[PDF] VETAGRO SUP 13 mars 2014 QUATRIEME PARTIE:

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VETAGRO SUP CAMPUS VETERINAIRE DE LYON

Année 2014 - Thèse n°

VACHE

DIAGNOSTIC ETIOLOGIQUE

THESE -BERNARD - LYON I (Médecine - Pharmacie) et soutenue publiquement le 19 septembre 2014 pour obtenir le grade de Docteur Vétérinaire par

Bricout Jeanne

Née le 16 septembre 1988

à Saint Quentin (02)

VETAGRO SUP CAMPUS VETERINAIRE DE LYON

Année 2014 - Thèse n°

VACHE

DIAGNOSTIC ETIOLOGIQUE

THESE

CLAUDE-BERNARD - LYON I

(Médecine - Pharmacie) et soutenue publiquement le 19 septembre 2014 pour obtenir le grade de Docteur Vétérinaire par

Bricout Jeanne

Née le 16 septembre 1988

à Saint Quentin (02)

3 Liste des enseignants du Campus vétérinaire de Lyon (mise à jour 13/03/14) Civilité Nom Prénom Unités pédagogiques Grade M. ALOGNINOUWA Théodore Pathologie du bétail

Professeur

M. ALVES-DE-OLIVEIRA Laurent Gestion des élevages Maître de conférences Mme ARCANGIOLI Marie-Anne Pathologie du bétail Maître de conférences M. ARTOIS Marc Santé Publique et Vétérinaire Professeur M. BARTHELEMY Anthony Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences Contractuel Mme BECKER Claire Pathologie du bétail Maître de conférences M. BELLI Patrick Pathologie morphologique et clinique des animaux de compagnie

Maître de conférences Contractuel

Mme BENAMOU-SMITH Agnès Equine Maître de conférences M.

BENOIT Etienne Biologie fonctionnelle Professeur

M. BERNY Philippe Biologie fonctionnelle Professeur Mme BERTHELET Marie-Anne Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences Mme BONNET-GARIN Jeanne-Marie Biologie fonctionnelle Professeur Mme BOULOCHER Caroline Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences M. BOURDOISEAU Gilles Santé Publique et Vétérinaire Professeur M. BOURGOIN Gilles Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences M. BRUYERE Pierre Biotechnologies et pathologie de la reproduction

Maître de conférences Stagiaire

M. BUFF Samuel Biotechnologies et pathologie de la reproduction

Maître de conférences

M. BURONFOSSE Thierry Biologie fonctionnelle Maître de conférences M. CACHON Thibaut Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences Stagiaire M. CADORE Jean-Luc Pathologie médicale des animaux de compagnie

Professeur

Mme CALLAIT-CARDINAL Marie-Pierre Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences M. CAROZZO Claude Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences M. CHABANNE Luc Pathologie médicale des animaux de compagnie

Professeur

Mme CHALVET-MONFRAY Karine Biologie fonctionnelle Professeur M. COMMUN Loic Gestion des élevages Maître de conférences Mme DE BOYER DES ROCHES Alice Gestion des élevages Maître de conférences Mme DELIGNETTE-MULLER Marie-Laure Biologie fonctionnelle Professeur M. DEMONT Pierre Santé Publique et Vétérinaire Professeur 4 Mme DESJARDINS PESSON Isabelle Equine Maître de conférences Contractuel Mme DJELOUADJI Zorée Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences Mme ESCRIOU Catherine Pathologie médicale des animaux de compagnie

Maître de conférences

M.

FAU Didier Anatomie Chirurgie (ACSAI) Professeur

Mme FOURNEL Corinne Pathologie morphologique et clinique des animaux de compagnie

Professeur

M.

FRANCK Michel Gestion des élevages Professeur

M. FREYBURGER Ludovic Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences M. FRIKHA Mohamed-Ridha Pathologie du bétail Maître de conférences Mme GILOT-FROMONT Emmanuelle Santé Publique et Vétérinaire Professeur M. GONTHIER Alain Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences Mme GRAIN Françoise Gestion des élevages Professeur M. GRANCHER Denis Gestion des élevages Maître de conférences Mme GREZEL Delphine Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences M.

GUERIN Pierre Biotechnologies et pathologie de la

reproduction

Professeur

Mme HUGONNARD Marine Pathologie médicale des animaux de compagnie

Maître de conférences

M. JUNOT Stéphane Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences M.

KECK Gérard Biologie fonctionnelle Professeur

M. KODJO Angeli Santé Publique et Vétérinaire Professeur Mme LAABERKI Maria-Halima Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences M. LACHERETZ Antoine Santé Publique et Vétérinaire Professeur Mme LAMBERT Véronique Gestion des élevages Maître de conférences Mme LATTARD Virginie Biologie fonctionnelle Maître de conférences Mme LE GRAND Dominique Pathologie du bétail Professeur Mme LEBLOND Agnès Santé Publique et Vétérinaire Professeur M.

LEPAGE Olivier Equine Professeur

Mme LOUZIER Vanessa Biologie fonctionnelle Maître de conférences M. MARCHAL Thierry Pathologie morphologique et clinique des animaux de compagnie

Professeur

5 Mme MIALET Sylvie Santé Publique et Vétérinaire Inspecteur en santé publique vétérinaire (ISPV) Mme MICHAUD Audrey Gestion des élevages Maître de conférences M. MOUNIER Luc Gestion des élevages Maître de conférences M. PEPIN Michel Santé Publique et Vétérinaire Professeur M. PIN Didier Pathologie morphologique et clinique des animaux de compagnie

Maître de conférences

Mme PONCE Frédérique Pathologie médicale des animaux de compagnie

Maître de conférences

Mme PORTIER Karine Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences Mme POUZOT-NEVORET Céline Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences Mme PROUILLAC Caroline Biologie fonctionnelle Maître de conférences Mme

REMY Denise Anatomie Chirurgie (ACSAI) Professeur

M. ROGER Thierry Anatomie Chirurgie (ACSAI) Professeur M. SABATIER Philippe Biologie fonctionnelle Professeur M. SAWAYA Serge Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences Mme SEGARD Emilie Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences Contractuel Mme SERGENTET Delphine Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences Mme SONET Juliette Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences Contractuel M. THIEBAULT Jean-Jacques Biologie fonctionnelle Maître de conférences M. VIGUIER Eric Anatomie Chirurgie (ACSAI) Professeur Mme VIRIEUX-WATRELOT Dorothée Pathologie morphologique et clinique des animaux de compagnie

Maître de conférences Contractuel

M. ZENNER Lionel Santé Publique et Vétérinaire Professeur 6 7 22B43

A MONSIEUR LE PROFESSEUR OLIVIER CLARIS

DE LA FACULTE DE MEDECINE CLAUDE BERNARD DE LYON

YUI NOUS A FAIT L'HONNEUR D'ACCEPTER DE PRESIDER CE JURY.

RESPECTUEUX HOMMAGES.

A MONSIEUR LE PROFESSEUR PIERRE GUERIN

DE VETAGRO SUP CAMPUS VETERINAIRE DE LYON

POUR AVOIR ENCADRE CE TRAVAIL AVEC BEAUCOUP DE DISPONIBILITE. POUR SON SOUTIEN

ET SES NOMBREUX CONSEILS.

AVEC TOUTE MA GRATITUDE ET MON RESPECT LES PLUS SINCERES.

A MONSIEUR LE PROFESSEUR PIERRE BRUYERE

DE VETAGRO SUP CAMPUS VETERINAIRE DE LYON

POUR AVOIR ACCEPTE DE RELIRE ET DE CORRIGER CE TRAVAIL. POUR SA MOTIVATION ET

SES CONSEILS.

MES PLUS SINCERES REMERCIEMENTS.

8

A mes parents,

suis là.

A Louise,

Merci pour ton soutien !

A Charles,

Je suis très heureuse et fière que tu prennes la suite. Tu pourras toujours compter sur ta

A Papy et Mamie,

Merci de m'aǀoir toujours soutenue, dans mes moments de préparation au concours, comme aprğs. Votre aide m'a ĠtĠ prĠcieuse.

A Simone, ma marraine,

Un grand merci pour tes encouragements tout au long de mon parcours, du collège à mes premiers pas de véto ! 9

Table des matières

TABLEAUX............................................................................................................................................. 11

FIGURES ................................................................................................................................................ 14

ABREVIATIONS ..................................................................................................................................... 17

PREMIERE PARTIE: GENERALITES SUR LES AVORTEMENTS BOVINS : DEFINITION, MECANISMES PATHOGENIQUES ET OUTILS DE DETERMINATION DU STADE DE GESTATION DE L'AVORTANTE .... 21

A) DEFINITION ............................................................................................................................ 21

1. DEFINITION LEGALE ............................................................................................................................ 21

2. AVORTEMENTS ISOLES OU REPETES ....................................................................................................... 22

3. L'AVORTEMENT BOVIN EST SOUMIS A UNE DECLARATION OBLIGATOIRE ........................................................ 23

B) MECANISMES DE L'AVORTEMENT BOVIN ........................................................................................ 24

1. LIENS ANATOMIQUES ENTRE LA MERE ET LE FVTUS................................................................................... 24

2. PERIODES A RISQUE LORS DE LA GESTATION ............................................................................................ 24

3. SECRETIONS PLACENTAIRES NECESSAIRES AU MAINTIEN DE LA GESTATION ..................................................... 26

4. NOTION D'ALLOGREFFE FVTALE............................................................................................................ 27

5. MECANISMES A L'ORIGINE DE L'AVORTEMENT ......................................................................................... 27

C) OUTILS DE DETERMINATION DU STADE DE GESTATION DE L'AVORTANTE ................................................. 28

1. BUT DE LA DETERMINATION DE L'AGE DE L'AVORTON ................................................................................ 28

2. EXAMEN DE L'AVORTON ...................................................................................................................... 28

DEUXIEME PARTIE: ETIOLOGIE DES AVORTEMENTS BOVINS : CAUSES NON INFECTIEUSES ET CAUSES

INFECTIEUSES ............................................................................................................................. 33

A) CAUSES NON INFECTIEUSES ........................................................................................................ 33

1. TRAUMATISMES ET BATIMENT .............................................................................................................. 33

2. CAUSES IATROGENES .......................................................................................................................... 33

3. INTOXICATIONS ................................................................................................................................. 37

4. AUTRES CAUSES ABORTIVES NON INFECTIEUSES ....................................................................................... 54

B) CAUSES INFECTIEUSES ............................................................................................................... 57

1. AGENTS BACTERIENS .......................................................................................................................... 57

2. AGENTS VIRAUX ............................................................................................................................... 127

3. LES AVORTEMENTS MYCOSIQUES ........................................................................................................ 168

4. LES PROTOZOAIRES A L'ORIGINE D'AVORTEMENTS BOVINS ....................................................................... 180

TROISIEME PARTIE:DEMARCHE DIAGNOSTIQUE LORS D'AVORTEMENTS BOVINS ....................198

A) CONSIDERATIONS FINANCIERES ET PRATIQUES...................................................................................198

B) SIGNES OBSERVABLES SUR LE FVTUS OU SUR LA MERE .........................................................................198

1. LESIONS FVTALES ............................................................................................................................ 198

2. EXAMEN CLINIQUE DE LA MERE ET DES CONGENERES .............................................................................. 199

C) INFORMATIONS NECESSAIRES PREALABLES A LA DEMANDE D'ANALYSES ................................................200

1. ELEMENTS EPIDEMIOLOGIQUES A PRENDRE EN COMPTE AVANT LA DEMANDE D'ANALYSES DE LABORATOIRE...... 200

2. MILIEU DE L'ELEVAGE ....................................................................................................................... 203

D) ANALYSES DE LABORATOIRE DISPONIBLES .....................................................................................204

1. ECHANTILLONS PRELEVABLES, METHODE DE PRELEVEMENT ET D'ENVOI AU LABORATOIRE .............................. 204

2. MISE EN EVIDENCE DE L'IMPLICATION D'UN AGENT INFECTIEUX ................................................................ 208

3. DIFFERENTES TECHNIQUES DE LABORATOIRE DE MISE EN EVIDENCE DE L'AGENT INFECTIEUX ........................... 219

4. METHODE DE RECHERCHE D'AGENT ABORTIF NON INFECTIEUX DANS L'ALIMENTATION .................................. 223

E) COMPARAISON DE DIFFERENTS PROTOCOLES PROPOSES DANS LE CADRE DES AVORTEMENTS BOVINS ............223

1. PROTOCOLE NATIONAL DE DIAGNOSTIC DIFFERENTIEL DES AVORTEMENTS CHEZ LES BOVINS ........................... 223

10

2. PROTOCOLE PROPOSE PAR UN GDS D'UN DEPARTEMENT PRINCIPALEMENT ALLAITANT : LA SAONE ET LOIRE ..... 229

3. PROTOCOLE PROPOSE PAR UN GDS D'UN DEPARTEMENT PRINCIPALEMENT LAITIER : LA MANCHE................... 234

QUATRIEME PARTIE: PROTOCOLE D'AIDE AU DIAGNOSTIC ETIOLOGIQUE ...................................237

A) INTERETS DE L'UTILISATION D'UN PROTOCOLE SYSTEMATIQUE LORS D'AVORTEMENTS BOVINS ......................237

B) DEMANDE DE RECHERCHE D'AGENTS INFECTIEUX POUVANT ETRE IMPLIQUES DANS LES AVORTEMENTS .........237

C) DEMARCHE A SUIVRE PAR LE VETERINAIRE LORS D'AVORTEMENT EN ELEVAGE BOVIN ...............................245

1. AVORTON DISPONIBLE LORS DE LA VISITE DU VETERINAIRE ....................................................................... 245

2. AVORTON NON DISPONIBLE ............................................................................................................... 247

3. AVORTON NON DISPONIBLE ET PLACENTA NON DISPONIBLE ...................................................................... 247

11

4A 3 D342A4CB3

TABLEAUX

Tableau n°1 : Seuils retenus pour différencier les avortements répétés des avortements

isolés selon la taille du troupeau

Tableau n°3 : Tableau rĠcapitulatif de la dĠmarche et des rĠsultats de l'Ġtude de Stegelmeier

et Col.(1995)

Tableau n°4 : Tableau présentant les aliments susceptibles de contenir les principales

mycotoxines touchant les bovins Tableau n°5 : Caractéristiques de Coxiella burnetii selon son variant antigénique

Tableau n°6 : DĠtermination du type d'infection à Coxiella burnetii selon les valeurs des titres

en IgG anti-phase I ou II, et selon la prĠsence d'IgM

Tableau n°7 : Tableau résumant les caractéristiques des souches cytopathogènes et non

cytopathogènes Tableau n°8 : Aide au diagnostic de BVD selon les résultats de sérologie et de virologie

Tableau n°9: InterprĠtation des rĠsultats d'analyses indiǀiduelles sur une premiğre prise de

sang

Tableau n°10: InterprĠtation des rĠsultats d'analyses indiǀiduelles lors de la 2ème prise de

sang Tableau n°12 : Recommandations en termes de types de prélèvements et délais d'acheminement selon le type d'analyse demandĠ

Tableau n°13 : Tableau résumant les liens entre sensibilité (Se), spécificité (Sp), valeur

prédictive positive (VPP) et valeur prédictive négative (VPN)

Tableau n°14 : Tableau résumant les deux types de vaccins: délété / non délété jouant un

rôle dans le diagnostic de l'IBR impliqués dans les avortements bovins 12 impliqués dans les avortements bovins Tableau n°17 : Différentes techniques permettant la mise en évidence des deux principaux protozoaires impliqués dans les avortements bovins impliqués dans les avortements bovins Tableau n°19 : Recommandations en termes de prĠlğǀements, de demande d'analyses de Tableau n°20 : Recommandations en termes de prĠlğǀements, de demande d'analyses de laboratoire et d'interprĠtation des rĠsultats concernant la nĠosporose Tableau n°21 : Recommandations en termes de prĠlğǀements, de demande d'analyses de Tableau n°22 : Recommandations en termes de prélèǀements, de demande d'analyses de Tableau n°23 : Recommandations en termes de prĠlğǀements, de demande d'analyses de Tableau n°24 : Recommandations en termes de prĠlğǀements, de demande d'analyses de Tableau n°25 : Recommandations en termes de prĠlğǀements, de demande d'analyses de laboratoire et d'interprĠtation des rĠsultats concernant la chlamydophilose Tableau n°26 : Recommandations en termes de prĠlğǀements, de demande d'analyses de Tableau n°27 : Recommandations en termes de prĠlğǀements, de demande d'analyses de Tableau n°28 : Recommandations en termes de prĠlğǀements, de demande d'analyses de Tableau n°29 : Types d'analyses conseillĠes par le GDS 71 concernant la brucellose et lors de intention lors de l'utilisation du pack aǀortements

Tableau n°32 : Types d'analyses proposĠes sur les congĠnğres de la vache ayant avorté en

deudžiğme intention lors de l'utilisation du pack aǀortements 13 Tableau n°33 : Tableau regroupant les prélèvements et analyses recommandés dans le cadre du protocole avortement bovin proposé par le GDS 50

Tableau n°35 : Prélèvements (les prélèvements préférentiels sont en italique), analyses de

laboratoire, critğres d'imputabilitĠ et niǀeaudž de diagnostic concernant les agents abortifs

recherchĠs en premiğre intention lors d'aǀortements boǀins en sĠrie Tableau n°36 : Prélèvements et analyses de laboratoire des agents abortifs recherchés en deudžiğme intention lors d'aǀortements boǀins en sĠrie

Tableau n°37 : RĠsultats d'analyses et niǀeaudž de diagnostic concernant les agents abortifs ă

rechercher en deuxième intention

Tableau n°38 : PrĠlğǀements, analyses de laboratoire et critğres d'imputabilitĠ des agents

abortifs recherchés en troisième intention 14

FIGURES

Figure n°1 : Déroulement de la gestation : définition des notions de mortalité embryonnaire,

avortement et mise-bas prématurée selon le stade de gestation

Figure n°2 : Schéma de placentome

Richardson

Figure n°6 : RĠtrocontrole nĠgatif edžercĠ par le cortisol sur l'adže hypothalamo-hypophysaire

Figure n°7 : Cartes de répartition de la brucellose bovine en 1992 et 2000 en France

métropolitaine brucellose lorsque la réalisation de 2 PCR quantitatives est possible

Figure n°12 : Grille d'interprĠtation des rĠsultats de PCR sur lait de tank et sĠroprĠǀalence

bovin

Figure n°13 : Pathogénie de la salmonellose

Figure n°14 : Pathogénie des Chlamydophila

Figure n°15 : Pathogénie de la listériose Figure n°16 : Pathogénie de Campylobacter fetus subsp veneralis Figure n°17 : Distribution mondiale de la campylobactériose bovine

Figure n°18 : Carte de répartition des cas bovins, humains, équins et de faune sauvage entre

1991 et 2006 en France

Figure n°19 : Suite des ĠǀĠnements menant ă la naissance d'un ǀeau IPI

Figure n°20 : EǀĠnements possibles suite ă l'infection par le ǀirus de la BVD selon le stade de

gestation 15

Figure n°22 : Répartitions des exploitations qualifiĠes indemnes d'IBR en France (Corse

exclue) au 31 mai 2009

Figure n°23: RĠpartition des Ġleǀages infectĠs par le ǀirus de l'IBR en France (Corse edžclue)

au 31 mai 2009

Figure n°26 : Carte de la situation FCO en Europe en 2008, répartition des différentes

sérotypes

Figure n°27 : Obserǀation d'Aspergillus fumigatus au microscope optique après mise en

culture Figure n°28 : Observation de Mucor sp. au microscope optique après mise en culture Figure n°29: Observation de Rhizopus sp. au microscope optique après mise en culture Figure n°30 : Observation de Candida albicans au microscope optique après mise en culture mycosique Figure n°34 : Représentation schématique du cycle de Neospora caninum

Neospora caninum

Figure n°39 : Répartition des principales causes d'aǀortements par stade de gestation Figure n°40 : Exemple de boite de prélèvement

Figure n°41 : Schéma du triple emballage

Figure n°42: Principe de rĠalisation de l'ELISA en sandwich Figure n°43 : Schématisation du principe de la méthode PCR Figure n°44 : Principe de la PCR en temps réel Figure n°45 : Principe de réalisation de la méthode ELISA indirecte

Figure n°46 : Mise en contact du sĠrum ă tester et des antigğnes lors de l'Ġpreuǀe ă

16

Figure n°47 : Principe de la rĠaction d'agglutination lors de l'Ġpreuǀe ă l'antigğne tamponnĠ

(EAT) pour le diagnostic de la brucellose Figure n°48 : Principe de réalisation du test de fixation du complément Figure n°49 : Protocole de demande d'analyses proposĠ par le GDS 71 lors d'aǀortement bovin

Figure n°50 : Conduite ă tenir en premiğre intention lors d'aǀortements en sĠrie en Ġleǀage

bovin 17

ABREVIATIONS

ACERSA : association pour la certification de la santé animale en élevage

ACTH : adrénocorticotrophine

ADN : acide desoxyribonucléique

ANSES : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'enǀironnement et du travail APMS : arrêté préfectoral de mise sous surveillance APPDI ͗ arrġtĠ prĠfectoral portant dĠclaration d'infection

ARN : acide ribonucléique

BHV : bovine herpesvirus

BTV : bluetongue virus

BVD : bovine diarrhea virus

CBG : corticosteroid-binding globulin

CFU : colony-forming unit

CP : cytopathogène

CRH : corticotropin-releasing hormone

Ct : cycle threshold

DICC50 : dose infectante pour 50% des cultures cellulaires EAT ͗ Ġpreuǀe ă l'antigğne tamponné

ECA : épreuve cutanée allergique

ELISA : enzyme-linked immunosorbent assay

FC : fixation du complément

FCO : fièvre catarrhale ovine

g : gramme

GDS : groupement de défense sanitaire

18

GnRH : Gonadotropin-releasing hormone

Gp : glycoprotéine

IFN࠺ : interféron gamma

IBR : rhinotrachéite infectieuse bovine

IFU : inclusionforming units

IgG, IgA et IgM : immunoglobulines G, A et M

IPI : infecté permanent immunotolérant

LH : hormone lutéinisante

LPS : lipopolysaccharide

MAT : micro-agglutination

MD : maladie des muqueuses

MDBK : Madin Darby Bovine Kidney

ml : millilitre

Mm : millimètre

NCP : non cytopathogène

NL : noeud lymphatique

Nm : nanomètre

PCR : polymerase chain reaction

PGF2 ɲ : prostaglandine F2 ɲ

pH : potentiel hydrogène

PSP-B : pregnancy specific protein B

RESSAB ͗ RĠseau d'EpidĠmio-Surveillance de la Salmonellose Bovine

RK-13 : Rabbit Kidney 13

RT-PCR : Polymerase chain reaction, rétrotranscriptase

UMT : unité mixte technologique

µm : micromètre

19

B42CD4CB

succombant dans les 48 heures après la naissance (décret du 24 décembre 1965). Les

avortements sont soumis à déclaration obligatoire principalement dans le but de maintenir la surveillance vis-à-vis de la brucellose bovine. Mais il semblerait que seulement un tiers des

avortements soit déclaré (1). Les raisons de cette sous-déclaration sont multiples :

nécropsiques évocateurs rendent le diagnostic étiologique très difficile. Le rôle du

répétés. Le défi est de réaliser les prélèvements adéquats et de cibler les agents à rechercher

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