15 mar 2017 · Intérêt et limites de l'étude de l'ADN/ARN en biologie médicale en 2017 Paris, 15 VIROLOGIE HOSPITALIÈRE ET BIOLOGIE MOLÉCULAIRE Mutualisation de l'ensemble des laboratoires « Agents Infectieux » en cours
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virales ○ Relativement aux protéines, les virions sont très grands; ils sont souvent plus stables que les composants cellulaires
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virologie des Facultés de Médecine et de Pharmacie, de l'École Nationale de virologie, d'immunologie anti-infectieuse et les études de biologie médicale à l 'origine de l'utilisation de l'ADN comme support génétique et auraient, au cours
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Notions de virologie donc très important, même sur des temps courts • L' évolution précise dépend beaucoup de la structure Evolution des virus • L' évolution
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virologie médicale à l‟hôpital et ont une activité de recherche en virologie 1 2 2 Les 6 étapes de la formation d‟un virus (voir le précédent cours et la figure
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du cours, ainsi que les différents aspects du diagnostic, du traitement et de la vaccination antivirale Dans la partie concernant la virologie médicale spécifique,
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en pratique hospitalière
Pr. Astrid Vabret
Laboratoire de Virologie, CHU Caen
Université de CAEN NORMANDIE
Centre National de référence pour les Virus de la Rougeole,Oreillons et Rubéole
ACADÉMIE NATIONALE DE PHARMACIE
Séance thématique
Paris, 15 mars 2017
VIROLOGIE HOSPITALIÈRE ET BIOLOGIE MOLÉCULAIRE Méthodes de diagnostic virologique dites "conventionnelles» : oCulture in vitro : nombreuses limites en pratique diagnostique, nombreux virus non cultivables, technique en recul, cependant, intérêt de maintenir les compétences oDétection des antigènes viraux Diagnostic indirect sérologique : nombreuses techniques, dont certaines en recul ++ Remplacé par BM pour le diagnostic des infection aiguës / chroniques Début des années 1980 : mise en place des premières techniques de biologie moléculaireHP pPHUJHQŃH GH O·LQIHŃPLRQ SMU OH 9H+
AVANT: les laboratoires de virologie constituent une partie annexe des laboratoires de microbiologie / bactériologie coursWylie KM et al., Translationnal Research 2013
Virgin HW et al., Cell2009
STRATÉGIES VIRALES / CIRCONSTANCES DIAGNOSTIQUESInfections
gravesInfections
symptomatiques peu gravesInfections a-ou pauci-
symptomatiquesHôte
Polymorphisme
génétiqueHôte
Immunité
VirusVirgin HW et al., Cell2009
35 M350 M
Virgin HW et al., Cell2009
Ce que fait le laboratoire de virologie en pratique hospitalièreOutils : Culture / Sérologie / BM
2.Diagnostic étiologique possible : argument diagnostique
3.Dépistage précoce d䇻une réactivation virale: suivi systématique des
greffés ou des patients sous chimiothérapie anti-cancéreuse ou immunosuppresseurs4.Suivi thérapeutique (efficacité des molécules antivirales et résistance)
5.Réseaux épidémiologiques / surveillance sanitaire (CNR Maladies
Transmissibles) / Indicateurs de Santé Publique6.Détermination d䇻un statut immunitairenaturel ou post-vaccinal
A AJOUTER : CONTEXTE PARTICULIER DES ÉMERGENCES VIRALES BM ++ BM ++ BM ++ BM ++BM ++/ SÉROLOGIE
SÉROLOGIE
Détection des génomes viraux par amplification partielle oDétection qualitative +/-typage / sous-typage oDétection quantitative oDétection moléculaire multiplex Analyse des génomes viraux par séquençage oSéquençage type Sanger oSéquençage nouvelle génération NGSContraintes de la norme ISO15189
en pratique diagnostique DÉTECTION QUALITATIVE OU QUANTITATIVE DES ARN/ADN VIRAUX:ACTIVITÉ AUTOMATISÉE
Extraction des acides nucléiques
Inclusion contrôle interne
PCR en temps réel ++
Nombreuses trousses diagnostiques disponibles
Connection bidirectionnelle au SIL
Bientôt disponibles :
Chaîne automatisée Randomaccess
Actuellement : limitation du travail en série
DÉTECTION EN
DES AGENTS INFECTIEUX
POTENTIELLEMENT
RESPONSABLES
DU SYNDROME CLINIQUE
Absence de technique
de détection "universelle» des virusSymptômes cliniques non
spécifiques :Choix de la cible à détecter ?
pas IMŃLOH"BSHX pertinentBon critères ?
symptômes, âge du patient, immunité, saison ?Choisir ? Pourquoi ?
Influenza A
Influenza A H3
Influenza A H1
Influenza B
Virus Respiratoire SyncytialA
Virus Respiratoire SyncytialB
Metapneumovirus
Parainfluenza1
Parainfluenza2
Parainfluenza3
Parainfluenza4
Rhinovirus / Enterovirus
Coronavirus 229 E
Coronavirus NL63
Coronavirus OC43
Coronavirus HKU1
Adenovirus
Bocavirus
Mycoplasmapneumoniae
Chlamydiae pneumoniae
Bordetellapertussis
LegionellaPneumophyla
Campylobacterjejuni, coli et upsaliensis
Clostridium difficile
Plesiomonasshigelloides
Salmonella
Yersinia enterocolitica
Vibrioparahaemolyticus, vulnificuset cholerae
Vibriocholerae
E. coli EAEC, EPEC, ETEC, STEC
E. Coli O157
E. Coli EIEC
AdenovirusF 40.41
Astrovirus
Norovirus GI/GII
RotavirusA
Sapovirus
Cryptosporidium
Cyclosporacayetanensis
Entamoebahsitolytica
Giardia lamblia
Cytomegalovirus
Enterovirus
Herpes simplex 1
Herpes simplex 2
Herpesvirushumain 6
Parechovirus
Varicelle-zona
JC virus
E. Coli K1
Haemophilus influenza
Listeria monocytogenes
Neisseriameningitidis
Streptoagalactiae
streptopneumoniaeCryptococcusneoformans
AUTOMATES POUR PCR MULTIPLEX (QUALITATIVE)
SAMPLE TO RESULT
Réduction du temps de manipulation (2 mn)
Rendu du résultat en 2H
Coût réactif élevé
Accréditation simplifiée
Limites : importance pour certains panels des codétectionsvirales (coinfections?/ infections séquentielles ?) Étude de la résistance du HIV1 au traitement antirétroviral : séquençage après amplification des gènes cibles des molécules (GP120, protéase, transcriptase inverse, integrase) Étude des résistances des herpesvirusaux antiviraux: HSV1/2, CMVGénotypage des
virus : HIV, hépatiteC, hépatite B,
enterovirus, virusépidémiologiques)
Mise en place en cours ou souhaitée sous forme de plateformes mutualisées dans les CHUIntérêts : outil puissant, plus informatif
1.Séquençage des génomes viraux complets
2.Séquençage en profondeur : études des variantsminoritaires constituant la population
virale infectante (quasispecies)étiologie (diagnostic personnalisé)
4.Intérêts en hygiène hospitalière (infections nosocomiales) et en surveillance sanitaire
Limites actuelles : compétences +++
développement nécessitant des compétences techniques (préparation des échantillons) et
bioinformatiques(traitement et analyse des données) Développement technique très rapide (séquenceurs, trousses de préparation des