[PDF] Introducàon à la phylogénie





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Introduction à la bioinformatique feuille Exercices de TD

feuille Exercices de TD Exercice - 2 Les gènes et leurs fonctions ... 2- Déroulez l'algorithme UPGMA sur la matrice de distances suivante :.



cours de phylogénie moléculaire

Exercice 8 : Comparaison UPGMA et Maximum de parcimonie. On donne les séquences de quatre individus. Déterminez les sites informatifs et déduisez l'arbre avec 



TP SV-K-2-1 Etablir une phylogénie

Exercice 2 : utilisation d'une méthode de distance (UPGMA). On se propose d'étudier les similitudes entre les séquences codantes du gène CDC2de différentes 



ATS Bio TD A9 - Construction dabres phylogénétiques - T. JEAN

Réalisez cet exercice mais en construisant la matrice et les deux arbres sous Method with Arithmetic mean (appelée à tort UPGMA dans LECOINTRE & LE.



Introducàon à la phylogénie

Pour chaque paràe: choisir 3 exercices de niveau 6 (pas de chronomètre) Paràe2: UPGMA : construcàon (lire le help d'abord sans WPGMA) ...



SVT TB TP 5.1. - Diversité des Animaux / Phylogénie - T. JEAN

Réalisez cet exercice mais en construisant la matrice et les deux arbres sous l'UPGMA et le WPGMA postulent que plus les séquences se ressemblent





Initiation à la bio-informatique Module 2 : Alignement de séquences

Les alignements splicés : Exercices. 23. Exercice 9 partie 2 2- construit un arbre de clustering hiérarchique (UPGMA).



Classification et phylogénie des êtres vivants Plan - Capes SVT

synthèse ou d'une production respectant les règles de cet exercice séquences (UPGMA = Unweighted Pair Group Method using Averages NJ = Neighbor-joining ...



M1 - AAGB / M2 - PHYL

approximé T pour une matrice non-additive D (NP-hard). On présentera dans la suite deux algorithmes euristiques polynomiaux. UPGMA et Neighbor-Joining.



DNA Sequence Evolution Simulation and Phylogeny Building with

You will use a method called UPGMA which stands forUnweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean Procedure: Round 1: The first step is to count the number of differences between each pair of evolved sequences and enter them into the first “Distance Matrix” on the UPGMA Worksheet



Exercise Sheet 1 Computational Phylogenetics Prof D Metzler

Exercise 1: UPGMA can reconstruct each tree that ful?lls the molecular-clock assumption from the distances of its leaves Is this also true for hierarchical cluster methods that de?ne the distance of two taxa groups as the minimal or the maximal pairwise distance instead of the mean distance that UPGMA is using? Give a proof or counterexamples



Exercise 1 - LMU

Exercise 5: (For teams including at least one student with some experience in programming) Implement UPGMA or Neighbor Joining or both (e g in R python C++ or Java) and test your program with example data Exercise 6: Find a tree that explains the following sequence alignment without back-mutations



DendroUPGMA: A dendrogram construction utility

The UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) method (Sneath and Sokal 1973) is a simple agglomerative hierarchical clustering method to produce a dendrogram from a distance matrix The UPGMA method employs a sequential clustering algorithm in which local topological relationships are inferred

Introducàon à la phylogénie !"#$%&'()%"*+*,-*./0,%12"34* !"#$%&'()*"+%,-.*"//0'#( "#$%&'()#*(+!,-,'.$,!/0#+#1-!2!34567*

5#/%5-6783%,%13494"69:$**

Est-ce que cet arbre de la famille BLACK est un arbre phylogŽnŽtique ?

H*D/"$9&0'I($9&9%/"$0'(

1%(7%#'&89(

^$%'.4*5%"%./0,2)F'4*>I(,-&4B*

Groupe monophylŽtique

Groupe dont les membres sont plus apparentŽs entre eux qu'avec aucun autre organisme Groupe incluant un anctre et tous ses descendants ^$%'.4*5%"%./0,2)F'4*>I(,-&4B*

Groupe monophylŽtique

Groupe dont les membres sont plus apparentŽs entre eux qu'avec aucun autre organisme Groupe incluant un anctre et tous ses descendants

Groupe paraphylŽtique

Groupe n'incluant pas tous les descendants de son anctre

Groupe paraphylŽtique

Groupe n'incluant pas tous les descendants de son anctre

Groupe polyphylŽtique

Groupe n'incluant pas son propre anctre

Groupe polyphylŽtique

Groupe n'incluant pas son propre anctre

Branche

X&(7'5(6'(G"2%N5/%0#'YYY(

seule unitŽ.

Taxon : ŽlŽment de taxonomie.

C'est un groupe

**dernier anctre commun *ˆ B et C

Taxons terminaux

d'organismes traitŽ comme une lignŽe des *anctres de A *anctres de A, B et C )%Z"&( DiversitŽ de taxons Temps PrŽsent = observation PassŽ = reconstruction

Age 2 Age 1

."++'&8(/0#'(5&(%#N#'(K( Les arbres sont inchangŽs par rotation autour des branches [5(8#%G%0/(WW( .%#%28U#'( _8%8(65(2%#%28U#':(2'(J5'(/V"&("N,'#G'(( IJ*un Žtat primitif (= ancestral) et un Žtat dŽrivŽ (= avancŽ)

K-$-(#=$4*.$353):*4#*&2$3;2*

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Groupe monophylŽtique

Groupe dont les membres sont plus apparentŽs entre eux qu'avec aucun autre organisme Groupe incluant un anctre et tous ses descendants

Groupe paraphylŽtique

Groupe n'incluant pas tous les descendants de son anctre

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Groupe polyphylŽtique

Groupe n'incluant pas son propre anctre

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Dme_eve

Bmo_eve Sgr_eve Tca_eve Hsa_evx1 Dre_eve1 Cel_vab7

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Bmo_eve Sgr_eve Tca_eve Hsa_evx1 Dre_eve1 Cel_vab7 YRTYNMESHHAHHDASPVDQKP-LVVDLLATQY--------GKPQTPPP-

YDKRGYQNEQAAQEGLKR-ASP-GTVRSEVDSD--------GVDERQ--- HQLVVSSSEDIKPPPAAHLGKPTVVVDVIPPTY-------TSPPVAKT-- YDKMFNQEQNNNVP---------VVLDVIPPHYN--IHHGATPPQSPNQQ VDSLSGQGQPSSSD-TESDFYEEIEVSCTPDCATGNAEYQHSKGSGSEAL ----------------------------MPEDR--------ELPVSTVAH ILKISMQSFDIESLIGVN-KVP-SLVEMVAASR----ASSFSPPFEQQHH

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