Initiation à la virologie Chapitre I : Généralités sur les
4 Développements en virologie et par la virologie James Watson et Francis Crick décriront la structure hélicoïdale de l’acide désoxyribonucléique (aDn) en 1953, en se basant sur des travaux de Maurice Wilkins et surtout de Rosalind Franklin Ils recevront le prix Nobel en 1962 pour cette découverte sans R Franklin, décédée entre
Chapitre V - complementslavoisiernet
Virologie générale 396 8 extrémités définies, ou sous forme d’an-neau (circulaire) Les virus à ARN pos-sèdent, en règle générale, un génome à un brin (ss, pour single strand), sujet à une fréquence de mutation élevée car les ARN polymérases n’ont pas les fonctions de correction d’erreurs des ADN polymé-rases
DFGSM3 VIROLOGIE - sorbonne-universitefr
virologie médicale à lhôpital et ont une activité de recherche en virologie Le présent polycopié est le document de référence pour valider les notions exposées lors des cours et des ED, approfondir une question, préparer lexamen Faute de temps, il nest pas possible daborde r, au cours des cours et des ED, toutes les notions de
DIAGNOSTIC DES INFECTIONS VIRALES
transport de virologie , milieu de culture contenant de l’albumine ou de la gélatine, des antibiotiques et antifongiques • Les échantillons de sang, d'urines, de selles, de lavage broncho-alvéolaire, de LCR, les biopsies d'organes sont recueillis dans un récipient stérile
SARS-CoV-2 transmission among children and staff in daycare
Laboratoire de virologie, Bobigny, France (S Brichler PhD); Sorbonne Université, Institut Pierre Louis d’Épidémiologie et de Santé Publique, AP-HP, Hôpital Saint-Antoine, Paris, France (Prof P-Y Boelle PhD); Université Paris 13, Sorbonne Paris cité, INSERM U1163/CNRS ERL 8254, AP-HP, Hôpital Avicenne, URC-CRC GHPSS, Bobigny, France
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Agent infectieux Cours 4 Jeudi 24 Janvier Pr Stéphane BRETAGNE Roneotypeuse : Amina DEBBAH Ronéolectrice : Aude DE VALS Partie 1 : Parasitologie
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VIROLOGIE
ADENOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION
T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
Etienne
ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR LIQUIDES BIOLOGIQUES AUTRES QUE SELLES PAR IMMUNOFLUORESENCE OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
EtienneADENOVIRUS : MISE EN EVIDENCE SUR SELLES PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
Etienne
ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR SELLES (AGGLUTINATION, TECHNIQUEIMMUNOENZYMATIQUE)
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ARBOVIRUS : ISOLEMENT SUR ANIMAL ET CULTUREST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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ARENAVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE, OU ISOLEMENT PAR CULTURES OU SUR SOURICEAUXT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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ASTROVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE OU TECHNIQUEIMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTUREST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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CALICIVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE, PAR TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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CYTOMEGALOVIRUS (CMV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU CULTURESORIENTEES ET IDENTIFICATION
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CYTOMEGALOVIRUS (CMV) : ANTIGENEMIE LEUCOCYTAIRE PAR IMMUNOFLUORESCENCET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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CORONAVIRUS (y compris SARS-CoV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU PARAMPLIFICATION MOLECULAIRE
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Etienne
CORONAVIRUS (hors SARS-CoV) : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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CULTURES CELLULAIRES DE VIRUS NON ORIENTEES
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DIAGNOSTIC PRENATAL : RECHERCHE DE L'ADN DU PARVOVIRUST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
EtienneDIAGNOSTIC PRENATAL : CULTURE DE CYTOMEGALOVIRUS DANS LE SANGT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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DIAGNOSTIC PRENATAL : RECHERCHE DE L'ADN DU CYTOMEGALOVIRUS (CMV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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DIAGNOSTIC PRENATAL : DETECTION DU VIRUS DE LA RUBEOLE PAR CULTURE OU DE SON ARN PARAMPLIFICATION GENIQUE
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DIAGNOSTIC PRENATAL : RECHERCHE DE L'ADN DU VIRUS DE LA VARICELLET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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ENTEROVIRUS (POLIOVIRUS COMPRIS) : ISOLEMENT PAR CULTURES CELLULAIRES OU SURSOURICEAUX (COXSACKIEVIRUS A)
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VIRUS DES FIEVRES HEMORRAGIQUES : CULTURES
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VIRUS GRIPPAUX (A ET B) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUEIMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE
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HERPESVIRUS 6 (HHV6) OU HERPESVIRUS 7 (HHV7) : CULTURES SUR LYMPHOCYTEST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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PAPILLOMAVIRUS HUMAINS ONCOGENES (HPV) : GENOME VIRALT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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VIRUS DE L'HERPES SIMPLEX (HSV) : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATIONT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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VIRUS DE L'HERPES SIMPLEX (VHS) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU PARTECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE
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VIRUS HTLV: ISOLEMENT PAR CULTURE
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IDENTIFICATION VIRALE PAR UN OU PLUSIEURS SERUMS
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VIRUS OURLIEN (OU DES OREILLONS) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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VIRUS PARAINFLUENZAE (TYPES I à IV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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POLYOMAVIRUS : ISOLEMENT PAR CULTURE
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POXVIRUS : RECHERCHE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE
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VIRUS DE LA RAGE : RECHERCHE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUEIMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE
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RHINOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION
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ROTAVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR AGGLUTINATION, TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OUMICROSCOPIE ELECTRONIQUE
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VIRUS DE LA ROUGEOLE : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUEIMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE
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VIRUS DE LA RUBEOLE : ISOLEMENT PAR CULTURE
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ADENOVIRUS
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SERODIAGNOSTIC DES ARBOVIROSES
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ARENAVIRUS
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE PARVOVIRUS B19T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A CYTOMEGALOVIRUS
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS EPSTEIN-BARR (EBV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ENTEROVIRUS
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION GRIPPALE
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE A (HAV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE B (HBV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE C (HCV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE DELTA (HDV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE E (HEV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A HERPESVIRUS TYPE 6 (HHV-6)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LES VIRUS DE L'IMMUNODEFICIENCE HUMAINE (HIV-1 ET 2)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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DETECTION D'ANTICORPS AU COURS DE L'INFECTION A VIRUS HERPES SIMPLEX (HSV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS HTLV
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SERODIAGNOSTIC DE LA MONONUCLEOSE INFECTIEUSE PAR RECHERCHE D'ANTICORPSHETEROPHILES
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS PARAINFLUENZAT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS RABIQUET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE LA ROUGEOLET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE LA RUBEOLET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS OURLIENT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS RESPIRATOIRE SYNCYTIAL (RSV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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DETECTION D'ANTICORPS AU COURS DE L'INFECTION A VIRUS VARICELLE ZONA (VZV)T. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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GENOME (ADN) DU VIRUS DE L'HEPATITE B (HBV) : DETECTION QUANTITATIVET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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GENOME (ARN) DU VIRUS DE L'HEPATITE C (HCV) : DETECTION QUALITATIVET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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GENOME (ARN) DE VIRUS DE L'HEPATITE C (VHC) : DETECTION QUANTITATIVET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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GENOTYPAGE DU VIRUS DE L'HEPATITE C (HCV) PAR BIOLOGIE MOLECULAIRET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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SEROTYPAGE DU VIRUS DE L'HEPATITE C (HCV) PAR METHODE IMMUNOLOGIQUET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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GENOME (ARN) DU VIRUS DE L'IMMUNODEFICIENCE HUMAINE (HIV-1) : CHARGE VIRALET. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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HIV : ISOLEMENT PAR CULTURES SUR LYMPHOCYTES
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VIRUS RESPIRATOIRE SYNCYTIAL (VRS) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTUREST. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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VIRUS VARICELLE ZONA (VZV) : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATIONT. BOURLET, S. PILLET, B. POZZETTO- Laboratoire de Bactériologie-Virologie - Hôpital Nord - CHU de Saint-
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VIRUS VARICELLE ZONA (VZV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUEIMMUNOENZYMATIQUE
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Etienne
ADENOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION
Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l'objet d'instructions
spécifiques.Code NABM 4208
BIOPATHOLOGIE
Contexte pathologique :
Immunosuppression
Traitement antiviral
Notion d'épidémie, notion d'infection nosocomialeSéjour en collectivité
NB : En cas de gastro-entérite, demander une recherche dans les selles par agglutination ou technique immunoenzymatique (NABM 4205 et 4206)PRELEVEMENT ET TRANSMISSION DES ECHANTILLONS
Personnes, précautions standard : CDC Atlanta
Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1Echantillon
Sécrétions nasales, pharyngées, laryngo-trachéo-bronchiquesPrélèvement oculaire
Liquide céphalo-rachidien (LCR)
SangSelles, urines
Biopsies
Prélèvements post-mortem
Prélèvement
Sécrétions, urines et selles recueillies dans un tube sec stérile Ecouvillon conservé dans un milieu de transport de virologie ou déchargé dans 1ml de milieu de culture contenant des antibiotiques LCR recueilli sur tube sec stérile (10 gouttes) Biopsies et prélèvements post-mortem (recueillies sur tube sec ou 1 ml) de milieu de culture contenant des antibiotiques (ne pas les placer dans les conservateurs habituellement utilisés en anatomopathologie) Sang recueilli sur tube avec anticoagulant (héparine, EDTA)Particularités
Néant
Transmission
Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité
des personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur). Le plus rapidement possible (<2 heures) ; conservation à +4°C en attente de transmission au laboratoire. L'horodatage du prélèvement ou du recueil, de l'acheminement et de la réception de chaqueéchantillon au laboratoire ainsi que l'identification de toutes les personnes qui accomplissent ces
tâches sont esseADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR LIQUIDES
BIOLOGIQUES AUTRES QUE SELLES PAR
IMMUNOFLUORESENCE
OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRE
Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l'objet d'instructions
spécifiques. Code NABM 4207 (le test d'amplification moléculaire est hors nomenclature)BIOPATHOLOGIE
Contexte pathologique :
Immunosuppression
Traitement antiviral
Notion d'épidémie, notion d'infection nosocomialeSéjour en collectivité
PRELEVEMENT ET TRANSMISSION DES ECHANTILLONS
Personnes, précautions standard : CDC Atlanta
Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1Echantillon
Sécrétions nasales, pharyngées, laryngo-trachéo-bronchiquesPrélèvement oculaire
Sang total
Prélèvement
Sécrétions recueillies dans un tube stérile sec. Les lames seront réalisées au laboratoire
Ecouvillon déchargé au lit du malade sur une lame à plusieurs puits Sang recueilli sur tube avec anticoagulant (EDTA ou ACD), en excluant l'héparine pour la détection d'ADN par biologie moléculaireParticularités
Néant
Transmission
Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité
des personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur). Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil, conservation à +4°C en attente de transmission au laboratoire.Pour la détection d'ADN par biologie moléculaire, l'échantillon doit être transmis dans les 4
heures qui suivent le prélèvement. L'horodatage du prélèvement ou du recueil, de l'acheminement et de la réception de chaqueéchantillon au laboratoire ainsi que l'identification de toutes les personnes qui accomplissent ces
tâches sont essentiels.ADENOVIRUS : MISE EN EVIDENCE SUR SELLES PAR
MICROSCOPIE ELECTRONIQUE
Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l'objet d'instructions
spécifiques.Code NABM 4209
BIOPATHOLOGIE
Contexte pathologique :
Immunosuppression
Traitement antiviral
Notion d'épidémie, notion d'infection nosocomialeSéjour en collectivité
PRELEVEMENT ET TRANSMISSION DES ECHANTILLONS
Personnes, précautions standard : CDC Atlanta
Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1Echantillon
Selles
Prélèvement
Recueillies à la phase aiguë de la maladie dans un récipient stérile, à fermeture hermétique.
A défaut, écouvillon rectal.
Particularités
Demander une recherche rapide dans les selles par agglutination ou technique immunoenzymatique (NABM 4205 et 4206), et associer la recherche d'autres virusentéropathogènes. Le diagnostic par microscopie électronique est réservé aux laboratoires
spécialisés.Transmission
Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité
des personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur). Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil, conservation à +4°C en attente de transmission au laboratoire. L'horodatage du prélèvement ou du recueil, de l'acheminement et de la réception de chaqueéchantillon au laboratoire ainsi que l'identification de toutes les personnes qui accomplissent ces
tâches sont essentiels.ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR SELLES
(AGGLUTINATION, TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE)Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l'objet d'instructions
spécifiques.Codes NABM 4205, 4206
BIOPATHOLOGIE
Contexte pathologique :
Notion d'épidémie, notion d'infection nosocomialeSéjour en collectivité
Immunosuppression
PRELEVEMENT ET TRANSMISSION DES ECHANTILLONS
Personnes, précautions standard : CDC Atlanta
Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1Echantillon
Selles
PrélèvementRecueillies
Dans un récipient stérile, à fermeture hermétique. A défaut, écouvillon rectalParticularités
Associer la recherche d'autres virus entéropathogènes.Transmission
Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité
des personnes (triple emballage pour des expéditions vers un laboratoire extérieur). Dans les 24 à 48heures qui suivent le recueil, conservation à +4°C en attente de transmission au laboratoire. L'horodatage du prélèvement ou du recueil, de l'acheminement et de la réception de chaqueéchantillon au laboratoire ainsi que l'identification de toutes les personnes qui accomplissent ces
tâches sont essentiels.ARBOVIRUS : ISOLEMENT SUR ANIMAL ET CULTURES
Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l'objet d'instructions
spécifiques.Codes NABM 4210, 4211
BIOPATHOLOGIE
Contexte pathologique :
- signes cliniques détaillés - notion de voyage récent en zone endémique, - notion de piqûres (moustiques) ou de morsures (phlébotomes, tiques) - notion de transfusion en pays endémiqueEn France, seuls circulent le virus de l'encéphalite européenne à tiques (TBEV), et le virus
West Nile (WNV).
PRELEVEMENT ET TRANSMISSION DES ECHANTILLONS
Personnes, précautions standard : CDC Atlanta
Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1Echantillon
Liquide céphalo-rachidien, sang
Prélèvement
Tubes stériles étanches, pas de contraintes particulières, prélèvements potentiellement
dangereux.Particularités
Le diagnostic direct de ces infections est réservé aux laboratoires spécialisés équipés de
locaux avec confinement de type L3 ou L4. Renseignements devant accompagner impérativement le prélèvement : - identification du patient avec âge, sexe, adresse - diagnostic clinique - date de début des symptômes - déplacements dans le pays ou à l'étranger dans le mois qui précède- identification et coordonnées (y compris numéros de téléphone/télécopie et adresse
mél) du prescripteurCas particuliers
Néant
Transmission
Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité
des personnes.Emballage triple (norme 6.2 ONU) : tube étanche contenant le prélèvement, enveloppé d'une
couche suffisante de matière absorbante, et déposé dans un second récipient étanche sur
lequel figurent les renseignements identifiant le prélèvement. Emballage extérieur en matière isolante avec quantité suffisante de glace, sachets réfrigérants ou glace carbonique. Déclaration obligatoire par l'expéditeur conforme au règlement IATA (Association du Transport Aérien International) pour les matières dangereuses. Envoi à un laboratoire disposant d'installations de sécurité requise avec niveau de confinement L3 ou L4. L'horodatage du prélèvement ou du recueil, de l'acheminement et de la réception de chaqueéchantillon au laboratoire ainsi que l'identification de toutes les personnes qui accomplissent ces
tâches sont essentiels.ARENAVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR
IMMUNOFLUORESCENCE
OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE,
OU ISOLEMENT PAR CULTURES OU SUR SOURICEAUX
Les procédures communes aux prélèvements et particulières au laboratoire font l'objet d'instructions
spécifiques.Codes NABM 4212, 4213, 4214, 4215
BIOPATHOLOGIE
Contexte pathologique :
Notion de voyage récent en zone endémique : Afrique pour les virus du complexe Lassa,Amérique pour les virus du complexe Tacaribe
Contact avec des rongeurs
NB : En Europe, seul circule le virus de la chorioméningite lymphocytaire.PRELEVEMENT ET TRANSMISSION DES ECHANTILLONS
Personnes, précautions standard : CDC Atlanta
Prélèvements, échantillons : GBEA III.- 2.1Echantillon
Liquide céphalo-rachidien, sang total.
Prélèvement
Tubes stériles étanches, pas de contraintes particulières, prélèvements potentiellement
dangereux.