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AVERTISSEMENT

Ce document est le fruit d'un long travail approuvé par le jury de soutenance et mis à disposition de l'ensemble de la communauté universitaire élargie. Il est soumis à la propriété intellectuelle de l'auteur. Ceci implique une obligation de citation et de référencement lors de l'utilisation de ce document. D'autre part, toute contrefaçon, plagiat, reproduction illicite encourt une poursuite pénale.

Contact : ddoc-theses-contact@univ-lorraine.fr

LIENS Code de la Propriété Intellectuelle. articles L 122. 4 Code de la Propriété Intellectuelle. articles L 335.2- L 335.10 UFRSciences etTechniquesde laMatièreet desProcédés

ÉcoledoctoraleSESAMES

Thèse

présentéepourl'obtentiondutitrede enChimieInformatiqueetThéorique parSandraBerasaluce

Fouillededonnéesetacquisitionde

connaissancesàpartirdebasesde donnéesderéactionschimiques.

Soutenuepubliquementle 20Décembre2002

Membresdujury:

Rapporteurs:Jean-FrançoisBoulicautMaîtredeconférences,INSA de Lyon

AlainKriefProfesseur,UniversitéNotre-Damede la

PaixdeNamur,Belgique

LaboratoireLorraindeRechercheenInformatiqueet sesApplications-UMR7503 LaboratoireLOrraindeRechercheenInformatiqueet sesApplications(LORIA)

Référence

BERASALUCE,Sandra"Fouille dedonnéesetacquisitiondeconnaissancesàpartirde bases dedonnÈes derÈactionschimiques. »Thèsededoctorat,UniversitédeNancyI, 20Décembre2002

LeCodede lapropriétéintellectuelle

n'autorisant,auxtermesdel'articleL. 122-5,d'unepart,que les "copies oureproductions strictementréservéesàl'usageprivé ducopisteet nondestinéesàuneutilisation collective"et, d'autrepart,que lesanalysesetcourtescitationsdansunbutd'exempleetd'illustration,

"toutereprésentationintégrale,oupartielle,faitesansleconsentementdel'auteurou de sesayantsdroit

ouayantscause,estillicite"(articleL. 122-4).

Cettereprésentationoureproduction,parquelqueprocédéque cesoit,constitueraitdonc unecontrefaçon

sanctionnée parlesarticlesL. 335-2 etsuivantsduCodede lapropriétéintellectuelle.

Merci...

Je nedérogeraipasàla règle que jesupposeexacte(d'aprèsl'examendemapropre base dedonnées): thèse=}remerciements UnÈcrivainquÈbÈcoisadittrËsjustement:"Lemeilleurami demerciestbeaucoup», Pourmoi lemotbeaucoupa undoublesens ici.Beaucoupcar il y aénormémentdepersonnes que je désireremercier,mais aussi plusqu'ellesne lecroient

àl'accomplissementde cetravail.

Danscesremerciements,je mepermetsde faire uneanalogieavec la chimie.Certaines Jen'aipasbesoinde faire ungrandtravailde fouillepourextrairelespersonnesqui m'ontaccompagnée,encouragéeetentouréetoutau long de cesdernièresannées.Par contre,ilsepeutque, vu legrandnombrededonnéesàprendreencompte,j'aioublié decitercertainespersonnesici.Qu'ellesmepardonnentetsachentque, si j'aiomis de les mentionner,c'est

àcause del'interventionhumainedel'analyste.

J'aipassé cestroisdernièresannées au seind'ungroupederecherche,assimilableà

Laurenço.

Àlui seul ilarriveàfairel'interfaceetàmaintenirla cohésiond'ungroupede ligandsrelativementhétérogènesmais qui fait la richesse del'ensemblecomplexe.J'aiénor mémentappréciélesdiscussions, autantavec lesinformaticienschimistes(AmedeoNapoli, Roland Ducournau,JoelQuinqueton,PhilippeVismara,YolandeAhronovitz,Pierre Jam bau,YannicTognettiet plusrécemmentPhilippeJauffret),qu'avecleschimistesinforma ticiens(ClaudeLaurenço,JacquesCoste, Gilles Niel,RégineSola).

C'estdanslecadrede mon DEA que

vauxeffectuésdanslecadredu GDR. CeciàNancyoùj'aiété accueillie, ainsi que mes compagnonsde lapromotiondel'UniversitéPaulSabatier,poursuivreles coursd'algo rithmiqueprodigués parJeanLieber. Jeclasserailespersonnesquej'airencontréesau cours decettepériodeet de mathèse d'élémentsrares.Raresd'unepartcar je ne les aimalheureusementvues que de façon trèsépisodique,maiségalementraresdu fait de leursqualitésd'écouteet deréponseainsi que degentillesse.

Parmicelles-ci, je désire si

gnalerlesmembresdel'équipeOrpailleur(AmedeoNapoli,JeanLieber,Hacène Cherfi, FlorenceLe Ber,YannickToussaint,SandyMaumus,RinAl-Hulou,EmmanuelNauer, MathieuD'Aquin,Jean-LucMetzger,RafikTaouil,AntoinetteCourrier...), ainsi que les membresduLCTN(Jean-LouisRivail qui

ChristopheChipot,WalidHarb...).

Enparlantde ce

jurydethèse,je nepourraiomettredeciterceux qui ontacceptéde jugermontravailen tantquerapporteursde ma thèse. Iln'apas été facile detrouverdes personnessusceptiblesde le faire.C'estpourquoije suisreconnaissanteenversAlainKrief etJean-françaisBoulicautdem'avoirfait bénéficier de leurexpertisedans leursdomaines respectifs,lasynthèseorganiquepourl'un,la fouille dedonnéespourl'autre. Durantlapériodede mon DEA passéeàToulouse,j'aiégalementrencontrédes per sonnesd'exception.Je pense enparticulier

àRomualdPoteau,monresponsabledestage

de DEA, qui a sulaisserl'électronlibre que j'étaischoisir sapropreorbitale.

Depuismaintenantquelquesmois,

àlafacultédepharmaciedeMontpellier.Danscetteunitéd'enseignementet derecherche dirigée demaindemaître parGenevièveCassanas,j'aiétéaccueilliede façontrèsspontanée paruneéquipedynamique.Jevoudraisdoncremercierici Geneviève,Nadia,Abdel,Patrice,

Guilhem,Christelle,

Robertet Sylviepourtoutel'attentionqu'ilsmeportentettoutce quej'apprends

àleurcontact.

Cestroisdernièresannées,

j'aipassé lamajeurepartiede montempsauLIRMM,labo ratoiredontMichelHabibest devenu ledirecteur.Dans celaboratoire,il y a despersonnes entouspointsexceptionnelles. Parmicelles-ci, jevoudrais,enparticulier,citerThérèseLi boureletIsabelleMougenot àqui je dois, enautres,mespremierspasdansl'enseignement supérieur.Bienentendu,je désireégalementsaluermesvaleureuxcamaradesde thèse. No tammentceux encompagniede quij'airédigé:Yannic quej'aiharcelé(et quej'harcèle toujours)de mesquestionsincessantesainsi que Gilles etJérome,jeunesdocteursetfuturs maîtresde conférence(j'espère).Jen'oublieraipas non plus lesautresdocteurs,thésards etingénieursinformaticiensqui ont suaccepterparmieux une"chimiste":Patrice (Patle chat),Sèverine(Boulette),LeUrEnT (àne pasconfondreavec monLaurent!),Stéphane (Groovyforever),Fabien(le p'titjeunequis'lapèt'mais qui val'avoirsa thèses'ilconti nue comme ça !),Christophe(Chris),Alexis(s),Momo, Toufik,Fabien(s),Sylvain, Rémi,

Florent,Jean-François,Anne-Lise...

Enfin,dansla classe des

élémentsqui mesontle plusprécieux,jeplaceraima famille, mes amis et celui qui m'attenddepuistantd'années.Qu'ilssoientremerciés de leurs en couragementsconstantset de leurpatience inaltérable. ...beaucoup

Tabledesmatières

Merci...

Tabledesmatières

Tabledesfigures

ListedesTableaux

1Lessystèmesd'informationchimique

1Pourquoi?

III v Xl xvii 1 3

2.1Problèmedesynthèsechimique

2.1.1

Introduction.

2.1.2 Lesdifférentsénoncés . . . . . . . . .

2.1.3 Les

butset lecontextede lasynthèse

2.2 Laplanificationde

synthèse:uneétapecruciale

2.3 Lesraisonnementsface

àunproblèmedesynthèsechimique

2.3.1L'analogie.

2.3.2 Laclassification.

2.3.3 Larétrosynthèse.

2.3.3.1 Unraisonnementanalytiqueface

àunproblèmedifficile

2.3.3.2Notiondetransformation.

2.3.3.3Arbrederétrosynthèse. . . . . . . . . .

2.3.4 Lesapprochesalternatives

2.3.4.1L'approchedeschirons..

2.3.4.2L'approched'Hendrickson

2.4

Conclusion

v 7 7 7 9 9 10 14 14 16 17 17 18 20 21
22
22
22
22
3.1

Introduction............25

3.2 Les bases dedonnéesderéactions. . . . .26

3.2.1Généralités

... . . . . . . . . . .26

3.2.2 Lesprincipeset lesfonctionnalités.28

3.2.2.1 Les

données.. . . . . . .29

3.2.2.2L'interrogationdes bases de données deréactions30

3.2.3 Lesdéfautset lesproblèmes. . . . . . . . . . . . . .37

3.2.4

Conclusion........................39

3.3 Lessystèmesd'aide

3.3.1Généralités40

3.3.2 Lesdifférentesapproches. . . .40

3.3.2.1L'approcheempirique41

3.3.2.2L'approcheformelle .43

3.3.2.3L'approched'Hendrickson44

3.3.2.4L'approchedeschirons.44

3.3.2.5

CAMEO45

3.3.2.6

WODCA.........45

3.3.3

Discussion.............46

3.3.4 ResynAssistant: unsystèmebasésurlaconnaissanced'aide

àla

compréhensiondeproblèmesdesynthèse. . . . . . . . . . . . . ..47

IIL'acquisitiondesconnaissances51

Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

L'architecture

d'unsystèmeàbase deconnaissances

4.2.1L'approcheauniveauconnaissance

4.2.2

Butsettypologiedesproblèmes

Lamodélisation. . . . . . . . . . . . .

4.3.1 Lemodèleconceptuel.

4.3.1.1 Le modèle dudomaine

4.3.1.2 Les modèles deraisonnement

4.3.1.3 Lesmodélisateurs.

4.3.2.1

KADS,CommonKADS etPROTÉGÉ.

4.3.2.2UML.

4.3.2.3Autresméthodes.

Letransfertd'expertise.

4.4.1 Letransfertd'expertisedansles

SBR

4.4.2 Lesproblèmesdutransfertd'expertisedanslesSBCetSBR.

Conclusion.4.3

4.1 4.2 4.4 4.54 53
55
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