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1/11 Espace Etudiant Cours de virologie générale STRUCTURE ET DEFINITION DES VIRUS La notion de maladie virale remonte à la fin du XIX ème siècle, 

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Virologues ○ Scientifiques qui étudient les virus ○ Virologie ○ Étude des virus Page 3 Propriétés générales des virus Propriétés générales de structure

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virologie médicale à l‟hôpital et ont une activité de recherche en virologie poliovirus et d‟une façon générale tous les virus à ARN, doivent faire fabriquer 

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Petite taille: 20-300 nm de diamètre • Entièrement dépendant d'une cellule hôte pour sa survie • Certains virus codent néanmoins pour une ADN polymérase 

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1) Objectifs d'enseignement de virologie générale Ils concernent d'une part la structure des virus, leur multiplication, leurs relations avec l'hôte au niveau de la  

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de virologie, d'immunologie anti-infectieuse et les études de biologie médicale Notre première idée était de proposer aux étudiants un ouvrage de référence 

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27 avr 2020 · DEBIT (Service de virologie – Pole de Biologie) CHU de Rennes Chef de service du laboratoire de Virologie : Pr Vincent Thibault

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VIROLOGIE

ADENOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION

T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-

Etienne

ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR LIQUIDES BIOLOGIQUES AUTRES QUE SELLES PAR IMMUNOFLUORESENCE OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRE

T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-

EtienneADENOVIRUS : MISE EN EVIDENCE SUR SELLES PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE

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Etienne

ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR SELLES (AGGLUTINATION, TECHNIQUE

IMMUNOENZYMATIQUE)

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Etienne

ARBOVIRUS : ISOLEMENT SUR ANIMAL ET CULTUREST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-

Etienne

ARENAVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE, OU ISOLEMENT PAR CULTURES OU SUR SOURICEAUX

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ASTROVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE OU TECHNIQUE

IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTUREST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-

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CALICIVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE, PAR TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRE

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CYTOMEGALOVIRUS (CMV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU CULTURES

ORIENTEES ET IDENTIFICATION

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CYTOMEGALOVIRUS (CMV) : ANTIGENEMIE LEUCOCYTAIRE PAR IMMUNOFLUORESCENCE

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CORONAVIRUS (y compris SARS-CoV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU PAR

AMPLIFICATION MOLECULAIRE

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CORONAVIRUS (hors SARS-CoV) : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE

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Etienne

CULTURES CELLULAIRES DE VIRUS NON ORIENTEES

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Etienne

DIAGNOSTIC PRENATAL : RECHERCHE DE L'ADN DU PARVOVIRUS

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EtienneDIAGNOSTIC PRENATAL : CULTURE DE CYTOMEGALOVIRUS DANS LE SANG

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DIAGNOSTIC PRENATAL : RECHERCHE DE L'ADN DU CYTOMEGALOVIRUS (CMV)

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Etienne

DIAGNOSTIC PRENATAL : DETECTION DU VIRUS DE LA RUBEOLE PAR CULTURE OU DE SON ARN PAR

AMPLIFICATION GENIQUE

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DIAGNOSTIC PRENATAL : RECHERCHE DE L'ADN DU VIRUS DE LA VARICELLE

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Etienne

ENTEROVIRUS (POLIOVIRUS COMPRIS) : ISOLEMENT PAR CULTURES CELLULAIRES OU SUR

SOURICEAUX (COXSACKIEVIRUS A)

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VIRUS DES FIEVRES HEMORRAGIQUES : CULTURES

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VIRUS GRIPPAUX (A ET B) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE

IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE

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HERPESVIRUS 6 (HHV6) OU HERPESVIRUS 7 (HHV7) : CULTURES SUR LYMPHOCYTES

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PAPILLOMAVIRUS HUMAINS ONCOGENES (HPV) : GENOME VIRAL

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VIRUS DE L'HERPES SIMPLEX (HSV) : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION

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VIRUS DE L'HERPES SIMPLEX (VHS) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU PAR

TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE

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VIRUS HTLV: ISOLEMENT PAR CULTURE

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IDENTIFICATION VIRALE PAR UN OU PLUSIEURS SERUMS

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VIRUS OURLIEN (OU DES OREILLONS) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE

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VIRUS PARAINFLUENZAE (TYPES I à IV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE

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POLYOMAVIRUS : ISOLEMENT PAR CULTURE

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POXVIRUS : RECHERCHE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE

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VIRUS DE LA RAGE : RECHERCHE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE

IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE

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RHINOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION

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ROTAVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR AGGLUTINATION, TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU

MICROSCOPIE ELECTRONIQUE

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VIRUS DE LA ROUGEOLE : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE

IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE

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VIRUS DE LA RUBEOLE : ISOLEMENT PAR CULTURE

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ADENOVIRUS

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SERODIAGNOSTIC DES ARBOVIROSES

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ARENAVIRUS

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE PARVOVIRUS B19

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A CYTOMEGALOVIRUS

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS EPSTEIN-BARR (EBV)

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ENTEROVIRUS

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION GRIPPALE

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE A (HAV)

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE B (HBV)

T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE C (HCV)

T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-

Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE DELTA (HDV)

T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-

Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE E (HEV)

T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-

Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A HERPESVIRUS TYPE 6 (HHV-6)

T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-

Etienne

SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LES VIRUS DE L'IMMUNODEFICIENCE HUMAINE (HIV-1 ET 2)

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DETECTION D'ANTICORPS AU COURS DE L'INFECTION A VIRUS HERPES SIMPLEX (HSV)

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS HTLV

T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-

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SERODIAGNOSTIC DE LA MONONUCLEOSE INFECTIEUSE PAR RECHERCHE D'ANTICORPS

HETEROPHILES

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS PARAINFLUENZA

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS RABIQUE

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE LA ROUGEOLE

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE LA RUBEOLE

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS OURLIEN

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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS RESPIRATOIRE SYNCYTIAL (RSV)

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DETECTION D'ANTICORPS AU COURS DE L'INFECTION A VIRUS VARICELLE ZONA (VZV)

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GENOME (ADN) DU VIRUS DE L'HEPATITE B (HBV) : DETECTION QUANTITATIVE

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GENOME (ARN) DU VIRUS DE L'HEPATITE C (HCV) : DETECTION QUALITATIVE

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GENOME (ARN) DE VIRUS DE L'HEPATITE C (VHC) : DETECTION QUANTITATIVE

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GENOTYPAGE DU VIRUS DE L'HEPATITE C (HCV) PAR BIOLOGIE MOLECULAIRE

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SEROTYPAGE DU VIRUS DE L'HEPATITE C (HCV) PAR METHODE IMMUNOLOGIQUE

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GENOME (ARN) DU VIRUS DE L'IMMUNODEFICIENCE HUMAINE (HIV-1) : CHARGE VIRALE

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HIV : ISOLEMENT PAR CULTURES SUR LYMPHOCYTES

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VIRUS RESPIRATOIRE SYNCYTIAL (VRS) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURES

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VIRUS VARICELLE ZONA (VZV) : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION

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VIRUS VARICELLE ZONA (VZV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE

IMMUNOENZYMATIQUE

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ADENOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l'objet d'instructions

spécifiques.

Code NABM 4208

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :

Immunosuppression

Traitement antiviral

Notion d'épidémie, notion d'infection nosocomiale

Séjour en collectivité

NB : En cas de gastro-entérite, demander une recherche dans les selles par agglutination ou technique immunoenzymatique (NABM 4205 et 4206)

PRELEVEMENT ET TRANSMISSION DES ECHANTILLONS

Personnes, précautions standard : CDC Atlanta

Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1

Echantillon

Sécrétions nasales, pharyngées, laryngo-trachéo-bronchiques

Prélèvement oculaire

Liquide céphalo-rachidien (LCR)

Sang

Selles, urines

Biopsies

Prélèvements post-mortem

Prélèvement

Sécrétions, urines et selles recueillies dans un tube sec stérile Ecouvillon conservé dans un milieu de transport de virologie ou déchargé dans 1ml de milieu de culture contenant des antibiotiques LCR recueilli sur tube sec stérile (10 gouttes) Biopsies et prélèvements post-mortem (recueillies sur tube sec ou 1 ml) de milieu de culture contenant des antibiotiques (ne pas les placer dans les conservateurs habituellement utilisés en anatomopathologie) Sang recueilli sur tube avec anticoagulant (héparine, EDTA)

Particularités

Néant

Transmission

Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité

des personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur). Le plus rapidement possible (<2 heures) ; conservation à +4°C en attente de transmission au laboratoire. L'horodatage du prélèvement ou du recueil, de l'acheminement et de la réception de chaque

échantillon au laboratoire ainsi que l'identification de toutes les personnes qui accomplissent ces

tâches sont esse

ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR LIQUIDES

BIOLOGIQUES AUTRES QUE SELLES PAR

IMMUNOFLUORESENCE

OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRE

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l'objet d'instructions

spécifiques. Code NABM 4207 (le test d'amplification moléculaire est hors nomenclature)

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :

Immunosuppression

Traitement antiviral

Notion d'épidémie, notion d'infection nosocomiale

Séjour en collectivité

PRELEVEMENT ET TRANSMISSION DES ECHANTILLONS

Personnes, précautions standard : CDC Atlanta

Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1

Echantillon

Sécrétions nasales, pharyngées, laryngo-trachéo-bronchiques

Prélèvement oculaire

Sang total

Prélèvement

Sécrétions recueillies dans un tube stérile sec. Les lames seront réalisées au laboratoire

Ecouvillon déchargé au lit du malade sur une lame à plusieurs puits Sang recueilli sur tube avec anticoagulant (EDTA ou ACD), en excluant l'héparine pour la détection d'ADN par biologie moléculaire

Particularités

Néant

Transmission

Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité

des personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur). Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil, conservation à +4°C en attente de transmission au laboratoire.

Pour la détection d'ADN par biologie moléculaire, l'échantillon doit être transmis dans les 4

heures qui suivent le prélèvement. L'horodatage du prélèvement ou du recueil, de l'acheminement et de la réception de chaque

échantillon au laboratoire ainsi que l'identification de toutes les personnes qui accomplissent ces

tâches sont essentiels.

ADENOVIRUS : MISE EN EVIDENCE SUR SELLES PAR

MICROSCOPIE ELECTRONIQUE

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l'objet d'instructions

spécifiques.

Code NABM 4209

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :

Immunosuppression

Traitement antiviral

Notion d'épidémie, notion d'infection nosocomiale

Séjour en collectivité

PRELEVEMENT ET TRANSMISSION DES ECHANTILLONS

Personnes, précautions standard : CDC Atlanta

Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1

Echantillon

Selles

Prélèvement

Recueillies à la phase aiguë de la maladie dans un récipient stérile, à fermeture hermétique.

A défaut, écouvillon rectal.

Particularités

Demander une recherche rapide dans les selles par agglutination ou technique immunoenzymatique (NABM 4205 et 4206), et associer la recherche d'autres virus

entéropathogènes. Le diagnostic par microscopie électronique est réservé aux laboratoires

spécialisés.

Transmission

Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité

des personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur). Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil, conservation à +4°C en attente de transmission au laboratoire. L'horodatage du prélèvement ou du recueil, de l'acheminement et de la réception de chaque

échantillon au laboratoire ainsi que l'identification de toutes les personnes qui accomplissent ces

tâches sont essentiels.

ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR SELLES

(AGGLUTINATION, TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE)

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l'objet d'instructions

spécifiques.

Codes NABM 4205, 4206

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :

Notion d'épidémie, notion d'infection nosocomiale

Séjour en collectivité

Immunosuppression

PRELEVEMENT ET TRANSMISSION DES ECHANTILLONS

Personnes, précautions standard : CDC Atlanta

Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1

Echantillon

Selles

PrélèvementRecueillies

Dans un récipient stérile, à fermeture hermétique. A défaut, écouvillon rectal

Particularités

Associer la recherche d'autres virus entéropathogènes.

Transmission

Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité

des personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur). Dans les 24 à 48heures qui suivent le recueil, conservation à +4°C en attente de transmission au laboratoire. L'horodatage du prélèvement ou du recueil, de l'acheminement et de la réception de chaque

échantillon au laboratoire ainsi que l'identification de toutes les personnes qui accomplissent ces

tâches sont essentiels.

ARBOVIRUS : ISOLEMENT SUR ANIMAL ET CULTURES

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l'objet d'instructions

spécifiques.

Codes NABM 4210, 4211

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :

- signes cliniques détaillés - notion de voyage récent en zone endémique, - notion de piqûres (moustiques) ou de morsures (phlébotomes, tiques) - notion de transfusion en pays endémique

En France, seuls circulent le virus de l'encéphalite européenne à tiques (TBEV), et le virus

West Nile (WNV).

PRELEVEMENT ET TRANSMISSION DES ECHANTILLONS

Personnes, précautions standard : CDC Atlanta

Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1

Echantillon

Liquide céphalo-rachidien, sang

Prélèvement

Tubes stériles étanches, pas de contraintes particulières, prélèvements potentiellement

dangereux.

Particularités

Le diagnostic direct de ces infections est réservé aux laboratoires spécialisés équipés de

locaux avec confinement de type L3 ou L4. Renseignements devant accompagner impérativement le prélèvement : - identification du patient avec âge, sexe, adresse - diagnostic clinique - date de début des symptômes - déplacements dans le pays ou à l'étranger dans le mois qui précède

- identification et coordonnées (y compris numéros de téléphone/télécopie et adresse

mél) du prescripteur

Cas particuliers

Néant

Transmission

Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité

des personnes.

Emballage triple (norme 6.2 ONU) : tube étanche contenant le prélèvement, enveloppé d'une

couche suffisante de matière absorbante, et déposé dans un second récipient étanche sur

lequel figurent les renseignements identifiant le prélèvement. Emballage extérieur en matière isolante avec quantité suffisante de glace, sachets réfrigérants ou glace carbonique. Déclaration obligatoire par l'expéditeur conforme au règlement IATA (Association du Transport Aérien International) pour les matières dangereuses. Envoi à un laboratoire disposant d'installations de sécurité requise avec niveau de confinement L3 ou L4. L'horodatage du prélèvement ou du recueil, de l'acheminement et de la réception de chaque

échantillon au laboratoire ainsi que l'identification de toutes les personnes qui accomplissent ces

tâches sont essentiels.

ARENAVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR

IMMUNOFLUORESCENCE

OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE,

OU ISOLEMENT PAR CULTURES OU SUR SOURICEAUX

Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l'objet d'instructions

spécifiques.

Codes NABM 4212, 4213, 4214, 4215

BIOPATHOLOGIE

Contexte pathologique :

Notion de voyage récent en zone endémique : Afrique pour les virus du complexe Lassa,

Amérique pour les virus du complexe Tacaribe

Contact avec des rongeurs

NB : En Europe, seul circule le virus de la chorioméningite lymphocytaire.

PRELEVEMENT ET TRANSMISSION DES ECHANTILLONS

Personnes, précautions standard : CDC Atlanta

Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1

Echantillon

Liquide céphalo-rachidien, sang total.

Prélèvement

Tubes stériles étanches, pas de contraintes particulières, prélèvements potentiellement

dangereux.

Particularités

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