[PDF] Modélisation du phytoplancton dans les écosystèmes côtiers

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Modélisation du phytoplancton dans les

écosystèmes côtiers

Mémoire

abilitation à diriger des recherches

Annie Chapelle

Soutenance le 8 décembre 2016

Rapporteurs :

Jean-Christophe Poggiale : professeur à UAix-Marseille Laure Guillou : directrice de recherche au CNRS, Station biologique de Roscoff.

Philippe Pondaven : maître de conférences à l'Université de Bretagne Occidentale. Examinateurs :

Valérie Mesnage : maître de conférences à l'université de Normandie. Geneviève Lacroix : maître de recherche au Royal Belgian Institute of Natural Sciences,

Bruxelles.

Philippe Souchu : cadre de recherche à Ifremer, laboratoire Environnement Ressources

Morbihan-Pays de Loire.

Modélisation du phytoplancton dans les

écosystèmes côtiers

Mémoire abilitation à diriger des recherches

Annie Chapelle

Soutenance le 8 décembre 2016

Rapporteurs :

Jean-Christophe Poggiale : professeur à UAix-Marseille Laure Guillou : directrice de recherche au CNRS, Station biologique de Roscoff. Philippe Pondaven : maître de conférences à l'Université de Bretagne Occidentale.

Examinateurs :

Valérie Mesnage : maître de conférences à l'université de Normandie. Geneviève Lacroix : maître de recherche ciences naturelle de Belgique, Bruxelles.

Philippe Souchu : cadre de recherche à Ifremer, laboratoire Environnement Ressources Morbihan-Pays

de Loire. 2 3 Figure 0-1 : Ceratium ranipes, Sardet, Chroniques du plancton

10 µm

" Nque le plancton.

compliqué. Pourtant, qui, hormis les biologistes, se soucie de ce monde fugace qui dérive au gré des

courants marins ? Qui se préoccupe du plancton ? » Stéphane Foucart, magazine du Monde 19/05/16

Et bien pas forcément grand monde ! Le phytoplancton étant, du fait de sa taille minuscule,

invisible aux yeux de tous. du microscope pour le découvrir. Et une bonne dose de curiosité. Dès le XIXème siècle, les biologistes ont commencé à d magnifiques illustrationsclassification qui sert de base à la taxinomie actuelle, Figure 0-1. Les techniques, depuis le microscope optique, ont évolué et de nos jours concernent les détails de son ultrastructure (microscope électronique), nous plongeant encore plus profondément dans cet univers microscopique, Figure 0-2. une nouvelle vision du monde du vivant est apparue. Chaque espèce ou plutôt chaque unité taxonomique opérationnelle (otu), peut alors être décrite par une partie de son code barre

ADN ou ARN, Figure 0-3.

pour faire évoluer la science, il leur faut du temps (le temps du développement de la technique, celui de la validation de leurs observations par eux-mêmes et par leurs pairs). Un délai plus grand encore en ce qui concerne l

Former, informer,

éduquer sont aussi les rôles du scientifique pour ne pas laisser

la science dans la seule sphère de la recherche. Un filet à plancton, un microscope portatif, une demi-

journée dans une école et le tour est parfois joué.

Figure 0-2 : Formes artistiques de la

nature, Haeckel, 1904

Figure 0-3 : Hélice d'ADN

4 " Nous allon1 a été le premier homme à it inimaginable.

Bon-Papa déballa le microscope.

Maintenant

! demandai-je. Je laissai tomber une goutte sur une lame de verre.

Beurk ! m-je.

Je suppose que tu vois tes premières créatures microscopiques. Platon dit que toute science commence par

Mon Dieu !

ates, vaporeuses, fantomatiques vu de plus étonnant de toute ma vie. »

Calpurnia, Jacqueline Kelly

place du phytoplancton est reconnue comme cruciale : producteur primaire, support des réseaux

entretient appliquées.

Ayant démarré mon activité de recher

station zoologique de Villefranche-sur-Mer, édifiée à la fin du XIXème

durant ces quelques dizaines en grande partie passées à Ifremer, approfondir le sujet. Guidée

par mes premiers " maîtres la modélisation

côtiers. Pourquoi la modélisation ? Et bien simplement, je crois que cette méthode présentait à mes yeux

deux atouts : le premier, technique, confortait le goû mathématiques et, le second, parce que le modèle est un outil intégrateur qui perm générale du -à- est possible tout en restant juste. Un peu à la manière de M. Palomar (Italo Calvino)

" Dans la vie de M. Palomar, il y eut une époque où il suivait cette règle : premièrement, construire dans son esprit

un modèle, le plus parfait, le plus logique, le plus géométrique possible ; deuxièmement, vérifier si le modèle

ce ; troisièmement, apporter les corrections

nécessaires pour que le modèle et la réalité coïncident. La construction était en somme pour lui un miracle

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