CONSTRUCTION ET ÉTUDE DUN ARBRE PHYLOGÉNÉTIQUE Quelques

Pour construire notre arbre sur du solide, on s’assure de consulter les originaux des actes ou une copie des ates (En d’autres mots: on s’assure de vérifier la source de l’information ) •Lorsque l’on fait un arbre informatisé qui sera public; par éthique, on ne met pas les dates des personnes vivantes ou de moins de 100 ans

LIEN DE PARENTÉ ENTRE L’HOMME ET LES SINGES

comparables de quatre espèces de Mammifères Ressource 3 : arbre de parenté de quelques espèces de obtenu avec le logiciel phylogène site INRP de la fiche d’utilisation du logiciel afin de construire l’arbre de parenté, d’obtenir le nom des groupes (notamment les Singes) et les innovations évolutives

Comprendre et Exploiter un Arbre Phylogénétique

T Leclerc - Comprendre et exploiter un arbre phylogénétique 6 3 Comparer les degrés de parenté • Pour comparer les liens de parenté entre les taxons, il faut prendre les taxons deux par deux et évaluer pour chaque paire de taxons le lien de parenté ; pour cela :

99 oouuttiillss ggrraattuuiittss ppoouurr ssaaiissiirr

Il utilise des techniques de calcul de parenté et de consanguinité extrêmement efficaces concoctés en collaboration avec un directeur de recherche à l’INRIA Il permet entre autres de convertir des dates, de gérer les titres de noblesse, d’afficher les anniversaires, de saisir des notes

Les sciences et technologie au CE2 Les relations de parenté

On dit qu’ils ont des liens de parenté • On peut représenter les liens de parenté sous forme d’emboîtements ou d’arbre de parenté Quelles compétences a-t-on utilisées ? • Observer des êtres vivants et en déduire des informations • Remplir un tableau à l’aide de ces données • Faire un schéma en groupes emboîtés

CONSTRUCTION ET ÉTUDE DUN ARBRE PHYLOGÉNÉTIQUE Quelques

L'analyse phylogénétique a pour objectif de reconstruire des liens de parenté entre les organismes et d'estimer leurs temps de divergence Un arbre phylogénétique est une représentation graphique de la phylogenèse d'un groupe de taxons Les sommets représentent les taxons ou les unités évolutives (OTU – operational taxonomic units)

Le guide du jardin fruitier - Cirad

C'est une technique par laquelle un greffon, partie de végétal prélevée sur un arbre de la variétéque l'on souhaite multiplier, est uni à un autre végétal, le porte-greffe, obtenu par semis qui devient alors le support fournissant les aliments nécessaires à la croissance, de telle

Partie(s) du programme :la parenté entre les espèces

Ce menu permet d’établir des liens de parenté entre les espèces en fonction des caractères qu’elles possèdent Les caractères communs entre espèces sont interprétés comme des liens de parenté évolutive qui sont représentés sous forme d’un arbre d’un arbre phylogénétique Académie de Rouen 2 sélectionner les caractères (il

9 Implantations des arbres binaires par un tableau: les

En plus d’être un arbre de recherche, pour chaque nœud d’un arbre AVL, la différence des hauteurs entre le sous-arbres droit et le sous arbre gauche est 0, -1 ou 1 Bien entendu, lors de l'adjonction ou de la suppression, cette propriété peut se perdre Il existe des algorithmes de rééquilibrage qui maintiennent cette propriété

Quelques définitions

Phylogénie

(phylogenèse) est une reconstruction de l'histoire évolutive des êtres vivants. Le terme phylogenèse a été introduit par Haeckel en 1866. Les fondements de la systématique phylogénétique ou cladistique ont été formulés par Willy Hennig, en 1950. L'analyse phylogénétique a pour objectif de reconstruire des liens de parenté entre les organismes et d'estimer leurs temps de divergence

Un arbre phylogénétique est une représentation graphique de la phylogenèse d'un groupe de

taxons. Les sommets représentent les taxons ou les unités évolutives (OTU - operational taxonomic units). Les noeuds internes représentent des ancêtres hypothétiques. Les branches définissent les relations entre les taxons en terme de descendance. Taxon : Ensemble des organismes reconnus et définis dans chacune des catégories de la

classification biologique hiérarchisée. En d'autres termes : contenu concret d'une catégorie.

Exemple : Canis lupus, le Loup, est un taxon de rang spécifique (catégorie : espèce) ; les canidés

(Chien, Loup, Renard .) constituent un taxon de rang familial (catégorie : famille ) La méthode cladistique est basée sur la notion d'homologie. On n'établira des relations de parenté que sur la base du partage des états évolués des caractères (ou homologies).

Lorsqu'une nouveauté évolutive apparaît chez un organisme, elle sera transmise à tous ses

descendants. On peut donc tenir le raisonnement suivant : lorsque plusieurs être vivants partagent

une même nouveauté évolutive (homologie), ils l'ont héritée d'un même ancêtre, qui leur est

propre (ancêtre commun), et chez qui cette nouveauté est apparue.

Caractère : On appelle (en première approche) caractère tout attribut observable d'un individu.

Dans le contexte cladistique, un caractère est une collection d'attributs sur laquelle on fait un pari

d'homologie.

Homologie :

Des structures sont homologues lorsqu'elles occupent la même position et qu'elles ont les mêmes

connexions avec les structures voisines au sein d'organismes partageant un même plan d'organisation, et ceci quelles que soient leur forme et leur fonction - R. Owen (1843). Exemple : membres humain, otarie, chauve-souris, tortue, oiseau. Comment différentier analogie (similitude) et homologie ? (Exemple : Etude des ailes) L'étude de caractères embryonnaires permet de montrer que 2 structures de formes et de fonctions différentes ont la même origine embryonnaire, elles doivent avoir une origine phylogénétique commune ce qui peut aboutir à une hypothèse d'homologie. Les analogies peuvent être dues à des phénomènes de convergence de forme, liées aux adaptations au milieu de vie (exemple : les ailes des oiseaux et des chauve-souris), ou encore à des phénomènes de régression (exemple : l'absence de pattes chez les serpents). CONSTRUCTION ET ÉTUDE D'UN ARBRE PHYLOGÉNÉTIQUE 1

Les organes analogues ne sont donc pas hérités d'un même ancêtre commun, ils ne traduisent

pas les relations de parenté. L'aile chez l'oiseau et le bras de l'homme sont homologues, en tant que patte avant ! Par contre l'aile chez la chauve souris et l'aile chez l'oiseau ne sont pas homologues en tant qu'aile, car la fonction d'aile a été acquise séparément ! Polarisation des caractères : État primitif (ancestral) et état dérivé L'observation de structures dites homologues permet de définir plusieurs états pour un même

caractère (ex: nombre de doigts des membres chez les Tétrapodes). Il est essentiel de déterminer

quel est l'état primitif et quel est l'état dérivé de chaque caractère étudié. On dit que l'on polarise

les caractères.

Il existe un événement évolutif (innovation) permettant le passage d'un état ancestral à un état

dérivé.

Pour un caractère donné, l'état qui apparaît le 1er est considéré comme le plus ancestral, l'état qui

apparaît dans un 2nd temps est l'état dérivé.

L'état dérivé a été transmis par un ancêtre commun exclusif à un ensemble d'espèces au sein de

l'échantillon.

La notion de " caractère dérivé » est RELATIVE : elles est définie par rapport au groupe

d'espèces dont on recherche les liens de parenté. Exemple: au sein des vertébrés, la possession

d'un placenta est un caractère dérivé mais, au sein des Primates, c'est un caractère ancestral (car

les TOUS les primates ont un placenta). Il ne peut donc servir pour établir des relations de parenté

au sein des Primates.

Le critère extra-groupe

Il consiste à choisir une espèce extérieure à l'échantillon à classer

Il servira de référence chez qui on postule (hypothèse de travail) que tous les caractères étudiés

sont à l'état primitif. Cette espèce est choisie de manière à ce que son point de branchement dans l'arbre

phylogénétique soit antérieur au dernier ancêtre commun à toutes les espèces de l'échantillon à

classer.

Les caractères seront ainsi codés pour réaliser une matrice de caractères qui présente pour

chaque groupe l'état de chaque caractère utilisé.

0 : état trouvé dans l'extra-groupe - 1 : état dérivé.

Le principe de la méthode cladistique consiste à regrouper les organismes présentant le même

état dérivé pour un caractère. Deux organismes ont d'autant plus proches qu'ils partagent un

grand nombre de caractères à l'état dérivé.

Autrement dit : "Plus 2 espèces étudiées partagent de caractères dérivés communs, plus elles

sont proches ». Ainsi il suffit d'identifier un caractère dérivé commun à plusieurs espèces pour

conclure que ces espèces ont une origine commune. Par exemple la bipèdie est le caractère

dérivé qui permet de classer toutes les espèces fossiles et Homo sapiens, au sein de la lignée

humaine. 2

Les clades

L'arbre permet de définir des groupes ayant une signification phylogénétique, càd des groupes

dont tous les membres partagent au moins un attribut exclusif (caractère dérivé propre) qui leur a

été légué par un ancêtre commun hypothétique. Ces groupes sont monophylétiques ; ce sont des clades (ancêtre commun + tous les descendants). Exemple : Crocodile et Pigeon sont inclus dans un clade, celui des Archosaures. Les ancêtres communs se trouvent toujours aux noeuds de l'arbre et sont hypothétiques.

Un ancêtre commun est défini par l'ensemble des caractères dérivés des espèces qui en dérivent

(= espèces qui lui sont postérieures) : il possède également les caractères ancestraux des

groupes dans lesquels il est inclus (groupes antérieurs).

Un ancêtre commun n'est jamais représenté par une espèce fossile : il est toujours hypothétique.

Le principe de parcimonie :

Plusieurs cladogrammes peuvent être établis à partir d'un même ensemble de taxons et de caractères.

Le cladogramme qui sera considéré comme le plus valable (le plus probable) est celui qui sera le

plus parcimonieux, c'est à dire celui qui supposera le moins de transformations évolutives.

La Phylogénie génétique

Les arbres basés sur la quantification des mutations de séquences nucléotidiques (ADN, gènes)

et des mutations de séquences peptidiques (protéines, acides aminés) sont interprétés comme

suit : des séquences ressemblantes témoignent d'une parenté étroite des espèces qui les

possèdent, parenté d'autant plus forte que les ressemblances sont nombreuses (ou les différences sont faibles).

Exemple : Phylogènie de l'ours des cavernes.

Bibliographie

G. Lecointre : Classification phylogénétique du vivant 3quotesdbs_dbs12.pdfusesText_18

[PDF] CONSTRUCTION ET ÉTUDE DUN ARBRE PHYLOGÉNÉTIQUE Quelques

5 Comment faire un arbre?

LIEN DE PARENTÉ ENTRE L’HOMME ET LES SINGES

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Les sciences et technologie au CE2 Les relations de parenté

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Le guide du jardin fruitier - Cirad

Partie(s) du programme :la parenté entre les espèces

9 Implantations des arbres binaires par un tableau: les

Quelques définitions

Phylogénie

Homologie :

Le critère extra-groupe

0 : état trouvé dans l'extra-groupe - 1 : état dérivé.

Les clades

Le principe de parcimonie :

La Phylogénie génétique

Exemple : Phylogènie de l'ours des cavernes.

Bibliographie