI : Matrix-Assisted Laser Desorbtion Ionisation

MS : Mass Specrometry (Spectrométrie de Masse)

NIRS : Near Infra Red Spectroscopy (Spectroscopie de Réflectance dans le Proche Infra-Rouge)

OMS : Organisation Mondiale de la Santé

PCI : Polychloroindène

POP : Polluant Organique Persistant

RMN : Résonance Magnétique Nucléaire

SAU : Surface Agricole Utile

TOF : Time Of Flight (Temps de Vol)

14

UMR : Unité Mixte de Recherche

UV : Ultra Violet

15

Liste des figures

Figure 2 : Structure chimique de la chlordécone (C10Cl10O) anhydre. ............................................................. 35

Figure 5 : Voie de synthèse simplifiée de la chlordécone (Epstein, 1978). ...................................................... 37

Figure 6 : Charançon du bananier (Cosmopolites sordidus) (Photographie de D. Martire). ............................. 38

Figure 7 : Structure du Mirex (a) et du Kelevan (b). ...................................................................................... 38

Figure 8 : Cartographie de la présence de chlordécone dans les sols de Guadeloupe (a) et de Martinique

(Cabidoche & Lesueur-Jannoyer, 2011). ............................................................................................... 41

pour Basse-Terre, Guadeloupe (Cabidoche & Lesueur-Jannoyer, 2011). ................................................ 42

Figure 10 : Classification des cultures selon leur sensibilité à la contamination par la chlordécone (Jannoyer-

Lesueur, 2017). .................................................................................................................................... 44

Figure 11 : Métabolisation de la chlordécone dans le foie humain. ............................................................... 45

Figure 12 : Métabolisation probable de la chlordécone dans le foie (Fariss et al., 1980). ............................... 45

Figure 13: Réduction de (a) la chlordécone en chlordécol avec NaBH4 (Fariss et al., 1982) et (b) des dérivés

mono- et dihydrochlordécone en (respectivement) mono- et dihydrochlordécol avec Zn(BH4)2 (Fariss et

al., 1982). ............................................................................................................................................ 49

Figure 14 : Mécanisme simplifié de la réduction thermique de Meerwein-Ponndorf-Verley (tiré et adapté de

(Soine et al., 1983)) ............................................................................................................................. 49

Figure 15 : Réduction et déchloration complète de la chlordécone (tiré et adapté de (Dilling et al., 1967)) ... 50

Figure 16 : Réarrangement de Favorskii (tiré et adapté de (Scherer et al., 1966)). ......................................... 50

Figure 17 : Ouverture de la structure bishomocubane du Mirex (Dilling et al, 1967). ..................................... 50

Figure 18 : Structures hydrochlordécone (a) et chloroindène (b). .................................................................. 51

Figure 19 : Etapes proposées pour la formation des chloroindènes depuis la structure cage de la chlordécone

(tiré et adapté de (Schrauzer & Katz, 1978)). ........................................................................................ 52

Figure 21 : Structure chimique des noyaux (a) pyrrole, (b) 1-pyrroline, (c) corrine, présents dans les structures

dans les chlorophylles. ........................................................................................................................ 55

Figure 22 : Ligands axiaux possibles du cobalt et dénomination de la cobalamine (vitamine B12) en fonction du

ligand. ................................................................................................................................................. 55

Figure 23 : Structure chimique des catalyseurs utilisés dans les réactions chimiques de transformation de la

chlordécone (a) vitamine B12, (b) hématine et (c) chlorophylle a. R pouvant être chacun des

groupements présentés en Figure 22. .................................................................................................. 56

16

Figure 24 : Différents mécanismes de réduction du tétrachlorure de carbone proposés en présence de citrate

de titane(III) et de vitamine B12 (tiré et adapté de (Lewis et al., 1996)).................................................. 57

Figure 25 : Etudes abordées dans la thèse et chapitres associés. ................................................................... 61

Figure 26 : Suivi en GC-MS au cours du temps de la transformation de la chlordécone en anaérobiose en

présence du consortium bactérien 86 (tiré et adapté de Chaussonnerie et al., 2016). ........................... 66

Figure 27 : Suivi en LC-MS au cours du temps de la transformation de la chlordécone en anaérobiose en

présence du consortium bactérien 86. ................................................................................................. 66

moléculaire est indiqué en vert. .......................................................................................................... 72

Figure 29 : Analyse du massif isotopique compris entre m/z 270 et 278. ....................................................... 73

Figure 32 : (a) Plan de symétrie transversal et (b) longitudinal de la chlordécone déshydratée. .................... 74

est numéroté selon la nomenclature IUPAC de la chlordécone (Figure 34). Le 8оmonohydrochlordécone

est une molécule chirale. ..................................................................................................................... 75

Figure 34 : Nomenclature IUPAC de la CLD. .................................................................................................. 75

Figure 35 : Fragmentation caractéristique des monohydrochlordécones. ...................................................... 75

Figure 36 : Spectre de masse du métabolite A1 (GC-EI-MS mode positif). Les ions fragments utiles à

Figure 37 : Structures chimiques possibles pour le métabolite A1. ................................................................ 76

Figure 38 : Spectre de masse du métabolite A2 (GC-EI-MS en mode positif). Les ions fragments utiles à

Figure 39 : Structure chimique du métabolite A2. ......................................................................................... 77

Figure 40 : Spectre de masse du métabolite A3 (GC-EI-MS en mode positif). Les ions fragments utiles à

Figure 41 : Structures chimiques possibles pour le métabolite A3. ................................................................ 79

Figure 42 : Spectre de masse du métabolite A4 (GC-EI-MS en mode positif). Les ions fragments utiles à

Figure 43 : Structures chimiques possibles pour le métabolite A4. ................................................................ 80

Figure 44 : Spectre de masse du métabolite A5 (GC-EI-MS en mode positif). Les ions fragments utiles à

Figure 45 : Structures chimiques possibles pour le métabolite A5. ................................................................ 80

Figure 46 : Spectre de masse du métabolite B1 (GC-EI-MS en mode positif). ................................................. 81

Figure 47 : Spectre de masse du métabolite B2 (GC-EI-MS en mode positif). ................................................. 81

Figure 48 : Spectre de masse du métabolite B3 (GC-EI-MS en mode positif). ................................................. 81

Figure 50 : Spectre de masse du métabolite C1 par ionisation en électrospray (ESI). ..................................... 83

17

Figure 51 : Spectre de masse du métabolite C2 par ionisation en électrospray (ESI). ..................................... 83

Figure 52 : Spectre de masse du métabolite C3 par ionisation en électrospray (ESI). ..................................... 83

Figure 53 : Spectre de masse du métabolite C4 par ionisation en électrospray (ESI). ..................................... 83

Figure 54 : Profil chromatographique des composés C1, C2, C3 et C4 en LC-MS avec détail du profil

chromatographique de chaque ion observé dans le spectre de masse du composé ([M-H]-, [M-H-CO2]- et

[M-H-CO2-HCl]-. ................................................................................................................................... 84

Figure 56 : Structure indène. ........................................................................................................................ 86

Figure 57 : Structure pentachloroindène proposée pour le métabolite B1 (a) et tétrachloroindène proposée

pour les métabolites B2 et B3 (b). ........................................................................................................ 86

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