La plupart des bactéries sont tuées par ébullition ou grâce à un stérilisateur UV adapté. Si vous soupçonnez la présence de bactéries, faites toujours bouillir l'eau avant de l'utiliser.
Effectuez une chloration concentrée dans le puits en y versant de l'eau de Javel ou du chlore pour éliminer toute contamination microbiologique dans le réseau. Laissez séjourner le chlore pendant au moins 12 heures.