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Aquarelle de Nantes©Eric Cabanas

9

èmes

ASSISES DE GÉNÉTIQUE HUMAINE ET MÉDICALE

NANTES EVENT CENTER, LA CITÉ 24

26 JANVIER 2018

www.assises-genetique.org

RECUEIL DES ABSTRACTS

1 Communications Orale Sélectionnée ISABELLE PERRAULT CO001 : Identification d'une forme inhabituelle d'amaurose congénitale de Leber avec surdité de perception précoce et sévère et identification du gène en cause. Auteurs : Sabrina Méchaussier (1), Romain Luscan (2), Antoine Paul (2), Guoling Tian (3), Xavier Gerard (4), Natalie Loundon (5), Sabine Defoort-Dhellemmes (6), Isabelle Audo (7), Julien Dumont (8), Nicolas Goudin (9), Meriem Garfa Traoré (10), Marc Bras (11), Aurore Pouliet (12), Nathalie Boddaert (13), Stanislas Lyonnet (2), Josseline Kaplan (14), Nicholas Cowan (3), Jean-Michel Rozet (4), Sandrine Marlin (2), Isabelle Perrault (4) 1. LGO Inserm U1163, Institut Imagine, Paris , France 2. Laboratoire de Génétique des malformations Inserm U1163, Institut Imagine, Paris, France 3. Department of Biochemistry & Molecular Pharmacology, NYU Langone Medical Center, New-York, Etats-Unis 4. LGO Inserm U1163, Institut Imagine, Paris, France 5. Departement de pédiatrie, Hopital Necker Enfants Malades, Paris, France 6. , CHRU Lille, Lille, France 7. Ophtalmologie, Centre Hospitalier National d'Ophtalmologie des Quinze-Vingts, Paris, France 8. Cell Division and Reproduction, Institut Jacques Monod, Paris, France 9. 8Cell imaging core facility of the Structure Fédérative de Recherche Necker INSERM US24/CNRS UMS3633 , Institut Imagine, Paris, France 10. Cell imaging core facility of the Structure Fédérative de Recherche Necker INSERM US24/CNRS UMS3633 , Institut Imagine, Paris, France 11. Bioinformatics Platform, Paris Descartes University, Institut Imagine, Paris, France 12. Genomics Platform, Institut Imagine, Paris, France 13. Departement de Radiologie Pédiatrique, Hopital Necker Enfants Malades, Paris, France 14. Laboratoire de Génétique Ophtalmologique, Institut Imagine, Paris, France Mots clefs : Nouveau syndrome, Dystrophie rétinienne, Surdité Résumé : Introduction : Les dystrophies rétiniennes sévères et précoces (DRSP) sont la première cause de cécité incurable de l'enfant. Elles sont homogènes dans leur présentation clinique initiale, mais variables dans leur évolution et peuvent s'accompagner d'atteintes extra-oculaires touchant principalement le système nerveux , le rein et le squelette. Ces affec tions sont très majoritairement récessives autosomiques, et de très nombreux gènes sont reconnus. Les formes isolées relèvent de mutations affectant diverses fonctions rétiniennes, incluant le trafic le long du cil connecteur des photorécepteurs tandis que les atteintes syndromiques relèvent toujours de dysfonctions ciliaires pluri-systémiques. Bien que très nombreux, les gènes reconnus à ce jour ne couvrent que 70% des cas de la maladie. L'objectif des travaux présentés ici étaient l'identification du ou des gènes responsables d'une forme syndromique non encore rapportée d'ACL avec surdité de perception précoce. Familles et méthodes : Trois cas sporadiques et un cas familial de surdicécité avec transmission mère-fils et surdité tardive isolée chez la grand-mère maternelle, ont été inclus. L'étude présentée a consisté en un séquençage de l'exome en trio à la recherche de variants domi nants ou récessifs ultra-rares potentie llement délétères, une analyse haut débit ciblée de la séquence du gène le plus candidat et d'études fonctionnelles dans un modèle cellulaire COS7 et des fibroblastes des patients. Résultats : Deux mutations monoalléiques faux-sens touchant un acide aminé unique ont été identifiées dans un gène non encore lié à une maladie et sans rapport avec les fonctions ciliaires. Dans le cas familial, la mutation présente dans l'ADN de la mère et de son fils, était également retrouvée en mosaique chez la grand-mère maternelle sourde (29%). De même, dans l'un des trois cas sporadiques, la mutation du cas index était retrouvée en mosaïque dans l'ADN maternel (13%). Les examens audio-ophtalmologiques étaient sans particularité chez cette femme. Dans les deux derniers cas sporadiques, la mutation n'a pas été retrouvée dans l'ADN parental, suggérant une survenue de novo. La surexpression des protéines mutantes et sauvage dans un modèle cellulaire, de même que l'analyse des fibroblastes de patients, ont démontré l'effet délétère des mutations sur la fonction du gène et confirmé l'absence d'anomalie de la ciliogenèse et du trafficking intra-flagellaire. Conclusion : Nous rapportons ici une nouvelle forme d'ACL syndromique et l'identification du gène responsable. Cette maladie contraste avec les autres for mes syndromi ques par sa présentation clini que purement neur osensorielle, un mode de transmission dominant et l'implicat ion d'une fonction sans rapport avec le métabol isme ciliaire. Cett e étude démontre que malgré trois décennies de recherches intenses sur l'ACL, cette maladie est loin d'avoir livré tous ses secrets.

2 Communications Orale Sélectionnée Stéphanie Moisan CO002 : Etude d'éléments cis-régulateurs du gène PKD2 impliqué dans la polykystose rénale autosomique dominante. Auteurs : Stéphanie MOISAN (1), Stéphanie LEVON (2), Emilie CORNEC-LE GALL (1), Yannick LE MEUR (3), Marie-Pierre AUDREZET (1), Josée DOSTIE (4), Claude FEREC (1) 1. Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), U1078, Laboratoire de Génétique Moléculaire et d'Histocompatibilité, Centre Hospitalier Régional Universitaire (CHRU), Hôpital Morvan, BREST, France 2. Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), U1078, Faculté de Médecine et des Sciences de la Santé, Université de Bretagne Occidentale (UBO), BREST, France 3. Service de néphrologie, , Centre Hospitalier Régional Universitaire (CHRU), BREST, France 4. Department of Biochemistry and Goodman Cancer Research Center, McGill University, Montréal, Canada Mots clefs : Régulation à distance / enhancer / conformation chromatinienne / PKD2 / PKAD / Cis-ruption Résumé : Les maladies génétiques sont souvent associées à des variations dans des séquences codantes. Pourtant, de nombreuses pathologies sont dues à une expression anormale d'un gène, suite à l'altération d'un de ses éléments de régulation. Ainsi, il a été mis en lumière l'implication d'anomalies de régions régulatrices à distance d'un gène dans plusieurs maladies génétiques. Il a été proposé le terme de 'cis-ruption disorder ' pour décrire les pathologies dont l'origine provient d'un dysfonctionnement d'un élément cis-régulateur. Ces nouvelles données dévoilent l'importance de la compréhension des éléments de régulation du génome pour prédire leurs potentiels rôles pathogéniques. Notre laboratoire travaille depuis 20 ans sur les gènes responsables de la polykystose autosomique dominante (PKAD). La PKAD est la plus fréquente des maladies génétiques rénales avec une incidence de 1/400 à 1/2000. Dans 75 à 80% des cas, la mutation est située sur le gène PKD1 (Polycystic Kidney Disease 1) et dans 10 à 15% des cas sur PKD2. Malgré l'identification de plus de 1400 mutations (ADPKD Mutation Database, http://pkdb.mayo.edu/), les mutations de 5 à 10% de patients n'ont pas été décrites. Il existe également une variabilité phénotypique importante de la pathologie entre les patients, même au sein de famille. C'est pourquoi dernièrement, notre équipe s'est intéressée à l'impact de régulation à distance sur le gène PKD2. L'organisation spatiale d'une région d' environ 670 kb recouvr ant le gène PKD2, a été ana lysée dan s des cultures primaires de cellules épithéliales rénales par la technique de Copie Conforme de 3C (5C). Les interactions entre les régions de ce locus et le promoteur PKD2 ont été étudiées par séquençage nouvelle génération sur Ion PGM™. Cette étude a permis d'identifier plusieurs régions interagissant fortement avec le promoteur PKD2. Grace à des tests d'activité d'expression, nous avons pu démontrer le rôle enhancer de t rois de ces r égions et décrivons ainsi pour la premièr e fois l'implication de régulation à distance et l'importance de l'organisation chromatinienne d'un gène lié aux PKAD. Des variations dans ces éléments de régulation, pourraient élucider des cas de patients chez qui la mutation causale n'a pas été identifiée et expliquer des phénotypes atypiques. Résumé S.Moisan.pdf

3 Communications Orale Sélectionnée Maria Nicla Loviglio CO003 : L'adaptateur de signalisation immunitaire LAT contribue au phénotype neuroanatomique des CNVs de la région 16p11.2 BP2-BP3 Auteurs : Maria Nicla Loviglio (1), Thomas Arbogast (2), Aia Elise Jønch (3), Stephan C. Collins (1), Konstantin Popadin (4), Camille S. Bonnet (1), Giuliana Giannuzzi (4), Anne M. Maillard (3), Sébastien Jacquemont (5), Binnaz Yalcin (1), Nicholas Katsanis (2), Alexandre Reymond (4), Christelle Golzio (1) 1. , IGBMC, Illkirch-Graffenstaden, France 2. , CHDM, Durham, Etats-Unis 3. , CHUV, Lausanne, Suisse 4. , CIG-UNIL, Lausanne, Suisse 5. , CHU Sainte Justine, Montreal, Canada Mots clefs : variation du nombre de copies (CNV), 16p11.2, poisson-zèbre , autisme Résumé : La var iation du nombre de copies (en anglais , Copy Number Var iati on, CNV) est un des contri buteurs principaux à la pathogenèse des syndrom es génétiques rares, mais aussi des mal adies multifactori elles fréquentes. Sur le bras court du chromosome 16, les CNVs de la région distale BP2-BP3 de longueur 220 Kb conduisent à un effet miroir entre sous-poids et obésité sévère, et m icro/macrocéphalies, et ils s ont aussi associés avec l'autisme et la schizophrénie. Des phénotypes similaires ont été précédemment observés sur la même bande chromosomique (16p11.2) pour des délétions et duplications proximales dans la région BP4-BP5 (600 Kb). Les région s BP2-BP3 et BP4 -BP5 prés entent des contacts chromatinien s réciproques, confirmés avec succès par différentes techniques (4C-seq, FISH, co-régulation dans l'expression des gènes, et des données Hi-C), indiquant une relation fonctionnelle entre les gènes de ces régions qui pourraient être pertinentes pour le pathomécanisme. La modélisation de la duplication de la région BP2-BP3 dans le poisson-zèbre a révélé que la surexpression du gène LAT (en anglais, Linker for Activation of T-cells) diminue la prolifération des cellules dans le cerveau et des neurones post-mitotiques dans le cerveau antérieur ainsi que le nombre des axones entre les tecta optiques, au début du développement embryonaire. Dans les stades suivants du développement, nous observons une microcéphalie chez les larves de poissons zèbre au stade 5 jours. La modélisation de la délétion par suppression de l'orthologue de LAT dans le poisson zèbre par CRISPR/Cas9 induit une augmentation de cette prolifération et la macrocéphalie. Ces phénotypes ne sont pas uniques au poisson zèbre; les souris knock-out pour le gène Lat montrent aussi des changements volumétriques cérébraux. Conformément à l 'hypothèse selon laquelle le dosage de LAT est important pour la pathologie du CNV, nous av ons observé des effets similaires sur les progéniteurs neuronaux avec la surexpression des gènes CD247 et ZAP70, qui sont deux membres du même signalosome dont LAT fait partie. KCTD13, MVP et MAPK3 sont situés dans la région BP4-BP5 et, sont, respectivement, un gène majeur et deux gènes modificateurs des anomalies de la taille de la tête liées à cette région. Nous avons ensuite réalisé des expériences d'interaction génique et nous avons observés que la surexpression combinée de ces trois gènes et LAT augmente, de manière additive, la sévérité de la microcéphalie ; cette sévérité accrue a pu être observée chez des individus avec un grand réarrangement de 1,7 Mb de la région BP1-BP5, incluant les deux CNVs (BP2-BP3 et BP4-BP5). L'ensemble de ces données soutiennent notre hypothèse d'une interaction physique et fonctionnelle entre les gènes majeurs de ces deux CNVs et indiquent que LAT, en plus de sa fonction reconnue dans le développement des lymphocytes T, est le gène majeur des phénotypes neuro-développementaux associés aux délétions et duplications de la région 16p11.2 BP2-BP3.

4 Communications Orale Sélectionnée Olivier CARON CO004 : Evaluation de l'intérêt de l'IRM corps entier pour la détection précoce des cancers chez les sujets porteurs de mutation constitutionnelle de TP53 dans le cadre d'un syndrome de Li-Fraumeni : résultats de l'étude LIFSCREEN Auteurs : Olivier Caron (1), Thierry Frébourg (2), Patrick Benusiglio (1), Laurence Faivre (3), Valérie Bonadona (4), Capucine Delnatte (5), Catherine Nogues (6), Christine Lasset (7), Chrystelle Colas (8), Dominique Stoppa-Lyonnet (9), Marion Gauthier-Villars (10), Pascal Pujol (11), Carole Coze (12), Caroline Abadie (13), François Eisinger (14), Emmanuelle Barouk-Simonet (15), Véronique Mari (16), Pascaline Berthet (17), Yves-Jean Bignon (18), Emmanuelle Bourbouloux (19), Nathalie Chabbert-Buffet (20), Bruno Buecher (10), Viviane Feillel (21), Olivier Ingster (19), Emmanuelle Fourme (22), Elizabeth Luporsi (23), Jean Chiesa (24), Hélène Dreyfus (25), Paul Gesta (26), Sophie Lejeune (27), Julie Tinat (28), Sophie Julia (29), Coupier Isabelle (11), Christine Maugard (30), Agnès Laplanche (31), Claire Guillemeau (32), Alejandra Cano (32), Sandra Canale (33), Julia Arfi-Rouche (33), Corinne Balleyguier (33), Cedric Parlavecchio (34), Léonor Fasse (32), Katty Malekzadeh (31), Eleni Karamouza (31), Stéphanie Foulon (31), Laurence Brugières (35) 1. Département de Médecine Oncologique, Gustave Roussy Hôpital Universitaire, Villejuif, France 2. Département de Génétique, CHU, Rouen, France 3. Centre de Génétique, CHU, Dijon, France 4. Consultation d'Oncologie Génétique, Centre Léon Bérard, Lyon, France 5. Service d'Oncologie Médicale, Institut de Cancérologie de l'Ouest - Centre René Gauducheau, Nantes, France 6. Service de Génétique, Institut Curie, Hôpital René Huguenin, Saint-Cloud, France 7. Unité de Prévention et Epidémiologie Génétique / UMR CNRS5558, Centre Léon Bérard, Université Lyon 1, Lyon, France 8. Département de Génétique, GHU Pitié-Salpétrière, Paris, France 9. Service de Génétique, Institut Curie, Université Paris Descartes, Sorbonne Paris Cité, Paris, France 10. Département de Génétique, Institut Curie, Paris, France 11. Service de Génétique Clinique, CHU, Montpellier, France 12. Département de Pédiatrie, CHU AP-HM, Marseille, France 13. Consultation d'Oncologie Génétique, CHU, Rennes, France 14. Département de Génétique, Institut Paoli Calmettes, Marseille, France 15. Consultation d'Oncologie Génétique, Institut Bergonié, Bordeaux, France 16. Consultation d'Oncologie Génétique, Centre Antoine Lacassagne, Nice, France 17. Consultation d'Oncologie Génétique, Centre François Baclesse, Caen, France 18. Département de Génétique, Centre Jean Perrin, Clermont-Ferrand, France 19. Consultation d'Oncologie Génétique, Institut de Cancérologie de l'Ouest, Angers, France 20. Service de Gynécologie Obstétrique, AP-HP Tenon, Paris, France 21. Consultation d'Oncologie Génétique, Institut Claudius Régaud, Toulouse, France 22. Département de Génétique, Institut Curie, Saint-Cloud, France 23. Consultation d'Oncologie Génétique, Institut de Cancérologie de Lorraine, Nancy, France 24. Unité de Génétique médicale, CHU, Nîmes, France 25. Consultation d'Oncologie Génétique, Institut Sainte Catherine, Avignon, France 26. Service d'Oncologie, Centre Hospitalier Général, Niort, France 27. Service de Génétique Clinique, CHRU, Lille, France 28. Unité de Génétique, CHU, Rouen, France 29. Service de Génétique Clinique, CHU, Toulouse, France 30. Consultation d'Oncologie Génétique, CHU, Strasbourg, France 31. Service de Biostatistique et d'Epidémiologie, Gustave Roussy Hôpital Universitaire, Villejuif, France 32. Unité de psycho-oncologie, Gustave Roussy Hôpital Universitaire, Villejuif, France 33. Département d'Imagerie Médicale, Gustave Roussy Hôpital Universitaire, Villejuif, France 34. Direction de la Recherche Clinique, Gustave Roussy Hôpital Universitaire, Villejuif, France 35. Département de Pédiatrie, Gustave Roussy Hôpital Universitaire, Villejuif, France Mots clefs : TP53, Li Fraumeni, Surveillance, prévention Résumé : Le très large spectre tumoral du syndrome de Li Fraumeni (LFS), prédisposition au cancer causée par une mutation du gène TP53, rend complexe la prise en charge des porteurs. Le protocole multicentrique national LIFSCREEN avait pour objectif principal de comparer les performances diagnostiques de 2 schémas pour le dépistage de cancers dans cette population. Méthodes : Etait éligible tout porteur de mutation délétère de TP53, > 5 et < 75 ans, avec ou sans antécédent de cancer. Un tirage au sort déte rminait le b ras de surve illance standard (SS) (exam en cliniq ue, éc hographie abdominopelvienne, IRM cérébrale, NFS, IRM mammaire et échographie mammaire pour les femmes dès 20 ans) ou " IRM CE » (SS + IRM corps entier de dif fusion). Les examens étaient répétés annuellement pendant au m oins 3 ans (M0, M12, M24). A chaque étape, l'acceptabilité et le retentissement psychologique étaient évalués (auto-questionnaires, entretiens). Résultats : 105 participants (pts) (moyenne d'âge 33 ans [5-66]) ont été randomisés. Jusqu'au 31/12/2016, 11pts ont réalisé 1 seule étape, 14pts 2, 35pts 3, 20pts 4, 18pts 5. Au total, 25pts ont présenté 36 évènements carcinologiques (13 prévalents): 31

5 nouveaux primitifs (6 cancers du sein (CS), 5 du poumon, 4 tumeurs du système nerveux central, 3 sarcomes, 3 leucémies aigues, 3 carcinomes basocellulaires, 1 voies urinaires, 1 corticosurrénalome, 1 carcinome rénal, 1 pancréas, 1 myélome, 1 colon bifocal, 1 choriocarcinome) et 5 récidives (3 CS, 1 sarcome, 1 basocellulaire). 20 primitifs ont été détectés dans le bras SS et 11 dans le bras IRM CE. 27 biopsies ont été réalisées dans le bras SS et 20 dans le bras IRM CE. La relecture centralisée de 141 IRM CE a montré 44 discordances. Il n'y avait pas de différence en survie globale entre les 2 bras (logrank p=0.90). Sur les 24 pts avec nouveau cancer, 8 sont décédés dans un délai médian de 13 mois (4 dans chaque bras). Seuls 10 sont sortis volontairement de l'étude. Le volet psychologique a noté un ajustement adapté des pts, sans différence notable entre les 2 bras. Discussion : LIFSCREEN est la seule étude randomisée dans le domaine, avec l'un des effectifs de patients LFS le plus important rapporté à ce jour. Elle montre que le suivi régulier est faisable et acceptable. Le spectre tumoral est inattendu (peu de sarcomes, nombreux cancers du poumon). L'IRM CE était bien tolérée. Elle a généré peu de biopsies inutiles. Bien que son usage n'apportait pas de bénéfice en survie globale et que son interprétation pouvait être difficile, l'IRM CE pourrait être ajoutée au sc héma de surveillance des f amilles LFS, notamment pour la surveillance pulmonair e. Nos résultats suggèrent que le protocole lourd, préconisé par certaines équipes nord-américaines, doit être considéré avec précaution. En outre, malgré le dépistage, la survie à court terme après le diagnostic de cancer était mauvaise. Une optimisation des moyens de prévention et des traitements est nécessaire.

6 Communications Orale Sélectionnée Louise Benarroch CO005 : Étude de facteurs génétiques modificateurs dans le syndrome de Marfan Auteurs : Louise Benarroch (1), Mélodie Aubart (1), Marie-Sylvie Gross (1), Pauline Arnaud (2), Steven Gazal (3), Jean-Francois Deleuze (4), Jacob Marie-Paule (1), Nadine Hanna (2), Guillaume Jondeau (5), Catherine Boileau (1) 1. LVTS, INSERM U1148, Paris, France 2. Département de génétique, CHU X. Bichat, Paris, France 3. Department of Epidemiology, Harvard University, Boston , Etats-Unis 4. Centre National de Génotypage, Institut de génomique, CEA, Evry, France 5. Centre de référence national syndrome de Marfan et syndromes apparentés, CHU X. Bichat, Paris, France Mots clefs : Syndrome de Marfan, variabilité, modificateurs, Fibrilline-1 Résumé : Le sy ndrome de Marfan (MFS) est une m aladie génétique rare (1/ 5000 sujets), à transmis sion autosomique dominant e, principalement dû à des mutations dans le gène codant pour la fibrilline 1 (FBN1), situé sur le chromosome 15. L'atteinte est plurisystémique touchant, entre autre, le système cardio-vasculaire (anévrisme de l'aorte thoracique ascendante avec risque de dissection aortique). Ce syndrome est caractérisé par une très grande variabilité clinique, inter- et intrafamiliale, concernant aussi bien l'âge d'apparition des symptômes que l'évolution, la gravité ou le nombre de systèmes atteints. A ce jour, aucun facteur modificateur ni aucune relation génotype/phénotype (en dehors de mutations faux-sens dans les exons 24 à 32 à l'origine des formes rares de MFS néonatal) ne peuvent expliquer de cette variabilité. De plus, des résultats antérieurs ont montré, qu'en plus de cette variabilité phénotypique, il existe une variabilité d'expression du gène FBN1 d'un facteur 4 observée aussi bien chez des contrôles que chez des sujets MFS porteurs d'une mutation tronquante dans le gène FBN1. Pour identifi er les facteurs génétiques modifi cateurs sous-jacents de la variabilité phénotypiqu e, plus ieurs études pangénomiques ont été réalis ées chez 1070 patients MFS porteurs d'une mutation dans l e gène FBN1. A pa rtir de cette cohorte, une analyse eQTL (expression Quantitative Trait Loci) chez 80 sujets MFS porteurs d'une mutation tronquante dans le gène FBN1 a été réalisée. Cette analyse a permis d'identifier un locus statistiquement associé à l'expression de FBN1 (p-valeur = 6.10-8), situé sur le chromosome 11. Une étude portant sur les gènes situés au plus proche de ce locus n'a pas permis de mettre en évidence de corrélation entre l'expression de ces gènes et la régulation de l'expression du gène FBN1. En revanche, le croisement de ces résultats avec ceux d'autres études génomiques sur la variabilité a permis d'élargir la région d'étude de ce locus et de mettre en évidence un cluster de métalloprotéinases (MMP), situé à proximité du trans-eQTL. Le rôle des MMPs dans l'équilibre de la matrice extracellulaire mais également l'implication de certains MMPs dans la physiopathologie des anévrismes de l'aorte thoracique font de ces gènes de bons candidats comme facteurs génétiques modificateurs. Des études quantitativ es de corrélation (dosages sériques, quantif icat ion allèlique) ont permis de mettre en évidence des mécanismes de régulations imp liquant c ertaines MMPs. Ces résultats et la co mpréhension de mécanismes sous-jacent pourraient nous permettre d'identifier les facteurs à l'origine de la variabilité phénotypique.

7 Communications Orale Sélectionnée VINCENT CANTAGREL CO006 : iPSCs as a promising tool for modelling developmental and early onset neurodegenerative defects of the cerebellum Auteurs : Ekin Ucuncu (1), Daniel MEDINA-CANO (2), laurence colleaux (2), Vincent Cantagrel (2) 1. Laboratory of Developmental Brain Disorders, Institut Imagine, paris, France 2. Laboratory of Developmental Brain Disorders, Institut Imagine, Paris, France Mots clefs : cerebellum, induced stem cells, neurons, glycosylation, pontocerebellar hypoplasia Résumé : Cerebellar atrophy and hypoplasia are two frequently observed neurological features in various pathological conditions such as Congenital Disorders of Glycosylation (CDG) and Pontocerebellar hypoplasia (PCH). The former is mainly associated with defects in protein N-glycosylation pathway, suggesting the importance of this modification in cerebellar development. Among various CDG cases, pati ents with SRD5A3 mutations are frequently af fected with a severe atrophic and/or hypopla stic cerebellar phenotype. PCH is characterized by the incomplete development of brain stem and cerebellum with the implication of various pathways, mainly involved in RNA maturation. Recent advances in induced pluripotent stem cells (iPSCs) technology, has opened up new avenues in disease modeling, allowing access to an unli mited supply of disease relevant c ell types. Particularly, i PSCs become an attr active s ource for neurological disorders, as it offers the possibility to generate otherwise inaccessible human brain cells. To better understand the role of protein N-glycosylation in cerebellar development, we previously developed a cerebellum-specific Srd5a3 conditional KO (cKO) mouse. Consistent with the human phenotype, our mouse model showed cerebellar hypoplasia with abnormal N-glycosylation patterns and impaired cerebellar functioning. Using a glycoprotemic approach, we could identify the immunoglobulin superfamily cell adhesion molecules (IgSF-CAMs) as being specifically sensitive to the defect. Then, using in vitro live cell imaging analysis we could identify a clear defect in neural extension resulting from a significant decrease in IgSF-CAM-dependent cell adhesion. In order to extend our conclusions to a human cell model, we undertook an iPSC-based approach, where we generated SRD5A3 KO hiPSC lines using genome editing. We further differentiate them into neural progenitor cells (NPCs) and mature neurons. The characterization of these NPCs allowed us to recapitulate the mouse neuron-specific N-glycosylation defect. We are also develop ing an iPSC-based modeling strategy in order to identify new potential molec ular defect s related to cerebellar atrophy and hypoplasia in the context of PCH disorders. We previously identified a consanguineous family with a unique type of PCH suggesting a new underlying molecular defect. For this project, we are using PCH patient-derived iPSCs lines to assess the proliferation and differentiation capacity of the induced neurons. We will study neurite dynamics and cell survival rate during the course of differentiation. In conclusion, our attempts in modeling neurodevelopmental cerebellar defects with human iPSCs already allowed us to validate some previous biochemical mouse findings, in the context of CDG. It provides a promising strategy to extend some previous observations to human cells and to unravel new molecular mechanisms implicated in hypoplasia and childhood-onset atrophy of the cerebellum.

8 Communication Communication Session Simultanée Nada HOUCINAT CO007 : Evaluation de l'apport du séquençage haut débit d'exome dans le diagnostic des erreurs innées du métabolisme dans une série de 550 patients atteints de déficience intellectuelle et/ou d'anomalies du développement embryonnaire Auteurs : Nada HOUCINAT (1), Sébastien MOUTTON (2), Angeline BRUEL (3), Paul KUENTZ (4), Julien THEVENON (3), Yannis DUFFOURD (3), Patrick CALLIER (3), Nolwenn JEAN (5), Anne-Laure MOSCA (3), Frederic TRAN MAUTHEM (3), Daphné LEHALLE (5), Salima EL-CHEHADEH (6), Christine FRANCANNET (7), Marine LEBRUN (8), Laetitia LAMBERT (9), Marie-Line JACQUEMONT (10), Marion GERARD-BLANLUET (11), Jean-luc ALESSANDRI (12), Marjolaine WILLEMS (13), François FEILLET (14), Tony O'GRADY (15), Christel THAUVIN (3), Laurence OLIVIER-FAIVRE (3) 1. Génétique médicale, CHU dijon, dijon, France 2. Génétique médicale, CHU dijon, Dijon, France 3. Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France 4. Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, CHU Besançon, Besançon, France 5. génétique médicale, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France 6. Génétique médicale, CHU Strasbourg, strasbourg, France 7. Génétique médicale, CHU Clermont-Ferrand, Clermont Frerrand, France 8. Service de génétique clinique chromosomique et moléculaire, CHU Sainte-Etienne, Saint-Etienne, France 9. Génétique médicale, CHU Nancy, NANCY, France 10. Génétique médicale, CHU Réunion, Saint-Pierre, France 11. Génétique médicale, Robert Debré Paris, paris, France 12. Génétique médicale, CHU de la Réunion, Saint-Pierre, St Pierre Réunion, France 13. Génétique médicale, CHU Montpellier, Montpellier, France 14. INSERM U954, Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux, Faculté de médecine de Nancy, NANCY, France 15. Department of genetics, Midland Regional Hospital, Mullingar, Co. Westmeath, Irlande Mots clefs : exome, erreurs innées du métabolisme, déficience intellectuelle, malformations congénitales Résumé : Les erreurs innées du métabolisme (EIM) constituent un groupe de maladies génétiques dont l'origine est un déficit d'une voie biochimique. Elles se caractéri sent par une grande hétérogénéité cl inique. Les explorations biochimiques (dosages des métabolites, activités enzymatiques...) demeurent la technique de référence pour le diagnostic de ces maladies. L'analyse moléculaire n'intervient le plus souvent que dans un second temps en fon ction de l'orientation clinico-biochimique pour l'identification des mutations causales, indispensable à la confirmation diagnostique et le conseil génétique. Néanmoins, le rendement diagnostique de ces techniques standards reste faible (0.8 à 14% selon la présentation clinique). Dans cette étude, nous évaluons l'apport du séquençage d'exome dans le diagnostic des EIM dans une série de 550 patients après un premier bilan étiologique non contributif. Ces patients étaient adressés pour avis diagnostique devant une présentation aspécifique d'encéphalopathie, de déficience intellectuelle, d'atteinte neurosensorielle et/ou de malformations congénitales. Un diagnostic moléculaire a été possible chez 177 patients. 11% des diagnostics étaient des EIM, identifiées chez 20 cas index, dont un nouveau phénotype lié au gène SLC13A5. Les patients étaient de tous âges, dont deux foetus atteints de Niemann Pick C et de déficit en ALDH18A1 respectivement. On rapporte 2 cas de CLN1 et deux autres de CLN3 dont un adulte suivi pour rétinite pigmentaire sans épilepsie. Deux diagnostics ont permis la mise en place de thérapeutiques ciblées : les déficits en GLUT1 et en Sepiapterine réductase. Deux diagnostics précoces de mannosidose ont été possibles devant une surdité modérée et des difficultés d'apprentissage sans signe évident de surcharge. D'autres déficits du métabolisme des molécules complexes ont été identifiés, dont un déficit en GM3 synthétase, une gangliosidose à GM2, des déficits de synthèse du GPI-anchor et de la déglycosylation des protéines. Enfin, on note deux cas de déf icits mitochondriaux (en co -enzyme Q10 et de la f ission mitochondriale). Ces différents diagnostics n'avaient pas été évoqués spécifiquement lors du bilan initial principalement à cause de l'atypie ou de l'aspécificité des symptômes ou à une présentation plus modérée. A noter que parmi ces 20 patients, 11 se présentaient avec une déficienc e int ellectuelle et une épilepsie de s évérité variable, phénotype fréquent chez les pati ents porteurs d'EIM dans cette série. De plus, dans au moins 9 maladies, aucun biomarqueur spécifique sanguin ou urinaire n'était disponible rendant impossible le diagnostic biochim ique pa r simple screening métaboliqu e. Au total, cette étude souligne l'intérêt de l'exome dans le diagnostic des EIM avec un rendement de 3.6% et ce malgré l'absence d'élément clinico-biologique évocateur d'EIM et des phénotypes aspécifiques. En effet, le rendement rapporté de la stratégie standard n'était que de 0.8% dans ces mêmes indications

9 Communication Communication Session Simultanée Caroline Nava CO008 : Etude des gènes d'épilepsie monogénique chez 700 patients ayant une encéphalopathie épileptique : 28% de diagnostics, dont 4% de CNV et 3,5% d'anomalies en mosaïque Auteurs : Caroline Nava (1, 2), Audrey Labalme (3), Cyril Mignot (4), Nicolas Chatron (3, 5), Lies Van de Velde Boermans (6), Vincent des Portes (7, 8), Julie Bogoin (6), Dorothée Ville (7), Julitta de Bellescize (9), Marie-Christine Nougues (10), Diane Doummar (10), Alexandra Afenjar (11), Anne-Lise Poulat (7), Bénédicte Héron (10), Boris Keren (1), Cécile Freihuber (12), Eleni Panagiotakaki (9), Stéphanie Valence (10), Alexis Arzimanoglou (9), Delphine Héron (4), Christel Depienne (13, 14), Damien Sanlaville (3, 5), Eric Leguern (6, 2), Gaetan Lesca (3, 5) 1. APHP, Département de génétique, UF de génomique du développement, Hôpital de La Pitié-Salpêtrière, Paris, France 2. Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06, UMR S 1127, Inserm U 1127, CNRS UMR 7225, Institut du Cerveau et de la moelle épinière, Paris, France 3. Département de Génétique Médicale, HCL Groupement Hospitalier Est, Lyon, France 4. APHP, Département de Génétique ; Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares ; GRC UPMC , Hôpital de La Pitié-Salpêtrière, Paris, France 5. CNRS UMR 5292, INSERM U1028, CNRL, et Université Claude Bernard Lyon 1, HCL Groupement Hospitalier Est, Lyon, France 6. Département de Génétique, Hôpital de La Pitié-Salpêtrière, Paris, France 7. Service de Neuropédiatrie, HCL Groupement Hospitalier Est, Lyon, France 8. Université Claude Bernard Lyon 1, HCL Groupement Hospitalier Est, Lyon, France 9. Epilepsie, sommeil et explorations fonctionnelles neuropédiatriques, HCL Groupement Hospitalier Est, Lyon, France 10. APHP, Service de Neuropédiatrie, Hôpital Armand Trousseau , Paris, France 11. APHP, Service de Génétique, CRMR malformations et maladies congénitales du cervelet, Hôpital Armand Trousseau , Paris, France 12. Service de Neuropédiatrie, Hôpital Armand Trousseau , Paris, France 13. CNRS UMR 5292, INSERM U1028, CNRL, et Université Claude Bernard Lyon 1, Institut du Cerveau et de la moelle épinière, Paris, France 14. Institute of Human Genetics, University Hospital Essen, University of Duisburg-Essen, Essen, Allemagne Mots clefs : épilepsie, séquençage haut débit, panel, diagnostic Résumé : L'épilepsie est un ensemble de pathologies neurologiques qui touche 0,7% de la population mondiale. Les encéphalopathies épileptiques constituent un groupe hétérogène de pathologies sévères, débutant généralement dans la petite enfance et dont l'évolution est souvent défavorable. Dans ce contexte, un diagnostic génétique précoce peut être important pour la prise en charge, le pronostic et le conseil génétique. Méthode : Une collaboration entre les équipes de Lyon et de Paris (La Pitié-Salpêtrière), a permis la mise au point d'un panel de 90 gènes dont les mutations sont responsables d'épilepsies monogéniques. L'analyse a été réalisée avec la technologie de capture SeqCapEZ de Roche®. Le séquençage a été réalisé sur une flow-cell " mid output » (Illumina®) sur un Miseq ou un Nextseq (Illumina®) en multiplexant les échantillons par 24. La profondeur moyenne de lecture était de 300X et plus de 99% des bases étaient couvertes à plus de 30X. Patients : L'ADN de 700 patients évalués au préalable par des neuropédiatres et des généticiens a été analysé. Résultats : De s variants path ogènes on t été identi fiés chez 196/ 700 patients (28% des cas), il s'ag issait de mutations autosomiques dominantes, principalement de novo, dans 142 cas (72%), de mutations récessives dans 18 cas (10%) et de mutations sur le chromosome X dans 36 cas (18%). Les gènes les plus fréquemment mutés étaient SCN1A (n=31), KCNQ2 (n=22), SCN2A (n=13), SCN8A (n=11), KCNT1 (n=9), CDKL5 (n=9), ATP1A3 (n=8), PCDH19 (n=7), SYNGAP1 (n=6), GRIN2A (n=6), STXBP1 (n=6) et WWOX (n=6). Le taux de diagnostic était beaucoup plus élevé en cas de début néonatal (45% de diagnostic en cas de début avant 1 mois) ou de début précoce (40% de diagnostic en cas de début entre 1 et 3 mois) ou chez les patients présentant un syndrome de Dravet ou une épilepsie sensible à la fièvre (47% de diagnostic). Au contraire, le taux de diagnostics était faible chez les patients ayant un syndrome de West (14% de diagnostic) ou une épilepsie débutant après 2 ans (14% de diagnostic). Par ailleurs, le Séquençage à haut débit, dans nos conditions expérimentales qui assuraient une bonne couverture des régions d'intérêt, a permis la mise en évidence de délétions ou duplications d'exons dans 8 cas et de variants pathogènes en mosaïque chez 7 patients, dont certains présentaient un phénotype atténué. Conclusion : L'analyse des gènes de ce panel permet d'augmenter le taux diagnostique des épilepsies monogéniques (28% de diagnostic), notamment lorsque les crises débutent au cours des premiers mois. L'identification de la mutation responsable de l'épilepsie permet d'améliorer le conseil génétique et, dans certains cas, la prise en charge thérapeutique. L'identification d'une mutation homozygote dans le gène PNPO chez une pa tiente ayant une épilepsie néonatale ph armacorésistante a permis

10 d'adapter le traitement (Phosphate de Pyridoxal), ce qui a entrainé un contrôle satisfaisant de l'épilepsie et une reprise du développement psychomoteur. Communication Communication Session Simultanée Benedicte GERARD CO009a : Diagnostic de la déficience intellectuelle : leçons apprises et nouveaux enjeux Auteurs : Amelie PITON (1), Laura MARY (1), Claire FEGER (1), Celine CUNY (2), Marguerite MIGUET (1), Elsa NOURISSON (1), Jean MULLER (1), frederic TRAN MAU THEM (3), Aurelien CHARNOT (2), eric DAHLEN (2), Audrey SHALK (2), Imene BOUJELBENE (2), Jean-François DELEUZE (4), Anne BOLAND-AUGE (4), Jamel CHELLY (1), Jean Louis MANDEL (5), Bénédicte GERARD (6) 1. Laboratoire de Diagnostic Génétique, CHRU strasbourg, Strasbourg, France 2. Laboratoire de génétique , CHU de Strasbourg, Strasbourg, France 3. Laboratoire de génétique , CHU de Dijon, DIJON, France 4. , CNG, Evry, France 5. Laboratoire de Diagnostic Génétique, CHRU strasbourg, , France 6. Laboratoire de Diagnostic Génétique, CHRU strasbourg, strasbourg, France Mots clefs : Deficience intellectuelle-diagnostic-sequençage haut débit Résumé : Les données cumulées issues de l'analyse de nos panels ciblés de gènes de déficience intellectuelle (DI)(275, 450 puis 520 gènes) sur les 1028 diagnostics rendus à Strasbourg permettent de dresser une cartographie des causes moléculaires de DI sans orientation clinique évidente et d'envisager les prochaines étapes pour améliorer la qualité du diagnostic et de la prise en charge de ces familles en France. Le diagnostic moléculaire a été établi avec certitude dans 24% des cas de notre cohorte: 246 variations de classe 4 et 5 ont été rendues par notre laboratoire. Des mutations de classe 3 ont également été identifiées dans 9% des cas, 8 d'entre elles sont en cours de reclassification car fortement suspects de pathogénicité. Ce taux de diagnostic est significativement plus important chez les filles (31%), en cas de DI avec troubles du sommeil (30%) ou en cas de DI avec un retard de croissance postnatale (31%). Il est moins important pour les garçons (21%) et les DI légères (16%). Le taux ne semble pas être modifié par les éléments suivants : épilepsie, micro ou macrocéphalie, retard de langage, TSA, troubles de l'attention, hypotonie, RCIU, ou IRM normal ou anormale. Le Top 10 des gènes les plus fréquemment mutés dans notre cohorte regroupe TCF4, GRIN2B, SHANK3, KMT2A, DDX3X, KAT6B, ANKRD11, ARID1B, DYRK1A, MECP2. De nouveaux gènes ont rejoint le groupe des gènes de DI confirmés (BPRF1, MYT1L, POGZ, AUTS2) et d'autres sont en cours de caractérisation (AGO1). On observe une transmission AD dans 66 % des cas et liée à l'X dans 25 % des cas. Très peu de mutations dans des gènes à transmission AR ont été identifiés (ST3GAL5, TRAPCC9, MED23). Le taux de double diagnostic est également faible (1 seul cas avéré) ainsi que les découvertes incidentes (5 cas). Des variations dans des gènes à pénétrance incomplète commencent à émerger (ANKRD11, KANSL1, DYNC1H1, KAT6A, MBD5). Le taux de néomutat ion reste très élevé (70 %). L'an alyse par trio (en simplex ou en po ol) semble donc particulièrement efficiente vu le débit attendu de l'analyse (performance d'identification du variant, vérification du trio, délai de rendu). Pour ces familles, un DPN est fréquemment réalisé malgré le faible risque de récurrence. Une approche universelle, non invasive, basée sur une capture de l'ADN plasmatique maternel est en cours de mise en place pour éviter ces ponctions foetales sur faible risque. Ces avancées permettent d'améliorer le diagnostic des patients atteints de DI sans orientation clinique : d'un taux initial de 15-20 % (ACPA + analyse ciblée de gènes), le taux cumulé atteint 40-45 % avec notre panel. Si l'analyse de l'exome en trio permet de gagner clairement encore 10-15 % supplémentaire, l'évaluation de l'approche génome entier semble constituer la prochaine étape pouvant permettre de faire un gain significatif dans le cadre de ce diagnostic de par sa capacité à identifier d'autres mécanismes chromosomiques inaccessibles à des techniques basées sur une capture préalable.

11 Communication Communication Session Simultanée Giulia Barcia CO009b : Déficiences intellectuelles et troubles du spectre autistiques : quelle stratégie pour le diagnostic moléculaire ? Auteurs : Giulia Barcia (1), Marlène Rio (1), Sophie Rondeau (1), Ghislaine Royer (1), Adrienne Elmorjani (1), Mathieu Bernardelli (1), sylvain hanein (2), cécile fourrage (1), Christine Bole-Feysot (2), Patrick Nitschke (2), Sandrine Marlin (1), Anne Philippe (1), Laurence Robel (3), genevieve Baujat (1), Stanislas Lyonnet (1), Desguerre Isabelle (4), Valerie Cormier-Daire (5), Jeanne Amiel (1), Arnold Munnich (5), Laurence Colleaux (2), Julie Steffann (1), Jean-Paul Bonnefont (1) 1. Génétique Médicale, Hôpital Necker Enfants Malades, Paris, France 2. Institut Imagine, Hôpital Necker Enfants Malades, Paris, France 3. Service de pédopsychiatrie, Hôpital Necker Enfants Malades, Paris, France 4. Neuropédiatrie, Hôpital Necker Enfants Malades, Paris, France 5. Génétique Médicale, Hôpital Necker Enfants Malades, paris, France Mots clefs : Déficience intellectuelle, troubles du spectre autistique, NGS Résumé : Introduction : Les déficiences intellectuelles (DI) et les troubles du spectre autistique (TSA) sont des pathologies génétiquement et cliniquement hétérogènes, souvent associées car 60% des patients avec TSA présente aussi une DI. Ces pathologies représentent le premier motif de consultation au sein du service de Génétique Clinique de l'Hôpital Necker (environ 400 patients par an). Les stratégies de WES/WGS ont montré leur efficacité pour l'identification des causes génétiques des DI et des TSA. Elles sont cependant couteuses, et entrainent la détection de variants incidents ou non sollicités. Pour ces raisons, la question de la pertinenece de leur application dans le c ontext e de diagnostic génét ique hospitalier se pose. Méthodes: Nous avons séquencé par NGS ciblé sur 253 gènes associés aux DI, 413 patients présentant une DI et/ou un TSA (379 singleto n et 34 trios patient-parents, 246 garçons et 167 f ill es, âge moyen 12 ans). Résultats: Pour tous les indiv idus, la couver ture des régi ons ciblées était > 99.8%. N ous avons identifié des var iants pathogènes ou probablement pathogènes chez 22% des patients avec une majorité de variants survenus de novo (18%). Des variants de signification inconnue ont été mis en évidence chez 9% des patients. Le rendement diagnostique était plus élevé chez les patients avec DI syndromique (30%) et atteints d'épilepsie (32%) ; il était plus faible pour les patients issus de couples consanguins (9%). Cette approche a permis l'identification de délétions exoniques et de variants présents en taux faible de mosaïque. Conclusions: Avec un rendement diagnostic de 22% dans une cohorte de 413 patient étudiés sur la période 2015-2017, la stratégie de NGS ciblé optimise le screening moléculaire des DI et des TSA. Cette approche " ciblé » réduit les côuts et le nombre de résultats incertains ou fortuits par rapport au WES et est préferable chez les patients avec DI/TSA syndromique. Une stratégie par WES pourrait p ar contre êt re plus perti nente chez les patients atteints de DI/TSA non s yndromique s.

12 Communication Communication Session Simultanée Christèle DUBOURG CO010 : 2 ans d'expérience de l'exome médical dans le diagnostic de la déficience intellectuelle au CHU de Rennes Auteurs : Christèle DUBOURG (1, 2), Wilfrid CARRE (1, 2), Mélanie FRADIN (3), Chloé QUELIN (3), Paul ROLLIER (1, 3), Mailys RUPIN (3), Florence DEMURGER (3), Hubert JOURNEL (4), Sylvie ODENT (3, 2), Laurent PASQUIER (5), Véronique DAVID (1, 2) 1. Service de Génétique Moléculaire et Génomique, CHU Rennes, Rennes, France 2. IGDR, UMR 6290 CNRS, Université de Rennes 1, Rennes, France 3. Service de Génétique Clinique, Centre de Référence Maladies Rares CLAD-Ouest, CHU Rennes, Rennes, France 4. Service de Génétique Clinique, CHBA Vannes, Vannes, France 5. Service de Génétique Clinique, Centre de Référence DI, CHU Rennes, Rennes, France Mots clefs : exome, déficience intellectuelle, ADNP, POGZ Résumé : La déficience intellectuelle (DI) touche 1 à 3% de la population générale. Les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) ont considérablement amélioré son diagnostic, notamment avec la mise en oeuvre de séquençage de panels de gènes ciblés (panels DI44, DI275, DI459) et de séquençage d'exome entier (WES). Au CHU de Rennes, nous avons choisi une approche intermédiaire : l'exome médical, qui consiste à séquencer les exons de 5500 gènes OMIM à l'aide d'un kit de capture (Focused Exome Agilent). Nous rapportons ici les résultats issus de l'analyse de 140 familles sur la période 2015-2017. Le modèle d'étude privilégié était le trio (enfant et parents). Grâce à cette approche, nous avons mis en évidence 31% de variants de classes 5 et 4 (délétères et probablement délétères), 22% de classe 3 (VUS ou variants de signification clinique inconnue) et 47% de classes 2 et 1 (probables polymorphismes et polymorphismes reconnus). Le panel ciblé DI44 n'aurait permis d'identifier que 14% de variants de classes 5 et 4, l'exome médical nous a donc permis de doubler le rendement diagnostique. Les gènes impliqués sont très variés. Hormis les gènes du panel DI44, ADNP et POGZ sont ceux où le maximum de récurrence est observé même si celle-ci est faible. L'implication définitive de certains variants peut requérir la mise en oeuvre de tests fonctionnels : 1/ quand il s'agit de variants faux-sens dans un gène dont les variants reconnus délétères sont des variants non-sens ou frameshift (par exemple MEF2C), 2/ quand il s'agit de variants prédits délétères dans des gènes non formellement reconnus comme étant impliqués dans la DI à ce jour (par exemple KMT5B). L'utilisation de l'exome médical dans le diagnostic étiologique de la DI constitue un bon compromis entre les panels ciblés et le WES : avec une nécessité de stockage informatique moins importante que le WES, une interprétation moins délicate (en évitant des variants dans des gènes totalement inconnus) et un prix plus abordable, il offre un rendement diagnostique très satisfaisant actuellement.

13 Communication Communication Session Simultanée Caroline Nava CO011 : Whole exome vs grand panel dans la déficience intellectuelle : un taux d'élucidation diagnostique multiplié par 2 Auteurs : Caroline Nava (1, 2), Cyril Mignot (3), Julien Buratti (1), Claude Estrade (1), Sabina Karagic (1), Aurélie Lafitte (1), Elodie Lejeune (1), Corinne Mach (1), Valérie Olin (1), Alinoe Lavillaureix (3), Alexandra Afenjar (4), Diane Doummar (5), Marie-Laure Moutard (5), Thierry Billette de Villemeur (5), Marie-Christine Nougues (5), Stéphanie Valence (5), Bénédicte Héron (5), Rodriguez-Levi Diana (5), Lydie Burglen (6), Sandra Whalen (7), Damien Haye (3), Solveig Heide (3), Perrine Charles (3), Isabelle Marey (3), Christel Depienne (8, 9), Boris Keren (1), Delphine Héron (3) 1. APHP, Département de génétique, UF de génomique du développement, Hôpital de La Pitié-Salpêtrière, Paris, France 2. Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06, UMR S 1127, Inserm U 1127, CNRS UMR 7225, Institut du Cerveau et de la moelle épinière, Paris, France 3. APHP, Département de Génétique ; Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares ; GRC UPMC , Hôpital de La Pitié-Salpêtrière, Paris, France 4. APHP, Service de Génétique, CRMR malformations et maladies congénitales du cervelet, Hôpital Armand Trousseau , Paris, France 5. APHP, Service de Neuropédiatrie, Hôpital Armand Trousseau , Paris, France 6. APHP, Service de Génétique, Hôpital Armand Trousseau , Paris, France 7. APHP, UF de Génétique clinique ; CRMR Anomalies du développement et syndromes malformatifs, Hôpital Armand Trousseau , Paris, France 8. CNRS UMR 5292, INSERM U1028, CNRL, et Université Claude Bernard Lyon 1, Institut du Cerveau et de la moelle épinière, Paris, France 9. Institute of Human Genetics, University Hospital Essen, University of Duisburg-Essen, Essen, Allemagne Mots clefs : déficience intellectuelle, NGS, exome, panel, diagnostic Résumé : Plus de 1000 gènes sont connus dans la déficience intellectuelle (DI) et de nouveaux sont découverts très régulièrement. En raison de cette grande hétérogénéité génétique, les méthodes diagnostiques ciblées ont un intérêt souvent limité tandis que le Séquençage de Nouvelle Génération (NGS) a apporté un bénéfice considérable. L'objectif de notre étude était d'évaluer le taux de diagnostic réalisé grâce au WES en trio dans la DI et de le comparer à celui obtenu avec un grand panel utilisé précédemment au laboratoire. Patients et méthodes: 600 cas index, atteints de DI, ont été recrutés via la consultation de génétique. Tous avaient eu précédemment un bilan négatif incluant une ACPA et un X-fragile ainsi que pour certains des études ciblées. 263 patients, ont été initialement séquencés avec le panel TruSightOne (TS1) d'Illumina, commercialisé en 2015, comprenant les 4813 gènes impliqués en pathologie référencés dans OMIM. Pour les 373 patients suivants, nous avons réalisé un WES avec le kit MedExome de Roche. 36 patients ont été analysés successivement avec les 2 techniques. Les analyses ont été réalisées en trio ou en quatuor dans 348 cas et en duo (lorsque l'ADN d'un parent n'était pas disponible) dans 25 cas. Résultats: Notre taux diagnostique (variants classe 4 et 5) est de 21% (55/263) avec le TS1 et de 43% (159/373) avec le WES. 55% des diagnostics réalisés en WES concernent des gènes absents du TS1 car décrits depuis moins de 3 ans dans la DI. Chez les patients négatifs en TS1 puis analysés en WES, notre taux diagnostique est de 30% (11/36). De plus, 21 variants probablement pathogènes ont été identifiés en WES dans des gènes non encore publiés et qui font actuellement l'objet de collaborations internationales. Lorsque l'analyse des parents n'était pas possible, notre taux diagnostique tombe à 20% (5/25) contre 44% (154/348) lorsque nous avons pu faire les analyses en trio. Les 159 diagnostics en WES ont été faits dans 117 gènes différents, dont seulement 26 sont mutés chez au moins 2 cas index, témoignant de la grande hétérogénéité génétique de la DI. Les gènes les plus fréquemment mutés dans notre série sont DDX3X, ADNP, KCNA2 et TCF20 (n=4 pour chaque gène). Tous les variants pathogènes ont été validés lors de réunions de concertation pluridisciplinaire clinico-biologique. Conclusion: Plus de la moitié de nos diagnostics en WES n'auraient pas été réalisés avec le TS1, qui comprenait pourtant en théorie tous les gènes connus de DI lors de sa commercialisation. Cela s'explique par la découverte très rapide de nouveaux gènes dans la DI durant ces 3 dernières années, ce qui rend vite obsolète un panel de gènes, même exhaustif au moment de son design. C'est également probablement la raison de notre taux diagnostique légèrement supérieur à ceux de la littérature (30-40%). Cela donne un intérêt particulier au WES dans la DI qui, sans besoin de nouveau design, reste toujours à jour et voit son taux diagnostique augmenter avec les avancées scientifiques.

14 Communication Communication Session Simultanée Benjamin Cogné CO012 : De l'exome au génome pour le diagnostic de la déficience intellectuelle Auteurs : Benjamin Cogné (1), Sébastien Schmitt (1), Thomas Besnard (1), Sébastien Küry (1), Delphine Quinquis (1), Wallid Deb (1), Anne-Sophie Denommé-Pichon (2, 3), Marie-Laure Vuillaume (4, 5), Annick Toutain (4, 5), Dominique Bonneau (6, 7), Estelle Colin (6, 7), Laurent Pasquier (8, 9), Sylvie Odent (8, 9), Brigitte Gilbert-Dussardier (10, 11), Philippe Parent (12), Pierre Boisseau (1), Claire Beneteau (1), Sandra Mercier (1), Mathilde Nizon (1), Jean-François Deleuze (13), Richard Redon (14, 15), Bertrand Isidor (1), Stéphane Bézieau (1) 1. Service de génétique médicale, CHU de Nantes, Nantes, France 2. Service de génétique, CHU de Nancy, Vandoeuvre-lès-Nancy, France 3. UMR U954, INSERM, Vandoeuvre-lès-Nancy, France 4. Service de génétique, CHU de Tours, Tours, France 5. UMR U930, INSERM, Tours, France 6. Département de Biochimie et Génétique, CHU d'Angers, Angers, France 7. UMR 1083, INSERM, Angers, France 8. Service de Génétique Clinique, CHU de Rennes, Rennes, France 9. UMR 6290, CNRS, Rennes, France 10. Service de génétique, CHU de Poitiers, Poitiers, France 11. EA3808, Université de Poitiers, Poitiers, France 12. Génétique Médicale, CHRU de Brest, Brest, France 13. Centre National Génotypage, Institut de Génomique, CEA, Evry, France 14. INSERM, CNRS, l'Institut du Thorax, Université de Nantes, Nantes, France 15. L'institut du thorax, CHU de Nantes, Nantes, France Mots clefs : exome, genome, variants structuraux, déficience intellectuelle, bioinformatique Résumé : La déficience intellectuelle (DI) a une prévalence estimée à 1% de la population. Aujourd'hui, plus de 1500 gènes ont été décrits comme responsables de DI. Dans un cadre diagnostic, certains gènes étant plus fréquemment mutés, la stratégie française prédominante consiste actuellement à analyser des panels composés de quelques dizaines à plusieurs centaines de gènes. Le séquençage de l'exome est une autre stratégie qui, au-delà de répondre à la problématique de l'hétérogénéité génétique, permet une analyse mise à jour régulièrement et un amincissement de la frontière avec la recherche. Au CHU de Nantes, nous avons fait le choix du séquençage de l'exome en solo dans le diagnostic de la DI, pour un nombre limité de patients, en sélectionnant les patients les plus sévères et les familles en demande d'un conseil génétique. Depuis fin 2015, nous avons analysé 164 cas index et avons établi un diagnostic certain ou probable pour 75 cas (45,7%). Certains patients ont pu être intégrés dans une cohor te décrivant un n ouveau gène responsable de DI (OTUD6B, EBF3), et c ertains pré sentent des mutations de novo dans des gènes candidats (KMT2C, SPTBN1, TENM2, DSCAM, PPP3CB). Parallèlement à l'exome, le plan " France médecine g énomique » prom et un accès à court ter me au séquençage du génome entier . D ans un cadre de recherche, nous avons obtenu un financement par la fondation maladies rares permettant le séquençage du génome en trio de 7 patients, recrutés après un exome trio négatif (projet HUGODIMS, recrutement du centre de référence CLAD-Ouest). Les premiers résultats ont montr é (1) une translocation équilibrée de novo avec des points de cassure intergéniques dont la pathogénicité reste incertaine, (2) une inversion de novo de 2,1Mb impliquant le gène FOXP1, (3) deux patients avec des mutations de novo dans le gène H3F3A, dans un exon non couvert par exome, pour lequel une cohorte est en cours de publication et (4) une mutation de novo dans le gène TFE3, pour lequel une publication est également en cours. Au total, un diagnostic certain a pu être établi chez 4 patients. En conclusion, bien que l'exome apporte un rendement diagnostic déjà important, l'accès aux varia nts structuraux et la couverture plu s homogène de la gran de majorité des gènes d e DI font certainement du séquençage du génome entier la future méthode de choix pour le diagnostic de la DI.

15 Communication Communication Session Simultanée Henri Margot CO013 : Syndrome Kabuki et manifestations immunitaires: à partir d'une cohorte de 154 patients Auteurs : Henri MARGOT (1), Vincent GATINOIS (2, 3), Guilaine BOURSIER (4, 3), Helder FERNANDES (5), Elodie SANCHEZ (4, 3), Agnes GUICHET (6), Margaux SEREY (7), Philippe PARENT (8), Sacha WEBER (9), Virginie MAGRY (10), Mathilde LEFEVBRE (11), Klaus DIETERICH (12), Marie-line JACQUEMONT (13), Odile BOUTE (14), Thibaud ARMAND (15), Elisabeth SARRAZIN (16), Julie ROBBE (17), Godelieve MOREL (18), Mélanie FRADIN (19), Alice GOLDENBERG (20), Sarah BAER (21), Sophie JULIA (22), Annick TOUTAIN (23), Stanislas LYONNET (24), Yves PEREL (25, 5), Didier LACOMBE (1, 26), Nathalie ALADJIDI (25, 5), David GENEVIEVE (2, 27) 1. Génétique médicale, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France 2. Génétique médicale, CHU de Montpellier, Montpellier, France 3. INSERM U1183, Université de Montpellier, Montpellier, France 4. Département de Génétique médicale, maladie rares et medecine spécialisée, CHU de Montpellier, Montpellier, France 5. Centre de référence national des cytopénies auto-immunes de l'enfant, CEREVANCE, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France 6. Génétique médicale, CHU d'Angers, Angers, France 7. Génétique médicale, CHU de Besançon, Besançon, France 8. Génétique médicale, CHU de Brest, Brest, France 9. Génétique médicale, CHU de Caen, Caen, France 10. Génétique médicale, CHU de Clermont Ferrand, Clermont-ferrand, France 11. Génétique médicale, CHU de Dijon, Dijon, France 12. Génétique médicale, CHU de Grenoble, Grenoble, France 13. Génétique médicale, CHU de la Réunion, Saint-Pierre, France 14. Génétique médicale, CHU de Lille, Lille, France 15. Génétique médicale, CHU de Lyon, Lyon, France 16. Génétique médicale, CHU de Martinique, Fort de France, France 17. Génétique médicale, AP-HM, Marseille, France 18. Génétique médicale, CHU de Nice, Nice, France 19. Génétique médicale, CHU de Rennes, Rennes, France 20. Génétique médicale, CHU de Rouen, Rouen, France 21. Génétique médicale, CHRU de Strasbourg, Strasbourg, France 22. Génétique médicale, CHU de Toulouse, Toulouse, France 23. Génétique médicale, CHU de Tours, Tours, France 24. Génétique médicale, CHU Paris - Hôpital Necker-Enfants Malades, Paris, France 25. Hémato-Oncologie Pédiatrique, CHU de Bordeaux - Pellegrin - Hôpital des enfants, Bordeaux, France 26. INSERM U1211, Université de Bordeaux, Bordeaux, France 27. U1183, INSERM, Montpellier, France Mots clefs : Syndrome Kabuki, Déficit immunitaire, Purpura thrombopénique idiopathique, Anémie hémolytique autoimmune, Maladie auto-immune, Cohorte. Résumé : INTRODUCTION: Le syndrome Kabuki (SK OMIM 147920 et 300128) est un syndrome poly-malformatif rare associant un aspect reconnaissable du visage, une déficience intellectuelle variable de modérée à sévère, et des malformations d'organes variées (squelettiqu es, cardiaques, uro-génitales). Deux gènes, KMT2D et KDM6A, sont aujourd' hui impliqués dans ce syndrome. Une prévalence accrue des manifestations immunologiques est également observée chez ces patients. Il s'agit avec l'atteinte cardiaque de l'une des atteintes qui peut grever un pronostic bon par ailleurs. Pourtant c'est aussi l'un des aspects les moins étudiés da ns la littérature. L'ob jectif de ce tr avail est d'obtenir une estimation de l'inciden ce des manifestations immunologiques dans le SK, et de les décrire, afin de détecter les particularités de présentation, d'association phénotypique et de prise en charge thérapeutique sur une large cohorte française. METHODOLOGIE: Les 154 cas actuellement colligés de notre cohorte ont une clinique compatible ainsi qu'un diagnostic moléculaire (KDM6A ou KMT2D) qui établissent le diagnostic de SK . Nous avons demandé aux 32 centres ayant participé au PHRC Kabuki de rem plir un questionnaire de façon rétrospective. Nous avons ainsi évalué la survenue d'un purpura thrombopénique idiopathique (PTI), d'une anémie hémolytique auto-immune (AHAI), d'une autre maladie auto-immune (MAI) ou d'un déficit immunitaire commun variable (DICV) chez les patients. RESULTATS: On retrouve chez 7.79% des patients un PTI, dont une moitié est chronique ( > 12 mois). 3.25% ont eu une AH AI, dont un patient décédé d'hémolyse aigüe. Des infecti ons à répétions sont présentes chez 36.59 % des SK , principalement ORL durant la petite enfance. D'autres infections plus graves à type d'atteinte pulmonaire, digestive, d'abcès cérébraux ou d'ostéomyélite sont égalemen t observées. Un DICV est observé che z 32.14% des patients : un e hypogammaglobulinemie, associée à des sérologies vaccinales non-protectrices et une lymphopénie. 11.38 % des patients ont

16 une MA I, le plus souvent des manifestat ions dermatologiqu es bénignes t elles qu'un psor iasis ou un vitiligo. Des cas de thyroïdite auto-immune et un cas de diabète type 1 so nt également re trouvés da ns notre cohorte. De s complications immunologiques sont responsables du décès de 2 patients de notre cohorte. CONCLUSION: Notre étude montre une incidence élevée des manifes tations immunitaires chez les patients SK de notre cohorte française. Cette surreprésentation pourr ait s'expliquer car le complexe formé par KMT2D à un rôle central dans la maturation des lymphocytes T helper type 2. A noter le nombre important de données biologiques manquantes dans notre étude, qui indique que le phénotype dysimmunitaire du SK est peut-être sous-estimé. Notre étude montre pourtant que l'atteinte immunitaire est fréquente et potentiellement sévère. Kabuki assises.docx

17 Communication Communication Session Simultanée cecile Jeanpierre CO014 : GREB1L, un nouveau gène d'agénésie rénale bilatérale chez l'homme et la souris Auteurs : Lara De Tomasi (1), Pierre David (2), Camille Humbert (3), Flora Silbermann (1), Christelle Arrondel (1), Frédéric Tores (4), Stéphane Fouquet (5), Audrey Desgrange (6), Christine Bole-Feysot (7), Patrick Nitschké (8), Joëlle Roume (9), Marie-Pierre Cordier (10), Christine Pietrement (11), Bertrand Isidor (12), Philippe Khau Van Kien (13), Marie Gonzales (14, 15), Marie-Hélène Saint-Frison (16), Jelena Martinovic (17), Robert Novo (18), Juliette Piard (19), Christelle Cabrol (19), Hubert Journel (20), Jacqueline Aziza (21), Laurent Gavard (22), Marie-Hélène Said-Menthon (23), Laurence Heidet (24), Sophie Saunier (1), Cécile Jeanpierre (3) 1. Laboratoire des maladies rénales héréditaires , Inserm U1163 - Institut Imagine -Université Paris Descartes-Sorbonne Paris Cité, Paris, France 2. Platforme de transgenèse, Inserm U1163 - Institut Imagine -Université Paris Descartes-Sorbonne Paris Cité, Paris, France 3. Laboratoire des Maladies Rénales Héréditaires, Inserm U1163, Institut Imagine, Université Paris Descartes-Sorbonne Paris Cité, Paris, France 4. Plateforme de Bioinformatique, Inserm U1163 - Institut Imagine -Université Paris Descartes-Sorbonne Paris Cité, P, France 5. Plateforme d'Imagerie, UMR_S968 Inserm, Institut de la Vision, Paris, France 6. Laboratory of Heart Morphogenesis, Inserm U1163 - Institut Imagine -Université Paris Descartes-Sorbonne Paris Cité, Paris, France 7. Plateforme de Génomique, Inserm U1163 - Institut Imagine -Université Paris Descartes-Sorbonne Paris Cité, Paris, France 8. Plateforme de Bioinquotesdbs_dbs22.pdfusesText_28

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