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RStudio Connect: Admin Guide

Version 1.5.12-7

AbstractThis guide will help an administrator install and configure RStudio Connect on a managed server.

You will learn how to install the product on different operating systems, configure authentication, and

monitor system resources.

Contents

1 Introduction4

1.1 System Requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

4

2 Getting Started5

2.1 Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

5

2.2 Initial Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

7

3 License Management9

3.1 Capabilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

9

3.2 Notification of Expiration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

9

3.3 Product Activation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

9

3.4 Connectivity Requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

10

3.5 Evaluations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

11

3.6 Licensing Errors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

12

3.7 Floating Licensing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

12

4 Files & Directories15

4.1 Program Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

15

4.2 Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

15

4.3 Server Log . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

15

4.4 Access Logs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

16

4.5 Application Logs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

16

4.6 Variable Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

16

4.7 Backups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

18

4.8 Server Migrations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

18

5 Server Management19

5.1 Stopping and Starting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

19

5.2 System Messages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

21

5.3 Health-Check . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

21

5.4 Upgrading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

21

5.5 Purging RStudio Connect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

22

6 High Availability and Load Balancing 22

6.1 HA Checklist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

22

6.2 HA Limitations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

23

6.3 Updating HA Nodes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

24

6.4 Downgrading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

24

6.5 HA Details . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

24
1

7 Running with a Proxy25

7.1 Nginx Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

26

7.2 Apache Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

27

8 Security & Auditing28

8.1 API Security . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

28

8.2 Browser Security . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

28

8.3 Audit Logs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

30

8.4 Audit Logs Command-Line Interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

31

9 Database31

9.1 SQLite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

31

9.2 PostgreSQL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

32

9.3 Changing Database Provider . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

33

10 Authentication33

10.1 Changing Authentication Provider . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

34

10.2 Session Management . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

34

10.3 Username requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

34

10.4 User Attribute Editability . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

35

10.5 Password . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

36

10.6 LDAP and Active Directory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

36

10.7 OAuth2 (Google) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

42

10.8 PAM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

43

10.9 Proxied Authentication . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

45

11 User Management47

11.1 Self Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

47

11.2 User Roles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

47

11.3 User Permissions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

48

11.4 Administrator Capabilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

49

11.5 Locked Accounts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

49

11.6 Username Requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

49

11.7 User Renaming . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

49

11.8 Command-Line Interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

50

12 Process Management50

12.1 Sandboxing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

50

12.2 Temporary Directory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

51

12.3 Shiny Applications & Plumber APIs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

52

12.4 User Account for R Processes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

52

12.5 Current user execution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

52

12.6 PAM sessions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

53

12.7 Path Rewriting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

54

12.8 Program Supervisors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

55

12.9 Using theconfigPackage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .56

13 Content Management57

13.1 Sharing Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

57

13.2 Vanity Paths . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

57

13.3 Tags . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

58

13.4 Bundle Management . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

58

13.5 API Keys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

58

14 R59

2

14.1 Installing R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .59

14.2 Upgrading R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

60

14.3 R Versions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

60

14.4 R Version Matching . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

61

15 Package Management62

15.1 Package Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

62

15.2 Private Repositories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

63

15.3 Private Packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

64

16 Historical Metrics65

16.1 Historical Metrics Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

65

16.2 Historical Metrics Process Management . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

65

16.3 Historical Metrics Process Logging . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

65

Appendix65

A Configuration Options65

A.1 Configuration Basics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

65

A.2 Server . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

68

A.3 Http . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

70

A.4 Https . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

71

A.5 HttpRedirect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

71

A.6 Licensing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

72

A.7 Database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

72

A.8 SQLite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

73

A.9 Postgres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

73

A.10 Authentication . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

74

A.11 Password . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

75

A.12 OAuth2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

75

A.13 LDAP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

76

A.14 PAM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

78

A.15 Proxied Authentication . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

79

A.16 Authorization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

79

A.17 Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

80

A.18 Packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

82

A.19 Client . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

83

A.20 Runtime/Scheduler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

83

A.21 Jobs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

85

A.22 Historical Metrics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

85

B Command-Line Interface 86

B.1 User Management . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

86

B.2 Migration Utility . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

88

C Using a Custom Landing Page 89

C.1 Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

89

C.2 Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

90

C.3 Custom Landing Page Assets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

90

C.4 Example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

90

D LDAP/AD Configuration Examples 90

D.1 Single Bind . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

90

D.2 Double Bind . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

90

D.3 LDIF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

91
3

E RStudio Connect Deployment Guide 92

E.1 Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

92

E.2 Programmatic Deployment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

92

E.3 Step 1: Building the Bundle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

93

E.4 Step 2: Push Bundle to Connect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

96

E.5 Step 3: Bundle is deployed on Connect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

96

E.6 Other Frequently Asked Questions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

97
F Using Continuous Integration to Deploy Content 98

F.1 Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

98

F.2 Prerequisites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

98
F.3 Configuring a CI Server to Deploy Content to Connect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98

F.4 Warning and Security Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

100

G Programmatic Deployment with rsconnect 100

G.1 Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

100

G.2 Use Case: A Shiny Application . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

100

G.3 Warning and Security Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

101

G.4 Example Shiny Application . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

102

1 IntroductionRStudio Connect allows users to share and collaborate on the results they produce with R such as R Markdown

documents, Shiny applications, Plumber APIs, and plots. Source code or rendered artifacts can be deployed

into RStudio Connect and selectively shared with other viewers and collaborators within the organization.

Some content can even be scheduled to be re-executed and emailed on a given schedule.

RStudio Connect can also help simplify the role of the system administrator tasked with supporting R by

offering: •Detailed metrics for the server and the associated R processes •Logs for all R processes spawned by Connect •Secure deployments and interactions with artifacts using SSL/TLS •Scale a Shiny application beyond a single R process to support additional visitor load

1.1 System Requirements

RStudio Connect is supported on the following distributions of the Linux operating system: •Red Hat Enterprise Linux/CentOS Linux 6.0+ •Red Hat Enterprise Linux/CentOS Linux 7.0+ •Ubuntu 12.04 •Ubuntu 14.04 •Ubuntu 16.04

We currently only offer installers for the x86-64 architecture and require root privileges both to install and

run Connect. RStudio Connect can be used with R versions 3.1.0 or higher. RStudio Connect is supported against the latest versions of the following browsers: •Chrome •Safari •Firefox 4 •Internet Explorer 10 •Internet Explorer 11 •Microsoft Edge

2 Getting StartedThis chapter helps you install RStudio Connect on Ubuntu or Red Hat Enterprise Linux/CentOS Linux,

learn to manage the server, and perform some initial configuration. We built this checklist to guide you through that process. 1.

Install R - Ubun tu2.1.1, Red Hat/Cen tOS2.1.2

2.

Do wnloadRStudio Conn ectinstaller

3. Install RStudio Connect - Ubun tu2.1.1, Red Hat/Cen tOS2.1.2 4.

Set Server.SenderEmail- 2.2.1

5.

Set Server.Address- 2.2.1

6.

Configure A uthentication- 2.2.2, 10

7.

Restart RStudio Connect - 5.1

8.

Sign in toRStudi oConnect - 2.2.3

9.

Configure email sending - 2.2.4

2.1 Installation

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