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Introduction à la programmation Python pour la biologie

https://python.sdv.univ-paris-diderot.fr/Patrick FuchsetPierre Poulainprénom [point] nom [arobase] u-paris [point] fr

version du 1 eraoût 2023

Université Paris Cité, France

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Table des matières

Avant-propos7

Quelques mots sur l"origine de ce cours

Remerciements

Le livre

1 Introduction9

1.1 C"est quoi Python?

1.2 Conseils pour installer et configurer Python

1.3 Notations utilisées

1.4 Introduction aushell. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10

1.5 Premier contact avec Python

1.6 Premier programme

1.7 Commentaires

1.8 Notion de bloc d"instructions et d"indentation

1.9 Autres ressources

2 Variables14

2.1 Définition

2.2 Les types de variables

2.3 Nommage

2.4 Écriture scientifique

2.5 Opérations

2.6 La fonctiontype(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .17

2.7 Conversion de types

2.8 Note sur la division de deux nombres entiers

2.9 Note sur le vocabulaire et la syntaxe

2.10 Minimum et maximum

2.11 Exercices

3 Affichage20

3.1 La fonctionprint(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20

3.2 Écriture formatée

3.3 Écriture scientifique

3.4 Ancienne méthode de formatage des chaînes de caractères

3.5 Note sur le vocabulaire et la syntaxe

3.6 Exercices

4 Listes28

4.1 Définition

4.2 Utilisation

4.3 Opération sur les listes

4.4 Indiçage négatif

4.5 Tranches

4.6 Fonctionlen(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .30

Table des matièresTable des matières4.7 Les fonctionsrange()etlist(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .30

4.8 Listes de listes

4.9 Minimum, maximum et somme d"une liste

4.10 Exercices

5 Boucles et comparaisons33

5.1 Bouclesfor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .33

5.2 Comparaisons

5.3 Boucleswhile. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .37

5.4 Exercices

6 Tests42

6.1 Définition

6.2 Tests à plusieurs cas

6.3 Importance de l"indentation

6.4 Tests multiples

6.5 Instructionsbreaketcontinue. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44

6.6 Tests de valeur sur desfloats. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45

6.7 Exercices

7 Fichiers50

7.1 Lecture dans un fichier

7.2 Écriture dans un fichier

7.3 Ouvrir deux fichiers avec l"instructionwith. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .53

7.4 Note sur les retours à la ligne sous Unix et sous Windows

7.5 Importance des conversions de types avec les fichiers

7.6 Du respect des formats de données et de fichiers

7.7 Exercices

8 Modules57

8.1 Définition

8.2 Importation de modules

8.3 Obtenir de l"aide sur les modules importés

8.4 Quelques modules courants

8.5 Modulerandom: génération de nombres aléatoires. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60

8.6 Modulesys: passage d"arguments. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

8.7 Moduleos: interaction avec le système d"exploitation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63

8.8 Exercices

9 Fonctions66

9.1 Principe et généralités

9.2 Définition

9.3 Passage d"arguments

9.4 Renvoi de résultats

9.5 Arguments positionnels et arguments par mot-clé

9.6 Variables locales et variables globales

9.7 Principe DRY

9.8 Exercices

10 Plus sur les chaînes de caractères78

10.1 Préambule

10.2 Chaînes de caractères et listes

10.3 Caractères spéciaux

10.4 Préfixe de chaîne de caractères

10.5 Méthodes associées aux chaînes de caractères

10.6 Extraction de valeurs numériques d"une chaîne de caractères

82
Cours de Python / Université Paris Cité / UFR Sciences du Vivant3

Table des matièresTable des matières10.7 Conversion d"une liste de chaînes de caractères en une chaîne de caractères. . . . . . . . . . . . . . . . . . 82

10.8 Exercices

11 Plus sur les listes88

11.1 Méthodes associées aux listes

11.2 Construction d"une liste par itération

11.3 Test d"appartenance

11.4 Copie de listes

11.5 Liste de compréhension

11.6 Exercices

12 Plus sur les fonctions96

12.1 Appel d"une fonction dans une fonction

12.2 Fonctions récursives

12.3 Portée des variables

12.4 Portée des listes

12.5 Règle LGI

10 0

12.6 Recommandations

101

12.7 Exercices

10 2

13 Containers, dictionnaires, tuples etsets104

13.1 Containers

10 4

13.2 Dictionnaires

107

13.3 Tuples

111

13.4Setsetfrozensets. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .116

13.5 Récapitulation des propriétés des containers

119

13.6 Dictionnaires etsetsde compréhension. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119

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