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10 jui 2017 · ISBN : 978-2-9816759-0-3 (version PDF) Dépôt légal 19 0 MISE EN CULTURE ET IDENTIFICATION BACTÉRIENNE 31

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Bacilles à gram négatif en virgule − La culture est facile sur les milieux sélectifs (Milieu TCBS et milieux alcalins ) − L'identification fait appel aux Caractères 

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25 nov 2013 · pour l'identification des espèces bactériennes, en prenant comme exemple la L'éditeur ne permet pas la diffusion de l'article sous format pdf

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En bactériologie médicale, le but est d'effectuer l'isolement et l'identification des bactéries La purification devrait procéder toute identification bactérienne entreprise à partir pages http://microbiologie univ-tours fr/poly3_tpl3_2010_11 pdf

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S aureus Micrococcus luteus Micrococcus lentus S epidermidis S w arneri S xylosus S intermedi us S haemolyticus S saprophyticus su b sp saprophytic 

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spectrométrie de masse pour l'identification bactérienne Contexte : les pneumocoques, connus pour leur virulence chez l'homme,doivent être identifiés  

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qui enseignait la génétique bactérienne et la microbiologie (Chapitres 1, 3, 4, 5, Fiche 1 4 : L'identification de Bactéries pathogènes humaines : à chacun sa 

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Une nécessité

Identification bactérienne

De la galerie Api àla spectrométrie de masse

Xavier NASSIF

Identification bactérienne : pourquoi ?

Identification des infections

Optimisation de la prise en charge du patient

Choix de l"antibiogramme

Traitement probabiliste

Lecture interprétative de l"antibiogramme

Epidémiologie

Contrôle des épidémies

Lutte contre les infections nosocomiales

Challenge : rapidité, spécificité, faible coût

Agents pathogènes / agents commensaux

3 Technique de spectrométrie MALDI-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption/Ionisation-Time Of Flight)et identifcation bactérienne

1°étape: la formation d"un cristal entre l"échantillon àanalyser (une colonie de

l"espèce de pathogène) et une matrice organique sur une surface métallique;

2°étape:la surface du cristal est irradiée avec un faisceau laser;

La 3°étape:Les pics dominants sont extraits. 4 Le spectre est fonction de l"espèce bactérienne

S. aureus

S. epidermidis

S. Saprophyticussaprophyticus

S. warneri

S. haemolyticus

Limitation de l"emploi de la spectrométrie de masse pour l"identification bactérienne identification des pics spécifiques d"espèce 5 La réduction du temps d"identification: un avantage essentiel

Prélèvement

chez le patientCultureIdentification bactérienne et/ou antibiogramme

Prélèvement

chez le patientCultureIdentification bactérienne (en quelques minutes) J+1 Aujourd"hui -Systèmes AutomatisésAndromas-MALDI-TOFAndromas-MALDI-TOF J+2 J+1

La bactérie est identifiée

pratiquement 12 heures plus tôt qu"avec le "Gold Standard » d"aujourd"hui 6

Exemple: S. hominishominis-Pics constants > 0,1

7 Souches sélectionnées pour la réalisation des databasesS. aureus

Micrococcusluteus

Micrococcuslentus

S. epidermidis

S. warneri

S. xylosus

S. intermedius

S. haemolyticus

S. saprophyticussubspsaprophyticus

S. saprophyticussubspbovis

S. lugdunensis

S. hominissubsphominis

S. hominissubspnovobiosepticus

S. capitissubspcapitis

S. capitissubspureolyticus

S. caprae

S. pasteuri

S. cohnisubspcohni

S. cohnisubspurealyticum

S. scheiferisubspscheiferi

S. scheiferisubspcoagulans

S. sciurisubspsciuri

S. simulans

8

Database:

9

BacteriaGraphicProfile Data Base

10

Species Strain

Micrococcus luteus CIP A270 S. epidermidis 81 clinical isolates

S. warneri CIP 106511

CIP 8165

6 clinical isolates

S. xylosus CIP 103720

CIP 104065

S. intermedius CIP 81.60

S. haemolyticus CIP 104114

13 clinical isolates

S. saprophyticus subsp saprophyticus CIP 76.125T

CIP 103545

S. saprophyticus subsp bovis CIP 105262

CIP 105261

S. saprophyticus spp * 6 clinical isolates

S. lugdunensis CIP 103584

S. hominis subsp hominis CIP 81.57

CIP 104689

S. hominis subsp novobiosepticus CIP 105719T

S. hominis spp * 10 clinical isolates

S. capitis subsp capitis CIP 103688

S. capitis subsp ureolyticus CIP 104192T

S. caprae CIP 104000T

CIP 104520

S. pasteuri CIP 105540T

CIP 103830

CIP 103832

S. cohni subsp urealyticum CIP 104024T

CIP 104025

S. scheiferi subsp coagulans CIP 104366

S. sciuri subsp sciuri CIP 8162T

CIP 103583

CIP 103825

S. aureus 68 clinical isolates

212 souches cliniques testées

11 Collaboration avec le Dr Ronco(HopitalRaymond Poincaré, Garches) et leDr Sivadon(Hôpital Ambroise Paré, Boulogne Billancourt)

234 souches cliniques de SCoN

20 espèces différentes

Gold standard sodA

Systèmes automatisés

MALDI-TOF-MS

BD Phoenix

Vitek-2

Banques d"identification Necker

Comparaison de trois systèmes d"identification

12

DBId(%)Mis Id(%)No Id(%)DBId(%)Mis Id(%)No Id(%)

S. auricularis(1)y1(100)y1(100)

S. capitis(20)y20(100)y20(100)

S. caprae(14)y13(92.9)1(7.1)y9(64.3)5(35.7)

S. cohnii(15)y14(93.3)1(6.7)y10(66.7)5(33.3)

S. epidermidis(56)y56(100)y50(89.3)6(10.7)

S. haemolyticus(14)y12(85.8)1(7.1)1(7.1)y14(100)

S. hominis(29)y29(100)y20(69)9(31)

S. intermedius(1)y1(100)y1(100)

S. lugdunensis(14)y14(100)y13(92.9)1(7.1)

S. pasteuri(12)y10(83.3)2(16.7)y5(41.7)7(58.3)

S. saprophyticus(12)y12(100)y11(91.7)1(8.3)

S. schleiferi(2)y2(100)y2(100)

S. sciuri sciuri(1)y1(100)y1(100)

S. simulans(14)y14(100)y11(78.6)3(21.4)

S. warneri(16)y16(100)y8(50)8(50)

S. xylosus(3)y3(100)y3(100)

S. equorum(1)n1(100)y1(100)

S. condimenti(1)n1(100)n1(100)

S. piscifermentans(2)n2(100)n1(50)1(50)

S. saccharolyticus(6)n6(100)n4(66.7)2(33.3)

Total all strains(234)218(93.2)4(1.7)12(5.1)177(75.6)54(23.1)3(1.3)Species(Nb)MALDIPhoenix

DBId(%)Mis Id(%)No Id(%)Low Id(%)

S. auricularis(1)y1(100)

S. capitis(20)y12(60)3(15)1(5)4(20)

S. caprae(14)y14(100)

S. cohnii(15)y13(86.7)2(13.3)

S. epidermidis(56)y52(92.9)4(7.1)

S. haemolyticus(14)y11(78.6)2(14.3)1(7.1)

S. hominis(29)y25(86.2)3(10.4)1(3.4)

S. intermedius(1)y1(100)

S. lugdunensis(14)y12(85.8)1(7.1)1(7.1)

S. pasteuri(12)y2(16.7)10(83.3)

S. saprophyticus(12)y10(83.4)1(8.3)1(8.3)

S. schleiferi(2)y1(50)1(50)

S. sciuri sciuri(1)y1(100)

S. simulans(14)y11(78.6)2(14.3)1(7.1)

S. warneri(16)y9(56.3)3(18.7)4(25)

S. xylosus(3)y3(100)

S. equorum(1)y1(100)

S. condimenti(1)n1(100)

S. piscifermentans(2)n2(100)

S. saccharolyticus(6)n6(100)

Total all strains(234)176(75.2)32(13.7)2(0,9)24(10.3)Species(Nb)VITEK-2 Résultats de la comparaison de trois systèmes d"identification (1/2) 13 DB Id

Mis Id

No Id DB Id

Mis Id

No Id 1

S. auricularis

(1) y 1 (100) y 1 (100) 2

S. capitis

(20) y 20 (100) y 20 (100) 3

S. caprae

(14) y 13 (92.9) 1 (7.1) y 9 (64.3) 5 (35.7) 4

S. cohnii

(15) y 14 (93.3) 1 (6.7) y 10 (66.7) 5 (33.3) 5

S. epidermidis

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