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Traitement d'images 3D

Kit de développement

IPSDK

Atelier OMP - 18 avril 2019

Reactiv'IP

163 cours Berriat

38000 Grenoble -

FranceWeb: www.reactivip.comContact:

M. Laurent Bernard

Laurent.bernard@reactivip.com

Tél.: +33 (0)4 58 00 38 85

2Agenda

La société3

Services & Partenariats OEM5

La librairie IPSDK17

Démonstration29

La société

Reactiv'IP

Développement

d'applicationsLogiciels

FormationsEditeur des logiciels IPSDK, Astra

MetalloBox, FluoBoxRéalisation d'applications sur- mesure à partir de spéciifications ou d'une publication scientiifique.

Formations aux logiciels Astra,

Image-Pro, IPSDK, DragonFly et

Visilog.Société à taille humaine à

l'écoute de vos problématiques pour déifinir ensemble les solutions de traitement d'images les plus adaptées.Société dédiée au traitement d'imagesReactiv'IP

Expertises

Basée à Grenoble depuis 2013

5Reactiv'IP - Logiciels

•Librairie IPSDK •Kit de développement optimisé dédié au traitement d'images 2D et 3D •Logiciel ASTRA •Pour la détection et la mesure automatique d'objets •FluoBox (OpenSource)

•Logiciel dédié à la quantiification de marqueurs•Application MetalloBox (OpenSource)

•Pour la mesure de taille de grains et taux de phase en métallurgie

6•Logiciel ASTRA (C++)

Comptage et mesure automatique d'objets 2DASTRA

7MetalloBox

•Logiciel MetalloBox (Python, Open-source) Mesures pour la métallographie (Taille de grains, taux de phases)

8FluoBox

•Logiciel FluoBox (Python, Open-source)

Caractérisation de présence de marqueurs

Company Conifidential9Reactiv'IP - Services

•Développements spéciifiques •Réalisation d'application sur cahier des charges •Réalisation de traitements complémentaires •Formations •Formation au traitement d'images •Formation aux diffférents logiciels (IPSDK, Visilog, Image-Pro,

ASTRA)

•Participation à des projets de recherche •Dépouillement de données images•Support technique

10Exemples

Outils puissants de ifiltrage d'images

IPSDK possède de nombreuses fonctionnalités de ifiltrage et de débruitage. Parmi elles, on trouve

notamment une évolution du célèbre Non Local Means et la difffusion anisotrope. La ifigure suivante montre

le résultat obtenu sur une image très bruitée acquise en microscopie électronique.

11Exemples

12Exemples

13Exemples

Rotomoulage: Evolution de la présence de bulles suivant T°

14Exemples

•Fonctionnalités de recalage plan à plan basé sur les descripteurs •Correction de dérive (shrinkage)

15Utilisation avec DragonFly

Segmentation de roches (Tomo)

16Utilisation avec Digi-XCT

17Projet FUI GigaQuant

Développement d'outils logiciels pour la manipulation et le traitements d'images 3D de grandes tailles (sup à 1 Go)

Partenaires:

•Reativ'IP: Pilote - Développement d'IPSDK •Digisens: Développement de Digi-XCT (Visualisation & Reconstruction) •ESRF/UGA: Développement de nouveaux algorithmes de reconstruction et d'analyse •AMU: Développement du logiciel eMorph pour l'analyse des milieux poreux. •Groupe Total: End user Objectif: Accélérer tous ces produits à l'aide de la librairie IPSDK

18Simpliification du process

Accélération du temps de traitement

(de plusieurs heures à quelques minutes)Projet FUI GigaQuant

Librairie IPSDK

Company Conifidential20Image processing products

ProductStrengthWeakness

Avizo,Amira

Arivis

VG Studio

Imaris-Good visualization

-Windows/Linux -User friendly-Very slow, Black Box -No SDK -Very old image processing library -Batch -Expensive ITK Fiji

TomViz-SDK

-Many features -Development community -Windows/Linux -Open source-Very slow -Technical support, stability -Documentation -Scalability (distribution)

OpenCV-SDK

-Many features -Windows/Linux -Open source-Only available in 2D -Technical support -Documentation

Image Pro

Visilog

Aphelion-Good 2D visualization

-User friendly-Only Windows -Very Slow -Very old image processing library -No SDK -Batch

Matlab-Many features

-User friendly-Very Slow -Very old image processing library -Scalability (distribution)

ImageJ-Many features

-User friendly -Open source-Very Slow -Technical support, stability -Documentation

Objectifs de la librairie IPSDK

Product Differentiators - IPSDK

yDiversité des algorithmes proposés, implémentation proche de l'état de l'art yAdaptabilité aux architectures PC (SSE2, AVX2, AVX 512) yAdaptabilité aux futurs architectures yRapidité pour gérer de gros volumes de données (X10 en moyenne) yUtilisation possible sous forme de batchs yStabilité: Outil R&D et industriel. ySimplicité d'utilisation (Python, C++) yDocumentation complète et précise y Support technique eiÌifiÌicace7

22Core Intellectual Property

Solutions techniques adoptées

Adaptation à l'architecture PC disponible

yVectorisation yUtilisation systématique des jeux d'instruction SSE, AVX yDistribution yDistribution Multi Core yDistribution Multi PC (Cluster)

23Core Intellectual Property

yEnsemble complet de fonctions de traitement d'images (2d/3d/sequence) yMorphology ( propagation, erosion, dilatation, closing, ...) yFiltrage (median, gaussian, bilateral, anisotropic difffusion, NLM,...) yK-Means ySeuillage (otsu, tophat, ...) yStatistiques, mesures globales, combinaisons binaires, transformations couleurs, transformation des niveaux de gris, ... yConnected components, carte de distance, correlation, transformée de hough, analyse de blobs, séparation yRecalage par points d'intérêt (Sift) yMise à disposition d'un SDK yC++, python, Windows/Linux yDocumentation, Wizard

Benchmarks - Image 10000 x10000

24

Benchmarks - Image 512 x 512 x 512

25

Projet IPSDK - Tests

Environnement complet de test :

Non régression Tests unitaires pour combinaison d'images de tout type Tests de performance (vitesse) Simple à utiliser (mis à disposition dans le SDK)

SVNBuildCreate Installer

BenchmarksUnit testsExecute InstallerNightly build: 26

Projet IPSDK - Versions

Utilisation des binaires

générés avec une licence Partner ou

ToolkitDéveloppements

s'appuyant sur les algorithmes proposés par IPSDKDéveloppement de nouveaux algorithmes

Partner

Toolkit

RuntimeLes version d'IPSDK:

Demonstration

Contact:

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