[PDF] TD N°3: Les acides aminés et les protéines



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Résines échangeuses d’ions

d'être à I'équilibre montage de la colonne puis essals pour tester I'efficacité de la résine à séparer les ions Séparation en 2 étapes les ions sont d'abord fixés par la résine (échange du proton pour Cu2+ et Cr3+) parce que On la conditionne avant de la mettre clans la colonne il ne faut jamais la laisser sécher avec HN03, 1M



A Comprehensive Method for Precise Determination of Re, Os

colonne d’echange d’anions de 2 ml Ensuite, l’associa- tion Re-Ru est purifiee une seconde fois gr^ace a une colonne secondaire echangeuse d’anions de 0 25 ml, ou



TD N°3: Les acides aminés et les protéines

- Une colonne de résine échangeuse d'anion est une colonne qui fixe les anions (les acides aminés chargés négativement (aa-)) 1- Pour qu'un acide aminé soit un anion, il faut que le pH du milieu soit supérieur à son pHi (pH>pHi) Par conséquent, le pH de la colonne doit être supérieur à tous les pHi des acides aminés donnés



NOUVEAUX PRODUITS EDITO Résine CU

une petite colonne de résine échangeuse d’anions (une alternative est d’évaporer la fraction Cu et de la re-dissoudre dans le solvant souhaité) (fig 4) Cette étape supplémentaire de conversion en milieu faiblement acide ou neutre permet de concentrer et de purifier le cuivre par rapport au Ni, Zn, Au et aux impuretés organiques



Spectromètre de masse à plasma à couplage

la sortie de la colonne chromatographique à l entrée du nébuliseur par l intermédiaire d un capillaire en PEEK Un mécanisme d échange d anions est utilisé (pré-colonne Agilent G3254-65002 et colonne Agilent échangeuse d anion G3288A) avec une phase mobile composée de 2 mM PBS v/v 0,2 mM EDTA v/v - 10 mM CH3COONa m/v - 30 mM NaNO



LA CHROMATOGRAPHIE - Authentification

des billes seront éluées de la colonne selon leur masses moléculaires: les plus grosses étant éluées en premier-Le volume d’élution d’une protéine dans une colonne de gel-filtration (V e) peut être déterminé quantitativement => c’est le volume de solvant nécessaire pour éluer la protéine après son dépôt sur la colonne



à laide des résines échangeuses dions par voies enzymatique

solution d'enzyme libre, l'influence de la température est étudiée en ajoutant 100 ml d'enzyme libre à 200 ml d'une solution de lactose à 5p 100 b) Enzyme fixée On dispose 700 g d'enzyme et son support dans une colonne de verre pyrex à double paroi qui est thermostatée à l'aide d'un cryostat (Haake FK2) contenant de l'éthylène glycol



Réalité de la trypanosomiase humaine africaine au Mali sur la

m-AECT : mini –anion exchange centrifugation technique ou technique de la mini-colonne échangeuse d’ions HAI: hemagglutination indirecte CATT: Card agglutination test for trypanosomiasis CTC : Centrifugation en tube capillaire OCCGE : organisation de coordination et de coopération de la lutte

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1 Année universitaire 2020/2021

Université des Frères Mentouri Constantine1

Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie

2 ème LMD Tronc commun

Module de Biochimie (TD)

TD N°3: Les acides aminés et les protéines

Exercice 1:

Soient les acides aminés suivants: Ala, Asp, Lys.

1- Indiquer la charge nette globale de ces acides aminés à pH 1, à pH 7 et à pH 10.

2- Calculer leur pHi.

Exercice 2:

Soient le mélange d'acides aminés suivant: Ala, Tyr, Glu, Asp, Arg, Lys. - Le mélange est déposé sur une colonne échangeuse d'anion à un certain pH. Indiquer ce pH. - Quel est l'ordre d'élution de ces acides aminés ? Expliquer.

Exercice 3:

On donne les peptides suivants: Lys-Ala-His-Glu-Met, Tyr-Leu-Asp-Cys.

1- Ecrire la formule développée de ces peptides. Donner le nom de chacun d'eux.

2- Etudier la variation de leur charge nette en fonction du pH et déterminer leur pHi.

On utilise les valeurs suivantes pour le pK des différentes fonctions ionisables.

Fonctions Į ȕį Į Ȗ Imidazole Thiol

pK 3 4.5 8.5 10.5 6.5 10

Exercice 4:

On donne un mélange de quatre protéines A, B, C, D.

L'électrophorèse réalisée sur ce mélange à pH =7 a donné le résultat suivant:

C B A D

2 Année universitaire 2020/2021

Le calcul du pHi de ces quatre protéines a donné les valeurs suivantes: pHi = 5.1, pHi = 6.2, pHi = 8, pHi =8.5.

1- Indiquer le pHi correspondant à chaque protéine.

2- Ce mélange est déposé au sommet d'une colonne de résine échangeuse d'anions

éluée par un tampon de pH 7. Parmi les quatre protéines données, quelles sont celles qui s'accrochent la plus fortement à la résine.

3- Comment doit-on faire varier le pH afin de faciliter la libération de ces protéines ?

Justifier votre réponse.

4- Indiquer l'ordre d'élution des protéines. Justifier votre réponse.

Exercice 5:

L'étude de la structure d'un peptide a donné les résultats suivants :

1- Composition en acides aminés : Ala, Arg, Cys, Lys, Ser.

2- L'hydrolyse par la trypsine donne un dipeptide et un tripeptide.

3- L'hydrolyse acide ménagée donne un tripeptide composé de : Ala, Arg, et Cys.

4- L'action du dinitrofluorobenzène (DNFB) sur le tripepetide précédent donne un

dinitrophényl-Alanine (DNP-Ala). Parmi les réponses suivantes, choisir la ou les séquence(s) compatible(s) avec les données ci-dessus: a- Lys-Ala-Arg-Cys-Ser b- Ala-Arg-Cys-Ser-Lys c- Ala-Arg-Cys-Lys-Ser d- Ser-Ala-Arg-Cys-Lys e- Ser-Lys-Ala-Arg-Cys f- Ala-Arg-Ser-Cys-Lys

Exercice 6:

On veut déterminer les poids moléculaires d'une protéine.

1- Sachant que la protéine contient 0.2 % de His et que le PM de His est de 155,

calculer le PM minimum de la protéine.

2- L'ultracentrifugation de la protéine a donné un PM de 390.000. Indiquer le nombre

de molécules d'His rentrant dans la composition de ce peptide.

3 Année universitaire 2020/2021

Résolution des exercices

Exercice 1:

1- Ecrire la formule chimique des acides aminés donnés:

- Ala (Alanine): CH3-CH-COOH - Asp (acide aspartique, aspartate): COOH-CH2-CH-COOH - Lys (Lysine): NH2-(CH2)4-CH-COOH - La charge nette globale des acides aminés est obtenue en appliquant une titration, réalisée par un gradient de pH croissant de pH=1 à pH>10. Sachant que l'ionisation des fonctions acide et amine sont comme suit:

COOH COO-

NH2 NH3+

- Le pH de la demi dissociation (ionisation) de la fonction acide est appelé: pa. C'est le pH au niveau du quel la moitié de la fonction acide est ionisée (50% COO-). - Le pH de la demi dissociation (ionisation) de la fonction amine est appelé: pkb. C'est le pH au niveau du quel la moitié de la fonction amine est ionisée (50% NH3+). pH 1 pH 7 pH 10 Ala Asp Lys +1 +1 +2 0 -1 +1 -1 -2 0

2- Calcul des pHi (pH isoéléctrique)

- PHi Ala = pka +pkb/2 = 6,02. - PHi Asp = pka +pkr/2 = 2,97. - PHi Lys = pkb +pkr/2 = 9,74. NH2 NH2 NH2

4 Année universitaire 2020/2021

Exercice 2:

- Une colonne de résine échangeuse d'anion est une colonne qui fixe les anions (les acides aminés chargés négativement (aa-)).

1- Pour qu'un acide aminé soit un anion, il faut que le pH du milieu soit supérieur à

son pHi (pH>pHi). Par conséquent, le pH de la colonne doit être supérieur à tous les pHi des acides aminés donnés. Le pH de la colonne soit supérieur à 10,76 (pH>

10,76).

2- Pour l'élution, il faut annuler la charge des acides aminés (aa0). C'est-à-dire

atteindre leurs pHi. A chaque fois qu'on atteint le pHi d'un acide aminé, il devient sans charge et sort de la colonne. Dans notre cas, pour l'élution de ces acides aminés, il faut faire un gradient de pH décroissant à partir de pH 11. L'ordre d'élution sera: Arg, Lys,

Ala, Tyr, Glu , Asp.

Exercice 3:

Travail de maison.

Exercice 4:

1- Selon le résultats de l'électrophorèse, la protéine A et D migrent vers la cathode (-).

Se sont des cations dont le pH de l'électrophorèse (pH 7) est inferieur à leurs pHi. pHi A = 8, pHi D = 8,5 (selon la distance de la migration).

- Selon le résultats de l'électrophorèse, la protéine B et C migrent vers l'anode (+). Se

sont des anions dont le pH de l'électrophorèse (pH 7) est supérieur à leurs pHi. pHi B= 6,2, pHi C = 5,1 (selon la distance de la migration).

2- Si le mélange est déposé sur une colonne de résine échangeuse d'anions, seules les

protéines B et C se fixent à la colonne. Tandis que les protéines A et D ne sont pas fixées, elles sortent de la colonne avant l'élution. La protéine C se fixe plus fortement que la protéine B car elle est plus chargée négativement que B.

3- La libération de ces protéines (l'élution) est réalisée par un gradient de pH

décroissant à partir de pH 7.

4- L'ordre d'élution est : B ensuite C.

C B A D

5 Année universitaire 2020/2021

Exercice 5:

1- Le peptide est constitué de cinq (5) acides aminés qui sont: Ala, Arg, Cys, Lys et

Ser.

2- La trypsine coupe après les acides aminés basiques. Dans notre cas elle coupe après

l'arginine et la lysine.

3- L'hydrolyse acide ménagée donne le tripeptide Ala-Arg-Cys. L'ordre de ces trois

acide aminé est toujours présent.

4- Le DNFB se fixe à la fonction NH2 terminal libre, donc il se fixe sur le premier

acide aminé d'un peptide. L'alanine est le premier acide aminé qui compose notre peptide. La séquence compatible avec les donnés de l'exercice est la séquence b: Ala-Arg-Cys-

Ser-Lys.

Exercice 6:

1- PM protéine = 77500.

2- Nombre de molécules d'His est: 5 molécules.

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