Les Acides Aminés
positive ou anode (+): pHi < pH tampon l’acide aminé qui ne migre pas est celui dont le pHi= pH tampon La vitesse de chaque espèce migrante (mobilité électro phorétique) dépend du pH de la solution tampon et du point isoélectrique de l’acide aminé
TD N°3: Les acides aminés et les protéines
1- Pour qu'un acide aminé soit un anion, il faut que le pH du milieu soit supérieur à son pHi (pH>pHi) Par conséquent, le pH de la colonne doit être supérieur à tous les pHi des acides aminés donnés Le pH de la colonne soit supérieur à 10,76 (pH> 10,76)
pH DES SOLUTIONS AQUEUSES I Généralités
pH = pKa => [acide] = [base] pH < pKa => [acide] > [base] pH > pKa => [acide] < [base] Figure 3: Diagramme de prédominance des espèces en fonction du pH 6 MESURE EXPÉRIMENTALE DU pH La mesure du pH peut s’effetuer ave : des indicateurs colorés : directement en solution – avec du papier pH – ou des bandelettes pH
LES ACIDES AMINES
On peut ensuite définir le pHi = pH isoélectrique pour lequel l'acide aminé a une charge nulle Il se détermine par la courbe de titration de l'acide aminé La courbe de titration d'un acide aminé sans pKr (monoaminé et monocarboxylique) sera comme cela : II) Les acides aminés en détail :
UE1 : Biomolécules (1) : Acides aminés et protéines Chapitre
Acide aspartique 2 77 Cystéine 5 03 Acide glutamique 3 22 Glutamine 5 65 Glycine 5 97 Histidine 7 47 Isoleucine 5 94 Leucine 5 98 Lysine 9 59 Méthionine 5 74 Phénylalanine 5 48 Proline 6 30 Sérine 5 68 Thréonine 5 64 Tryptophane 5 89 Tyrosine 5 66 Valine 5 96 À pH=pHi, la charge de l’acide aminé =0
L’ESSENTIEL DE BIOCHIMIE - Dunod
NOTION DE pHi On définit le pHi comme le pH auquel la migration électrophorétique de l’acide aminé est nulle: pas de déplacement dans un champ électrique, la charge globale est nulle Dans ce cas, l’acide aminé peut porter des charges, mais elles se compensent
Biochimie en 24 fiches - Dunod
Notion de pHi On définit le pHi comme le pH auquel la migration électrophorétique de l’acide aminé est nulle : pas de déplacement dans un champ électrique, la charge globale est nulle Dans ce cas, l’acide aminé peut porter des charges, mais elles se compensent Exercice de traduction 1
Figure 1 - biologieuniv-mrsfr
Nommez l'acide aminé qui contient chaque structure et désignez la chaîne latérale R avec la description la plus appropriée à ses propriétés, de (1) à (12) Quelques descriptions peuvent être utilisées plusieurs fois
EXERCICES : Réactions acido-basiques
Un échantillon d’acide chlorhydrique S de concentration c = 2,0 10–3 mol L–1 est obtenu par dissolution dans l’eau du chlorure d’hydrogène gazeux HCl à 25°C On donne le produit ionique de l’eau –: Ke = 1,0 10 14
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BIOCHIMIE
L'ESSENTIEL DE
Émilie GUILLAUME
Professeure en biochimie, biologie cellulaire et endocrinologie au département de Biologie de l'ENS Paris-Saclay.Pierre LE MARÉCHALProfesseur émérite de Biochimie à l'Université Paris-Sud (Orsay). Catherine BARATTI-ELBAZ
Professeure agrégée à l'ENS Paris-Saclay.BrOeHrMrE
L'ESSENTIEL DE
TOUT EN FICHES
© Dunod, Paris, 2008, 2018 pour la 3
eédition
11 rue Paul Bert 92240 Malakoff
ISBN 978-2-10-077709-9
www.dunod.com 5Table des matières
Fiche 1
Appeler chaque molécule par son nom 7
Fiche 2
Les acides aminés des protéines 11
Fiche 3
Structure 3D des protéines 20
Fiche 4
Applications de l'action des protéases 27
Fiche 5
Séparation et dosage des protéines 34
Fiche 6
Interactions protéine- ligand 46
Fiche 7
Catalyse enzymatique 50
Fiche 8
Enzymologie michaelienne :
K M et V M 53Fiche 9
Inhibitions des enzymes michaeliennes 65
Fiche 10
Allostérie 71
Fiche 11
Modifications post- traductionnelles des protéines 78Fiche 12
Vitamines et coenzymes 86
Fiche 13
ATP 91
Fiche 14
Mono et disaccharides 98
Fiche 15
Polyosides 106
Fiche 16
Glycoprotéines 112
Fiche 17
Structure des acides gras et des lipides 116
Fiche 18
Lipides membranaires 124
Fiche 19
Structure des membranes biologiques 134
Fiche 20
Échanges membranaires 142
Fiche 21
Fermentations 152
Table des matières
6Fiche 22
Acétyl- CoA et cycle de Krebs 162
Fiche 23
Catabolisme des acides gras 171
Fiche 24
Métabolisme de l'azote 179
Fiche 2E
Néosynthèse des sucres 184
Fiche 26
Les oxydations phosphorylantes 191
Fiche 27
Ligands extracellulaires et transduction du signal 198Fiche 28
Les protéines du cytosquelette 207
Annexe
217rndex 219
7
Appeler chaque
molécule par son nom Fiche 1 E.L'ordre de priorité des principales
fonctions chimiquesFonctionNomPréfixeSuffixe
R--CO--OHAcide carboxyliqueCarboxyAcide... - oïqueR--CO--OR'EsterCarboalkoxy- oate d'alkyle
R--CO--SR'ThioesterCarboalkothioxy- thioate d'alkyleR--CO--NHR'AmideCarboxamide- amide
R--CHOAldéhydeOxo, aldo, formyl- al
R--CO--R'CétoneOxo, céto- one
R--OHAlcoolHydroxy- ol
R--SHThiolMercapto- thiol
R--NH2Amine primaireAmino- amine
Fonctions particulières
Anhydride d'acideEntre 2 acides organiques
Phosphoanhydride
entre 2 fonctions acide phosphoriqueR - CO - O - CO - R'
OH P O HO OH P O O OHR - S - S - R'
Disulfure
R - S - S - R'
2. xeprésenter les molécules sur un planLes conventions d'écriture dans le cas
d'un carbone asymétriqueAppeler chaque molécule par son nom Fiche 1
8 eHO C HOH 2 COH H CHO C CH 2 OHHO H miroir (2R) 2,3-dihydroxy-propanal (2S) 2,3-dihydroxy-propanal (D-glycéraldéhyde) (L-glycéraldéhyde)Projections de Fischer (utilisées en Biologie)
CHO CH 2 OH CHO CH 2 OHOHHCHO
C HOH 2 COH H CHO C CH 2 OHOHHDans le plan
de la f euilleDerrière le plan
de la feuilleDevant le plan
de la feuille (2R) 2,3-dihydroxy-propanal (D-glycéraldéhyde) COOH CH 3 HH 2 NCOOH C H 3 CH NH 2Acide (2S) 2-amino-propionique (L-alanine)
COOH C H NH COOH C H HNL-proline
D-proline
La proline possède un cycle pyrrole, c'est le seul acide aminé dans ce cas-là.Appeler chaque molécule par son nom Fiche 1
9E ExereE ESavoir dessiner à partir des mots
Dessiner les structures des molécules biologiques suivantes (nom chimique et nom commun s'il existe) E acide 2-hydroxy-propionique ou acide lactique 2. sel tétrasodique du 2,3-bis-phospho-D-glycérate (l'acide glycé�rique est l'acide 2,3-dihydroxy-propionique) 3. acide 2-phosphono-oxyprop-2-énoique ou acide phosphoénolpyruvique 4. acide 2 oxo-butanedioïque ou acide oxaloacétiqueSolution
EAcide lactique : CH
3 --CHOH--COOHLa molécule que l'on trouve dans les cellules
est l'isomère L de l'acide lactique ou (2S)-2- hydroxy-propionique (représentation ci-contre).L'acide lactique existe sous forme de lactate au
pH cellulaire. Il se forme au cours de la fermentation du même nom (voir glycolyse en condition anaérobie). Ne pas confondre le lactate avec le lactose, qui est le sucre du lait (voir fiche n° 11) 2.Cette molécule dont la structure de base est
l'acide 2,3-dihydroxy-propionique possède en plus ici, 2 fonctions supplémentaires : une fonction anhydride mixte (entre un carboxyle et une acide phosphorique) sur le carbone 1 et une fonction phosphoester sur le carbone3. C'est un intermédiaire important de la glycolyse. Il existe é�galement le
2,3-bis-phosphoglycérate (voir affinité de l'hémoglobine po�ur l'oxygène).
3.L'acide phosphoénolpyruvique est présent
sous forme de phosphoénolpyruvate (PEP) au pH cellulaire. L'hydrolyse de la fonction phos phoénol libère une énergie importante qui est couplée à la formation d'une fonction phos- phoanhydride de l'ATP dans la glycolyse. La réaction est catalysée par la pyruvate kinase. COOH C CH 3 HHO COPO 32O C CH 2 O Na PO 32
2Na OHH 1 2 3 2