[PDF] Etude écotoxicologique et phylogéographique de la coque

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kyR8G1JRyydX i2H@yRkeyyyk Dynamic, biochemical composition and genetic variability of copepods and Artemia of extremophile ecosystem : saltern of Sfax (Tunisia)

Abstract

Traditional and molecular methods were utilized to study zooplankton community of solar saltern of Sfax. A dozen of species were identified in four ponds of increasing salinity. Copepods were the most abundant group in A5, A16 and C41. M2 is monozoic with an exclusive presence of Artemia salina. Salinity have a crucial role in species distribution, other factors such as N:P ratio have smaller influence in these distribution. Fatty acids composition of copepods and Artemia depends on physico-chemical and biological parameters. Owing to their Highly unsaturated fatty acids (HUFAs) composition, copepods and Artemia of the saltern of Sfax can be used as food source for cultured fishes. Copepods phylogeny is controversial because their genetic structure is not clearly identifiable. The existence of cryptic species within Paracartia grani is assumed. Abiotic factors are not involved in these processes of genetic divergence. For Artemia salina, the high salinity, is a factor of population segregation, the adaptation of Artemia in such condition leads to distinct genetic population. A genetic divide was identified, it highlights a separation between population living in high salinity and those in the sea.

Key Words : extreme environment, copepods,

, fatty acids, genetic diversity, phylogeny, population genetic

Sahar KARRAY

Écoles doctorales : VENAM et École doctorale de Sfax

Discipline : Sciences Biologiques

Unités de recherche :Unité de recherche de Toxicologie marine et environnementale (ES11ES90), Sfax, Tunisie Laboratoire Mer, Molécules, Santé (EA 2160), Le Mans, France. UMR BOREA " Biologie des Organismes et Écosystèmes Aquatiques », Muséum National

Etude écotoxicologique et phylogéographique

de la coque Cerastoderma glaucum issue du golfe de Gabès. Réponse adaptative (in situ et in vivo) au stress métallique et structure génétique. Président Mme Faiza FAKHFAKH, Professeur, Université de Sfax, Tunisie Rapporteur Mr Pascal FAVREL, Professeur, Université de Caen, France

Rapporteur Mr Lassad NEIFAR, Professeur, Université de Sfax, Tunisie

Co-encadrant Mme Françoise DENIS, MCU, Muséum National d'histoire naturelle, France Directeur de Thèse Mme Amel HAMZA-CHAFFAI, Professeur, Université de Sfax, Tunisie Co-directeur de Thèse Mr Benoît CHENAIS, Professeur, Université du Maine, France Invité Mme Justine MARCHAND, MCU, Université du Maine, France Étude de la dynamique, de la composition biochimique et de la variabilité

Sfax (Tunisie)

Chiraz LADHAR

Dédicaces

attachement jPDFKqUHV°XU6DOLPD, mon cher EHDXIUqUH+LFKHPPDEHOOHV°XU6DOPDet sans oublier mes mes ensemble""

Remerciements

&HWUDYDLOGHWKqVHDpWpUpDOLVpGDQVOHFDGUHG MXVTX 'RURWKpH"

Table des matières

Chapitre I : Inroduction

ELEOLRJUDSKLTXH"""""""""""""""""""""

Cerastoderma glaucum................................

I. Choix du modèle biologique

in situ / expérimentale in situ................................

C. glaucum

in vivo

Chapitre II: """""""""""""""""""""""

A.

Table des matières

1. couplage inductif (ICP

Table des matières

4.

C. glaucum

C. glaucum

Chapitre

Chapitre Cerastoderma glaucum

I. dans """""""......74 I.

Table des matières

1.6 Le sex

Chapitre

les réponses moléculaires de la coque Cerastoderma glaucum"""""...............109

Table des matières

I. les réponses moléculaires de la coque Cerastoderma glaucum""""""""""" I.

Chapitre

I.

Liste des figures

Liste des figures

Figure 1 Cerastoderma glaucum

gènes codant les sous unités ribosomiques 18S, 5.8S et 28S sont séparés par des espaceurs

Lagadic et al. (1998).

structure génétique de la coque C .gla

Figure 6

DEVRUSWLRQ DWRPLTXH pOHFWURWKHUPLTXH

(SAAE) (mode sans flamme).

DEVRUSWLRQ DWRPLTXH pOHFWURWKHUPLTXH

(SAAE) (mode flamme).

Figure 10

Figure 11

des séquences pour les deux marqueurs COI et ITS1

Figure 13

Figure 14

Figure 15

Figure 16 C. glaucum. (Voir le

Figure 17

Liste des figures

Figure 18 C. glaucum. (Voir le

Figure 19

C. glaucum

Figure 21 Méthode de cadrage multidimensionnelle

Figure 22

C. glaucum

Figure 24 Méthode de cadrage multidimensionnelle (MDS) pour le marqueur nucléaire ITS1

Figure 25

Figure 26

in toto

Figure 27

Figure 29

Figure 30

Figure 31

Liste des figures

Figure 32 C. glaucum

Figure 34 C. glaucum

HSP70 sur les trois sites Ellouza, Sidi Mansour et Gargour. Les différences référence Ellouza. exprimées par rapport aux indidus du site de référence Ellouza.

Figure 38

Figure 39 Protocole et résultats du test de stress

H[SRVLWLRQ

Figure 40 Bioaccumulation du Ni, Zn, et Cu [µg/g (PS)] chez les coques témoins et exposées

Figure 41

Figure 42

contrôles au temps T0. Les différences significatives par rapport aux contrôles sont

Figure 43

contrôles au temps T0. Les différences significatives par rapport aux contrôles sont

Figure 44

Liste des figures

Figure 45

Figure 46

d'exposition.

Figure 47 Bioac

Figure 48

contrôles au temps T0. Les différences signific

Figure 49

temps T0. Les différences significatives par rapport aux contrôles sont représentées par des

Figure 50

50µg/L; (B) ACP effectuée sur les individus contrôles et exposés à 5mg/L; (C) Projections des

Liste des tableaux

Liste des tableaux

Tableau 1

Tableau 2 Codes et coordonnées géographiques des sites échantil par ICP

Tableau 5

réactions de PCR. température de fusion

Tableau 9

GHGLYHUVLWpKDSORW\SLTXHOE-

DQG) QV-

GHGLYHUVLWpKDSORW\SLTXH-

DQG) QV- de C. glaucum.

Tableau 14

C .glaucum.

Tableau 15

Liste des tableaux

valeurs en gras sont significatives) (Voir le tableau.1 pour les abréviations).

Tableau 16

C .glaucum

Tableau 17

Tableau 18

Tableau 19

Tableau 20

Tableau 23

Tableau 24

Tableau 25

Liste des Abréviations

Liste des Abréviations

Adénine

AChE : Acétylcholinéstérase

: Acide DésoxyriboNucléique

ARNm : Acide RiboNucléique messager

ATP : Adénosine Tri

Amp:

BSA : Albumine sérique bovine

CTAB : Cétyl triméthyl ammonium bromide

C : Cytosine

EDTA : Acide éthylène diamine tétraacétique

G: Guanine

HCl : Acide chlorhydrique

TAE : Tris acétate EDTA

Tm : Température de fusion

Tris : Trishydroxyméthyl

4H11NO3

T : Thymine

OMS: organisation mondiale de la santé

X: 5

NaCl : Chlorure de sodium

X: 5- p: Paire de base PSU:

NaCl : Chlorure de sodium

UV : Ultra violet

LB : Luria Broth

MDA: Malonedialdéhyde

mg: Milligramme RT :

TBA : Acide thiobarbiturique

Liste des Abréviations

TBE : Tris

TEP : 1,1,3,3

TNB : 5

Introduction

Contexte et objectifs

1 Espèce de très large répartition géographique, la Cerastodermaest Ca évolué indépendamment en Méditerranée quand cette Mer a été (Rygg 1970). Des fossi C. glaucumétaient présents dans des lagunes sur C. glaucumavec sa capacité à supporter des conditions environnementale

84 PSU (Rygg 1970

travaux de thèse étaient bassin de Méditerranée occidentale et de quantifier le rôle de cette dispersion dans les a priori 2

globale de la problématique de ce travail à la fois au niveau écologique et mécanistique. Ainsi,

(expression x Le premier chapitre vise à in risques de contamination des milieux aquatiques. Dans la d C contamination par des effluents industriels sur la survie, la physiologie et les réponses

C. glau.

x Enfin, le dernier chapitre du document (Chapitre IV) présente une synthèse générale et

I. Le modèle biologique

1. Position systématique

Cerastoderma glaucum(Figure

CardidaeCerastoderma.

Un point de vue sur la taxonomie et la diversité du genre Cerastodermaa ét différentsC.glaucum, C. lamarcki, C. clodiennse C. unbonActuellement Cqui englobe toutes les populations deCerastoderma dans les bassins Ponto

Figure Cerastoderma glaucum

2. pendant le Pliocèneáowicz

C.contrairement à une large part de

la faune marine méditerranéenne,

C. glaucum C. edule

C. glaucum

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