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Cours de Python

Introduction à la programmation Python pour la biologie

https://python.sdv.univ-paris-diderot.fr/Patrick FuchsetPierre Poulainprénom [point] nom [arobase] u-paris [point] fr

version du 29 août 2022

Université Paris Cité, France

Ce document est sous licence

Creative Commons Attribution - Partage dans les Mêmes Conditions 3.0 France (CC BY-SA 3.0 FR) https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/fr/

Table des matières

Avant-propos7

Quelques mots sur l"origine de ce cours

7

Remerciements

7

Le livre

7

1 Introduction9

1.1 C"est quoi Python?

9

1.2 Conseils pour installer et configurer Python

9

1.3 Notations utilisées

10

1.4 Introduction aushell. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10

1.5 Premier contact avec Python

11

1.6 Premier programme

12

1.7 Commentaires

12

1.8 Notion de bloc d"instructions et d"indentation

13

1.9 Autres ressources

13

2 Variables14

2.1 Définition

14

2.2 Les types de variables

14

2.3 Nommage

15

2.4 Écriture scientifique

15

2.5 Opérations

16

2.6 La fonctiontype(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .17

2.7 Conversion de types

17

2.8 Note sur la division de deux nombres entiers

18

2.9 Note sur le vocabulaire et la syntaxe

18

2.10 Minimum et maximum

18

2.11 Exercices

19

3 Affichage20

3.1 La fonctionprint(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20

3.2 Écriture formatée

21

3.3 Écriture scientifique

24

3.4 Ancienne méthode de formatage des chaînes de caractères

24

3.5 Note sur le vocabulaire et la syntaxe

26

3.6 Exercices

26

4 Listes28

4.1 Définition

28

4.2 Utilisation

28

4.3 Opération sur les listes

28

4.4 Indiçage négatif

29

4.5 Tranches

29

4.6 Fonctionlen(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .30

2

Table des matièresTable des matières4.7 Les fonctionsrange()etlist(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .30

4.8 Listes de listes

31

4.9 Minimum, maximum et somme d"une liste

31

4.10 Exercices

32

5 Boucles et comparaisons33

5.1 Bouclesfor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .33

5.2 Comparaisons

36

5.3 Boucleswhile. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .36

5.4 Exercices

37

6 Tests42

6.1 Définition

42

6.2 Tests à plusieurs cas

42

6.3 Importance de l"indentation

43

6.4 Tests multiples

43

6.5 Instructionsbreaketcontinue. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44

6.6 Tests de valeur sur desfloats. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45

6.7 Exercices

45

7 Fichiers50

7.1 Lecture dans un fichier

50

7.2 Écriture dans un fichier

52

7.3 Ouvrir deux fichiers avec l"instructionwith. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .53

7.4 Note sur les retours à la ligne sous Unix et sous Windows

53

7.5 Importance des conversions de types avec les fichiers

54

7.6 Du respect des formats de données et de fichiers

54

7.7 Exercices

54

8 Modules57

8.1 Définition

57

8.2 Importation de modules

57

8.3 Obtenir de l"aide sur les modules importés

58

8.4 Quelques modules courants

60

8.5 Modulerandom: génération de nombres aléatoires. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60

8.6 Modulesys: passage d"arguments. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

8.7 Moduleos: interaction avec le système d"exploitation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63

8.8 Exercices

63

9 Fonctions66

9.1 Principe et généralités

66

9.2 Définition

67

9.3 Passage d"arguments

68

9.4 Renvoi de résultats

68

9.5 Arguments positionnels et arguments par mot-clé

68

9.6 Variables locales et variables globales

70

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Introduction à la programmation Python pour la biologie

https://python.sdv.univ-paris-diderot.fr/Patrick FuchsetPierre Poulainprénom [point] nom [arobase] u-paris [point] fr

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Université Paris Cité, France

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Creative Commons Attribution - Partage dans les Mêmes Conditions 3.0 France (CC BY-SA 3.0 FR) https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/fr/

Table des matières

Avant-propos7

Quelques mots sur l"origine de ce cours

7

Remerciements

7

Le livre

7

1 Introduction9

1.1 C"est quoi Python?

9

1.2 Conseils pour installer et configurer Python

9

1.3 Notations utilisées

10

1.4 Introduction aushell. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10

1.5 Premier contact avec Python

11

1.6 Premier programme

12

1.7 Commentaires

12

1.8 Notion de bloc d"instructions et d"indentation

13

1.9 Autres ressources

13

2 Variables14

2.1 Définition

14

2.2 Les types de variables

14

2.3 Nommage

15

2.4 Écriture scientifique

15

2.5 Opérations

16

2.6 La fonctiontype(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .17

2.7 Conversion de types

17

2.8 Note sur la division de deux nombres entiers

18

2.9 Note sur le vocabulaire et la syntaxe

18

2.10 Minimum et maximum

18

2.11 Exercices

19

3 Affichage20

3.1 La fonctionprint(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20

3.2 Écriture formatée

21

3.3 Écriture scientifique

24

3.4 Ancienne méthode de formatage des chaînes de caractères

24

3.5 Note sur le vocabulaire et la syntaxe

26

3.6 Exercices

26

4 Listes28

4.1 Définition

28

4.2 Utilisation

28

4.3 Opération sur les listes

28

4.4 Indiçage négatif

29

4.5 Tranches

29

4.6 Fonctionlen(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .30

2

Table des matièresTable des matières4.7 Les fonctionsrange()etlist(). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .30

4.8 Listes de listes

31

4.9 Minimum, maximum et somme d"une liste

31

4.10 Exercices

32

5 Boucles et comparaisons33

5.1 Bouclesfor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .33

5.2 Comparaisons

36

5.3 Boucleswhile. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .36

5.4 Exercices

37

6 Tests42

6.1 Définition

42

6.2 Tests à plusieurs cas

42

6.3 Importance de l"indentation

43

6.4 Tests multiples

43

6.5 Instructionsbreaketcontinue. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .44

6.6 Tests de valeur sur desfloats. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45

6.7 Exercices

45

7 Fichiers50

7.1 Lecture dans un fichier

50

7.2 Écriture dans un fichier

52

7.3 Ouvrir deux fichiers avec l"instructionwith. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .53

7.4 Note sur les retours à la ligne sous Unix et sous Windows

53

7.5 Importance des conversions de types avec les fichiers

54

7.6 Du respect des formats de données et de fichiers

54

7.7 Exercices

54

8 Modules57

8.1 Définition

57

8.2 Importation de modules

57

8.3 Obtenir de l"aide sur les modules importés

58

8.4 Quelques modules courants

60

8.5 Modulerandom: génération de nombres aléatoires. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60

8.6 Modulesys: passage d"arguments. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

8.7 Moduleos: interaction avec le système d"exploitation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63

8.8 Exercices

63

9 Fonctions66

9.1 Principe et généralités

66

9.2 Définition

67

9.3 Passage d"arguments

68

9.4 Renvoi de résultats

68

9.5 Arguments positionnels et arguments par mot-clé

68

9.6 Variables locales et variables globales

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