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Rpourlesdebutants

EmmanuelParadis

InstitutdesSciencesdel'Evolution

UniversiteMontpellierII

F-34095Montpelliercedex05

France

E-mail:paradis@isem.univ-montp2.fr

ductionenespagnol. c quelanoticec quellelangue,aconditionquelanoticec ci-dessussoitincluse.

Tabledesmatieres

1Preambule1

2Quelquesconceptsavantdedemarrer3

3LesdonneesavecR10

4LesgraphiquesavecR38

5LesanalysesstatistiquesavecR59

6ProgrammeravecRenpratique69

7LitteraturesurR76

1Preambule

sousformedetableaux. etRobertGentleman 2.Ily

Gentleman(1996)ouauR-FAQ

3dontunecopieestegalementdistribueeavec

R. cence

5ousetrouvent

duCRANsibesoin. 2voir 3

4pourplusd'infos:http://www.gnu.org/

5http://cran.r-project.org/

6,laplupartdeces

exi-

Onverrad'autresexemplesillustrantla

exibilited'unsystemecommeR vis-a-visdeslogicielsclassiques.

6parexemple:http://stat.cmu.edu/S/

2Quelquesconceptsavantde

demarrer quenousallonsvoirmaintenant.

2.1CommentRtravaille

m^emesdesobjets). plusloin(p. 3 arguments! options!fonction argumentspardefaut =)resultat tionetlaconstructiondesfonctions(p.

72).Lapresentedescriptionestpour

1). unserveurdistantviainternet. fonctionsetoperateurs objets ?6)XXXXXXXz objets.../library/base/ /stast/ /graphics/ ...bibliotheque defonctions chiersde donnees internet

PSJPEG...clavier

souris -commandes ecran

MemoireviveDisquedur

surledisquedanslerepertoireR

HOME/library(RHOMEdesignantle

4 (parexemple,pourbase,ceseralechierR

HOME/library/base/R/base).Ce

chiercontientlesfonctionsdupackage. >n [1]10 fonctionoud'uneboucle). `espacessoulignes'(

2.2Creer,listereteacerlesobjetsenmemoire

orientedansunsensoudansl'autre: >n<-15 >n [1]15 >5->n >n [1]5 >x<-1 >X<-10 >x [1]1 >X [1]10 >n<-10+2 >n 5 [1]12 >n<-3+rnorm(1) >n [1]2.208807 zeroetvarianceunite(p. passtockeenmemoire: >(10+2)*5 [1]60 lacomprehension. >name<-"Carmen";n1<-10;n2<-100;m<-0.5 >ls() [1]"m""n1""n2""name" s'abregeravecpat): >ls(pat="m") [1]"m""name" question: >ls(pat="^m") [1]"m" >ls.str() m:num0.5 n1:num10 n2:num100 name:chr"Carmen" touslesdetailsavecl'optionmax.level=-1: 6 >M<-data.frame(n1,n2,m) >ls.str(pat="M")

M:`data.frame':1obs.of3variables:

$n1:num10 $n2:num100 $m:num0.5 >ls.str(pat="M",max.level=-1)

M:`data.frame':1obs.of3variables:

="^m")).

2.3L'aideenligne

>?lm

Error:syntaxerror

>help("*")

Arithmeticpackage:baseRDocumentation

ArithmeticOperators

informationbienprecise.

Description:brevedescription.

operateurdonnel'usagetypique.

Details:descriptiondetaillee.

7 l'aideaveclafonctionexample. >help("bs") youcouldtry'help.search("bs")' >help("bs",try.all.packages=TRUE) canbefoundinthefollowingpackages:

PackageLibrary

splines/usr/lib/R/library enutilisantl'optionpackage: >help("bs",package="splines") bspackage:splinesRDocumentation

B-SplineBasisforPolynomialSplines

Description:

exemple)entapant: >help.start() 8 =TRUE)). sontcherches: >apropos(help) [1]"help"".helpForCall""help.search" [4]"help.start" 9

3LesdonneesavecR

3.1Lesobjects

numerique,caractere,complexe

7,etlogique(FALSEouTRUE).D'autresmodes

etlength: >x<-1 >mode(x) [1]"numeric" >length(x) [1]1 >A<-"Gomphotherium";compar<-TRUE;z<-1i >mode(A);mode(compar);mode(z) [1]"character" [1]"logical" [1]"complex" notationexponentielle: >N<-2.1e23 >N [1]2.1e+23 10 avecNaN(notanumber). >x<-5/0 >x [1]Inf >exp(x) [1]Inf >exp(-x) [1]0 >x-x [1]NaN pourecriresurledisque(p.

16,l'optionqmethoddecettefonction).

>x [1]"Doublequotes\"delimitateR'sstrings." >cat(x)

Doublequotes"delimitateR'sstrings.

l'^etre!): >x 11 objetmodesplusieursmodes possiblesdans lem^emeobjet? facteurnumeriqueoucaractereNon donnees fonction,expression,... parcontresalongueurserade4.

3.2Liredesdonneesdansunchier

8 12 aunchiernommedata.dat,lacommande: >mydata<-read.table("data.dat") mydata[,1],mydata[,2],...

9Ilyaplusieursoptionsdontvoicilesvaleurs

teur)etlesdetailsdansletableauquisuit: colClasses=NA,nrows=-1, strip.white=FALSE,blank.lines.skip=TRUE, comment.char="#") aunchierdetypeURL(http://...) nomsdesvariablessurla1ereligne unetabulation declecaractereutilisepourlesdecimales (pardefaut:1,2,3,...)

V3,...)

encaractere ignorees)

20)desdetailssurlamani-

pulationdesobjets. 13 donnees des\blancs"sontajoutes apreslesvariablesdemodecaractere cetoption,utilisercomment.char="") dierentes: fill=TRUE,...) fill=TRUE,...) fill=TRUE,...) fill=TRUE,...)

Lafonctionscanestplus

exiblequeread.table.Unedierenceestqu'il

Lesoptionssontlessuivantes.

quote=if(sep=="\n")""else"'\"",dec=".", skip=0,nlines=0,na.strings="NA", allowEscapes=TRUE) 14 mineeparuneligneblanche) sepleseparateurdechampdanslechier declecaractereutilisepourlesdecimales donnees nlineslenombredelignesalire dedonnees) des\blancs"sontajoutes apreslesvariablesdemodecharacter suruneseulelignedanslechier(FALSE) commentairesnesontpaspermis) (ledefaut)oulaissestels-quels unformatalargeurxee(xedwidthformat): as.is=FALSE,skip=0,row.names,col.names, n=-1,buffersize=2000,...) aveclacommandesuivante:

A1.501.2

A1.551.3

B1.601.4

B1.651.5

C1.701.6

C1.751.7

>mydata

V1V2V3

1A1.501.2

2A1.551.3

3B1.601.4

4B1.651.5

5C1.701.6

6C1.751.7

3.3Enregistrerlesdonnees

matrice,...).Lesargumentsetoptionssont: eol="\n",na="NA",dec=".",row.names=TRUE, xlenomdel'objetaecrire lechier sepleseparateurdechampdanslechier charriot) declecaractereutilisepourlesdecimales danslechier col.namesidempourlesnomsdescolonnes 16 file=".RData").

3.4Genererdesdonnees

3.4.1Sequencesregulieres

^etregenereepar: >x<-1:30 >1:10-1 [1]0123456789 >1:(10-1) [1]123456789 suivante: >seq(1,5,0.5) [1]1.01.52.02.53.03.54.04.55.0 utiliser: >seq(length=9,from=1,to=5) [1]1.01.52.02.53.03.54.04.55.0 c: >c(1,1.5,2,2.5,3,3.5,4,4.5,5) [1]1.01.52.02.53.03.54.04.55.0 >z<-scan()

1:1.01.52.02.53.03.54.04.55.0

10:

Read9items

>z [1]1.01.52.02.53.03.54.04.55.0 17 >rep(1,30) [1]111111111111111111111111111111 fonction: >sequence(4:5) [1]123412345 >sequence(c(10,5)) [1]1234567891012345 dufacteur.Exemples: >gl(3,5) [1]111112222233333

Levels:123

>gl(3,5,length=30) [1]111112222233333111112222233333

Levels:123

>gl(2,6,label=c("Male","Female")) [1]MaleMaleMaleMaleMaleMale [7]FemaleFemaleFemaleFemaleFemaleFemale

Levels:MaleFemale

>gl(2,10) [1]11111111112222222222

Levels:12

>gl(2,1,length=20) [1]12121212121212121212

Levels:12

>gl(2,2,length=20) [1]11221122112211221122

Levels:12

hwsex

160100Male

280100Male

360300Male

480300Male

560100Female

680100Female

760300Female

880300Female

3.4.2Sequencesaleatoires

c'estqueleparametredoit^etrespecie). loifonction

Gauss(normale)rnorm(n,mean=0,sd=1)

exponentiellerexp(n,rate=1) gammargamma(n,shape,scale=1)

Poissonrpois(n,lambda)

Weibullrweibull(n,shape,scale=1)

Cauchyrcauchy(n,location=0,scale=1)

betarbeta(n,shape1,shape2) `Student'(t)rt(n,df)

Fisher{Snedecor(F)rf(n,df1,df2)

Pearson(2)rchisq(n,df)

binomialerbinom(n,size,prob) multinomialermultinom(n,size,prob) geometriquergeom(n,prob) hypergeometriquerhyper(nn,m,n,k) logistiquerlogis(n,location=0,scale=1) lognormalerlnorm(n,meanlog=0,sdlog=1) binomialenegativernbinom(n,size,prob) uniformerunif(n,min=0,max=1) 19 sont: >qnorm(0.025) [1]-1.959964 >qnorm(0.975) [1]1.959964 >1-pchisq(3.84,1) [1]0.05004352

3.5Manipulerlesobjets

3.5.1Creationd'objets

onleverraplusloin(p. 28).
20 d'exemples: >factor(1:3) [1]123

Levels:123

>factor(1:3,levels=1:5) [1]123

Levels:12345

>factor(1:3,labels=c("A","B","C")) [1]ABC

Levels:ABC

>factor(1:5,exclude=4) [1]123NA5

Levels:1235

>ff<-factor(c(2,4),levels=2:5) >ff [1]24

Levels:2345

>levels(ff) [1]"2""3""4""5" peut^etrecreeeaveclafonctionmatrix: dimnames=NULL) >matrix(data=5,nr=2,nc=2) [,1][,2] [1,]55 [2,]55 >matrix(1:6,2,3) [,1][,2][,3] 21
[1,]135 [2,]246 >matrix(1:6,2,3,byrow=TRUE)quotesdbs_dbs47.pdfusesText_47

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Tabledesmatieres

1Preambule1

2Quelquesconceptsavantdedemarrer3

3LesdonneesavecR10

4LesgraphiquesavecR38

5LesanalysesstatistiquesavecR59

6ProgrammeravecRenpratique69

7LitteraturesurR76

1Preambule

Gentleman(1996)ouauR-FAQ

3dontunecopieestegalementdistribueeavec

5ousetrouvent

4pourplusd'infos:http://www.gnu.org/

5http://cran.r-project.org/

6,laplupartdeces

Onverrad'autresexemplesillustrantla

6parexemple:http://stat.cmu.edu/S/

2Quelquesconceptsavantde

2.1CommentRtravaille

72).Lapresentedescriptionestpour

PSJPEG...clavier

MemoireviveDisquedur

HOME/library(RHOMEdesignantle

HOME/library/base/R/base).Ce

2.2Creer,listereteacerlesobjetsenmemoire

M:`data.frame':1obs.of3variables:

M:`data.frame':1obs.of3variables:

2.3L'aideenligne

Error:syntaxerror

Arithmeticpackage:baseRDocumentation

ArithmeticOperators

Description:brevedescription.

Details:descriptiondetaillee.

PackageLibrary

B-SplineBasisforPolynomialSplines

Description:

3LesdonneesavecR

3.1Lesobjects

7,etlogique(FALSEouTRUE).D'autresmodes

16,l'optionqmethoddecettefonction).

Doublequotes"delimitateR'sstrings.

3.2Liredesdonneesdansunchier

9Ilyaplusieursoptionsdontvoicilesvaleurs

V3,...)

20)desdetailssurlamani-

Lafonctionscanestplus

Lesoptionssontlessuivantes.

A1.501.2

A1.551.3

B1.601.4

B1.651.5

C1.701.6

C1.751.7

V1V2V3

1A1.501.2

2A1.551.3

3B1.601.4

4B1.651.5

5C1.701.6

6C1.751.7

3.3Enregistrerlesdonnees

3.4Genererdesdonnees

3.4.1Sequencesregulieres

1:1.01.52.02.53.03.54.04.55.0

Read9items

Levels:123

Levels:123

Levels:MaleFemale

Levels:12

Levels:12

Levels:12

160100Male