I) Prise en main du logiciel Chemsketch
formule développée et le modèle moléculaire 3d •Pour obtenir la formule semi-développée : Il n'y a rien à faire si le logiciel est bien configuré il dessine directement les formules semi-développées Sinon si les atomes n'apparaissent pas tous,
Nom Formule développée Formule semi-développée brute
Pour chaque molécule, donner la formule développée et la formule semi-développée 2 Mise en évidence de l’isomérie Lancer le logiciel Chemsketch et ouvrir les fichiers correspondants aux molécules du tableau ci-dessous Compléter ce tableau Nom Formule développée Formule semi-développée Formule brute Propan-1-ol Propan-2-ol
Initiation au logiciel gratuit CHEMSKETCH
pris dans le tableau périodique Par défaut chemsketch lui associe une molécule hydrogénée qu’il faudra modifier Exemple, pour écrire l’acide sulfurique (ci-dessous), clique sur S puis dans la zone de travail, vous obtenez H 2 S O S O OH OH Mettez-vous en mode continu puis choisissez O dans la barre de gauche, cliquez sur S (de la
Activités du chapitre 6 : Des atomes aux molécules Activité 1
Formule semi-développée Formule topologique 1S 2 Année 2015-2016 Le logiciel Chemsketch permet d’étudier la géométrie des molécules 1 Molécule de
TP 14: DES ATOMES AUX MOLECULES (livre : chap9)
Représenter, dans chaque cas, la formule semi-développée Question 11 : Sachant que les molécules précédentes sont des isomères , proposer une définition de ce mot Des isomères sont des molécules qui ont la même formule brute mais des enchaînements d’atomes différents
Notice simplifiée des logiciels de création et visualisation
Pour revenir sur Chemsketch, cliquer sur : en bas de la fenêtre Les boutons en bas de la fenêtre permettent de passer de ACD 3D Viewer vers ChemSketch et inversement de ChemSketch vers ACD 3D Viewer une fois que les deux logiciels sont ouverts Sous le menu Edit, passer en mode Draw : ChemSketch se comporte alors comme un logiciel de dessin
OBSERVER TP 10 : Structure et géométrie des molécules
La formule développée est une formule de Lewis ne faisant pas apparaître les doublets non liants La formule semi-développée ne fait pas apparaître les liaisons avec l’hydrogène 10 Donner les formules semi-développées de deux molécules isomères de formule brute C 2 H 6 O 11 Donner les formules semi-développées de trois
L’exemple utilisé dans cette fiche est la molécule de
Fiche pratique : Comment créer et visualiser en 3D une molécule avec le logiciel ChemSketch L’exemple utilisé dans cette fiche est la molécule de dopamine Partie I : Création de la molécule Molécule de dopamine : Formule brute : C8H11NO2 1 Ouvrir le logiciel ChemSketch présent sur le bureau 2
F12 / Structures et fonctionnement des protéines
La formule semi-développée de l’oligopeptide, sans soui d’orientation des groupements ; 2 2 La réérire, haîne aronée prinipale sur une ligne ien horizontale en respetant les odes d’ériture pour les protides, à savoir : N-terminal à gauche et C-terminal à droite, les radicaux perpendiculaires à la ligne et vers le bas ; 2 3
LES STEREOISOMERES
La formule développée : tous les atomes et toutes les liaisons sont représentés La formule semi-développée : on représente toutes les liaisons, sauf celles avec les atomes d’hydogène La formule topologique : on représente une chaîne carbonée par une ligne brisée Au sommet
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C.Thirode
Initiation au logiciel gratuit CHEMSKETCH.
3MJH G·MŃŃXHLO
Dans cette page, aller dans
Tools puis
STRUCTURE PROPERTIES qui
permet un choix de représentationGENERATE qui peut donner le
nom de certaines molécules dessinnéesCALCULATE calcule les
propriétés des molécules.Dans le menu TEMPLATES choisir windows, quelques familles GH PRGqOHV VRQP MIILŃOpHV j JMXŃOH G·MXPUHV
peuvent être obtenues par le menu déroulant ou avec cette icône. GHX[ NMUUHV G·RXPLOV VRQP j YRPUH GLVSRVLPLRQ en mode structure Annuler/reprendre effacer lancer " AC 3D WIEVERDessin normal continu chaîné normal permet de lier 2 molécules en cliquant avec le bouton gauche de la
souris et an le maintenant enfoncé pendant le déplacement. Pour sélectionner un objet RX OH OMVVR SRXU XQ HQVHPNOH G·RNÓHPV En mode draw les barres gauche et droite ont changé. la palette de couleurs permet de colorier les objets sélectionnés. Vous reconnaissez ici les liaisons utilisées en représentation de Cram. Bonne approche pour les premières leçons. Ici, dans la deuxième ligne vous trouvez les outils de rotation 2D et 3D à droite. Rotations à partir de liaisons au centre (mettre horizontal ou vertical). Les autres correspondent à des symétries diverses et changement de position.FH ORJLŃLHO SHUPHP MXVVL G·pŃULUH GHV pTXMPLRQV ŃOLPLTXHV MYHŃ OM SMUPLH GH OM NMUUH ŃL-dessous.
Le tableau sous la flèche est le calculateur de réaction.3MVVRQV j O·pŃULPXUH G·XQH PROpŃXOHB
C.Thirode
(Q PRGH VPUXŃPXUH RQ XPLOLVH G·MNRUG le bouton normal et on choisit un atome déjà écrit à gauche ou
SULV GMQV OH PMNOHMX SpULRGLTXHB 3MU GpIMXP ŃOHPVNHPŃO OXL MVVRŃLH XQH PROpŃXOH O\GURJpQpH TX·LO IMXGUM
modifier. ([HPSOH SRXU pŃULUH O·MŃLGH VXOIXULTXH ŃL-dessous), clique sur S puis dans la zone de travail, vous
obtenez H2S. SOO OH OH Mettez-vous en mode continu puis choisissez O dans la barre de gauche, cliquez sur S (de la zone detravail) puis dans une zone vide à proximité de S : S est lié à OH (toujours cet H de chemsketch).
Recommencez trois fois, vous obtenez
SOHOH OH OH . Il vous reste à cliquer sur deux des liaisons OH pour les transformer en double liaison S=O et le tour est joué.Remarque : si les lisons sont mal alignées, vous pouvez sélectionner la molécule avec le lasso et utiliser
" clean structure » .Dans les premières leçons de première vous parlerez des alcanes, alors voyons les différentes possibilités
en vous précisant que le bouton " chaîné » PMLQPHQX MSSX\p SHUPHP G·MOORQJHU OM ŃOMvQH .
1. Sélectionner " all » et " terminal » puis set defaults si vous voulez les réglages
de base, molécules semi développées, modèle de Cram et tous les atomes visibles.2. Si vous désirez des molécules écrites en topologique il faut " décocher » all et
terminal (sinon apparaissent les atomes terminaux).3. HO HVP SRVVLNOH MXVVL GH SMVVHU G·XQH UHSUpVHQPMPLRQ j O·MXPUH HQ VpOHŃPLRQQMQP OM
molécule et en changeant les choix dans la fenêtre ci-contre. (fenêtre très importante).4. A partir de là dans 3D WIEVER vous pouvez accéder aux modèles éclatés,
ŃRQGHQVpV j O·HQŃRPNUHPHQP VPpULTXH IMLUH PRXUQHU OM PROpŃXOH HPŃBB5. Pour revenir au départ cliquer sur ACD/labs puis chEMSKetch.
9RLŃL GHV H[HPSOHV GH ŃH TXH O·RQ RNPLHQP GMQV 3G JH(9(5 selon les choix
C.Thirode
Des molécules avec des cycles peuvent aussi être dessinées : cliquer sur " Table of Radical » dans
TEMPLATES puis choisir le cycle (ou MXPUH VPUXŃPXUH GpVLUp HQ ŃOLTXMQP GHVVXV HP OH SRVHU G·XQ ŃOLŃ dans
O·HVSMŃH GH PUMYMLOB (Q UpSpPMQP ŃH ŃROOMJH YRXV RNPHQH] O·MQPOUMŃqQH (remarque : le benzène au premier clic,
est apparu dans la barre de droite et donc directement utilisable ² il peut en être suppimé par un double-clic
dessaus). La mettre propre avec " clean », la nommer comme expliqué plus tôt. Quelques présentations.
C C CH CH CH CH C C CH CH CH CH CH CH anthracene anthraceneIl est possible aussi de créer une molécule composée de cycles différents en sélectionnant les cycles
VRXOMLPpV G·\ MÓRXPHU GHV OLHQV HP GHV V\PNROHV"BHQ ŃOLTXMQP VXU XQ GHV MPRPHV GH OM NMUUH GH JMXŃOHB
'pSODFHUOHSRLQWHXUjOquotesdbs_dbs44.pdfusesText_44