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Master 1MEEF (Métiers de et de la Formation)
SVT (Sciences de la Vie et de la Terre)
Faculté des Sciences et des Techniques | Université de NantesAnnée 2014-2015
Image diapositive 1 :
Lézard vert (Lacertabilineata) [Métazoaires : Chordés : Vertébrés : Tétrapodes : Amniotes : Sauropsides: Lacertidés]© Dinosauria.com | Cliché A. SORBES(2008)
http://www.dinosoria.com/lezard_vert.htm 2Avertissement très important
programme.IlneSURTOUTPASexempledesujetde travail. choix.Tanguy JEAN
Service de Psychophysiologie
Université de Nantes
Tanguy.Jean@univ-nantes.fr
Dans les programmes
Sixième
Troisième
Seconde
Terminale S
Nombreuxitemssur
Unregardsurde
BCPST leurclassificationThématique spécialisée Capes 2014
Classification phylogénétique du vivant3
Il est rappelé que le
programme notionnel du CAPES correspond aux notions présentes dans les programmes en vigueur dans le secondaire portées à un niveau universitaire (sans autre précision sur la portée de ce terme) + huit thématiques spécialisées.Quelques rappels
supplémentaires ont été ajoutés, semblant incontournables par rapport des candidats et qui pourront non explicitement au programme.Les programmes et
ouvrages de BCPST, sansêtre explicitement au
programme, sontIntroduction
ÉlémentsàpartirduLézard
Définitionsclefs
desorganismesvivants. descendance.évolutive.
4Problèmes
Diapositive 5
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématique1. Objectifs et applications de la systématique
a) Objectifs de la systématique estlasciencedesclassifications;elleapour objectif: taxons; -delesnommeravecunnomquisoitstableet unanimementreconnuparlacommunauté -delesidentifieretdeproposerdesoutils permettantleurreconnaissance; -delesinventorierdanslesmilieux; groupesbiologiquesappelleclassification etquisefondesurlesliensde -dereconstituerévolutiveetles classifications. b) Prolongements de la systématiqueàconnaîtreuntimiderenouveau.Les
scientifiquesadmettentmieux: -desspécialistescapables -inventorieretdedécrireles espècesavantnedisparaissent, etdelabiologiedesorganismespourconserver labiodiversité, deévolutivedesgroupesvivantsque desmécanismesdecetteévolution, Etc. deuxtermescommeéquivalents).Diapositive 6
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématique a. Les taxonsĮ.Conceptdetaxonetderang
groupesdansunehiérarchiequi taxonomiques):Règne,Embranchement(=RECOFGE].
faitdenombreusesréflexions(depuisfortClassification du Léopard Panthera pardus
CAMPBELL& REECE(2004)
= MétazoairesDiapositive 7
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématique a. Les taxonsDomaine = Empire
Règne
Sous-règne
Infrarègne
Superembranchement/ superidivision
Embranchement / division
Sous-embranchement / sous-divsion
Infraembranchement/ infradivision
Microembranchement/ microdivision
Supercohorte
Cohorte
Sous-cohorte
Infracohorte
Superclasse
Classe
Sous-classe
Infraclasse
Microclasse
Superdivision
Division
Sous-division
Infradivision
Superlégion
Légion
Sous-légion
Infralégion
Supercohorte
Cohorte
Sous-cohorte
Infracohorte
Giga-ordre
Méga-ordre
Grand-ordre
Hyperordre
Superordre
OrderHypo-ordre
Sous-ordre
Infraordre
Micro-ordre
Section
Sous-section
Gigafamille
Mégafamille
Grand-famille
Hyperfamille
Superfamille
Épifamille
Série (pour les Lépidoptères)
Groupe de familles (pour les Lépidoptères)
Famille
Sous-famille
Infrafamille
Supertribu
TribuSous-tribu
Infratribu
GenreSous-genre
Section
Sous-section
Série
Sous-série
Superespèce
Espèce
Sous-espèce
Variété = Morphe (forme)
Sous-variété
FormeSous-forme
En vert : nomenclature botanique seulement
En rouge : nomenclature zoologique seulement
Diapositive 8
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématique b. Les arbres de parentés (= arbres phylogénétiques)à-direleurphylogénie.
Arbre "phylogénétiqueHAECKEL(1866)
Wikipédia
systématiquetraditionnelle.Ne pas confondre : GENEALOGIE / PHYLOGENIE
Généalogie: relations de descendance :
qui descend de qui ? (Ancêtres identifiés)Phylogénie: relations de parenté :
qui est plus apparenté à qui ? (Ancêtres hypothétiques)Diapositive 9
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématique b. Les arbres de parentés (= arbres phylogénétiques) phylogénies» vraiesLECOINTREet al. (2004)
Arbre généalogique :
relations de descendanceArborescence en "bulles» (arbre évolutif)
commune du temps de la systématique éclectique : mélange de relations de descendance (fossiles présentés comme ancêtres) et de relations de parentés entre classes traditionnelles deTétrapodes
Diapositive 10
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématique b. Les arbres de parentés (= arbres phylogénétiques)Arbre phylogénétique vrai (cladogramme) :
relations de parenté (fossiles en italiques)LECOINTREet al. (2004)
Diapositive 11
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématique b. Les arbres de parentés (= arbres phylogénétiques) Temps Auj. A B CRacine:
évolutive des taxons étudiés (cette origine peut être inconnue, on produit alors un arbre non raciné) : ancêtre commun (hypothétique) qui possède toutes les caractéristiques* définissant le groupe ABC * Ces caractéristiques dont des caractères dérivés(voir partie II)Branche: lien de parenté qui figure
Degré de parenté : deux
plus apparentés que le nombre . Les groupes liés par un groupes-frères(ex. B et C).Polytomie: multifurcation("rateau») montrant
des relations phylétiques non résolues.Diapositive 12
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématique b. Les arbres de parentés (= arbres phylogénétiques) Temps Auj. A B CDiapositive 13
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématique b. Les arbres de parentés (= arbres phylogénétiques) Temps Auj. A B CPolytomie: multifurcation("rateau»)
montrant des relations phylétiques non résolues.Diapositive 14
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématique b. Les arbres de parentés (= arbres phylogénétiques)Ȗ.Monophylie,paraphylie,polyphylie
Groupes mono-, para-et polyphylétiques
LECOINTRE& LEGUYADER(2009)
Diapositive 15
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueB. Description et nomenclature
1. Existence de codes encadrant ces activités : les codes de nomenclature
a. Pourquoi des Codes?Alorsquelenombredécrites
setrouvaientavoirplusieursnoms,unmême descriptions(types)pastoujours stabiliserlesrèglesdenomenclatureetdeNotez que les fossilessuivent
aussi ces règles de nomenclature !! Couverture de la 4eédition du Code international de nomenclature zoologique (2000)Diapositive 16
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueB. Description et nomenclature
1. Existence de codes encadrant ces activités : les codes de nomenclature
b. Plusieurs Codes lesplantesles,lesalguesuni-etpluri- cellulaires,lesceCode(quiCodeinternationaldeNomenclaturepourles
lesMétazoairesetles.DesCommissionssontchargéesdedes
internationaux. nom.Exemple:genreAmmophila. différentesEtc....
Code international de nomenclature
botanique (de 1966)Ammophile des sables
(Ammophilasabulosa)Wikipédia
Oyat (Ammophilaarenaria) http://lessciences.altervista.org/Insecte HyménoptèreAngiosperme
Monocotylédone
Diapositive 17
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueB. Description et nomenclature
1. Existence de codes encadrant ces activités : les codes de nomenclature
b. Plusieurs Codes classification. artificiellementpar.Code international de Nomenclature
des Plantes cultivées (2009)Diapositive 18
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueB. Description et nomenclature
1. Existence de codes encadrant ces activités : les codes de nomenclature
c. Le PhyloCode(pour information)Diapositive 19
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueB. Description et nomenclature
1. Existence de codes encadrant ces activités : les codes de nomenclature
DaprèsLERENARD& BOUCHET(2003), Zoosystema, 25(4) : 569-591. © MNHN, ParisPour avoir une idée de la
Diapositive 20
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueB. Description et nomenclature
2. Les types, individus de référence dans les descriptions
a. Importance de la typification (souventaccompagnésrouges).Wikipédia
b. Principaux types côtéde. spécimennouveau).Diapositive 21
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueB. Description et nomenclature
onlessoulignedansuntextemanuscrit). genre,lesecondàproprementdite. aétéchangéedegenre.Inachisio
Wikipédia
Lamiumpurpureum
Wikipédia
Diapositive 22
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueB. Description et nomenclature
Cettepratiqueesttrèsrareenzoologie.
1997danslegenreAnacamptisparBATEMANetal.
deviennentdessynonymes. mellifera). normaux.Anacamptismorio
Wikipédia
Diapositive 23
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueB. Description et nomenclature
Rang Plantes
terrestres " Algues » " Champignons » Métazoaires " Procaryotes »Division / Embr. -phyta -mycota
Sous-div.
Sous-embr. -phytina -mycotina
Classe -opsida -phyceae -mycetes -ia
Sous-classe -idae -phycidae -mycetidae -idae
Superordre -anae
Ordre -ales -ales
Sous-ordre -ineae -ineae
Superfamille -acea -oidea
Famille -aceae -idae -aceae
Sous-famille -oideae -inae -oideae
Tribu -eae -ini -eae
Quelques désinences taxonomiques (pour illustration)Diapositive 24
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueB. Description et nomenclature
traditionnelpournefroisserpersonne).Diapositive 25
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueB. Description et nomenclature
4. Le barcoding, la description de demain ?
décidédelancerungrandprogrammede connuesouinconnues,sanspasserparles barcod("code-barresADN»).Ilde séquencer,chezunmaximumdetaxons,un delaCOI,cytochromeoxydasesous-unitéI, lecode-barreespèce.Cesséquences moléculaire.Cesystèmeposetoutefoisdenombreux
surleterrain,danstotale surlestaxonsséquencés pasfaitdescriptionclassiqueSon grandeéchelle,sanstaxonomistes.Code-barres ADN de quatre Métazoaires
Chacune des quatre couleurs représente
un type de nucléotide (A, T, C, G). captures-international.htmlDiapositive 26
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueC. Identification et inventaire
répartitionExemple de clef de
détermination (Fougère malgaches du genre Polystichum)DaprèsROUX(2001), Adansonia,
23(2) : 265-287.
© MNHN, Paris
http://boomersinfokiosk.blogspot. fr/2011/06/dna-barcoding- captures-international.htmlDiapositive 27
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueD. Classification
1. Principe : regrouper par caractères
groupesimbriqués(nomméstaxons). naturalistes.deévolutionaWilliHENNIG(1913-1976),
fondateur de la méthode cladistiqueWikipédia
Diapositive 28
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueD. Classification
2. Notion de classement : distinguer trier, ranger, classer
discriminer des objets selon un critère binaire» (par exemple : il y a / Une clef de détermination repose généralement sur un tri. Certaines classifications traditionnellesVertrébrésinvertrébrés
LECOINTREet al. (2004)
devraitconnaître. La pertinence des définitions de ces trois termes peut être largement discutée par un autorité pour le secondaire et la formation des profs, mieux vaut les admettre.Diapositive 29
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueD. Classification
2. Notion de classement : distinguer trier, ranger, classer
LECOINTREet al. (2004)
Diapositive 30
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueD. Classification
2. Notion de classement : distinguer trier, ranger, classer
donné, afin de former des ensembles qui reflètent une cause sous-jacente». hiérarchiedans la distribution des attributs (qui reflète une "cause», un processus biologiqueLECOINTREet al. (2004)
Diapositive 31
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueD. Classification
3. Les trois systématiques
Ernst MAYR
(1904-2005) http://www.achievement.or g/autodoc/photocredit/achi evers/may1-009 a. La systématique traditionnelle : systématique éclectique = systématique "évolutionniste» = systématique gradisteàune"étape»dans.Lesgrades
"bondévolutif»="sautadaptatif».Ne pas confondre :
GRADISME: positionnement qui utilise et
reconnaît les grades en systématique.GRADUALISME: positionnement sur les
Georges G.
SIMPSON
(1902-1984) http://www.pbs.org/wgbh/e volution/library/06/2/image _pop/l_062_02.htmlDiapositive 32
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueD. Classification
3. Les trois systématiques
a. La systématique traditionnelle : systématique éclectique = systématique "évolutionniste» = systématique gradiste Arbre évolutif des Tétrapodes de type éclectiqueLECOINTREet al. (2004)
Diapositive 33
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueD. Classification
3. Les trois systématiques
a. La systématique traditionnelle : systématique éclectique = systématique "évolutionniste» = systématique gradisteLe "saut adaptatif» des Oiseaux
LECOINTREet al. (2004)
Diapositive 34
I. Objectifs, principes et méthodes de la systématiqueD. Classification
3. Les trois systématiques
Robert R. SOKAL
(1926-2012) http://www.pandasthumb.or g/archives/2012/04/robert- r-sokal.htmlquotesdbs_dbs48.pdfusesText_48[PDF] anchiano vinci PDF Cours,Exercices ,Examens
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