[PDF] Notes de cours Algorithmique Avancée: Master 1 Bioinformatique





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?????O,Ω,Θ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ??????? ?r0←r0+ri ≥0?? m????? ??? ?? ?????? ??n!?

Σj=n

j=1aj

X?...?X

????? ?? ?????? ???? ?????? ???? ??????n?????log2(n+1)?? ?? ??? ???n? ?????O,Ω,Θ Ω(f) ={g:N→N|?c >0,?n0?N???? ??? ??n≥n0,g(n)≥cf(n)} ?? ????Θ(f) =O(f)∩Ω(f)?? 2 ⎷2πn(ne )n< n!<⎷2πn(ne )ne14n |?log2(n!)? -nlog2(n) +nlog2(e)-12 ?? ????log2(n!)?Θ(nlogn)??? ?????a=f-1? ??????log2(f)?? 2 f L ?????? ?? ?? ?????? ?? ??????x?? L f=La+ 2a?? ??log(i)??? i=ni=1ai=n.an-Σi=n-1 i=1i(ai+1-ai)??

T(B1) =?i=n

i=1T(A(i)) ???? ?T(B2) =T(Condition) +T(A) ???? ?T(B2) =T(Condition) +T(B)

T(B2)?O(T(Condition) +Max{T(A),T(B)})?

T(B2)?Ω(T(Condition) +Min{T(A),T(B)})?

I←1

T(B3) =?i=k

?n,T(B3)(n)?[0,?i=n i=1T(A(i)) +n.T(Condition)]?? ?????? ?

T(B3)?O(?i=n

i=1T(A(i))] +n.T(Condition))??

T(B3)?Ω(1)

?T(taille-critique) =c ?? ???? ??? ?????? ?? ????? ??? ?|A|> Taille-critique,

T(|A|) =g(|A|) +f(|A|) +?i=k

i=1T(|Ai|) ?T(taille-critique) =c

T(|A|) =g(|A|) +f(|A|) +max{T(|A1|),...T(|Ak|)}

?T(1) =c, n≥2,T(n) =aT(n/b) +cn a < b=?T(n)?Θ(n) a=b=?T(n)?Θ(nlog(n)) a > b=?T(n)?Θ(nlogb(a)) ?T(1) =c n≥2,T(n) =aT(n/b) +c a < b??a= 1 =?T(n)?Θ(log(n)) ??a >1 =?T(n)?Θ(nlogb(a)) a=b=?T(n)?Θ(n) a > b=?T(n)?Θ(nlogb(a)) ?T(1) =c n≥2,T(n) =aT(n/b) +f(n) ??f(n)?O(nlogb(a)-?)????? >0 =?T(n)?Θ(nlogb(a)) ??f(n)?Θ(nlogb(a)) =?T(n)?Θ(nlogb(a)log(n)) = Θ(f(n)log(n)) =?T(n)?Θ(f(n)) ?T(1) =a n≥2,T(n) =bT(n-1) +a b= 1 =?T(n) =an?Θ(n) b≥1 =?T(n)?Θ(bn-1) ?T(1) =a n≥2,T(n) =bT(n-1) +an b= 1 =?T(n)?Θ(n2) b≥1 =?T(n)?Θ(bn-1) ?T(1) =a n≥2,T(n) =T(n/5) +T(3n/10) +an ?T(1) =a n≥2,T(n) =?i=k i=1aiT(nb i) +an i=1a ib i<1?????T(n)?O(n)? (b1,b2,...bk) ??? ?? ??????A=pa11pa22...pakk??B=pb11pb22...pbkk? ??????? ??A??B? M=a1 ??? ??????? ??O? ??? ?? ???? ???? ???? ????? ?? ?????? ???? ??????? ?? ????? ????i,j,k? ? ??n? ? ??n? ????2n??????? ???? ???y?=NIL??x=fd(y)?????x←y y←NIL x←racine(A) ???? ???x?=NIL?????y←x ??cle(z)< cle(x)?????x←fg(x) ?????x←fd(x)pere(z)←y ??y=NIL?????racine(A) =z ???????cle(z)< cle(y)?????fg(y)←z ??fg(z) =NIL??fd(z) =NIL?????y←z ?????x←fd(y)??x?=NIL?????pere(x)←pere(y)??pere(y) =NIL?????racine(A)←x hauteur(A)?O(|A|)? hauteur(A)?O(log2(|A|))?

F?E∩Y2?

?? ??????x??? ??? ?d(x) = 1? P= ({x0,x1,...,xk},{x0x1,x1x2,...xk-1xk})?????k+ 1??????? ??k x k? ??[xk,xk-1,...,x0]? ?? ?????? ?????? ? ?? ?????? ?? ???? ????? ??? ??? C= ({x1,...,xk},{x1x2,x2x3,...xk-1xk,xkx1})?????k??????? ??k x ???[x0,x1,...,xk]? ???? ????? ?????? ?????? ??? ?? ??????? ?? ??????? ??? ??M??? ?? ???? ?? ?????? ?? ????? ?????? ????G? ?????? ??x?y? ?? ?????? ?? ??? ???? ??? ?????? ?? ???????0? ?????G??????? ?? ????? ??? ??? ??? ??????? ????xy?E??G??? ?? ??????? ??G??? ??????? ??????? ??? ?? ?????? ??? ?????? ?? ?????? ????? ???? ??G??? ???? ????? ??????? ??? ?? ?????? ??? ?????? ?? ?????? ????? ?? ??G??? ??????? ???? ????? ??G??? ??????? ????n-1?????? ??G??? ???? ????? ????n-1?????? ????? ??? ??????G???? ?????? ????? ?? ????? ??? ?????? ??????? ??? ??x2? ??z? {x3,...,xk}? ????? ??????? ??????? ?? ????? ?? ??? ??? ?????? ???? ????? ???G??? ???? ?????? ?? ?????G?? ?? ?????? ?? ??? ????? ?? ????? ??????? ?? ???? ????? ?? ?? ? ????n-1 = 0?????? |Ei|=|Xi| -1? ???? ???? ?????? ? ????? ?????G= (X,E)?? ?????? ??????? ??T= (X,F)?? ????? ????? ?????G= (X,E)?? ?????? ??????? ??T= (X,F)?? ????? ?????f????? ??? ?? ?????? ??G?? ?? ?????? ??? ?????e?E-F????? ??? T ??????? ?? ??????? ??{0,1}m? ?? ??? ?????? ?? ??????? ??? ?θ(A) = Σx?Aθ(x)

θ(A) +θ(B) =θ(AΔB)

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F← ∅

???? ???|F|< n-1??L?=∅?????e←Premier(L) ??? ????? ????F? ?? ?? ?????? ?? ???? ?? ????? ????? ??? ???? ??????? ??

F← ∅

A← {x0}

F←F? {e}

F← ∅

F←F? {ex}

F←E

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F← ∅

???? ???L?=∅?????e←Premier(L) ??ω(e)< ω(f)? ?? ? ??? ??? ????? ?? ????? ??????? ?? ?????

V={(x,y)?U?x,y?Y}?

V?U∩Y2?

P= ({x0,x1,...,xk},{(x0,x1),(x1,x2),...(xk-1,xk)})?????k+ 1???? x 0?xk? C= ({x1,...,xk},{(x1,x2),(x2,x3),...(xk-1,xk),(xk,x1)})?????k???? ???? ??k????? ????Ck? ?? ??????? ??????? ?? ??????? ???? ????? ??? ??? [x0,x1,...,xk]? M ???? ????? ?????? ?????? ??? ?? ??????? ?? ??????? ??? ??M??? ?? ???? ????x?X?x?=r? ?? ?????? ?? ?????? ??r?x?? ??G??? ??????? ???? ????? ?? ????? ??? ?????? ??G??????? ??? ?????? ?? ?n-1???? ??G??????? ??? ??????r???x?X? ?? ?????? ?? ?????? ?????? ??r?x ??G??? ??????? ?? ?? ?????? ?? ??????r?X? ????d-(r) = 0???x?X? x?=r?d-(x) = 1 ??G??? ???? ????? ?? ?? ?????? ?? ??????r?X? ????d-(r) = 0?? ?x?X?x?=r?d-(x) = 1 ???????(2)→(3)? (4)→(5)?

OUV ERTS← {x0}

FERMES← ∅

Parent(x0)←NIL

?y?=x0, Parent(y)←y ???? ???OUV ERTS?=∅?????z←Choix(OUV ERTS)

Ajout(z,FERMES)

Retrait(z,OUV ERTS)??

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Ajout(y,OUV ERTS)

??x?OUV ERTS? ?? ?????? ?? ?????? ??x0?x? G?

DFS(G) :

??????v?X??Ferme(x)←Faux??????v?X????Ferme(x) =Faux?????Explorer(G,x)Explorer(G,x) :

Ferme(x)←V rai?

pre(x) : pre(x)←comptpre? comptpre←comptpre+ 1? post(x) : post(x)←comptpost? comptpost←comptpost+ 1? G? ????? ??x?? ???? ????? ???? ?postd(x)< postd(y)? ????? ??x? ?? ????postd(x)< postd(y)? ??? ??????? ??G

OUV ERTS← {S}?

FERMES← ∅?

compteur←1? ???? ???OUV ERTS?=∅?????z←Choix(OUV ERTS) numero(z)←compteur? compteur←compteur+ 1?

Ajout(z,FERMES)

Retrait(z,OUV ERTS)

-(y)←d-(y)-1?

Ferme(x)←V rai;

pre(x)? racine(x)←pre(x)? ??????xy?U????Ferme(y) =Faux?????Explorer(G,y)? ???????postd ???? ?? ??????G= (X,U)??????? ???? ??? ???? ???? ?????? ? ?? ????? ????? ???? ???????a??b? ??????? ??? ???? ?????? ?????? ?????? ??a???????b????G? ? ?? ????? ????? ?? ??????a??????? ???? ??????x?X??? ???? ?????? ?????? ?????? ??a???????x????G? ? ?? ???? ????x,y?G? ??????? ??? ???? ?????? ?????? ?????? ??x ???????y? ??????? ?valuation(ij) =cout(ij) +taxe-subvention ????? ????? ???? ???????a??b? ??????? ?? ???? ????? ?????? ?????? ?? a???????b????G?quotesdbs_dbs45.pdfusesText_45
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