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RRÉÉPPUUBBLLIIQQUUEE TTUUNNIIS

S I I E E N N N N E E MINISTÈRE DE MINISTÈRE DE L'ENSEIGNEMENT

L'AGRICULTURE SUPÉRIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

Institution de la Recherche

et de l'Enseignement Supérieur Agricoles

INSTITUT NATIONAL AGRONOMIQUE DE TUNISIE

THÈSE DE DOCTORAT EN SCIENCES AGRONOMIQUES

Spécialité : Sciences de la Production Végétale

Diversité

Génétique Intra et Interspécifique des

Porte-greffes d'Agrumes utilisés en Tunisie

Apport des marqueurs SSRs nucléaires, des InDel mitochondriaux et de la diversité allélique de gènes candidats pour la tolérance à la salinité

Présentée par : Hager Snoussi Ep. Trifa

Soutenue devant le Jury composé de:

Pr. Faicel Ben Jeddi INAT, Président Dr. Sonia Hamza INAT, Directrice de Thèse Dr. Mehdi Ben Mimoun INAT, Rapporteur

Pr. Neila Trifi

FST, Rapporteur

Pr. Ahmed Mliki CBBC, Examinateur Pr. Patrick Ollitrault CIRAD, Examinateur -2013-

Dédicaces

Je dédie ce travail de thèse

A la mémoire de mon père Baccar et de mon grand-père Salah

A ma mère

A Youssef

A Yassine

Aux familles Snoussi, Boudali, Trifa et Moalla

Remerciements

Soyons reconnaissants aux personnes qui nous donnent du bonheur; elles sont les charmants jardiniers par qui nos âmes sont fleuries.

Marcel Proust

Et voilà, plusieurs années se sont écoulées, depuis le début de ce projet de thèse, pleines d'activités et

des hauts et des bas! Aujourd'hui, c'est avec un réel plaisir et un bonheur intense que je vous présente

l'accomplissement de ces années de travail à la fois fascinantes et exigeantes. Bien au-delà des acquis

scientifiques, je ressors grandie de cette expérience. L'effort et le temps consacrés à la réalisation des

objectifs de la thèse m'ont appris à repousser mes limites et à toujours persévérer.

Cette thèse, financée en grande partie par le projet Européen INCO CIBEWU a été l'objet d'un

partenariat entre le CIRAD (France), l'IVIA de Valence (Espagne) et l'INRAT (Tunisie), dont je fais

partie. Malgré mes efforts et ma détermination, l'aboutissement de ce projet aurait été impossible sans

la contribution et le support de plusieurs personnes, organismes et institutions que je tiens ici à

remercier sincèrement: Dr. Robert Domaingue et Dr. Marie France Duval responsable successif de l'UR APMV puis de

l'équipe APMV au sein de l'UMR AGAP ("Amélioration génétique et adaptation des plantes

méditerranéennes et tropicales") du CIRAD, le Pr. Patrick Ollitrault, coordinateur du projet Européen

INCO CIBEWU, le Dr. Florentino Juste, directeur de l'IVIA et le Dr Luis Navarro, directeur du centre

de protection végétale et de biotechnologie de l'IVIA, pour leur accueil au sein de leurs équipes de

recherche respectives et pour m'avoir permis de travailler dans d'aussi bonnes conditions. J'associe à

mes remerciements les responsables de l'INRAT, du CIRAD, et de l'IVIA pour l'appui technique et financier.

la confiance qu'il m'a accordée et sa disponibilité à diriger cette thèse malgré ses nombreuses charges.

Vous avez suivi de prés la réalisation de mes travaux et votre compétence, votre rigueur scientifique et

votre clairvoyance m'ont beaucoup appris. Merci pour vos précieux conseils et vos critiques

constructives. Au-delà de vos enseignements, votre générosité et vos qualités humaines m'ont aidée à

aller vers l'avant et à évoluer.

Mme Duval Marie-France, à laquelle je témoigne toute ma reconnaissance pour son soutien, sa

patience, ses recommandations et son encadrement dans l'étude de la diversité génétique pour cette

recherche. Votre soutien moral et vos encouragements m'ont beaucoup motivée pour arriver au terme de cette expérience.

Mme Hamza Sonia, docteur et maitre de conférences à l'INAT, pour avoir participé à mon

encadrement et pour son encouragmenent continu. Ses compétences et ses conseils m'ont beaucoup aidée.

Je remercie vivement Mme Zina Belfalah, chargée de recherche à l'INRAT, pour m'avoir accordée

l'occasion de travailler avec elle dans le projet sur les agrumes. Ses conseils et son soutien m'ont aidée

à aller vers l'avant et à persévérer dans mes recherches.

Mr Morillon Raphael, docteur au CIRAD, pour sa confiance, sa disponibilité et son estimable

participation à la partie liée à la tolérance au stress salin.

J'adresse aussi mes sincères remerciements à Mr Hichem Ben Salem, directeur de recherche et

directeur de l'INRAT, Mr Ben Mechlia, professeur à l'INAT et ex directeur de l'INRAT et Mr Harrabi

Moncef, professeur à l'INAT, pour avoir cru en moi et pour leurs encouragements.

J'exprime mes plus sincères remerciements aux membres du jury pour avoir accepté d'évaluer ce

travail et pour leur patience à lire le document. Je remercie Pr. Faicel Ben Jeddi (INAT) qui a bien

voulu présider le jury. Je remercie Dr. Mehdi Ben Mimoun (INAT) et Pr. Neila Trifi (FST) pour

l'honneur qu'ils m'ont fait d'être les rapporteurs de cette thèse. Je les remercie pour la rapidité avec

laquelle ils ont lu mon manuscrit, malgré leurs nombreuses occupations. Ils ont également contribué

par leurs nombreuses remarques et suggestions à améliorer la qualité de ce mémoire, et je leur en suis

très reconnaissante. Je remercie Pr. Ahmed Mliki (CBBC) et Pr. Patrick Ollitrault (CIRAD) pour avoir

accepté d'examiner ce travail et d'y avoir apporté des remarques pertinentes. A tous, je leur suis très

critique, juste, avisé et constructif.

Je souhaite adresser mes remerciements les plus sincères à tous mes ami(e)s et à toutes les personnes

qui m'ont aidée de prés ou de loin dans la réalisation de ce travail. Je pense particulièrement à Dr.

Andres Garcia-Lor (IVIA) et Dr. Franck Curk (chercheur à INRA-Corse), pour leurs conseils et leurs

contributions sur la mise en place des protocoles expérimentaux et sur le traitement des données de

séquençage obtenues. Je leur suis redevable du soutien, de l'assistance et de la sympathie dont ils

m'ont témoignée à tout instant. Mes profonds remerciements vont également à Dr. Xavier Perrier et Dr. Jean-Pierre Jacquemoud-

Collet, chercheurs au CIRAD, pour leur précieuse contribution et conseils sur l'utilisation du logiciel

Darwin.

J'associe mes remerciements à Dr. Yann Froelicher, chercheur au CIRAD, Dr. François Luro

chercheur à l'INRA et Dr. Ange-Marie Risterucci, chercheur au CIRAD, pour leurs conseils et

participation aux travaux impliquant les marqueurs microsatellites. Mes profonds remerciements vont également aux responsables des parcs semenciers de Sbikha et d'El

Gobba, du GIFruits, des CRDA, pour leur appui à la réalisation des prospections dans tout le pays, et

pour nous avoir facilité le contact avec les pépiniéristes et les cultivateurs.

Je remercie également Dr. Mohamed Cherif, enseignant-chercheur et directeur général du Centre

Technique des Agrumes, ainsi que Mr Mehdi Mabrouk, ingénieur en chef et Mr Brahim Messelmani,

ingénieur des travaux, pour leur aide et leur soutien durant les travaux de prospections et de collecte

des échantillons.

Je remercie toutes les personnes formidables que j'ai rencontrées par le biais du CIRAD et de l'IVIA.

Je pense particulièrement à toutes les assistantes des équipe-projets, à toutes les personnes du service

de coopération (ATCT) et en particulier à Mr Noureddine Karoui, Chef de service de la gestion des

programmes et projets (ATCT). Je ne saurai oublier de remercier toutes les personnes dans l'ombre

dont la contribution à mon travail est non négligeable, les administrateurs, les conducteurs, les

techniciens et les ouvriers.

A tous ceux qui ont apporté leur pierre à cet édifice, particulièrement à mes chères amies Mme Emna

Jedidi, Mme Mounira Harbi, Mme Asma Najjar, Melle Rym Bouhlal et à Mr Ahmed Jemmali, tous de l'INRAT.

Enfin, les mots les plus simples étant les plus forts, j'adresse toute mon affection à mes parents, à ma

famille et à ma belle famille. Qu'ils reçoivent ici toute ma reconnaissance pour leur encouragement et

leur soutien durant la réalisation de cette thèse, que la grâce de Dieu soit avec vous. Mention spéciale à mes chers maman, oncle Abderrahmane, ma mes beaux-parents Chedly et Sarra, mon oncle Zoubeir, mes tantes Nabila, Chahra et Selwa, mes chers

cousins et cousines et mes nièces et neveux, leur confiance, leur tendresse et leur amour me portent et

me guident tous les jours. Je vous aime.

A mon mari Youssef Trifa qui a toujours été là pour moi. Très humblement, je voudrai te dire merci

pour ton soutien pendant mes périodes d'éloignement, de doutes et pour tes multiples encouragements.

Une pensée pour terminer ces remerciements pour vous, papa Baccar, baba Salah et lalla Béhija, même n'étant pas avec nous, je sais que vous en auriez été fiers de votre fille!!! (C. aurantium, C. sinensis, C. limon et C. aurantifolia)

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